玉门关的位置处在历来多战事的河西走廊，因此，在历史上，玉门关屡遭破坏，曾几次迁址。
在诸多关址中，汉址的玉门关最久远，也最有价值。新中国成立后，围绕汉玉门关的保护与开发，有关部门做了大量的工作，具体包括玉门关的保护工作、玉门关附近环境的治理以及关址的考证等。
（一）保护工作
沧海桑田，斗转星移，两千多年悄然即逝，昔日的玉门关，驼铃悠悠，人喊马嘶，商队络绎，使者往来，处处一派繁荣景象。明清之后，这些辉煌荡然无存，留下的只有一座土墩，供后人凭吊汉武的丰功伟业。
新中国成立后，工作对玉门关的保护开发有关部门也随之展开。1963年，甘肃省人民委员会公布小方盘城、大方盘城及长城烽燧遗址为省级文物保护单位。次年，敦煌市政府就拨专款制作了玉门关的保护标志。
改革开放后，玉门关保护工作的力度更大了。1981年，有关部门重新树立了石刻保护标志，并于小方盘城遗址设专门机构负责保护工作。
1988年，玉门关被******列为全国重点文物保护单位。接着，敦煌市政府发文对玉门关的保护级别、范围、责任管理部门进行了详细的规范。
1983年，甘肃省文化厅拨款，由博物馆组织力量对玉门关东、北两面即将坍塌的墙体进行了培土加固。
接着，敦煌市政府又筹措资金，对玉门关和附近的阳关进行了加固维修。
1986年4月，甘肃省政府拨款，由敦煌市博物馆组织力量在玉门关及其汉长城、当谷隧、积薪等处安装铁护栏。
21世纪初，国家文物局批准并投资对玉门关、河仓城进行了全面的维修加固。这次加固工程由敦煌研究院制定了详细可行的加固维修方案，采用土遗址维修保护的最新研究成果，如支顶、锚锢、PS喷涂、裂隙灌浆等新方法、新材料、新工艺，成功地解决了由风雨侵蚀对玉门关、河仓城造成的破坏，解除了因墙体悬空、裂隙对玉门关、河仓城造成坍塌的危险。
2000年6月，为了做好玉门关的保护工作，敦煌市专门制定《玉门关文物保护单位管理办法》指出：玉门关文物保护单位的管理必须坚持“保护为主、抢救第一”的方针和“有效保护、合理利用、加强管理”的原则。另外，《管理办法》还提出了23条具体措施，以指导玉门关的保护开发工作。
敦煌市政府还积极推进了玉门关和悬泉置遗址和申报丝绸之路成为世界文化遗产工作的进程。
（二）环境治理
随着我国旅游热的兴起，玉门关成为国内外社会关注的对象，有关玉门关附近的生态环境问题更是引起了各界的广泛关注。
据资料显示，玉门关所在的敦煌市地下水位以每年0.24米的速度下降。受到全球自然环境的变化和人类活动的影响，玉门关附近的生态环境在不断恶化。
2008年，敦煌市通过实施月牙泉水位下降应急治理工程使泉内水位有所回升。
2009年以来，敦煌市按照“治标与治本并重，开源与节流并举，开发与保护兼顾”的指导思想和“先节水再调水”的工作原则，重点抓了五个方面的工作：一是全面加强生态保护；二是全面加快节水型社会建设；三是全面加强生态功能区建设；四是全面加强水资源管理；五是全面加强敦煌文化遗产保护。
通过狠抓以上五方面的工作，玉门关附近的生态环境和文化遗产保护工作取得了一定的成效。
为了进一步巩固治理成果，敦煌市建立了责权明晰的生态保护工作机制，敦煌市还采取多项措施，使节约用水和保护生态的社会氛围日益浓厚，节水型社会建设稳步推进，地下水位下降的趋势得到了有效遏制，绿洲的保护屏障得到了进一步加强，区域生态环境得到了一定的改善。