阿拉曼战役期间，隆美尔和希特勒之间的裂痕越来越大。当英军很快就突破了德国人的防线后，希特勒责令非洲军团在阿拉曼战役中“要么胜利，要么毁灭”。隆美尔中止了已经开始的撤退，但同时也在试图取消希特勒这个残暴的命令。但是很快，危机越来越严重，于是降美尔违抗了希特勒的命令，两次指挥他的部队撤退，直至遁入******山区。隆美尔还曾试图希望能够将非洲军团撤回到意大利，希特勒理所当然地拒绝了，并在元首指挥部对他大发雷霆。
希特勒曾再三重申不许非洲军团后退的命令，然而每一次隆美尔都没有执行，为此12月底的元首指挥部，一场激烈的争吵在隆美尔和希特勒之间爆发了。当时，隆美尔已经意识到眼前的战争“简直是一种邪恶罪孽”，他十分想提醒自己的元首停止这场战争，用政治的手段来和平解决。因为他看到全世界都在反对纳粹德国。
在一次军事会议上，隆美尔第一个站起来，他说：“我的元首，我想代表德国人民向你阐述西线的严重局势，首先我想谈谈政治局势……”
没等隆美尔说完，希特勒打断他的话：“元帅，请谈军事形势。”
隆美尔却坚持说：“历史要求我们先谈政治处境。”
希特勒勃然大怒：“不行，今天只谈军事，别的什么也不谈！”
这时，隆美尔表现出了非凡的勇气，他面对希特勒的强压大声说：“元首，我必须坦率地承认，不提到德国的前途我是不离开这里的！”
此时已经失去理智的希特勒开始大声地咆哮：“陆军元帅，请马上离开会议室！”。
希特勒恢复了常态后，随即命令戈林到意大利去监督隆美尔在非洲的行动。
当非洲军团在******投降后，希特勒将隆美尔召回讨论当前形势。隆美尔告诉希特勒说他觉得战争不可能胜利了，并认为德国应争取“有条件的投降”。这再一次激怒了希特勒，他脸色铁青，大声叫喊：“记住，谁都别想跟我讲和平！”
此后，隆美尔和希特勒之间就再没有亲密的接触了。
战争后期，隆美尔已经觉得战争不再有胜算。他也知道希特勒的这场战争中首要的是俄国战役。他开始明白在苏联的这场战役竟是如此的残酷，如果红军侵入德国，那么将导致最坏的结果。隆美尔的反应是：如果可能，就无条件投降，但最好是争取“有条件地投降”。假如盟军在诺曼底的入侵能被击退，那么新的德国政府将有了讨价还价的余地。但这一切都将是幻想。一方面，盟军的常规兵力已经具有压倒性的优势，另一方面，核武器此时正在研制中，可以想像得到的是，如果欧洲战事久拖不决，那么原子弹就很有可能落到德国头上。
隆美尔认为，如果盟军在诺曼底战役中失败，那么没有希特勒的德国仍旧能够获得一个能达成有条件投降的好机会。他没想到的是一场政变在登陆前就已开始预谋。1944年，在隆美尔任B集团军司令时，虽然着手准备对抗盟军登陆的海岸防御，但整个1944年的上半年，他都与柏林的密谋者保持着接触。他认为在他们还无法能确保行动成功之前，柏林并不是谋划行动的合适地点。虽然有关暗杀方面的行动计划正在讨论，但隆美尔并不赞成这么做，起先他并不知道施陶芬伯格试图于1944年7月20日刺杀希特勒。有关施陶芬伯格的暗杀计划，事先只有极少数的人知道消息。
随着盟军确立了在诺曼底的优势，隆美尔意识到西线已经失败了，他现在想得更多的是如何停正战争以使盟军穿越德国并在红军之前抵达欧洲的中心。无论如何，都要阻止苏军对德国的占领。由于这个原因，他至少两次劝说希特勒接受他的意见，西线停止抵抗，但是只要稍微提及和平的请求，希特勒就大发雷霆。因此隆美尔认为使部队投降的最佳时刻就是在一旦盟军突破了诺曼底防线之时。
作为一名前线军官，当他下定决心要在西线停止抵抗时，他决定竭尽所能以防止双方军队再交火。在诺曼底，隆美尔曾和党卫军将领迪特里希和豪森会面，他向两个人直率地谈到投降要比继续在西线抵抗而让苏军占领柏林更有利。两人都同意他的观点，都认为继续抵抗是没有前途的。
1944年7月初，隆美尔就当时的形势写了一份备忘录并交给了希特勒。7月15日，他又写了另一份报告，其中有这样一段阐述：“这场不对等的战斗正在接近尾声，我认为应当从当前形势中得出必要的结论。作为B集团军司令，我不得不清楚地表达自己的看法。”
很显然，隆美尔并不相信他的报告会让希特勒改变主意，他之所以写下并散发这些备忘录有可能是为了在战后证明他在当时那种灾难性的形势下并没有保持沉默。当希特勒不面对现实后，他认为自己不该受到责难并被迫独自采取行动。
盟军攻入法国后，隆美尔曾经设想过除掉希特勒以实现和平，“然后我就开放西线”。慕尼黑著名的记录片制片人莫里斯·菲利普·雷米在为其著作《隆美尔的神话》查找档案时，发现了长期保存在民主德国档案馆中的材料。这些材料证明，隆美尔当时确实很接近反抗，比现在众所周知的还要接近。作者雷米说：“说出‘我要开放西线’这样的话，需要很大的勇气——可能只有隆美尔才有这样的威望。如果他成功的话，盟军将在3～5天内占领鲁尔区，这样战争也可能在1944年8月结束。”
关于隆美尔是否真的参与了刺杀希特勒的计划，即被希特勒定为叛国罪的问题，历史上普遍的看法是他没有直接参与，也没有同意刺杀希特勒。因为他在听说希特勒遇刺时感到了无比的愤怒，他觉得“死希特勒可能比活希特勒更有危险”。所以，就在刺杀希特勒的前3天，隆美尔还乘坐敞篷车视察诺曼底前线。
6.名将之死
自从斯陶芬贝格刺杀希特勒失败后，狂怒的希特勒进行了大清洗，由于密谋集团成员中许多人的立场并不是很坚定，因此出现了一些临阵叛变者，结果越来越多的军官和同情者被逮捕、枪杀或投进监狱。曾经给隆美尔做策反工作的施特罗林也未能幸免，但是他直到临死也没有供出同隆美尔进行过接触这件事。但是，施特罗林的助手，也是密谋组织中成员的霍法克中校，因为害怕一死，就想抬出两位元帅作为自己的护身符。于是，在党卫军保安处的地下室里，霍法克说出了隆美尔和克鲁格两位元帅的名字。
他的供词让党军审讯官异常吃惊，审讯官惊叫道：“什么？你刚才说克鲁格元帅和隆美尔元帅事先已经知道这次暗杀计划了，是真的吗？”
霍法克肯定地说：“是的！这是千真万确的。当然，我知道，我的这一条生命已经没有什么指望了。但我现在已经感到了悔恨，我的良心告诉我，我要将这次阴谋完全揭露出来，而且还包括策划这次行动的背后指使者，我是不会说假话的。”
在党卫军保安局人员的诱骗下，这位只顾保命的小人物添油加醋，把隆美尔说成了是直接密谋者，但并不是“7·20事件”的直接策划者。
希特勒获悉这个情报，犹如三九天被劈头泼了一桶冷水，从头凉到脚。
他沉重地叹了口气，对党卫军头子希姆莱说：“克鲁格参加密谋集团我是相信的，但隆美尔我想不出他背叛我的理由啊！这份名单的来源可靠吗？”
希姆莱说：“应该是可靠的。它是反革命集团的骨干之一——霍法克中校主动供出来的，我们并没有用刑。此人招供无非就是想让我们留下他的一条命。”
“这种人，决不可留。”希特勒恶狠狠地说道，希姆莱点头称是。
随后希特勒告诉希姆莱，在处理隆美尔的这件事上要作进一步调查，不能过于草率。即使隆美尔真的牵连进去，也要与其他人区分开来，不能作同样的处理。因为如果盟国知道了这一切，对西线的战争将产生不利的影响。
隆美尔是希特勒的爱将，虽然两人有了一定的隔阂，但希特勒从心里还是不希望隆美尔成为背叛自己的人。
1944年8月12日，密谋刺杀希特勒的主谋之一，并在成功后准备接替总理职务的卡尔·戈台勒被捕。装有密谋集团的文件、声明和所谓的同伙名单的文件箱落入希姆莱手中。希姆莱惊奇地发现，在名单中赫然写有隆美尔和克鲁格的名字。于是，希姆莱草拟了一份还未逮捕的密谋分子的名单，隆美尔自然在其中，而且名列第五位。希特勒很快拿到了这份名单，他相信这位爱将的确参与了谋杀自己的阴谋集团。但他也知道，此时的隆美尔正在医院里养病，他是因为到西线视察而被敌人的飞机炸成重伤的。因此，希特勒再次叮嘱希姆莱，要他等到隆美尔身体恢复健康后再审问他，并且不要声张。最后希特勒怜惜地说：“我相信，他一定是受蒙骗的。”希姆莱按着希特勒的指示，直接去抓克鲁格元帅，但是不知是谁走漏了风声，克鲁格已经在希姆莱到达之前服毒自杀了。7月17日，隆美尔乘坐的汽车受到盟军飞机的猛烈射击并受了重伤后，就一直躺在医院里。他对这背后的活动一无所知。一个星期后，他仍然无法写出自己的名字。他只能写下些模糊的，难以辨认的奇怪符号，没有办法，只好自己口授，而请护士小姐给他作记录，这样才给他的妻子写了信。后来，隆美尔的伤势渐渐有了好转，医生批准他可以回家疗养了。
隆美尔生命的最后那一段时间是他最温馨的一段日子。但是，这段日子并没有持继多久。一天下午，他爱人露茜的妹夫汉斯慌张地来到隆美尔的家里，并告诉他说：“戈台勒已经被捕了”。
降美尔听了摸不着头脑地问：“戈台勒？我不认识他。怎么，这和我有什么关系吗？”
“从他那里搜出一张名单，与你有关系。”汉斯紧张地说，“另外，还有一张字条，说你是西方敌人所尊敬的唯一军人，革命之后——就是刺杀希特勒后，必须由你来掌权。你看这……”
隆美尔也感到了事情的严重性，他明白，自己已经被牵连到这场事变中去了。他曾经与刺杀希特勒的密谋分子有过来往，但那只是答应他们同西线的盟军接触，实现停火，以避免德国被前苏联人占领，并不知道这些人还有要杀害元首的阴谋。但是现在，似乎已经没有解释的权力了。此时的隆美尔的确已是有口难辩了。
不久，隆美尔手下的助手被一个个地抓走了，这些人当中的确有密谋集团的成员，斯派达尔就是其中之一。对于斯派达尔的被捕，隆美尔还专门给希特勒写过一封信，想极力替他开脱罪责，但已经没有任何作用了。几天后，隆美尔的住宅附近就有了秘密警察的监视，最高统帅部的参谋长凯特尔元帅也打来屯话，请隆美尔到柏林去谈一下新的工作安排的事项。隆美尔心里明白，这就是自己的死期已经到了。
次日，前来逮捕隆美尔的两个人与隆美尔进行了密谈，他们告诉隆美尔或者选择自杀，将给予国葬的待遇；或者选择审判，被按叛国罪处死。隆美尔抱着最后一线希望问他们，希特勒知道这个决定吗？来人微微点了点头。隆美尔绝望地摇了摇头，他知道自己成了那伙密谋集团的替罪羊。十几分钟后，隆美尔告别了家人，跟着来人钻进了汽车，在离开家不远的一个寂静的树林里，隆美尔吞下了毒药……
他死后，德国对外发布公告，隆美尔因突发脑溢血不幸逝世。希特勒还假摸假样地给隆美尔夫人露茜发去唁电：“谨对贵夫君逝世表示至为沉痛的哀悼。元帅英名和非洲军团的英雄业绩一样永垂不朽！”