作物群落育种目标的制订是育种工作的首要任务。目标制定的好才能顺利地培育出当地适宜的品种集。不然，多年劳动投资，辛苦工作可能会返工重作。
一、一般原则
（一）服从国民经济需要
作物群落育种属于农业生产，它的最终目的是培育良种，取得高产、优质、高效、和谐的群落品种集，提供群落生产的良种，生产社会的生活和生产资料。所制定作物群落育种目标，首先符合当地农业生产的，特别是作物生产的中心任务，服从当前国家经济建设需要，并且还要照顾到国家经济发展前景。在新中国成立初期，作物生产水平不高，当时需要充足的作物产品数量，所以高产稳产成为作物育种的主要目标。当前，我国作物生产水平空前提高，一些作物单产如水稻和棉花，打破世界纪录，有的也在世界前列。在继续提高单产，高产再高产，超高产的同时，应当以优质高效为主攻目标，一方面提高作物产品品质，一方面降低成本，增值增效，全面提高经济、生态和社会的综合效益。
（二）符合自然和社会条件
作物和环境是相适应的。优良品种只有在其适应地区才能发挥增产作用。20世纪50年代，河南省大口麦，高产优质，引种到广州，大面积减产。20世纪中后期，河南省推广小麦棉花群落套种先进技术，原来小麦为冬性品种，需要10月播种，而棉花晚熟，耽误小麦适时播种，生产上缺少早熟棉花和晚播小麦品种成为当时棉区的主要矛盾。为了解决这一问题，育种工作者制订早熟丰产棉花和晚播丰产春性小麦育种目标，经过共同努力，培育成中棉所19号、豫棉10号中早熟棉花和中育4号、开选701号等春性小麦良种，促进小麦棉花群落推广全省，辐射黄河流域棉区。
（三）照顾品种集和谐
群体育种常遵循品种搭配的原则，为一个地区培育一批适合不同条件的多种类型的品种，以防意外情况发生，确保生产安全。群落育种不但如此，更要培育一套适宜的品种集，使群落各群体品种配套，并能互惠互利，和谐共处。
二、制订育种目标的程序
制定育种目标应本着以下原则，有步骤地进行。
（一）调查和研究基本情况
在制定目标以前，对当地的基本情况进行调查。首先收集气候和土壤资料和数据，作物特别是所培育作物的生产历史和品种演变过程以及社会经济、农情民情和风俗习惯。其次研究分析基本情况，得出结论，作为制订育种目标的依据。
（二）确定育种目标
根据调查研究所得出的结论，制定初步的育种目标，征求当地群众和农业工作者的意见，反复修改，方可确定。
（三）实施调整
育种目标既经确定应努力实现，切不可轻易改变。然而在育种工作进行过程，或达到目标之后，农业生产确实发生较大变化，也可根据新情况，适当加以调整，甚至重新制定新的育种目标。