被与侵略中国边疆地区的同时，外国侵略势力还以不平等条约为口实，极力扩大在中国的种种特权，并企图从各方面对清政府施加影响。根据条约中外国使馆长期驻京的条款，许多国家的公使聚居在紫禁城边，对清政府颐指气使，施加压力。上海、天津、汉口、九江等处先后开辟租界，侵略者在那里划地界，修道路，设官署，颁法令，建货栈，使中国的土地上出现了许多独立于清政府管辖之外的殖民主义小王国。挂着外国旗子的轮船满载着舶来的商品闯关越卡，免除厘税，行驶在中国的内河。外国传教士纷纷活动，深入中国的穷乡僻壤。侵略势力希望利用清政府帮助自己掠夺更多的权利，镇压人民的反抗，所以在两次鸦片战争后，转而对清政府采取庇护、“合作”的政策。一方面，要求清政府在制度、政策方面作适当的修改变化，以适应外国的侵略需要另一方面，向清政府提供武器，竭力支持这一腐朽政权。
列强改变和控制清政权的一个重要步骤，就是咸丰十一年总理各国事务衙门的设立。奕任总理大臣，管理对外交涉兼及通商、条约、海军、关税和铁路、开矿等事，权力广泛。同时，又设立了南北洋通商大臣。从此，列强可以甩开地方官吏层层的拖延、阻挠，直接和清朝的最高层打交道。洋务派官僚即产生于这些新设立的衙门。
同治十三年，皇帝亲政，在列强的压力下，不得不以平等礼节接受各国公使的觐见，放弃了要求外国来使必须向中国皇帝跪拜叩头的礼仪。同时，也开始向外国派遣使节。马嘉理案件发生以后，光绪二年郭嵩焘作为道歉的专使前往英国，此后常驻伦敦，成为中国第一个驻外公使。以后陆续在欧美各国设立使馆，派遣公使。清政府在倍感屈辱、很不情愿的情况下，勉强参加国际社会交往，进行外交活动。
外国侵略者攫取中国主权的一个重要手段，就是长期控制中国的海关。海关总税务司一职一直由英国人赫德担任，各口岸的海关税务司全部任用外国人。海关大权旁落，为外国商品的倾销和人员的出入打开了方便之门。由于进出口贸易急剧增加，关税收入大增。清政府在财政穷竭、常年入不敷出的情况下，有外国人管理的海关提供经常的、有保证的财源，因此越来越仰赖帝国主义。赫德对清政府的影响很大，许多重要对外交涉由他操纵，甚至直接干预清朝的内政和官吏任免。
面对外国资本主义势力的侵略，中国人民进行了坚决的反抗，主要表现之一是遍及全国、延续时间很久的自发的反洋教斗争。这种斗争具有广泛的社会基础和号召力。当时，不少外国传教士深入中国内地，修建教堂，招收教徒，且有些教士、教徒利用特权，横行不法，鱼肉百姓，引起人民的愤慨和反抗。一些官吏、地主和知识分子也纷纷参加，致使斗争变得极为复杂。19世纪下半叶，各地的反教会斗争连绵不绝，其中较大的有同治年间的贵州教案、四川酉阳教案、天津教案、光绪初年长江下游各地的教案、中法战争期间西南地区的教案以及甲午战争前四川余栋臣、热河金丹道发动的斗争。越到后来，规模越大，反洋教斗争和反清斗争逐渐有结合的趋势。秘密结社的参加，武装起义的频繁，成为19世纪末反洋教斗争的特色。
中法战争、中日战争 继两次鸦片战争之后，帝国主义又对中国发动了一系列侵略战争。有光绪十年（1884）的中法战争，二十年的中日战争，二十六年的八国联军入侵。
法国一直觊觎中国的西南边疆，企图以越南为跳板侵入中国的广西、云南。当法国侵占越南的许多地方、强迫越南签订不平等条约时，越南国王遣使向清政府求援。光绪八年至十年，清政府一方面做出援越姿态，一方面寄希望于通过谈判解决问题，致使中国军队处于被动挨打的地位。光绪十年七月初三（1884年8月23日），泊于马尾的中国福建舰队遭法舰袭击，十一艘军舰在很短的时间内全部被击沉，官兵伤亡达七百余人，因而花费了大量金钱和时间所建立的福建海军，被清朝的妥协政策所葬送。至此，清政府不得已才下诏宣战。中国军队在台湾、镇海等地遏制了法国的海路进攻。
光绪十一年二月初，清军在广西边境要隘镇南关（今友谊关）前和法国侵略军展开了激战，击毙法军一千多人，法军全线崩溃。清军挥师追击，攻下谅山、文渊，法军纷纷向南逃窜。镇南关大捷引起了巴黎的政潮，法国茹费理内阁因侵略战争失败而倒台。但在前线大捷、中国军队正在战场上胜利推进时，清政府竟宣布停战缔约，授权李鸿章签订和约，承认法国占领越南，在广西、云南边界开辟商埠，并规定中国以后在此修建铁路时向法国商办，为法国侵略中国的西南地区打开了门户。
日本在明治维新以后不久，即侵略中国，曾一度入侵台湾。又把侵略的矛头指向朝鲜，强迫朝鲜政府签订不平等条约，旨在以朝鲜作跳板，入侵中国。
光绪二十年（1894）朝鲜发生东学党起义，清政府应朝鲜国王的请求，派兵帮助镇压。日本乘此机会，动员海陆军开到朝鲜，并不宣而战，在海上和陆路向中国军队大举进攻。清政府被迫于光绪二十年七月初一（1894年8月1日）下诏宣战。清军在平壤集结，设防据守。日军分四路进攻，清将左宝贵率部力战，英勇牺牲，但其他将领却不战而逃，退过了鸭绿江。日军乘胜侵入中国的东北，进占安东（今辽宁丹东）、九连城、长甸、宽甸、金州、大连、旅顺等地。日本舰队又在鸭绿江大东沟外的黄海海面袭击中国舰队，双方激战达五小时之久。中国海军官兵英勇奋战，邓世昌、林永升等以身殉国。战斗结果，中国失利，日本海军亦受重创。此后，李鸿章命令北洋海军躲藏在威海卫军港内不许出战，造成束手待毙的局面。日本陆军在山东半岛登陆，威海卫陷入包围之中。日军从海面和陆地开炮轰击，中国海军陷入绝境，水师提督丁汝昌自杀。在此战中，北洋海军全军覆没。
战争进行中，慈禧太后和李鸿章始终抱妥协的方针，乞求日本谈判。日方不允。战争即将结束时，在日本的军事压力下，李鸿章以全权代表的身份赴日接受投降条件，签订了《马关条约》。条约规定割让辽东半岛和台湾给日本，赔款银二亿两，允许外国人在中国开设工厂等。
列强瓜分中国的危机 《马关条约》签订后，形成了帝国主义瓜分中国的危机。
《马关条约》中的条款之一是把辽东半岛割让给日本，这引起了视中国东北为其禁脔的沙俄的强烈不满。俄国纠集了法国、德国，要求日本放弃对辽东半岛的领土要求，否则将“采取共同的军事行动”。日本无力对抗，决定对俄让步，把辽东半岛归还中国，但索取赎地银三千万两。三国干涉还辽加剧了帝国主义在中国的矛盾和争夺。俄国与英国是当时争霸中国的主要力量，并且因俄国“还辽”有功，清政府对之感恩戴德。光绪二十二年（1896），俄国沙皇加冕典礼，清政府派李鸿章为特使，赴俄参加庆典，与俄国签订了《********》。该约在共同防御日本的幌子下，允许西伯利亚铁路通过中国境内以达海参崴，俄国有在沿线开矿建厂、设置警察的权利。
《马关条约》的另一条款是赔偿银二亿两，并加上赎辽费三千万两。清政府每年财政收入仅八千万两，自然无力偿付，只得向帝国主义借债赔款。英国和俄国为取得贷款的权利而展开激烈争夺。结果，俄国联合法国取得第一次贷款权，英国联合德国取得第二次和第三次贷款权。三次贷款总额折合银三亿两，利息重，回扣高，并以关税、盐厘作抵押担保。此后，清政府经常借贷度日，以各种主权作抵押。借款大多用于偿付赔款、购买军火、财政开支及修筑铁路。到清朝末年，债台高筑，借款总数达银十二亿两。
《马关条约》允许外国在华设厂，于是，纺织、面粉、造船等行业中出现很多外国工厂。光绪二十二年到辛亥革命爆发的十五年间，外商共创办资金十万元以上的工厂一百十九家，资本总额达九千八百万元。外资工厂财力雄厚，设备技术先进，并有优惠的政治特权。20世纪初，帝国主义已控制中国生铁生产的百分之百（1910年），棉纱生产的百分之七十六（1908年），内外航运的百分之八十四（1907年），中国的民族工业力量薄弱，不能正常发展。外国还在中国各地设立许多银行，以发放对清政府的贷款，投资铁路、矿山、房地产业，垄断国际汇兑，吸收中国闲散资金，发行货币，从而控制了中国的财政、金融和信贷。
修筑铁路是帝国主义对华资本输出并划分势力范围的重要手段。光绪二十四年至二十六年（1898～1900）的三年内，列强强迫清政府签订多次铁路借款，总数一亿三千多万元，夺取了长达两万里的铁路修筑权。其中，俄法以比利时银行出面，取得了芦汉铁路的修筑权，英德取得了津镇铁路（后改津浦）的修筑权。美国取得了粤汉铁路的修筑权，英德俄分取了关内外铁路（即京沈路）的修筑权。这些都是深入内地，贯穿广大区域的铁路干线。到清朝灭亡时，先后筑成了京汉、中东、南满、胶济、滇越、正太、沪宁、京沈、津浦等铁路，全长一万八千余里。其中由帝国主义直接或间接投资经营的达一万六千余里，占百分之九十以上，中国自办铁路只有一千七百里。
帝国主义又对中国的矿藏资源垂涎欲滴。甲午战争以后不久，法国即强迫清政府立约，取得了在云南、广西、广东开矿的优先权。以后，英国公司掠夺了在山西、河南的采矿权，两省矿务的财务、人事、盈利均归其支配。四川、直隶、安徽的矿业中，英国资本亦渐渗入。德国则在山东成立德华矿务公司，攫夺全省矿权。俄国则取得了在东北的矿藏开采权，还伸展势力于蒙古、新疆。日本也取得了大冶铁矿矿石的优先供应权。至清朝灭亡时，帝国主义在华已开采的矿场有三十四处，投资四千一百余万元准备开采的矿场二十五处，资本额八千二百余万元，大大超过中国自办的矿业。
在掠夺路权、矿权的同时，帝国主义又争先恐后，占据中国港湾，要求租借地，划分各自的势力范围。光绪二十三年（1897）德国借口传教士在山东被杀，派军舰占领胶州湾，租借青岛，把山东作为其势力范围。俄国紧随其后，派军舰进入旅顺，强租旅顺、大连，并把整个东北置于自己的控制之下。法国要求租借广州湾，把广东、广西、云南视为禁脔，要求清政府不将三省租借给他国。英国除在长江流域保持强大的势力外，又在北方租借威海卫，在南方扩充香港的界址，扩大租占九龙半岛。日本则迫使清政府承认福建省为其势力范围。中日甲午战争后的短短几年内，帝国主义在中国争夺势力范围，为瓜分中国作准备，中国面临着沦为列强殖民地的严重危机。
在帝国主义划分势力范围的狂潮中，美国因忙于争夺菲律宾而姗姗来迟。它提出了“门户开放”政策，要求在各国势力范围内实行同等的关税、铁路运费，以后又提出保持中国领土与行政的完整，这些都是为了自己能插足于中国，与列强共享利益而不被排挤。
百日维新 《马关条约》的签订及列强瓜分中国的危机，极大地震动了各个阶级、阶层，促进了中国人民爱国意识的觉醒。当议和条件传出后，举国上下强烈反对，主战派官吏纷纷上奏，谴责李鸿章媚敌误国，要求拒签条约。当时，正在北京举行会试的各省举人集会，由康有为起草上皇帝书，提出“拒和、迁都、练兵、变法”，签名的举人有一千三百余人，掀起了反对投降的巨大运动。这就是著名的“公车上书”。台湾人民闻知割弃台湾的消息更是悲愤交集，誓不愿做亡国奴。日军在台湾登陆，台湾军民激烈抵抗，在孤悬海外、饷械俱缺的情况下，和优势日军战斗拼搏。
继“公车上书”之后，康有为又给光绪帝（即清德宗载）多次上书，建议变法。同时，在北京创办《中外纪闻》，设立强学会，进行宣传鼓动，团聚了一批维新志士，争取了光绪皇帝及帝党官僚翁同龢等的同情和支持。强学会因遭顽固派的嫉恨而被查禁，但变法维新的思潮汹涌激荡，一发而不可阻遏。维新运动的主要代表康有为、严复、梁启超、谭嗣同等，大力宣传变法的必要性和迫切性。在其倡导和组织下，各地纷纷成立学会，开办学堂，出版报纸。甲午战争后四年内，国内设立的学会、学堂、报馆、书局共三百多处。光绪二十四年（1898）初，康有为等又在北京组织保国会，以“保国、保种、保教”为号召，联络和组织知识分子、中下级官吏，经常集会演说，痛陈国难当头，形势危急，激发人们关心国家命运的热情。各省旅京人士也纷纷组织保滇会、保浙会、保川会。通过这些团体和一系列活动，变法思想和救亡运动相结合，并迅速发展，从宣传和组织阶段进入实际行动阶段。