台湾镇标中营：康熙二十三年，驻府治。
镇守台湾总兵官一员：康熙二十三年设，雍正十一年议照山陕沿边之例为挂印总兵，给方印。
游击一员
守备一员
千总二员（同治八年裁一员）
把总四员（裁一名）
外委五名（裁一名）
额外三名（裁一名）
马兵二十四名（裁十二名）
战兵三百八十二名（裁一百三十五名）
守兵四百三十名（裁一百三十五名）
计兵四百六十名。除抽裁革故停募未补者四十四名，又抽配左翼练兵一百三十九名，实存在营一百八十三名。
镇标左营：康熙二十三年设，驻防府治北路。光绪五年，改为恒春营。
镇标右营：康熙二十三年设，驻防府治南路。同治八年，改为道标营。
台湾城守营：雍正十一年设，分为左右两军。
参将一员
左军守备一员
千总一员
把总二员
外委四名（同治八年裁一名）
额外一名
马兵七名
战兵二百零五名（裁七十五名）
守兵二百八十三名（裁一百名）
右军守备一员
千总一员（同治八年裁）
把总二员
外委六名（裁二名）
额外一名（裁）
马兵七名（裁）
战兵二百五十名（裁九十六名）
守兵三百四十五名（裁一百二十名）
左右计兵三百九十二名。除抽裁革故停募未补者二百四十四名，又抽配左翼练兵二百三十三名，分派八城及炮兵一百六十七名，实存在营汛防者一百十五名。
恒春营：光绪五年设，驻防恒春。
游击一员
守备一员
千总二员（同治八年裁一员）
把总二员
外委四名（裁一名）
额外三名（裁一名）
马兵十四名（裁十一名）
战兵三百三十二名（裁一百五十五名）
守兵四百名（裁一百四十五名）
计兵四百三十五名。除抽练兵一百八十六名，又派各汛一百八十五名，实存在营六十四名。
道标营：康熙二十三年设。拨镇标右营守备一员、左营千总一员、左右营把总各一员，三营兵各一百名。六十年裁归。同治八年再设，升游击为都司，驻防府治。
都司一员（同治八年设）
游击二员（同治八年裁）
守备一员（裁）
千总二员（裁一员）
外委五名（裁二名）
额外二名
马兵十四名（裁十一名）
战兵二百七十九名（裁九十三名）
守兵三百五十三名（裁八十一名）
计兵四百六十一名。除挑裁革故停募未补者一百三十名，实在存营三百三十一名。
南路营：康熙二十二年设，驻防凤山。
参将一员
守备一员
千总三员（同治八年裁二员）
把总三员（裁一员）
外委六名（裁三名）
额外四名（裁一名）
马兵十名（裁）
战兵四百二十九名（裁二百五十三名）
守兵五百八十名（裁三百三十六名）
计兵四百二十名。除挑裁革故停募未补者二百五十三名，实在存营及汛防者一百六十七名。
下淡水营：雍正十一年设，驻防下淡水。
都司一员
千总一员
把总三员（同治八年裁一员）
外委三名
额外二名（裁一名）
马兵六名（裁）
战兵三百四十八名（裁二百十四名）
守兵二百三十五名（裁三十九名）
计兵三百三十名。除挑裁革故未补者二百零三名，实在存营及汛防者一百二十七名。
北路协中营：康熙二十三年设参将，驻诸罗县治。雍正十一年，移彰化，设副将，增为中、左、右三营。
副将一员：雍正十一年设。光绪十四年，移驻埔里社。
都司一员
千总二员（同治八年裁一员）
把总四员（裁一员）
外委九名（裁三名）
额外五名（裁三名）
马兵十四名（裁）
战兵五百四十七名（裁二百三十九名）
守兵六百六十三名（裁二百十七名）
计兵七百五十四名。除挑裁革故未补者四百六十八名，又调防埔里社一百七十二名，实在存营及汛防者一百十四名。
北路协左营：雍正十一年设，驻防诸罗，后称嘉义营。
参将一员
部司一员
守备一员
千总三员（同治八年裁二员）
把总四员
外委十名（裁五名）
额外四名（裁一名）
马兵十四名（裁）
战兵五百十二名（裁一百九十七名）
守兵六百十二名（裁二百三十四名）
计兵六百九十四名。除挑裁革故未补者三百八十八名，又抽练兵七十二名，实在存营及汛防者二百三十四名。
北路协右营：雍正十一年设，驻防竹堑，后称竹堑营。
游击一员
守备一员
千总三员（同治八年裁二员）
把总六员（裁四员）
外委九名（裁三名）
额外三名（裁一名）
马兵十五名（裁）
战兵四百七十九名（裁二百六十名）
守兵五百二十二名（裁二百零六名）
计兵五百三十五名。除挑裁革故未补者三百二十八名，实在存营及汛防者二百零七名。
艋舺营：康熙四十九年设淡水营，驻守备，隶北路营。雍正十一年，改驻都司。嘉庆十三年，改都司为水师游击，兼管陆路，移驻艋舺。道光四年，改参将，而沪尾水师营仍隶之。
参将一员
守备一员
千总一员
把总二员
外委五名（同治八裁二名）
额外二名
马兵八名（裁七名）
战兵二百六十五名（裁九十名）
守兵四百二十七名（裁一百七十一名）
计兵四百三十二名。除挑裁革故未补者二百二十五名，实在存营及汛防者二百零四名。
沪尾水师营：归艋舺参将管辖。
守备一员
千总一员（同治八年裁）
把总二员（裁一员）
外委四名（裁二名）
额外二名（裁一名）
战兵一百十五名（裁三十二名）
守兵二百三十七名（裁六十名）
计兵二百六十名。
噶玛兰营：嘉庆十八年设守备，驻五围，隶艋舺营游击。道光五年，改设都司，而移守备于头围。
都司一员
守备一员（同治八年裁）
千总二员（裁一员）
把总二员（添设一员）
外委四名（裁二名）
额外三名（裁二名）
战兵四百五十五名（裁三百零三名）
守兵二百四十名（裁十二名）
计兵三百八十名。除挑裁革故未补者一百七十名，实在存营及汛防者二百十名。
安平水师协标中营：康熙二十三年设副将，驻防安平等处，领中、左、右三营。光绪十四年，改中营为台东陆路中营。
安平水师协标左营
游击一员
守备一员
千总二员（同治八年裁一员）
把总四员（裁三员）
外委六名（裁五名）
额外二名（裁一名）
战兵三百二十六名
守兵三百八十二名
计兵三百三十名。除挑裁革故未补者一百六十三名，又原配乌龙江水兵一名，实在存营及汛防者一百六十六名。
安平水师协标右营：光绪十四年，改为台东陆路右营。
台东陆路中营：原系安平水师中营，光绪十四年改设。
副将一员
都司一员（同治八年设）
游击一员（同治八年裁）
守备一员（裁）
千总二员（裁一员）
把总四员（裁三员）
外委五名（裁三名）
额外三名（裁二名）
战兵三百五十一名（裁二百零七名）
守兵四百零七名（裁一百九十一名）
计兵三百六十名。除挑裁革故未补者一百九十五名，又抽配练兵六十八名，原配乌龙江水兵一名，实在存营及抽防者九十六名。
台东陆路右营：原系安平水师右营，光绪十四年改设。
都司一员（同治八年设）
游击一员（同治八年裁）
守备一员（裁）
千总二员（裁一员）
把总三员（裁一员）
外委五名（裁三名）
额外三名（裁二名）
战兵三百五十一名（裁二百十九名）
守兵四百零七名（裁二百零九名）
计兵三百三十名。除挑裁革故未补者一百八十三名，又抽配练兵六十名，原配乌龙江水兵一名，实在存营及汛防者八十六名。
澎湖水师镇标营：康熙二十三年设副将，统辖两营游、守各一员、千总各两员、把总各四员、外委各七名、额外各三名，每营战守兵各一千名。乾隆四十七年，裁汰一百四十二名。道光六年，各裁外委一名。至同治八年裁兵加饷之后，两营改设都司一、千总一、左营把总四、右营把总二、外委各二、额外各一，兵则左营四百零二名、右营三百六十名。战兵每名月饷二两五钱五分，守兵二两四钱。光绪十二年，升副将为总兵，左营设游击守备，右营设都司，添兵二十名。
镇守澎湖水师总兵一员：光绪十二年，奉旨以澎湖副将与海坛镇总兵对调。
左营游击一员
守备一员
千总一员
把总四员
外委二名
额外一名
战兵一百六十名
守兵二百六十二名
右营都司一员
千总一员
把总二员
外委二名
额外一名
战兵一百四十四名
守兵二百十六名
两营计兵七百八十二名。