海东书院：在台南府治府学之西。康熙五十九年，巡道梁文煊请建，后为校士院。乾隆四年，巡台御史单德谟奏请别建校士院。翌年，巡台御史杨二酉奏请照福建省直辖之例，以府学教授为师，考取诸生而教之，给以膏火。于是拔贡生施世榜首捐谷千石，以为修缮之资，又捐水田百甲以充经费。遂延教授薛仲黄为师。六年，巡道刘良璧手订书院学规，二酉立碑记之，今在院中。十五年，知府方邦基、知县鲁鼎梅改建县署于赤崁楼之右，移书院于旧署。十七年，诏以巡道兼提督学政，岁科校士，遂在道署，而校士院乃旷。廿七年，巡道觉罗四明又就旧院修理为用，立碑记之。三十年，知府蒋允焄护道事，择地于府学西崎之下，别建今院，广三十丈，袤八十丈，东向，讲堂斋舍悉备。其后迭修。
崇文书院：原在台南府治东安坊，为府义学。康熙四十三年，知府卫台揆建。乾隆十年，巡道摄府事庄年重修。十五年，台湾县知县鲁鼎梅移海东书院于旧县署，而以旧海东书院为崇文书院。二十四年，知府觉罗四明乃就府署之东，新筑讲堂斋舍，立碑记之，现在院中。
南湖书院：在台南府治法华寺旁。乾隆二十九年，台湾府知府蒋允焄建，以为诸生肄业之地。今废。允焄碑所撰文，载于台湾县志。
正音书院：在台湾县署之左。雍正七年，奉文设立。凤山、诸罗两县，亦设。今俱废。
引心书院：原在县治檨仔林街。嘉庆十五年，邑绅黄拔萃就白莲教斋堂抄用，称为引心文社，独任膏火。十八年，知县黎溶与拔萃议改为台湾县书院，各捐款置产。嗣移于柱仔行街。知县姚莹又捐款生息。光绪十二年，改为蓬壶书院。
蓬壶书院：在县治赤崁楼之右。光绪十二年，台湾县知县沈受谦建。
奎楼书院：在台南府治道署之旁。雍正四年建，为诸生集议之所。
凤仪书院：在凤山县署之东，嘉庆十九年，知县吴性诚建。
屏东书院：在凤山阿猴街。嘉庆二十年，凤山知县吴性诚、下淡水县丞刘荫棠建。
玉峰书院：在嘉义县治西门内，为旧时县学之址。乾隆二十四年，诸罗知县李倓改建。
宏文书院：在台湾府治，光绪十五年建。
白沙书院：在彰化文庙之左。乾隆十年，淡水同知摄彰化县曾曰瑛建。二十四年，知县张世珍重修。五十一年之役被毁，知县宋学颢乃改建于文祠之西。嘉庆二十一年，署知县吴性诚重修，规模较大。先是嘉庆十六年，知县杨桂森议以南门外旧仓改建主静书院，延师主讲，以为贫士肄业之地，劝捐千余圆，置田生息，后不果建，遂以此租拨归白沙书院。
文开书院：在彰化县辖鹿港之新兴街。道光四年，鹿港海防同知邓传安倡建，中祀朱子，旁以沈光文、徐孚远、卢若腾、王忠孝、沈佺期、辜朝荐、郭贞一、蓝鼎元配，皆台之寓贤也。光文字文开，故以其表德名书院。传安自撰之记，载于彰化县志。
龙门书院：在云林县治，乾隆十八年建。
蓝田书院：在云林县辖南投街。道光十一年，南投县丞朱懋延请南北投、水沙连两堡士庶议建书院，乃以生员曾作云、管俊升等董其事，十三年成。内祀朱子为讲堂，旁为斋舍，费款四千一百余圆。众又捐款置田，延聘山长，以为膏火诸费。贡生曾作霖立碑记之，现在院中。同治三年五月，绅士吴联辉重建，兵备道丁曰健题曰「奏凯崇文」，以戴潮春之役方平也。光绪十年，联辉之子朝阳又修之。
英才书院：在苗栗县治，光绪十三年建。
登瀛书院：在台北府治，光绪六年，台北府知府陈星聚建。
明道书院：在台北府治，光绪十九年，台湾布政使司沈应奎建。
学海书院：在台北府治艋舺下崁庄，原名文甲书院。道光十七年，淡水同知娄云议建，未行；二十三年，同知曹谨续成之。二十七年，总督刘韵珂巡台至艋舺，易以今名。同知曹士桂自为山长，诸生肄业者数十人，文风丕振。同治三年十月，重修。
明志书院：在新竹县治西门内。先是乾隆二十八年，永定贡生胡焯猷以其兴直堡新庄山脚之旧宅，自设义学，颜曰「明志」，并捐学租以为经费。淡水同知胡邦翰嘉之，禀请大吏，改为书院。翌年，总督杨廷璋立碑记之。三十年，同知李俊原以书院距治太远，课士不便，议移南门内。四十二年，同知王右弼乃以校士经费存款，以事改建。四十六年，同知成履泰又以南门地势低洼，移于西门之内。道光九年，同知李慎彝修之。
仰山书院：在宜兰县治文昌宫之左。初，杨廷理入兰筹办时，以宋杨龟山为闽学之宗，而兰之海中亦有龟山屿，故名仰山，志景行也。嘉庆十五年始建一椽。至二十四年，噶玛兰通判高大镛乃延师开课，而屋渐圮。道光元年，署通判姚莹改筑于后殿左厢，亦祗一厅一室。未几复圮。十年闰四月，署通判萨廉乃就旧址新筑三楹，为课士之地。自道光初年，以清丈余款充为租息，岁入约千圆，以供诸费。
崇基书院：在基隆厅治，光绪十九年建。
文石书院：在澎湖厅辖文澳之西。乾隆三十一年，通判胡建伟循贡生许应元等之请，捐款新建。中为讲堂，祀宋代周、程、朱、张五子，旁为斋舍各十间，以澎产文石，故以名之。其后迭修。道光七年，通判蒋镛与副将孙得发、游击江鹤等捐俸倡修，自为主讲，以束修充工资。九年春，改建魁星楼于巽方，以取文明之象，并请筹款生息。光绪元年，董事蔡玉成邀集士商重议修建，计捐二千余两。二年冬落成。规制宏敞。然以经费支绌，玉成又亲赴道署禀请筹拨，巡道刘璈许之，而宾兴膏火之费始裕。