在患病期间，他仍是有信心和幽默的。当时泰特和他在爱丁堡的同事巴尔发·斯图尔特(Balfour Stewart)1875年写了一本书叫《看不见的宇宙》，其内容是科普、神学和哲学思辨的奇怪混合物，它批判了牛顿把宇宙比成钟表的思想。拉普拉斯曾经指出，如果你在某一时间知道了所有粒子的位置与速度，根据牛顿力学你就可以预言未来的一切事件，这样的宇宙里没有自由意志的地盘，也就否认了上帝。泰特和斯图尔特把这种思想运用于以太（看不见的宇宙的组成部分）。
在这里，上帝的思想在回荡，影响了我们居住的这个世界，在以太中，也许能保留我们自己的思想，给我们难以捉摸的死后生活留下地盘。麦克斯韦试图用科学术语来证明它：“任何新的发现，均不能证明没有死后的生活存在，也没有一种语言可以像圣经中的《诗篇》讲得那么好：‘他停止了呼吸，返归了尘土’。”
“任何新的发现，均不能说明没有死后生活的存在。”这句活从哲学的观点看，当然是对的，但是又可以说，“任何新的发现也不能说明有死后生活的存在”。这就是关于死后的生活，关于天堂、地狱、天神、魔鬼等等，不属于科学探讨的范围，我们无法确证它们，也无法否证它们，所以对它们来说，只属于信仰的范围，这是康德的观点。康德首先把科学知识与信仰（宗教）区分开来，他的《纯粹理性批判》专讲科学知识形成的条件，《实践理性批判》专讲道德。康德的这一思想是人类进入现代认识的最触目的里程碑。
“人们往往认为人格好像是在记忆中存在的，是意识连续性的别名，但是这样研究人格（好像它是某种客观的东西）是不可能对的。我意识到我独立于我的记忆，我的信仰，多年来一直如此，但是只要我想进入人格的深处，我就越超了科学的限度，一切科学，人类语言的每种形式，都是关于能使说者与听者认识的客观对象。不论什么时间我们谈到主体，我们就是在研究一个在虚假名字之后的客体，关于主体的头一个命题是‘我是’，在同一意义上不能用于两个人，因而永远也不可能成为科学研究的对象。”不但信仰的对象不属于科学研究的范围，而且人的精神、意识、人格、情感等等也不能用一般的科学方法对它们进行研究，它似乎是不可量化的东西，不能使说者和听者都一致认可（比如“桌子上有瓶花”）的东西。它们不能被编码。从康德的观点看，它们不属于科学研究的范围，不是科学知识。麦克斯韦看到了这一点，特别看到了“人都是个别的”（关于主体的头一个命题是“我是”），这就是特殊性问题。但人与人之间为什么又能交流呢？这是借助语言之功，但语言和词是一般的东西，我们只能以己度人。至于人家到底是怎么感觉的，我是无从知道的。比如，我说“我现在感到头疼”，别人就知道我处于什么状态。但我的疼是怎样的，别人是不知道的。因为他只能根据自己疼的经验来推测“我疼”的状态。麦克斯韦清楚地认识到了这一点。
“就我们能跟上科学的进步而言，它不可能为认识人的死亡增加什么新的东西，但科学的进步却深化了‘我们面前可见的可毁灭部分，以及我们自己人格’之间的区别，关于其本性，其命运，远远超出了科学的范围。”
在1879年8月28日写给亥德斯通(Headstone)的信中，他说：
“在我沉思享受和劳作时，它们是永恒的、虚无缥缈的存在的部分——我在希望它们时，我开始痛苦地意识到感觉在本质上有限的多样化（变化），它是有限的神经结合起来产生的结果，不论这种神经有没有原生质的还是别的什么结构，一切变化都在经验中进行。那么，通过看似矛盾的存在的永恒性，不能容许的重复也会有相同的和谐一致吗？相同的考虑使J·S·穆勒(J.s.Mill)走到了绝望的边缘，直到他在华兹华斯的诗中找到了医治这种痛苦的药方。”
在这里，麦克斯韦试图解释人的感觉，于是他进入了纯哲学的范围。在休谟看来，“人只不过是一束感觉而已”，我们人的知识、信仰都建立在感觉之上，但感觉有时会欺骗我们。如何辨别什么是正确的感觉、什么是错误的感觉呢，只能还是通过感觉。
这里就出了问题（循环论证），所以，从逻辑上看，我们无法击败怀疑论，最后也只得靠信仰来解决问题。麦克斯韦讲这些话的意思可能是要人们认识到科学的局限性，不要把科学看成是万能的。
麦克斯韦死于1879年11月5日，腹癌。他忍受着极大的痛苦，但他依然表现出很快乐、很沉静。
霍特(Hon)教授是最了解麦克斯韦的人。他说：“麦克斯韦性格中最显著的特点是精神的独立性，他简朴、谦虚、喜欢讲似非而是的隽语，总是用自己的眼睛看事物。”“用自己的眼睛看事物”这句对麦克斯韦的评语告诉我们，麦克斯韦从不从众，从不随大流，他总是独立思考，在事实与逻辑的基础上建立自己的观念。但他又意识到自己与自然、与他人的密不可分的联系，他是大全中的一分子，他对大全有不可推卸的义务，大全也借助他短短的光辉一生，告诉了人类自己的秘密。
他的同学坎贝尔说：
“他人格的主要方面是伟大的简朴性，为了要认识他，我们会发现一种综合的素质，它们独立地存在。超凡的谦逊，惊人的深邃，神奇的创造性，这是他的特色。他对大自然的实在秩序抱有敬意。他信仰进步，喜欢思辨，但对实际事物的态度又十分保守。他的想像力有最高意义上的具体，一下子就能抓住实质，不光是事物之间的关系，没有人能够像他这样对抽象如此耐心，他善于归结出自然的规律，他似乎生活在一种与无限交往的神秘状态中。”
坎贝尔的评语精辟独到，用简明的语言描绘了一个头脑在天上，身体在地上劳作且有伟大贡献的人，一个顶天立地的人。
所谓立地是指他平易稳健的人格，相信事实、实验，不作空洞的臆想；所谓“顶天”是指他头脑里考虑的大多是天上的事情：自然的秩序，宇宙的构造，天地万物之理。把这二者结合起来，就是伟大的麦克斯韦。像一切杰出的天才一样，在他的身上充满了令人不解的矛盾：他信仰进步，但对现实事物的秩序又十分保守。也许，正是这种矛盾，才使他成为麦克斯韦——以一个凡人的身份与大全进行交往的人。
麦克斯韦在卡文迪什实验室的历史功绩是主持设计、兴建了这个实验室，为实验的筹划、设备的配置、招生和教学研究花费了大量心血，制定了这个实验室的宗旨，开始了系统的教学和实验。
作为一位伟大的理论物理学家，麦克斯韦对物理学的本质实验有深刻的认识。他在实验室工作了8年。他以《圣经》诗篇中的一句话作为实验室的宗旨：“主的创造是伟大的，只有那些对主的创造有兴趣的人，对它不断探索的人，才能认识它的伟大。”这句诗刻在室门口的橡木大门上。在1974年建成的卡文迪什实验室新址大门上，把这句话的拉丁文译成了英语。卡文迪什实验室之所以成为世界上最有名、成就最卓著的实验室，培养出那么多人才与大师，与这句话的实践有密切关系。