1.科学家上书
20世纪30年代，英国物理学家詹姆斯·查得威克，意大利物理学家费米，德国物理学家哈恩、施特芬斯等科学家在原子物理的研究中发现，1克重的铀产生裂变后其能量相当于燃烧3吨煤或200升汽油所放出的能量，所产生的爆炸力也将是巨大和惊人的。人类从此进入了“核”时代。
然而，就在科学家们对这一科学的发现感到欣喜的时候，纳粹德国也把目光盯在了这个伟大的成果上了。他们要利用这个科学的发现，要把这一成果转移到战争中去，用科学的成果征服人类。1939年4月，纳粹德国将6名原子物理学家召到柏林，举行秘密会议，决定开始制造能控制利用铀的装置，也就是原子弹。同年的9月26日，德国正式制定了代号为“U”的秘密研制核武器的计划。
纳粹德国研制核武器让一些开明的科学家感到担忧，流亡在美国的费米立刻联系了诸如西拉德、泰勒等人在美国积极奔走，呼吁美国尽快开展原子弹的研制工作。当他们向美国军方提出这项计划时，美国军方并没有认识到原子弹能产生的巨大破坏力，所以对这些科学家的看法没有引起重视。
费米等科学家心急如焚，他们深知核能的巨大威力，如果纳粹德国抢先制造出原子弹，那么人类就将面临史无前例的巨大灾难。而要制造原子弹是需要雄厚的经济后盾和完整的科学体系以及科学人才的，还要有安定的社会环境。
这些条件，就当时的世界来说，只有美国是最有条件的，也只有美国才有可能挑战纳粹德国，与纳粹德国相抗衡。
费米、泰勒等科学家决定直接上书美国总统罗斯福，只有说服他采纳这个计划才能尽早开始研究工作。他们还想到了德高望重的爱因斯坦，想请他作为代表向罗斯福进言，这样还可以增加说服的力度。
与此同时，罗斯福的好友和科学顾问阿列克谢·萨克斯也受科学家们的委托，向罗斯福总统进行游说工作，他讲到了拿破仑不听富尔顿的建议，拒绝制造蒸汽轮船，而丧失了进攻英国的时机的故事。他说：“总统先生，我个人认为，原子能就在我们的身边，而且总有一天会有人能够控制并释放它那巨大的能量，这是毫无疑问的。我们不可能阻止他这样做，只能希望他不要把邻居炸飞。”
罗斯福听了萨克斯的话，幽默地说：“我明白了，你现在所寻求的是保证纳粹不要把我们炸飞。”
1939年12月6日，美国国会拨款20亿美元作为研究经费，正式启动名为“曼哈顿工程”的原子弹研究计划。
2.不同凡响的保密工作
德、美两国都启动了核计划，为了掌握对方的进程动态进而遏制对方，他们在自身的保密和置对方于死地方面进行了大量的间谍侦察和破坏活动。
美国研制原子弹工作规模庞大、人员众多，但他们居然能在长达4年的时间里未被德国间谍机关了解到研制核武器的“曼哈顿工程”行动计划。
在美国，要使这么大一项行动不泄密的确不易。要知道，“曼哈顿工程”有成千上万爱唠叨的热情的美国人参与其中，据统计，参加这项研制计划的美国人前后达60万之众，任何一个人如果口风不严都可能导致警觉性极高的外国间谍的注意。
“曼哈顿工程”的运作是分散在田纳西州、新墨西哥以及华盛顿等地秘密进行的。在这些人员庞大的研制队伍中，美国人组织了一批尽职合格的保密人员队伍。这些经过训练的青年男女之间谈话用暗语，对核心研制人员的行动进行监控，负责检查每一份文件资料的收发，对散落在办公室里的每一张纸片进行详细检查处理，做到万无一失。而最难的是对参加研制人员的严格控制。这些保密人员恪尽职守，他们对所有接触核心机密的成员都进行了严密的监控，经常用严厉的保密制度来约束这些人员。
在60万参与人员中，他们与所有人员都有严格的保密协定，其中2000多个因口风不严、说话随便的职员受到了处理。在文职人员中，他们特别注意对每一位适应做这样高度机密工作的人的善后安排，做得周到。完满，使这些人在调离工作岗位后，也不会因为被解雇后产生不满情绪而导致对“曼哈顿工程”工作产生负面影响。整个保密工作最困难的是参加研究的科学家们的保密工作。许多人在国际上是原子物理学方面的著名人物，德国人只要知道这些人的行踪，自然会尾随其后并容易推测出美国人在何时、何地进行什么样的工作。
因此，“曼哈顿工程”的反间谍机构对这些科学家进行了周密的安排。他们给这些科学家每人编上代号，并派专门警卫人员负责他们的行动安全。美国人的保密措施的确是十分出色的，他们不仅成功地使本国科学家的行踪一直不为外人所知，而且还十分成功地将许多国家的科学家带到了美国，在高度保密的状态下参与研制工作。
在英国情报机构的帮助下，他们还把世界著名的原子物理学家玻尔从丹麦营救出来，化名贝克在美国秘密地从事了长达2年之久的研究工作。
德国已经注意到，虽然美国从事核领域的研究总的来说是在德国的后面，但是德国并不敢小视。因此，德国人在战争初期曾经派出两名最优秀的科学家来美国进行“交流”，但美国方面成功地阻止他们的企图，并利用科学家之间的这一“交流”，使德国人产生错误的判断。他们得出的结论是，美国人的研究还停留在初期的阶段。
“曼哈顿工程”的反间谍保密工作不仅仅针对德国人，就连美国二战时最亲密的盟友英国人都难以窥其端倪。
英国物理学家阿兰对美国人的这项研究表现出极大兴趣，曾三次前往参观。美国人立即引起警觉，迅速采取措施加以防范，并协助英国有关部门对其进行调查。结果发现，这位科学家曾向苏联方面提供过铀标本和美国人研制的进展情况。英国方面立即将其逮捕，判以重刑。
“曼哈顿工程”的保密工作的确是美国反间谍部门的一项成功大作，真可谓史无前例的奇迹。人们在钦佩之余，也对此产生不解和疑惑，以德国间谍机构的高超水平，何至于对如此易于探出的情报无所作为？其实，这也是美国反谍报部门出色的工作所致。
“曼哈顿工程”实施期间，美国情报部门不断地制造假象以迷惑德国人，其中最多地是向德国情报部门提供假情报，使德国人误以为美国人的研究仍处于初级阶段。
另一方面，也与德国情报部门的科学家分析失误有极大的关系。日耳曼人愚蠢的优越感使这批科学家自以为是地认为，世界上最优秀的德国科学家都未能在原子弹的研制方面有关键性突破，美国的科学家更是不在话下，他们只能跟在德国人的后面亦步亦趋。相反，美国和英国的情报工作却十分出色，他们不但准确地把握了德国人研制原子弹的进展情况，而且还成功地策划了一次重大的破坏活动，炸毁了德国的重水工厂，阻止了德国人研制工作的进展。
3.海森堡是否在为纳粹卖命
美国核武器的研制成功，除了美国政府的巨大努力外，还与全世界爱好和平的科学家密不可分。“曼哈顿工程”中的一些卓有成效的科学家起初都曾经为纳粹德国服务，尤其是丹麦的著名核物理学家玻尔教授，他当时并没有外逃，而是潜心地做自己的科学研究工作，后来在英国情报人员的努力下，幡然悔悟，并逃到了美国，在“曼哈顿工程”中，玻尔教授带过许多学生，有些还是世界级的领军人物，且科学成就也是被人们所敬仰和尊重的，德国的核物理学家海森堡就是其中之一。他是一个颇具争议的人物，开始人们认可的一个说法是：希特勒之所以没有研制出原子弹，是海森堡阻碍了希特勒开发核武器的进程。然而最近，随着玻尔一封尘封多年的信，关于海森堡在纳粹德国核武器研究中起到的作用问题，又一次在世人中掀起了波澜。海森堡与玻尔在哥本哈根的会面，再一次产生了一个令人无法解释的谜。
海森堡在科学上的贡献是巨大的，他的天才般的见地及在物理学史上的地位，世人虽有不同程度的评价，但无疑都是相当正面和肯定的。
然而，对于海森堡与纳粹德国的关系，他的为人处世，尤其是他的充满争议的哥本哈根之行，却存在着许多针锋相对的评价。肯定他的人，把他描绘成道德上完美的化身——他是一个身处逆境却迎难而上的人，为了保护德国的科学研究，不惜忍辱负重；他在战后为恢复德国科学所作的种种努力，使他在德国科学界享有很高的声誉。而否定他的人，则把他看成是纳粹的帮凶，有着严重的人格缺陷，他战后的种种说辞完全是文过饰非。
多年来，人们对海森堡的看法随着新证据的出现，也在不断地左右摇摆，对立的阵营始终泾渭分明，他们之间无法找到一个令各方都能接受的阐释。1992年出版的《海森堡传》则试图在这两极之间寻找一种平衡。该书用充满同情的口吻详细叙述了海森堡的利学与生活，无论对与错、伟大与渺小都不放过，使得对海森堡的评价更趋客观。
1998年，米歇尔·弗赖恩出版了剧作《哥本哈根》，在剧中，海森堡就被描写成阻碍纳粹开发核武器的英雄。后来该剧被搬上舞台，并在英国连演18个月，之后还在百老汇上演，并获成功。2002年2月18日，弗赖恩在《法兰克福汇报》上又发表了一篇题为“我给海森堡一个自我辩护的机会”的文章，充分阐明了自己的“同情”观。
《哥本哈根》出版后，海森堡再次成为世人关注的焦点，它不只是引起了史学家的关注，而是扩展到了社会各个阶层。弗赖恩本人并没有想到自己的作品会如此成功。
而就在这种同情观占据上风的时候，英国《星期日泰晤士报》刊出了最新消息称，玻尔研究所新公布了资料——包括玻尔写给海森堡但一直没有寄出的一封信。在这封信里，玻尔回忆了他和海森堡1941年的那次会面。信中披露，当时，海森堡曾警告他的导师说，希特勒已经成立了一个“铀俱乐部”专门研究原子弹。战争可能会由核武器的出现而结束，而他正是在从事核武器的研究。
这与以往的一些说法大相径庭。据以往的说法，海森堡虽然迫于形势不得不为纳粹工作，但却是“身在曹营心在汉”。尽管当时海森堡已经掌握了制造原子弹的关键技术，他却避开原子弹的研究，集中力量研究反应堆和回旋器，显然是有意拖延研制进程。
两种不同的观点发生了激烈的碰撞。那么，当年海森堡和玻尔在一起到底都谈了些什么呢？
1940年春，德军占领丹麦的第二天，海森堡曾写过一封信给他的汉堡同行——德国原子弹计划参与者、德国核试验计划关键人物之一的德国物理化学家保尔哈特克。
在信中，海森堡请他或海森堡的学生卡尔弗里特里希·冯·魏茨泽克一道前往哥本哈根，因为他要在那里同某研究机构的负责人玻尔商谈要事。这封信有可能会重新评价海森堡和玻尔的哥本哈根会见。1941年9月，海森堡前往哥本哈根，找到他的老师玻尔并与之进行了一次谈话，但是谈话不欢而散。
如今，玻尔研究所公布的文献似乎对海森堡当时的动机持有疑虑：海森堡是否想从玻尔那里打探为德国制造原子弹的技术？但是，从海森堡写给保尔哈特克的信中看，这次哥本哈根之行一年半以前就已开始策划了。海森堡的学生魏茨泽克在接受德国媒体采访时说，海森堡此行的目的主要是为了玻尔的安全，他只想知道，他的老师是否需要在他帮助下离开哥本哈根，或者说，他至少能让德国驻丹麦机构为玻尔提供方便。
开始，魏茨泽克通过关系找到了德国驻哥本哈根公使冯克，请他给玻尔以保护。但魏茨泽克得到的回答是玻尔根本不愿意与冯克接触。
后来，魏茨泽克在哥本哈根向德国驻丹麦代表处建议举办一次天体物理会议，这样，他就能邀请海森堡到哥本哈根来。德国公使采纳了魏茨泽克的建议，在哥本哈根举办了一次天体物理会议。
1941年春天，魏茨泽克才找到机会去哥本哈根作报告。他利用这次机会为海森堡和玻尔会见作了积极准备。
应当时所谓“德国科学研究所”的邀请，海森堡与魏茨泽克于1941年9月一道前往哥本哈根参加会议。但玻尔拒绝出席德国科学研究所的活动，并对海森堡产生怀疑。
玻尔的儿子阿格·玻尔后来回忆说，海森堡与他父亲和其他同事谈到当时的军事局势时说，德国会打赢这场战争。其实这一点不奇怪，因为当时德军已占领了差不多半个欧洲，并正向莫斯科推进。对海森堡来说，他没法在公开场合怀疑德军会打败仗。
最后，海森堡终于找到一个与玻尔单独在一起的机会。两人进行了私下谈话。现在看来，海森堡多半是接受了魏茨泽克的建议，劝诫波尔不要跟德国公使过不去。这次谈话导致了玻尔对海森堡的疑虑，他认为海森堡从一开始就有目的地要将自己引向德方。两人之间的误解可能就此深深埋下了。
可以肯定的是，海森堡当时确实谈到了原子弹的话题。这个话题之所以如此敏感，是因为海森堡参与了纳粹的原子弹制造计划。因此，海森堡在与玻尔交谈时十分谨慎，很多话不能直说，这也因此给玻尔留下这一印象，即海森堡全力以赴地为德国制造原子弹。
事实上，德国当时的情况是，1939年9月，在陆军装备局领导下成立了“铀协会”，研究如何将铀裂变并用于军事，但许多技术问题根本没弄清，如制造一颗原子弹需要几公斤或几吨裂变物。此外，德国手里当时除了有铀—235外一无所有。