军队的集中、展开和通讯指挥系统的建立也是以应付1942年战争为标准的，军队没有做好防突袭的准备。首先，军队的集中与展开一直到1941年2月才开始，而且1941年2月通过的这份军队动员计划，还需要各军区继续修改。3月底、4月初，同意征召80万预备队做补充部队，而征集工作要求在5～10月才进行。而从征集到分派到各军区，并达到实战要求恐怕要到1942年。4月，步兵部队实行战时编制，实际执行的结果是没有1个师在战争爆发时达到战时编制要求。到6月初，要求军区司令部完成掩护国境线计划的制订并呈报国防人民委员部审批，其结果是计划尚在国防人民委员的办公桌里，战争就已爆发了。
紧急通信系统、战时战略领导体制迟迟未能建立，给部队指挥造成混乱。战略领导体制是国家备战和指挥作战的中枢，由于对战争已经临近的威胁缺乏警惕，盲目地认定战争可以拖延至1942年，因此，直到战争爆发，苏联也没研究建立战时战略领导体制，没有预先建立战时统揽国家一切权力的国防委员会和最高统帅部。
长期的战争准备不是一时可以弥补的，但是对于苏联这样一个地域广阔、有着强大实力的国家来说，只要临战准备做得好，仍然能够在战争初期将损失减少到最小程度。但是固执的斯大林对日益迫近的战争依然视而不见，而他周围的人因为恐惧又不敢将自己的忧虑如实向他阐明。朱可夫在回忆这段历史时检讨说：“当战争日益临近时，我们这些军人看来没有尽一切力量说服斯大林相信苏德战争不可避免地要在最近爆发，向他证明必须将作战和动员计划规定的紧急措施付诸实施。”
2.攻陷苏境
1941年6月21日晚，古老的莫斯科城在经历了白昼的喧闹之后，已归于宁静，静得让人陶醉，让人流连，仲夏的莫斯科，夜色真美。一阵急促的电话铃声惊动了朱可夫，他预感到一种巨大的危险，他抓起话筒，声音有些颤抖，急切地说：
“我是朱可夫，有什么新情况。”一向沉稳的基辅军区参谋长普尔卡耶夫中将给他带来了坏消息。他说，一个德军司务长向苏军边防部队投诚，供称德军已开始进入出发地域，将在22日晨向苏联发动大规模进攻。
朱可夫立即将这一消息向铁木辛哥、斯大林作了汇报。斯大林沉默了一会，然后命令铁木辛哥、朱可夫、瓦图京立即到他那里去。朱可夫等人匆匆赶到克里姆林宫，接着政治局委员们也来了。斯大林很忧虑，像往常一样，在桌旁踱来踱去，他问：
“我们该怎么办？”
没有人应声。
“应该立即命令边境各军区所有部队进入一级战备状态”。铁木辛哥打破令人窒息的寂静，轻声对斯大林说。
“把命令读一下。”斯大林说。
朱可夫把在总参谋部拟订的命令草稿读了一遍。他强调说，必须根据既定的击退敌人任何进攻的作战计划采取坚决行动。这时，斯大林有点不耐烦地打断朱可夫的话说：
“现在下达这样的训令太早，也许问题还可以和平解决。应该下达一个简短的训令，指出进攻可能从德军的挑衅行动开始。边境各军区的部队决不要上挑衅的当，以免引起麻烦。”
朱可夫立即叫来第一副总参谋长瓦图京，两人根据斯大林的指示迅速拟定了一份国防人民委员的命令草稿，即第一号命令，然后回到斯大林办公室。
斯大林详细阅读了命令草案，并作了一些修改。命令全文如下：
列宁格勒军区、波罗的海沿岸特别军区、西部特别军区、基辅特别军区、敖德萨军区军事委员会：
抄送：海军人民委员1941年6月21日到23日德国可能在列宁格勒军区、波罗的海沿岸特别军区、西部特别军区、基辅特别军区、敖德萨军区正面实施突然袭击。袭击可能从挑衅行动开始。
我军的任务是：不受任何挑衅行动的影响，以免使问题复杂化。与此同时，列宁格勒、波罗的海沿岸、西部、基辅、敖德萨各军区部队进入一级战斗准备，以防德军或其盟军可能的突然袭击。
兹命令：
1941年6月21日夜间，隐蔽占领国境筑垒地域各发射点；
1941年6月22日拂晓前，将全部飞机、包括陆军航空兵的飞机，分散到各野战机场，并加以周密伪装；所有部队进入战斗准备，军队应分散、伪装；防空部队不待补充兵营到达，立即进入战斗准备。城市和目标地区应采取灯火管制的一切措施；在没有特别命令的情况下，不得采取任何其他措施。
铁木辛哥、朱可夫等人怀着不安的心情离开克里姆林宫以后，回到国防人民委员的办公室里。斯大林在朱可夫等人走后陷入了犹豫恐惧之中，他自言自语地说；
“我想这是希特勒的挑衅，难道他真的敢发动对苏战争？”
斯大林望着寂静无人的大街有些出神。他决没有想到，德国的飞机已经侵入苏联的领空轰炸苏联的城市和机场，法西斯的坦克正隆隆开向苏联边界，希特勒的将领们正越来越频繁地看着自己的手表，表盘上的指针正一分一分地向发起进攻的决定性时刻逼近。
6月22日3时许，德军出动约2000架飞机，突然袭击苏联西部66个机场以及其他军事基地、交通枢纽和重要城市，并以数千门火炮猛烈轰击苏联西部边境地区，揭开了“巴巴罗萨”行动的序幕。德军选择6月22日作为进攻苏联的发起日，是经过精心计算的。首先，这一天是星期天，苏军的大部分军官都去度假了，只有一小部分军官留在岗位值班。其次，这一天恰好是夏至后的最后一天，昼长夜短，在战役的最初日子里，德军一天可以战斗18个小时，这对于迅速取得对苏战争的胜利是极为有利的。
德军进攻的具体时间也是经过精确计算的。德军在确定具体进攻的时间时有几种不同的意见，德军陆军总司令部一向奉行传统的军事理论，认为德军进攻的时间应定在1941年6月22日清晨，也就是在拂晓发起进攻。
德国空军总司令部却坚决反对陆军的观点。空军将领们认为，参加第一波攻击的大约900架飞机在黑夜中无法找到目标。如果陆军在拂晓时分发起进攻，空军的飞机从前沿和内地，顶多能够与地面部队同时越过边境，此后平均还要飞30分钟才能对苏联机场实施攻击，这就给苏联空军大约30分钟的预警时间，这样德国空军将无法实现将苏联飞机消灭在地面上的任务，这对“巴巴罗萨”计划追求的突然性是十分不利的。
两种意见各执一词，最后陆军的观点略占上风。
4时30分，德军北方、中央和南方3个集团军群共152个师又3个旅以装甲摩托化部队为先导，在空降兵部队的配合下，从波罗的海至喀尔巴吁山一线约1500公里宽的正面上，分北、中、南3路向苏联发动全线进攻。
德军北方集团军群在处事谨慎、行动保守的勒布元帅指挥下，以第4装甲集群为中路，第18和第16集团军为左右两翼，由第1航空队支援，自东普鲁士的柯尼斯堡以东地域向陶格夫匹尔斯、普斯科夫、列宁格勒总方向实施进攻，企图消灭波罗的海沿岸地区的苏军集团，占领那里的港口和海军基地，攻取列宁格勒，与芬军会师。
中央集团军担任主攻任务，辖第4、第9集团军和第3、第4装甲集群，第2航空队担任支援任务，由在西线战役中立下赫赫战功的博克元帅指挥，德国装甲兵的缔造者古德里安担任先锋。中央集团军的任务是由东普鲁士的苏瓦乌基地域和波兰的华沙地域向比韦斯托克突出部、明斯克方向实施钳形突击，围歼苏军西方面军主力，尔后向斯摩棱斯克方向发展进攻。
南方集团军群辖第6、第17、第11集团军和第1装甲集群，第4航空队进行空中支援，由龙德斯泰特元帅指挥。其任务是：左路从波兰的卢布林地域向基辅方向和第聂伯河下游实施突击，通过迂回包围阻止苏军退过第聂伯河；右路从罗马尼亚向第聂伯河下游发起进攻。
忙了一夜的斯大林正准备睡一会儿，感觉有人在轻轻地敲门。斯大林心里一阵发紧，现在已经是6月22日凌晨4时，从来还没有人在这个时候把自己叫醒。难道德国真的向苏联进攻了？
斯大林裹紧睡衣走了出来，卫队长有些不安地报告说：
“朱可夫大将有急事向您请示，请您接电话。”
斯大林走到电话机旁，拿起电话。
朱可夫语言急促，简明扼要地向斯大林报告了德国空袭的情况，他说：德国的飞机空袭了基辅、明斯克、塞瓦斯托波尔以及其他一些城市。
斯大林发出了急促的呼吸声。这太违反他的愿望了。斯大林还清楚地记得在两年前希特勒在他60岁生日时发来的贺电，贺电说：
约瑟夫·斯大林先生：
在你60寿辰之际，请接受我最衷心的祝贺，并为此表达我最良好的祝愿。祝你健康长寿，祝友好的苏联各族人民前程似锦。
斯大林默不作声。
朱可夫见斯大林不作声，又急切地说：
“斯大林同志，您明白我的意思了吗？”
斯大林惊了一下，迟疑了一下，然后用嘶哑的嗓音说：
“你让铁木辛哥他们到克里姆林宫来吧，然后告诉波斯克列贝舍夫，让他把政治局的全体委员都召来。”
斯大林放下话筒，目光呆滞，在桌边呆呆地站了一分钟，然后漫不经心地瞟了一眼屋角那架古老的落地钟，时针刚刚越过4点。希特勒怎么敢同时在两线作战？他简直是一个疯子！
应该再与柏林方面联系一下。
这时政治局委员们蹑手蹑脚、小心翼翼地进来了。朱可夫、铁木辛哥跟在后面。此时，斯大林脸色苍白，手里拿着装满烟丝的烟斗，默默地坐在桌旁，他吩咐了一句：
“同德国大使联系一下吧。”
莫洛托夫很自觉地出去了。屋子里一片沉静，只听见人们的呼吸声。在座的除朱可夫、铁木辛哥外，还有安德列耶夫，卡冈洛维奇、米高扬、加里宁、贝利亚、马林科夫等人。
过了不一会儿，莫洛托夫走了进来。斯大林与他的同事们紧张地看着莫洛托夫，希望能从他那里能得到好消息。莫洛托夫回到自己的座位前，用有些沙哑的声音轻声说道：
“舒伦堡通知我们，德国政府为了预先防止俄国人正在准备的进攻，向我们开战了。”
房子里静悄悄的，除了人们的呼吸声外，一点声音也没有，就连一根针掉到地上也能听见。斯大林的目光扫向了莫洛托夫，心想，半年前也是在这间房子，你莫洛托夫曾信誓旦旦地对我报告说：
“希特勒现在要解决与英国的问题，还需要我们的合作，他是不会轻易在两线作战的，应该还有时间巩固西部的国境线。”
斯大林尽管对忠诚的莫洛托夫心怀不满，但是，莫洛托夫最后那句话还是提醒了他。希特勒不敢同时在两线作战。我们有足够的时间来巩固西部的国境线。不过斯大林还是不露声色，他不能在这些人面前表现出惊慌失措。这时铁木辛哥打破沉默，轻声问斯大林：
“斯大林同志，我们是不是立即分析一下当前的局势？”
斯大林从惊慌中惊醒过来，答应说：
“谈谈当前的情况吧。”
第一副总参谋长瓦图京中将走了进来。但是他并没有带来多少新的消息，他说：
“边境的情况尚不十分清楚，就目前掌握的情况看，德国的大部队在猛烈炮火和飞机的掩护下，已经在西部和西北部许多地区越过边界，侵入我国，至于双方的伤亡情况目前尚不清楚。”
朱可夫补充说：“应该集中西部所有的兵力猛烈还击德军的进攻，制止他们的进攻。”
铁木辛哥进一步补充说：“应该以还击敌人的打击，因此不是制止，而是歼灭！”
斯大林说了一句：“就照此下命令吧。”
6月22日7时15分，国防人民委员向各军区发出了第二号命令。命令要求各部队使用一切力量及手段进攻敌军并将其歼灭在边境地区，轰炸航空兵和强击航空兵要以强大打击将敌空军消灭在机场上并轰炸其地面部队的主要集团。航空兵应深入德国领土100至150公里实施打击。很显然，苏军的意图是顶住德军的进攻，并迅速将战火推向德国。
结果，许多师只是在德军轰炸和炮击后才紧急动员起来，一些部队和兵团尚没有到达指定地域，就在途中遭遇了德军的坦克部队，被迫在行进中投入战斗。
第二道命令由于通讯设施遭到德军的破坏，各军区和各集团军没能迅速接到命令，而且接到命令的部队也无法按照命令的要求去执行。苏军在德军的突然袭击下，陷入一片混乱。溃散的苏军与连绵不断的难民群混在一起，局势十分混乱。
斯大林焦虑不安地在办公室里走来走去，他不知道德军统帅部会不惜一切代价，不顾在他们的身后留下多少苏军，径直地向苏联纵深挺进。
战争已经烧向苏联领土，必须将这一意外的消息告诉苏联人民。由谁来把德军进攻苏联的消息告诉人民呢？大家很自然地想到了斯大林，可是斯大林却出人意料地拒绝了。
斯大林为什么会拒绝呢？在苏联历史上曾流传着一种观点，认为斯大林做出这样的决定，是因为他心灰意冷，他不知道对人民说什么好，因为他一直在教育人民说不会发生战争，即使发生战争，敌人也将在他自己的领土上被粉碎等等，而现在，必须承认苏联正在遭受失败。其实，这一说法是没有多少说服力的。因为在决定发表讲话时是在清晨，在那时在莫斯科还没有人知道苏军在初期的战斗中遭受了失败，因此斯大林不愿发表讲话，并不完全是因为这一点，更大的可能性是此时斯大林还不知道边境上的事将如何发展，他不愿意在局势不明时轻易向人民说什么，因为这样有可能动摇他的威信，他不愿为此去冒无谓的风险。