曾国藩已被教案弄得身败名裂，也不希望师生两人共同“赴难”，跳入难以洗刷干净的“泥坑”，便独自一人作出了鲜为人知的牺牲，待奏结第一批人犯之后，才让门生抵达天津。李鸿章接任后所做之事，不过将曾国藩原来议结中的二十名死刑减少四人，改判为十六名死刑，四人缓期执行而已，其余部分并无半点更改。而李鸿章却获得了慈禧太后的格外垂青，认为曾国藩办不了的事，他能办妥办好，实为清廷第一股肱之臣，不久便任命他兼任北洋大臣。北洋大臣权比枢廷，不仅佩有钦差大臣关防，还兼有通商外交、兴办洋务、从事海陆国防建设的重任。同治十三年十二月初二日（1825年1月9日），李鸿章又被授予文华殿大学士，位居内阁各大学士之首。这一实际上的宰相之职向来都是满人“专利”，汉人得此职衔者以李鸿章为第一。
李鸿章为了爬上高位，可谓孜孜以求、全力以赴，哪怕对恩师曾国藩，在做官这一“大是大非”问题上，也是“步步紧逼”、寸步不让。而曾国藩却总是为门生大有出息、薪火不息而感到欣慰。
只有当曾国藩逝世之后，李鸿章这才陡然间觉得少了一座靠山、一根支柱、一种依托、一片绿荫，日后艰难的危局，唯有独自支撑了。
事实也正是如此，他自视其高、倨傲不恭，不会转弯抹角以退为进，不懂守雌藏拙适可而止，不会收敛锋芒韬光养晦，得罪的人实在是太多太多了。除委曲求全、百般讨好慈禧太后一人之外，他不招光绪皇帝喜欢；他与光绪帝老师、帝党首领、军机大臣翁同龢不和；他与左宗棠、张之洞等其他权倾一时的封疆大臣闹翻，相互发难，互不买账，特别是与左宗棠交恶甚深，两人几乎在每一件事情上都有冲突，动不动就大动干戈；他惹怒了朝廷清议派，这就相当于捅了“马蜂窝”，招来永无止息的无端攻击；他既不是地道的维新派，也不是激进的革命者，这就使得他两头受气，多方掣肘；就连重用他的慈禧太后，也对他处处设防，将他视为随意控制的工具与玩偶……各种势力都明里暗里反对他、阻挠他，而所有的责任都要他一人承担，一切过错失败都一股脑地加诸其身。在一部百年屈辱的近代史上，李鸿章孤独而寂寞的身影映照在宽大的天幕前，几乎受尽了上自朝廷高官，下至普通百姓，来自方方面面的天底下最多的唾沫与骂名。
就连恩师曾国藩病逝后他呈上的那幅挽联，也因“师事近三十年，薪尽火传，筑室忝为门生长”这一上联过于自诩、自负与自傲，惹来曾氏家人极为不满，结果藏而不宣。而挂得最高的一幅挽联，则是与曾国藩反目为仇的冤家左宗棠所书：“知人之明，谋国之忠，自愧不如元辅；同心若金，攻错若石，相欺无负平生。”一向睥睨天下、狂放不羁的左宗棠不仅给足了曾家面子，还在挽联的落款自署“晚生”二字。相形之下，李鸿章似乎太不懂得传统的为人处世之道了，这恐怕也是他身前遭骂、死后负谤的缘由之一。
若论李鸿章的个人功绩，主要在于一个“洋”字——洋务与外交，也正是这两方面使得他备受争议。
自领兵独当一面从安庆赶赴上海，李鸿章似乎命中注定了要与洋人打一辈子交道。
洋枪队的洋枪洋炮，让他亲眼目睹了西方军事力量的巨大威力，用“震撼”二字形容他当时内心的感受一点也不为过。两相比较，中西双方的差距实在是太大了，他认识到自我改革的必要，一种强烈的紧迫感使他不遗余力地购置西方枪炮武装淮军。武器的先进，并不等于军队的先进与战斗力的强大。军事改革不仅在于将过去的大刀、长矛、剑戟更换为西方精良的洋枪大炮，也意味着与之相应的一整套军事模式的更新，诸如军人素质的提高，近代化的军事管理，战术、技术的改进，严格而正规的军事操练等等。
李鸿章在淮军各营雇用洋将，练手足、演枪炮，行军、测绘、战阵、号角、口号等项全部采用西法。他并不甘心于仅只习得一点“皮毛”，而是下决心训练一支类似于西方军队的“中国正规军”。1864年，李鸿章以戈登为总教官，聘请来自常胜军的若干军官及英国训练部队的数名教官，开始在青浦附近的凤凰山训练近千人的部队。可惜这一训练计划因缺乏清廷支持，内部管理混乱，没有制度性的训练方法等原因中途夭折。由点到面的改革没有成功，李鸿章的淮军及清朝的其他军队仍是支离破碎的指挥体系，缺乏正规标准的训练，拥有洋枪洋炮的武器装备而没有西方式的训练与管理，算不上一支严格意义的近代化军队。这也是清军虽然更换西方装备后与外国军队交战屡屡失手的主要原因之所在。
李鸿章囿于各种条件制约，未能完成当初的计划与设想。这一耽搁，直到1885年，清廷才建立起第一所正规的军事院校。而全国性的军事改革，得等到20世纪初才真正开始。如果凤凰山军事训练营能够成为“中国的奥尔德肖特”，然后将这一成功经验推广、普及开来，带动整个清军的全面革新，一部中国近代外交史或许都要改写也未可知。
李鸿章以军事自强为切入点“用夷变夏”，全面学习西方的洋务运动主要包括四个方面：一为交通，办电报修铁路，他在天津设立电报总局自办电报事业，在开平煤矿修筑轨距、质量与英国完全相同、全长十一公里的铁路，又组建开平铁路公司（后改组为中国铁路公司），修筑唐芦铁路、唐津铁路、关东铁路等；二为矿业，创建开平煤矿，设立开平矿务局，开办漠河金矿等；三为民办工业，创办轮船招商局，这是李鸿章创办最早的官督商办企业，也是中国近代工矿企业中规模最大、引进西方技术与管理方式最早的民用企业；四为商业，组织公司寻找机会积极与西人通商。
在李鸿章的积极主持下，洋务这一新鲜事物在中国大地不仅开出了堪称艳丽的花朵，而且结出了无数丰硕可观的果实，创下了许多第一：组建了中国第一支完全由洋枪洋炮装备的军队，成立了中国第一支真正意义的近代化海军，派遣了第一批到西方学习的官派留学生，修筑了中国第一条铁路……此外，他还建造了中国第一个大型兵工厂、第一座炼钢炉、第一座煤矿、第一个机器棉纺织厂、第一家轮船航运企业、第一艘轮船、第一个电报局、第一个译书机构、第一所陆军军官学校……
李鸿章开风气之先，在举办这些洋务实业时，无不受到守旧人士的猛烈攻击与严重干扰。仅以修筑铁路为例，这一在今日看来无疑属于利国利民的大好事，却在当时遭到顽固派的极力阻挠。美国商人杜兰德出面在北京宣武门外修建了一条一里多长的简易铁路，被清政府下令拆毁；英国商人在上海至吴淞间修了一条吴淞铁路，清廷以二十八万五千两银子购买，后被沈葆桢下令全部拆毁，铁轨枕木运至台湾；李鸿章授意刘铭传上奏《铸造铁路以图自强折》，结果引起轩然大波，受到保守势力的大肆抨击，认为是“无事生非，扰乱朝政”，结果引发第一次铁路大讨论；此后，李鸿章在修建天津至通州一线铁路时，为筹集资金，公开招募商人入股，遭致保守官僚愤怒声讨，由此引发第二次铁路大讨论，围绕修建铁路是否为外敌入侵打开方便之门，是否扰民，是否剥夺小民生计等问题争论不休……五千年灿烂文明的背面，阴影笼罩下的是五千年的积弊与惰性，要想变革，哪怕稍稍触及传统，也会引来顽固守旧势力的拼死捍卫。对此，李鸿章不由得仰天长叹道：“当今各国一变再变，唯中国守旧不动，天意耶！人意耶！”
古代中国处理一应对外关系，全由礼部承担。清朝于礼部之外，增设了一个创建于关外时期的理藩院。鸦片战争打破这一长期不变的传统惯例，开地方总督对外交涉之先例。可直到1861年3月11日，清廷才成立了总理各国事务衙门，专门负责办理对外交涉事宜，简称“总理衙门”、“总署”或“译署”。此后四十年间，总理衙门几乎包揽了清廷外交以及其他洋务活动在内的一切涉外事务，这种情形一直延续到1901年外务部成立为止。
设立总理衙门，标志着华夏传统对外关系的终结与中国近代对外关系的确立，是中国被迫对外开放、走向世界的新起点，它抛却了过去高高在上的天朝意识，以相互平等的姿态与外国打交道。鸦片战争之前，是闭关锁国的清廷不给外人以平等，此后则是外人不予中国以平等。为维护其专制统治，清廷不得不常常委屈“迁就”，由总理衙门牵头，与海外列强订立不平等条约。于是，在国人特别是那些颟顸保守的满清权贵与昏庸老朽的官僚士人眼里，总理衙门便成了“卖国衙门”的代名词，凡与之相涉的官员都成了“鬼奴”、“洋奴”、“汉奸”、“卖国贼”。而办理洋务与签订诸多中外条约的李鸿章，则成了他们的“大总管”与“总头目”。
尽管鸦片战争二十年之后清廷才成立总理衙门，可派遣郭嵩焘作为首任驻外公使时，又是十五年以后的事了。当他于1876年远赴英国之时，在一片如潮的斥责与痛骂声中，唯有李鸿章一人给他撑腰鼓劲：“当世所识英豪，与洋务相近而知政体者，以筠仙（郭嵩焘号）为最。”
总理衙门虽然成立，可受几千年传统天朝意识束缚，一时间难以调整、适应近代国际外交关系，其中最令清朝尴尬而头疼的，就是宗藩关系。
藩属国除定期朝贡外，清廷并未得到任何实利，就是这象征性的朝贡，也要回馈比贡品更多的赏赐。清廷名义上为宗主国，而藩属国的一切政务，包括官员任免乃至与他国签订条约等，也不予过问。如1866年，朝鲜大院君杀害天主教徒，法国驻华代理公使伯洛内为此责问总理衙门，总理衙门的答复是：朝鲜内政外交一向自主，朝廷无权干涉。伯洛内由此抓住把柄说：既然如此，那么法国政府拒绝承认中国与朝鲜有任何宗藩关系。1871年，美国因“谢尔曼将军号”事件照会清廷，得到的也是同样答复：“该国一切政教禁令，向由该国王自主，中国从不与闻。”
虽未得到任何实利，可清廷却要承担保护之责，一旦朝贡国受到外敌威胁，清廷不仅出面干预，关键时刻还得为其动武。清廷所维持的，是一种和平的却是不平等的，自足的却是封闭的东亚国际关系体系。这在各自隔绝的古代社会，作为实力雄厚的中华帝国不难做到，可进入各国相互交往，时代急剧变化的近代社会，仍固守过去的亚洲封贡外交模式，于国力虚弱的清朝而言，简直不堪重负。于是，朝贡国成了清廷的一块“鸡肋”——丢弃吧心有不甘，保留吧力不从心。取舍两难，因情境所迫，为保护朝贡国，清廷不惜进行了中法、中日两场大规模战争。结果尽人皆知，不仅没有保住藩属国，还使得本土陷入空前危机。
在清廷所有政府官员中，对世界总体格局的认识与把握，唯有洋务派领袖李鸿章最为清醒得体。基于西方各国的民主与富强，中国内部的混乱与贫弱，李鸿章推导一种积极务实的外交策略：摒弃传统的天下朝贡观，尽可能地与世界接轨，定义在国与国之间的关系与范畴之内，以近代国际关系法为凭，以国家利益、自强大业为重，从不轻言战争，而是“守定条约”，坚持“和戎”，通过谈判解决中外争端。