在林肯被刺以后的一周里，整个北部充满了悲愤情绪。人们不仅要求要将杀人凶手绳之以法，而且还指控南部同盟的领导人对林肯的遇难负有责任，对在内战中丧生的3万6千多名联邦将士负有责任。但是这种复仇的呼声又与林肯生前所提倡的宽容精神有些矛盾。林肯具有伟大的博爱胸怀，他的至理名言是：“对任何人都不要怀有恶意，用基督的宽容精神对待一切人。”另一方面，林肯在大是大非的问题上又能坚持正义，旗帜鲜明地反对奴隶制度。用他的话来说，“坚持正义，因为上帝使我们懂得了正义。让我们为医治好国家的创伤，并为取得正义和持久的和平而奋斗。”林肯作为一个政治家的伟大之处，就在于他具有坚忍不拔的处理非常事务的能力，他能够审时度势，根据形势的变化及时调整政策，在人们多次发生猜疑、分裂或失去信心的时刻，都能设法使他们保持斗志，并引导他们走向胜利。
林肯本来有一个幸福美满的家庭，他有两个活泼可爱的儿子。一个是11岁的威利，一个是8岁的特德。在1862年初，两个孩子都生病了，大概是患了伤寒。特德后来痊愈了，而威利却于2月20日病死了。
林肯夫妇为此悲痛欲绝。但很快林肯便从丧子之痛中振作起来，勇敢、坚强地面对美国内战的惊涛骇浪，而他的妻子玛丽却一蹶不振，精神彻底崩溃了。在林肯任总统的4年零6个月的时间里，他在白宫中经历的痛苦，正是那个时期美国所经历的苦难历程的一个缩影。没有哪一个总统在任职期间承受了那么大的个人不幸，也没有哪位总统曾经面临过那么大的民族危机。正因为如此，在美国历史上，林肯是与开国元勋乔治·华盛顿齐名的伟人。
关于刺杀林肯的凶手约翰·布思的情况，这里再补叙几笔。
约翰·布思在开枪以后，高喊着“暴君彻底完蛋了！南部复仇了！”
跳到下面的舞台上，他在那儿跌断了左腿，当着满场目瞪口呆的演员的面一瘸一拐地溜出了后门，跳上一匹事先准备好的马逃跑了。他是一位平庸的演员，却又狂热地支持南部分离主义者。几个月以来布思就一直图谋暗杀林肯总统、约翰逊副总统和西沃德国务卿。派去刺杀约翰逊的同伙由于惊慌害怕，而未能得逞。西沃德被刺成重伤，但保住了生命。
4月26日，联邦军队终于在弗吉尼亚博林格林附近一个农场的烟草仓库里发现了布思。在仓库着火后，他仍负隅顽抗，结果被士兵击毙。军事法庭判定其他8名同伙共谋策划了这次暗杀，其中4名被判处绞刑，另4名被判监禁。
但是对于究竟谁是这次暗杀行动的幕后策划者，至今还仍然是一个历史之谜。许多北部人认为杰斐逊·戴维斯与布思同谋策划了这次暗杀；另一些人则认为安德鲁·约翰逊由于某种原因介入了此事；还有一些同时代的人或稍后的作家试图将布思和南部同盟的特务活动联系起来。而有些当代人推测，是陆军部长斯坦顿为了共和党激进派的利益策划了这次暗杀，他们因为林肯的软弱的重建政策而要除掉他。还有人提出怀疑，认为在弗吉尼亚被击毙的不是布思，而是一位和布思长得十分相像的人作了他的替罪羊。种种说法，不一而足。
险被弹劾下台的约翰逊
在林肯被暗杀的当天晚上，阴谋家们还计划杀害副总统安德鲁·约翰逊，但杀手在最后一分钟失去了勇气。约翰逊被从睡梦中唤醒，并被告知总统遭到枪击，他立即来到奄奄一息的总统卧榻旁边，痛苦地守护了一夜，眼睁睁地看着死神无情地降临到林肯的头上。
1865年4月15日早晨，在首席法官萨蒙·蔡斯的主持下宣誓就任总统。内阁成员在他旅馆的大厅里集合，约翰逊忐忑不安地对他们说：“得知刚刚发生的这一悲惨事件，我伤心之至；而且，对于突然降临在我的大任，我也很有力不从心之感。……我一生致力于建立和巩固自由政府所必须遵循的原则。我相信，经过当前的危机之后，我们的政府将根据比过去更加巩固、更加持久的民主权利的原则创造出安定的局面。
……我一直为提高和改善美国广大人民的生活条件而不断努力。我的宗旨就是勤奋工作和捍卫自由政府的伟大纲领。操劳的职责属于我，而功绩则应归于上帝，这就是我的政治信仰的基础。我相信这样的自由政府最终会胜利，而它的伟大原则将会牢固地确定下来，永不动摇。”
约翰逊于1808年12月29日出生在北卡罗来纳州的一个穷苦家庭，他3岁丧父，从未上过一天学。14岁那年他当了裁缝学徒。几年后他们一家迁到田纳西州的格林维尔。在那儿，约翰逊很快成为远近闻名的裁缝。他通过顽强的自学获得广博的知识，并成为一名出色的演说家。他在30年代开始投身政治活动，先后任田纳西州议会议员、州长和国会参议员。作为民主党人，约翰逊是唯一谴责脱离联邦的行为并支持联邦的参议员。在田纳西州脱离联邦之后，他与自己家乡的这个州决裂。他积极支持林肯总统在南北战争期间所采取的经济、政治和军事改革措施。约翰逊在他出生的南部被视为叛徒，他的模拟像在田纳西州被处以“绞刑”，他和家人的生命曾多次受到威胁。但在北部，他却成了深受欢迎的英雄。1864年6月，在共和党全国代表大会上，林肯总统说服代表们让约翰逊取代副总统汉尼巴尔·哈姆林，以便用一个赞成联邦的南方民主党人来维护平衡。不料，林肯总统突遭刺杀身亡，这就一下子把约翰逊推到美国政治的前台位置。
约翰逊在就职演说里的语气是非常谦虚的，但实际上，他是个无所畏惧的人。他可以为了坚定的信念而不顾一切地去斗争。“在一个需要讲究策略和灵活性的时代，他却十分固执而不灵活；约翰逊是无可通融的。”正因如此，他不久即卷入到美国历史上空前未有的、残酷的政治斗争的旋涡之中，也就是关于“南部重建”问题的斗争中。
约翰逊和林肯一样，主张“宽厚”和“缓和”的南部重建政策。他认为，反叛的诸州从未脱离联邦，因为宪法规定，联邦是不能分离的。“重建”就是把各州政府交给白种人去管理，只剥夺少数几个前南部同盟的首要分子的公民权。可是，国会中共和党的许多领袖却主张采取“激进的”和“严厉的”的重建政策：要求授予黑人公民权，将大部分参与叛乱的人逐出政府；对南部诸州进行军事管制，进而建立民主政权。这种重建政策对共和党是有利的，可以使它借机巩固全国性的领导地位。
最初，共和党激进派和约翰逊总统基本上相安无事。约翰逊曾说过：“叛国有罪，应受惩罚，必须使叛国行为声名狼藉，必须使叛国者遭受贫困。”共和党参议员本杰明·韦德听后高兴地说：“约翰逊，我们信任你。感谢上帝！今后进行政府工作不会有什么问题了！”但是，很快便出现了一桩桩麻烦，使得双方的短暂合作迅速走向破裂。
1865年5月29日，约翰逊公开发表《大赦宣言》，明确地表示要执行林肯的原定计划，缓和同南部的关系。宣布除了南部同盟高级官员、高级将领和豪富的南部贵族外，一切参加叛乱者概予赦免，并恢复其除奴隶之外的一切财产权。《大赦宣言》与林肯的重建计划有一致性。不同之处在于，它不赦免拥有纳税财产2万美元以上的叛乱者；同时它又赋予总统以****权，对于不在大赦之列者，提出特别申请后，总统有权予以****。这说明约翰逊的重建政策比林肯的更为宽大。事实上，约翰逊赦免了绝大部分叛乱者。
为了避免国会干预，约翰逊利用国会休会之机加紧推行其重建政策。到6月中旬他发表了一系列重建宣言，使得南部各州有可能着手建立起管理民政的政府机构。当国会于1865年12月召开时，南部各州在根本不让黑人参与的情况下，已经选出了州长、州议会和国会议员。虽然他们对废除奴隶制的第十三条宪法修正案（1864年制订）表示同意，但又大都附有保留条款。特别是，各州制订了限制黑人自由和民主权利的《黑人法典》。
可是，以撒迪厄斯·史蒂文斯众议员和查尔斯·萨姆纳参议员为代表的共和党激进派决心惩罚南部，防止内战前支配国家事务的南部民主党的权力基础复活。他们于1865年12月组成了“国会联合重建委员会”，强调国会对重建工作的领导权。翌年4月，国会通过了《公民权利法案》，以保护被解放了的黑人，并通过《宪法第十四条修正案》使这种保护写进了宪法。约翰逊为了不使重建运动打上共和党激进派的印记，行使了29次否决权，其中有15次被国会推翻。
在1866年底国会中期选举之后，共和党激进派增加了国会中的名额，占了更大多数的席位。到1867年春，激进派使一系列强硬的“重建”提案成为法律。其内容包括：（1）《被解放黑奴事务管理局法》（1866年），在1872年该局撤销以前，它旨在为南部黑人提供教育、医疗服务、土地和工作；（2）《哥伦比亚特区选举法》（1867年），给该区居民以公民选举权；（3）4项《重建法案》（1867年3月到1868年3月），将南部分为5个军区，由军区司令执掌行政与司法权，并组织文职政府，准备重新加入联邦；剥夺一切叛乱分子的选举权和参政权；由不受种族、肤色和过去社会地位限制的选民选举产生制宪会议，以合众国宪法为依据制定或修改州宪法；各州依据新的州宪法产生议会和州政府，在州议会批准第十四条修正案、州宪法获得国会承认后，方可派代表出席国会参众两院。在此之前，由联邦军队维持和平。
约翰逊总统对激进派通过的重建纲领和补充法案极为不满。他警告说，国会这样做的结果，“势必会引起两个种族之间的对抗和仇恨”。
他认为这种法案“只是为了达到政治目的，而不考虑它是既侵犯了权利，又触犯了法律，还危害了国家制度。”
共和党激进派对约翰进行反击，他们在1867的春天推翻了总统的否决而通过了《官职任期法案》，禁止总统未经参议院同意就罢免政府的文职官员（包括内阁成员）。而在约翰逊看来，这个法案是违反宪法的。于是在这年8月，总统罢免了属于激进派的陆军部长爱德温·斯坦顿的职务，斯坦顿则在萨姆纳等人支持下拒绝离职。1868年2月，众议院以126票对47票通过决议，以蓄意违反《官职任期法》发动了对约翰逊的弹劾。3月5日，在最高法院首席法官蔡斯主持下，参议院开始审理弹劾案，历时两个多月。5月16日和26日，参议院就弹劾案进行两次表决，结果票数均为35票对19票，比定罪和罢免弹劾总统职务所需的2／3票只差一票。约翰逊被宣告无罪，应感谢埃德蒙·罗斯等7名共和党参议员，他们脱离了自己政党的队伍，与民主党人一起，努力为他开脱。
弹劾案结束后，总统与国会之间的僵局仍没有被打破。约翰逊原来在1864年大选中是由共和党（当时又称“全国联邦党”）提名而当选为副总统的。他本来希望在1868年民主党会提名他为总统候选人，但结果却大失所望。约翰逊对重建中出现的腐败贪污现象深恶痛绝，认为“绝大部分（即使不是全部）国内纠纷都是由于违反宪法制订过多的法案引起的。……这些法案确实证明都是失败的，并带来了有害的结果。”
也许使约翰逊政府最感骄傲的成就是1867年从沙皇俄国手中购买了阿拉斯加这块辽阔的靠北极的土地。经办此事的是国务卿西沃德，当时反对者们把阿拉斯加购买称为“西沃德的愚蠢之举”或“西沃德买回的大冰箱”，但事实终于证明，这块土地的实际价值已远远超过了它720万美元的买价。