1543年，葡萄牙人到达日本九州，尔后便开展了对日直接贸易。在马六甲与日本之间，双屿成为他们理想的临时停驻和补给点，从而形成了以日本、闽浙、马六甲为支点的一个三角贸易区。在这个链条中，他们从马六甲等地贩卖胡椒、香料等东南亚商品，在双屿或者月港与当地商人交换丝绸、棉布，然后运往日本销售，换回白银，再到中国买丝或布，卖到马六甲。葡萄牙人甚至还通过果阿将货物贩卖到了欧洲，这条线成为澳葡获利最丰的黄金航线。1636年，澳葡与日贸易仍处历史的最高点，达到314万两白银。
日本白银的大量开采和出口，是在16世纪40年代以后，也就是晚明嘉靖年间。经过陕西、江南、山西等地以周忱、李敏、叶淇为代表的纳粮、租税、盐税、开中折银改制之后，中国白银货币化进程已经由税赋纳银演变到了徭役纳银阶段，市场迫切需要更多白银以满足流通的需求。因此，日本银矿出产的突然急剧增长，应该说不是孤立存在的，而是在中国巨大需求的刺激下促发的。日本对中国丝与丝织品的巨大需求，构成了日本银产量激增的动力。
就这样，在供求关系的作用下，日本成为以中国为轴心的世界白银贸易中的重要一翼，处于海盗身份背景下的海商与澳葡商人则一起搭起了这一黄金通道。
朱纨之死
葡萄牙人是1542年在漳州人领航下，从澳门转泊漳州，沿闽南经琉球到达日本的。同年，宁波知府曹浩以“通番船招致海寇”为名，逮捕了一些通番商人。
地方士绅因获利丰厚，为之说情解脱；豪门权贵因贪恋海外奢侈之物，为之庇护；狡吏黠官也奔走引线，以至于曹浩说：“今日也说通番，明日也说通番，通得血流满地方止。”
因为惧怕倭番，官兵前去剿灭，反为之所败，但这事并没有掀起波澜，倒是1547年海商内部一次带有黑恶性质的杀人放火事件，被县令以“倭贼入寇”为名仓促上报，震惊朝野。
《嘉靖实录》记载说：“余姚谢氏某者”与王直、徐海等走私商有着合作关系，他习惯拖欠货款，遭到走私商的催逼，就恐吓说，“吾将首汝于官”，走私商一不做二不休，就纠集一干人马和“番客”，夜里攻入谢家，杀人放火，烧了谢家，并掠财而去。“余姚谢氏某者”是宁波典型的参与走私的官宦之家，余姚县令一时不能查清缘由，就张冠李戴上报了这一事件。
这次事件直接成为嘉靖皇帝决意抗倭的导火索，副都御史朱纨随后被授予“巡抚浙江兼制福、兴、漳、泉、建宁五府军事”的身份，前去抗倭。
朱纨，苏州人，在嘉靖帝登基的当年（1522年）中了进士，此时被赋予两省抗倭之职，旨在“通摄”各处，以对付“出没无常”的海寇，且他握有“王命旗牌”，具有因地制宜的行事大权，文官五品以下，武官四品以下，可以自裁军法从事。自此到1566年近20年间，海盗商人遭遇了灭顶之灾。
换句话说，在1548年朱纨平定舟山双屿港以前的26年间，是舟山海域基本无寇乱的时期。但这时的双屿被抗倭派称做“根抵窟穴”，“倭寇”其实基本上都是中国武装走私商人。
在朱纨看来，抗倭至少可以剿除通倭的内鬼。当朱纨暗中调兵遣将之时，在双屿岛上的海盗商人们尚不知覆巢之危将至。
因为海盗拥有武装力量，双方在九山洋发生激战，许栋被擒杀，自此，中国武装走私商人及葡萄牙人在双屿的据点被拔掉。朱纨下令，以木石筑填通往双屿港的南北各水口，使所有船只无法进入内港，中外私商苦心经营多年的双屿遂成废墟。
之后，经过大小数十战，这些私商被赶出浙江海域，部分残余逃往福建浯屿，没有死心的葡萄牙人纠集大量中国海盗南下福建，进犯漳州、月港、招安、走马溪，浙江最早的军事长官卢镗与巡海副使林乔，率领明朝官军迎击葡萄牙人的进犯。
在走马溪之役中，明军生擒葡萄牙人16名，并便宜行事将96名明朝海盗就地问斩，拔除了倭寇在福建的侵略据点。朱纨在报捷奏折中写下了“全闽海防，千里肃清”八字，宣告福建抗倭斗争取得胜利，但在此时的北京政坛，主张通番与反对通番却上升为一场政治斗争。
1547年，伴随抗倭还发生了一件事情。日本以周良为代表的使团提前近一年来华朝贡，并且所来人数和贡船数量都超过了限制，即便据理力争，但仍被阻隔在舟山群岛停泊了10个月之久，直至次年春天贡期到后，才准入贡。在处置日本贡使问题上，朱纨与专门掌宾礼及接待外宾事务的主客司、福建籍的林懋和发生了矛盾，招致闽人官僚仇恨。
1548年，根据福建籍御史周亮及负责监察六部诸司、弹劾百官的给事中叶镗之言，吏部上奏将朱纨由巡抚改为巡视，以弱其权。1549年年初，福建籍另一名御史陈九德上奏朝廷，弹劾朱纨擅杀，专门针对其未经朝廷批准便杀死96名涉嫌走私的福建百姓事件。对于其擅杀，朝中众多官僚，尤其是闽浙籍官员极为不满。兵部侍郎詹荣、兵部尚书翁万建等人因此相继上奏弹劾朱纨。
对于众人指责，朱纨先后上章辩解，“臣看得闽中衣食父母尽在此中，一时奸宄切齿，稍迟必贻后悔”，“浙闽大姓素为倭内主者，因失利而怨声四起”。尤为要害的，朱纨公开上奏他所说的通倭的官宦之家，并在《甓余杂集》中点名批评林希元等地方官绅，“不惜名检，招亡纳叛，广布爪牙，武断乡曲，把持官府。下海通番之人，借其赀本、藉其人船，动称某府出入无忌，船货回还，先除原借，本利相对，其余赃物平分”。
市舶司废除之后，对于海盗的管理、缉拿之松紧，全在地方官绅的把握，当地官僚睁一只眼闭一只眼，也都是事实。当地绅商望族，交结官僚，向海商借本或者转用船只，利益共享，这种情况也并非无中生有。
林希元比朱纨年长11岁。早在嘉靖二十年（1542年），林希元就被黜归家，此时他是一个闲人。1530年，林希元升任南京大理寺丞，次年辽东兵变，他上书说“兵变起于姑息政策”，与权臣夏言意见相左，被贬为钦州知州，之后他仍屡次上书，对主抚派大加抨击，直到被夏言罢官，返乡精研理学。1558年倭寇进犯同安时，78岁高龄的他，仍上书提出抗倭保境之策。
对于朱纨的批评，林希元在《与翁见愚别驾书》中说：“佛郎机之来，皆以其地胡椒，苏木，象牙，苏油，沉、束、檀、乳诸香，与边民交易，其价尤平，其日用饮食之资于吾民者，如米面猪鸡之数，其价皆倍于常，故边民乐与为市，未尝侵累我边疆，杀戮我人民，劫掠我财物。”
林希元不是一般的主战派，他坚决反对外敌入侵及官方的绥靖政策。他虽主张用兵，但在海禁与通商政策的选择上，又是积极的通商主义者。他的观点也并非没有局限，甚至为佛郎机人辩解，说他们初来时，也曾担心海盗掠夺自己，为此，他们也曾驱逐横行海上连官府也不能治的强盗林剪。据此，林希元认为，“佛郎机未尝为盗，且为御盗，未尝害吾民，且有利于吾民也”。林希元也坦承，佛郎机人收买华人子女有罪，但在他看来，“罪未至于强盗。边民略诱卖与，尤为可恶，其罪不专在彼”。对此，《提督之死》作者李远江写道：
与朱纨只管埋头做官不同，林希元十分关注国计民生。他自幼生长在福建海滨，对家乡百姓泛海求生的艰辛深有体会，因而对求食海上的走私贸易有着深切的理解与同情。在他看来，保护和资助当地百姓下海通番，甚至从中获利虽不合天朝法度，但绝不是什么伤天害理的事情。
面对福建官僚的群起弹劾，朱纨被暂行解职，回原籍听候处理，同时朝廷派两位非闽浙籍官僚兵部给事中杜汝祯和福建巡按御史陈宗夔调查事情真相。调查后得知：所谓葡萄牙人其实是马六甲王国的商人，每年私招沿海无赖之徒，往来海中贩卖外国货物，未尝有僭号流劫之事。之后，被俘虏的葡萄牙人都被认为是马六甲王国的来市者，而非佛郎机行劫者，遂被流放到广西桂林。
嘉靖皇帝遂下诏要拘捕朱纨到北京询问，朱纨得讯，悲愤交加，上书给嘉靖皇帝说，“纵天子不欲死我，闽浙人必杀我”，“去外夷之盗易，去中国之盗难，去中国之盗易，去中国衣冠之盗难”。
1549年1月底，他写好《都察院右副都御史秋厓朱公纨圹志》，服药而死，终年57岁。明末著名史学家谈迁的《国榷》说朱纨作为十年中丞，“田不亩辟，家徒壁立”。
朱纨死得刚烈，死得傲气，他在《圹志》中表明心迹说，一不负天子，二不负君子，“命如之何？丹心青史”。
朱纨用服药自杀的方式了结自己，对明政府的忠诚天地可鉴，但他没有兼顾到朝廷上下闽浙官僚及其身后以海洋为生的百姓情绪。在宦官集团和文官集团之间，那些既能把握政府（某种程度上是宦官）意图，又能号准民间舆情脉搏的文官，才能博得民间好评，从而在官位上行之既远。明朝的舆论氛围有参政群体扩大化和舆论控制民间化之势，从这种意义上，与其说朱纨是被闽浙人逼死，不如说他是逆了一种趋势而死。
后来，企图私吞船上货物的抗倭将领卢镗以及朱纨的另一位副手柯乔也被定为死罪，关在按察司狱里，直到另一位苏州人王忬就任浙闽巡抚后，才得赦出，而此时，浙闽巡抚一职已经空了4年。
王直：在对抗与招抚之间
卢镗出狱后，与随后亮相的戚继光、俞大猷等一起面对的对手，就是在上述战役中侥幸逃脱的王直。
王直在双屿战役后，率余部北上定海的烈港，也就是烈表山，距舟山县城30公里。1549年，因官方在遣散剿杀双屿港的福清捕盗船时不支粮饷，导致大半兵船投奔王直麾下，使王直集团成为舟山海域独一无二的大势力，名声大作，并逐步成为继李光头、许栋之后独霸江湖的走私商人集团首领。
1550年，海盗卢七集团抢劫战船，攻击杭州江头西兴坝堰，劫掠妇女、财货。浙江的海道副使丁湛以“拿贼投献始容互市”为条件，要王直前去剿灭卢七集团，王直遂打垮卢七、沈九等海盗，缴获船只十余艘，消灭千余人。
1551年，海道副使李文进命令负责宁波府监察之职的通判唐时雍、把总张四维（此四维非彼四维）前去和王直商议，希望合力消灭陈思盼海盗集团。陈思盼曾将带船前来投奔他的海商王丹杀死，吞并其船队，王直就与原来属于王丹的陈部取得联系，以海道官兵以及宁波慈溪县柴美德及其家丁数百人为外援，里应外合，斩杀了陈思盼，并将其侄子陈四及属下400多人押送海道。
此数役后，王直确立了自己的海上霸主地位。他自号“五峰船主”，海上船只只有插上“五峰旗”方能进退。在实力最为鼎盛时，他拥众20万人，巨舰百余艘，并让毛海峰、徐碧溪等分领船队，往来日本、暹罗诸国，自称徽王。
朱纨捣毁国际走私基地双屿港后，舟山的走私海商分裂成互市派与寇掠派。王直便是主张通商的互市派，尽管海上快意纵横，但他始终没有放弃“开放海禁”的愿望，以谋取“合法经商”的地位。在捕杀陈思盼时，他以此为功，再次向朝廷提出开放海禁的要求，但只得到百石米的馈赠，互市之求被搁置一旁。
1552年，王直公然在舟山开市贸易，傅衣凌在《明代徽州商人》一文中提到，王直曾言倭国缺丝棉，必须开市，海患乃平，但这仅是王直的一厢情愿，1552年，王忬抵达浙东之时，标志着王直与官府“合作”的短暂“蜜月期”结束，一场新的血雨腥风即将来临。
之后，王忬遣俞大猷等人率兵夜袭烈港。王直猝不及防，于慌乱中乘船突围而出。有人说王直在日本避了4年，也有人说王直勾结日本浪人，派部属回来进行了极端报复，导致1553年的“壬子之变”，史书称海寇“蔽海而来，浙东西，江南北，滨海数千里，同时告警”。
海盗来势汹汹，势不可挡，闽浙海道，由暗中走私恶化为公开武装对抗，并另行开辟了日本—台湾—澎湖—福建大金、浯屿和粤东南澳的海上通道。在明政府眼中，他们的做法已经不是一般的出格。
相反，学得乖巧的葡萄牙人在1553年取得了在澳门的居住权，这也是明政府化解倭乱的一大举措。4年后，葡萄牙人以租借澳门的方式，独享了之后百余年间澳门作为广州外港的独特优势。在倭乱期间，葡萄牙人通过澳门和日本平户等港直接贸易，这是东海海域唯一不受海禁影响的航线。
在荷兰霸占马六甲的1641年之前，澳门逐渐发展成为世界贸易体系中的重要一环。葡萄牙史学家儒塞斯记载了这个贸易链条：