但是，这个曾经高度发达的玛雅文明却在公元10世纪时突然消亡，对于这个问题，直至今日仍然是困扰人们的一团迷雾。
有学者提出，玛雅文明的瓦解是由于手工业生产——交易圈出现偏差，导致专业生产者的增长和住在城市里的人口的增加，生产的比率超过了生活资料的生产的增加比率，造成了文明的瓦解。
有些学者则用内部对外部系统的反应模式来解释它的消亡。他们认为增长的人口对生活资料生产产生了压力，但内部的反应又是一个失败的反应，即对内部的薄弱与分崩离析不但未采取相应措施，反而去创造海上贸易通路，结果为外部的入侵提供了前提。
有些学者认为是由于仪式中心城市周围人口过分集中，特别是非农业手工业人数的激增，使食物的生产无法满足人口激增的要求，结果导致衰亡。
有些学者从生态环境角度来进行解释。即面对人口增加的压力而过度使用高地耕地，致使山下低地的台田被淤土壅塞，使农业荒废造成衰亡。
有些学者则主张是社会原因导致衰亡的。他们认为农民的过重负担，导致统治者和被统治者之间的尖锐对立，农民被迫揭竿而起，进行流血革命，玛雅文明由此衰落。另一种社会原因说认为是由于外部的入侵。即由于玛雅各地方势力争夺林区霸权而引起战争，导致墨西哥高地的外部敌人——提奥提瓦堪人的入侵，玛雅文明被瓦解。
后来，随着对玛雅文明考古的新发现，以及对不少玛雅象形文字的破译，人们对玛雅文明的衰亡原因又有了新的认识。有学者认为，战争和暴力是玛雅文明消亡的主要原因，战争包括王族之间的争权夺利和王国之间的穷兵黩武，迫使人民起来反抗，连年的内战导致了玛雅文明的毁灭；玛雅人喜好暴力，屠杀俘虏，甚至用活人祭祀，破坏了社会生产力，使玛雅文明衰亡；还有学者认为人口过多，滥伐森林，破坏生态环境，也是玛雅文明消亡的一个重要原因。但是，究竟是哪种原因毁灭了玛雅文明，人们还没有一个统一、准确的答案。