福建台湾巡抚一员 光绪十一年奏改福建巡抚为台湾巡抚，暂驻台北。十三年，照甘肃、新疆例，改为福建台湾巡抚。
台湾布政使司一员 光绪十三年设，综核全台钱粮饷项，考核大计。并设布库大使一员，兼理经历事。
台湾按察使司一员 乾隆五十三年奉旨：『嗣后补放台湾道员者，俱加按察使衔，俾得奏事』。光绪十三年，部议『台湾道向兼按察使衔，毋庸特设』。一切刑名，由道管理，即设司狱一员。
提督学政一员 旧例以按察使副使或按察司佥事为提学道，每省一员。雍正四年，改为提督学政。台湾向以兵备道兼理。雍正五年，改归汉御史。乾隆十七年，复归道。光绪元年，奏由巡抚主政。四年，归道。十三年，仍归巡抚。
巡视台湾监察御史满、汉各一员 康熙六十年设，驻府治。乾隆十七年，定例自后三年巡视一次，不必留驻。三十年，奉旨：『嗣后随时派往』。五十二年，罢，命闽浙总督、福建巡抚、水陆提督每年轮值一人前往巡视。
督办台湾抚垦大臣一员 光绪十二年设，巡抚兼理。
帮办台湾抚垦大臣一员 光绪十二年设，驻台北大嵙崁。
分巡台湾兵备道一员 康熙二十三年设，为台厦兵备道，驻府治。六十年，去兵备。雍正六年，改为分巡台湾道。乾隆五十一年，加兵备衔。五十二年，加按察使衔。
台南知府一员 康熙二十三年设，为台湾府，总汇各县刑名、钱谷，支放兵饷。光绪十三年，改今名，移台湾府于台中。
台北知府一员 光绪元年设。
台湾知府一员 光绪十三年设。
台东直隶州知州一员 光绪十三年设，驻卑南。
台湾海防同知一员 康熙二十三年设，驻府治。乾隆三十一年，改为南路理番同知，兼海防。光绪元年，移驻卑南，本缺裁。
南路理番同知一员 光绪元年设，驻卑南。十三年，升为州，本缺裁。
北路抚民理番同知一员 乾隆三十二年设，驻彰化县治，办理淡防、彰化、诸罗民番交涉事务。四十九年，鹿港开港，兼理海防。五十年，兼理捕务。五十三年，移驻鹿港。光绪元年，改为中路抚民理番同知，本缺裁。
中路抚民理番同知一员 光绪元年设，驻埔里社。十年，奏仍驻鹿港。十三年，裁。
淡水捕务同知一员 雍正元年设，驻彰化。七年，改为抚民同知，移竹堑。光绪元年设县，本缺裁。
澎湖海防同知一员 雍正五年，设海防通判，驻妈宫城。光绪十一年，升为同知。
基隆抚民理番同知一员 光绪元年，设海防通判。十三年，升为同知。
南雅抚民理番通判一员 光绪二十年设，驻大嵙崁。
噶玛兰抚民理番通判一员 嘉庆十五年设，驻五围。光绪元年，改县，本缺裁。
卑南州同一员 光绪十三年设，隶台东州。
花莲港州判一员 光绪十三年设，隶台东州。
安平知县一员 康熙二十三年设，原为台湾县，附郭。光绪十三年，改今名，移台湾县于台中。
凤山知县一员 康熙二十三年设，驻旧城，后移今治。
嘉义知县一员 康熙二十三年设，驻佳里兴，为诸罗县，嗣移今治。乾隆五十三年，奉旨改今名。
恒春知县一员 光绪元年设，驻琅。
淡水知县一员 光绪元年设，附郭。
新竹知县一员 光绪元年设。
宜兰知县一员 光绪元年设。
台湾知县一员 光绪十三年设，附郭。
彰化知县一员 雍正元年设，驻半线。
云林知县一员 光绪十三年设。
苗栗知县一员 光绪十三年设。
台湾县丞一员 康熙二十三年设，驻城。雍正九年，移驻罗汉门。乾隆五十四年，改巡检，本缺裁。
凤山县丞一员 雍正九年设，驻万丹。乾隆二十六年，移驻阿里港。
诸罗县丞一员 雍正九年设，驻笨港。
彰化县丞一员 乾隆二十三年设，驻南投。光绪元年，奏移鹿港。十年，仍驻南投。十八年，复移鹿港，本缺裁。
下淡水县丞一员 光绪元年设，驻阿猴林。
头园县丞一员 嘉义十七年设，隶噶玛兰厅。
新庄县丞一员 乾隆三十二年，设巡检，隶淡防厅。五十三年，改县丞。嘉庆十四年，移驻艋舺。
艋舺县丞一员 嘉庆十四年设，光绪元年裁。
新港巡检一员 康熙二十三年设，隶台湾。乾隆二十六年，移驻斗六门，本缺裁。
佳里兴巡检一员 乾隆二十六年设，隶诸罗。五十二年，移驻大武垄，本缺裁。
大武垄巡检一员 乾隆五十二年设。
斗六门巡检一员 乾隆二十六年设，隶诸罗。光绪十四年，裁。
鹿仔港巡检一员 雍正十年设，隶彰化。嘉庆十四年，裁。
大甲巡检一员 嘉庆十四年设，隶淡防，后隶苗栗。
猫雾捒巡检一员 雍正十年设，驻犁头店，隶彰化。光绪十三年，裁。
下淡水巡检一员 康熙二十三年设，隶凤山。五十一年，移驻赤山。雍正九年，移大昆麓。
乾隆五十三年，移兴隆里。
竹堑巡检一员 雍正十年设，隶淡防厅，兼司狱事。
八里坌巡检一员 雍正十年设，隶淡防厅。乾隆三十二年，移驻新庄。
罗汉门巡检一员 乾隆五十四年设，隶台湾。嘉庆十六年，移驻蕃薯寮。光绪元年，奏移澎湖八罩屿，本缺裁。
枋寮巡检一员 光绪元年设，隶恒春。
八罩巡检一员 光绪十年设。
葫芦墩巡检一员 光绪十三年设，隶台湾。
台南府经历一员 康熙二十三年设，兼司捕务。
台北府经历一员 光绪元年设。
台湾府经历一员 光绪十三年设。
各县典史一员 随县设，司捕狱事务。
台南府学教授一员 康熙二十三年设。雍正十一年，添设训导一员。
台北府学教授一员 光绪元年设。
台湾府学教授一员 光绪十三年设。
各县学教谕一员 随县设。