尽管有时候普通的动物标本师也会制作头骨标本，但这更多的是受过专业训练的骨骼学家的工作。该领域的收藏者经常被要求把珍稀动物的骨骼保存下来，至少也要把四肢动物的头骨和毛皮一起保存下来。
如果动物的毛皮受损了，但是它可能还拥有完整的骨架。还有一种比较小的可能性就是动物的毛皮和骨架可以被分别制成标本。这就需要操作者拥有娴熟的技巧，因为所有的爪子、指甲或蹄子都应该留在毛皮上，而其中的骨芯却要成为骨架的一部分。
要保存骨骼，剥皮是第一步，接下来去掉内脏，还有骨头上的大部分肉都要刮掉，之后用干砒霜对它进行防腐处理，再把骨骼放到能迅速风干而又安全的地方。
小动物的头骨还有腿骨都要拆开，收拾好之后再放入体腔内，然后系好防止丢失。鸟类的处理方法与此类似；大型动物要把所有的骨头都拆解下来，需要彻底清理干净。
一定要谨记，不完整的骨架实际上毫无意义。为安全起见，所有的骨头、软骨等等都要交给骨骼学家。有一个简单的办法能省力地清理骨头：把未经清理的骨架和盐水一起，放入铁丝网笼中，然后把笼子放到海水里，各种各样的小海洋生物会很快就把上面的肉清除干净了。在陆地上也可以用类似的方法：把小动物的尸体放到钻有小洞的盒子里，然后埋到蚂蚁活动频繁的小山丘上。使用这两种方法时，上面的开口都要小，防止小骨头被窃走，而且应该趁着韧带还没有被破坏之前把骨头取走。
倘若头骨不是用作科学研究，可以简单地一煮了之。不过要密切观察，肉一变软就立刻拿出来：煮的时间太长会导致牙齿脱落，头骨沿骨缝线分离。这种解体了的头骨，如果是用作商业用途，可以用胶水和熟石膏使它恢复原状，但是对于科学家们来说，它们已经没有任何意义了。
我曾经有一个朋友为博物馆清理一批头骨，为了加快速度放进锅里煮，开始一切进展顺利，突然出了点意外，外面有一个大楼突然倒塌了，他跑去看，回来时发现一打的头骨已经变成了一堆牙齿和骨头渣了。我不知道他和馆长之间后来发生了什么，这也不是大家感兴趣的事。
如果要保留小型标本的骨架，最好整个放入酒精溶液中保存，这样可以避免受到破坏。也可以用甲醛溶液，不过它有一个缺点，会使肉变硬，在后面的工序中不好剔除。清理骨架的时候需要泡呀刮呀，所以你必须要有耐心，当然还要胃口好，这可是个体力活。
除了头骨和腿骨之外，整个标本上的肉都要清理干净，除非是最小的物种，所有的骨头都不要拆开。
脊髓可以用一根长短粗细合适的黄铜丝或镀锌铁丝代替；金属丝应该伸出来一些，正好可以穿透装入脑壳的软木塞。如果腿骨之前被拆下来了，现在就应该装上去，方法是：在关节处钻几个小孔，插入黄铜丝，然后两端钉牢。
用绳子把骨架挂到一个用木条做成的框架上，脚放到下面，然后调整骨架处于一种自然的状态，用针、线和纸板条把各个部分固定好，直到韧带完全变干为止。
做好的骨架最好用两根金属棒固定到底座上：金属棒的上端呈U形，分别从后肢前面和头后面卡住椎骨。金属棒最好是黄铜或者是镀锌铁质地，下端要车上螺纹，用两个螺母固定住，也可以弯成直角固定到底座下侧。鸟类骨架的处理方式类似，但是需要一根金属丝来支撑住翼骨，金属丝要固定到脊柱和支架上。小鸟还有松鼠大小的动物制成骨架标本时不需要用金属支架。
断了的韧带可以用浸透了胶水的原生棉花来代替。清理骨头的时候，在最后定型之前一定要保持湿润，可以往水里加几滴石碳酸发挥这样的作用。用加了漂白粉的水冲洗可以使骨头变白，如果骨头非常油腻需要抹上汽油。
鱼、爬行动物等的处理方法基本相同。大型鸟类和四足动物在野外简单处理时，所用方法类似。但是，通常它们的骨头需要一根一根地清理干净，然后在实验室里连接好每个关节。
收藏骨架最重要的是：标本的一根骨头都不能弄丢。