许多早期的希腊哲学家原本都是从波斯来希腊避难的，但在希腊哲学后期，为了避难，他们又从希腊回到了波斯。为了躲避日耳曼人，五世纪的一些学者从高卢逃到了西欧，四百年之后，为了躲避斯堪的纳维亚人，他们又逃回了高卢。现代，为了躲避同胞的迫害，德国的哲学家逃往了更远的地方。
对于保存了欧洲古典文化传统的爱尔兰人，我们知之甚少。他们的学问充满了虔诚，但似乎与微妙的问题关系不大，因此没有具有欧洲大陆僧侣特征的行政观点。因为罗马切断了与他们的联系，因此他们仍以安布罗斯时代的观念看待教皇。
约翰·司各特大约生于公元800年，死于公元877年。大约在公元843年，应法兰西国王秃头查理之邀，约翰去了法兰西，当了宫廷学校的校长。后来，修道僧高特沙勒克和莱姆斯天主教的一位名叫兴克玛尔的僧侣，就预定说和自由意志这一问题发生了争吵。约翰支持了天主教的自由意识。本来他的这一举动倒不至于引起任何麻烦，但他在发表意见时表现出的纯哲学的性格却给他带来了麻烦，因为他表示“独立于启示之外的哲学也有权威，甚至有更高的权威”、“真正的宗教即真正的哲学，反之亦然”。但由于查理国王的庇护，他逃脱了教会的惩罚。查理国王死后，约翰也销声匿迹了。
据圣邓尼修道院院长希勒杜茵说，这个修道院就是约翰创立的。除此以外，希勒杜茵认为，约翰还翻译了一部调和新柏拉图主义和基督教的重要著作。据说，这本在东方受到世人称赞的书的作者是狄奥尼修斯。后来，希勒杜茵辗转得到了这本书的手抄本。此时，由于没有人翻译，因此很少有人知道这本书。后来，约翰翻译了这本书。从那以后，狄奥尼修斯才影响了西方天主教哲学。
后来，有人将约翰的翻译本呈给尼古拉一世。然而，尼古拉一世却大发雷霆，因为这本书的发行未经他准许。但不管怎么说，约翰的译文表现了他的广博的学识，这一点连尼古拉一世都掩盖不掉。阿奈斯它修斯就认为，具备如此渊博的希腊文知识的居然是一个远居化外的人，这是很令人惊讶的。
在经院哲学时代，可以说，约翰的《自然区分论》是一部实在论的著作。《自然区分论》把自然的整体划分为创造者不是被创造者、创造者也是被创造者、被创造者不是创造者和不同非创造者非被创造者四类。这样看来，第一类应该是上帝，第二类是柏拉图主义的理念，第三类是时间与空间里的事物，第四类是作为一切事物的终极目的的上帝。
由此可见，约翰带有很明显的非正统教义性。他主张的泛神论与基督教义相违背，原因是他否认被创造物具有实体性。而且，任何一个具有审慎精神的一般神学家都无法接受他对于从“无”中创造万物的解释。他曾经试图在三位一体说上为自己辩护，因为他的这一观点与普罗提诺的观点极其相似，但遗憾的是，他的观点始终未能保持三位的同等性。
在九世纪，约翰的这些观点都是不折不扣的异端，但约翰却通过它们表现了他的精神的独立性，这自然很令世人惊奇的。有关他对新柏拉图主义的见解，也不是完全没有市场，至少在当时的爱尔兰还是普遍流行过的。如果我们能更多地知道一些五世纪至九世纪爱尔兰基督教的情况，我们也许就不会觉得约翰是多么的不该令人感到惊奇了。
不过，约翰也有他认为的异端，比方所谓“创世时没有时间”。然而，因为抱有这样的意见，他只好承认说，他认为关于创世纪的所有记载都是寓言故事而已。约翰还在关于罪恶的解释方面感到艰难，因为他认为最初人类没有罪，因此也就没有性别的区分，毫无疑问，这种说法是错误的，与《圣经》中“上帝创造了男人和女人”的说法相抵触。根据约翰的说法，正是因为人类有了罪过，才被上帝分成了男人和女人，其中，女人体现了男人终究要堕落的本性。约翰还说，性别的区分最终还会消失不见，人人都将拥有纯灵性的肉体。
尽管约翰翻译的狄奥尼修斯的著作对中世纪思想产生了重大影响，但他本人的著作《自然区分论》却是表现平平，甚至还被斥为异端。如果不是1225年霍诺里乌斯教皇下令焚毁所有《自然区分论》的命令没有得到有效的执行，恐怕这本书早就失传了。
十一世纪的教会改革
欧洲首次出现持久而全面的进步是在西罗马帝国灭亡以后的公元十一世纪。这种进步是从修道院的改革开始的，之后又扩展到了教廷和教会。不过，第一批经院哲学家却产生于十一世纪末。
在改革家看来，这种进步是由纯道德的动机引发的。但在这个动机之外，还有另外一个原本无意识，但后来逐渐明显起来的动机，即以增强僧侣的势力为目的而彻底分开僧侣与俗众。这样一来，教皇与皇帝之间的剧烈冲突就是教会改革胜利的直接结果了。
在埃及、波斯和巴比伦，祭司是实力强大的独立阶层，但希腊和罗马的祭司却没有这样的地位。原始基督教里，僧侣和俗众之间逐渐产生了区别，这种区别有教义和政治两个方面的内容。在圣礼方面，僧侣有一些神奇的权力，比如帮助俗众举行婚礼、在俗众临终时涂油。
这一切不仅仅是公开的信条，而且还得到了僧侣和俗众的共同认可。由于僧侣拥有这些神奇的权力，就连那些拥有强大的军队的皇帝都奈何不了他们。不过，这种僧侣的权力还是受到了限制，每当俗界爆发了愤怒的激情和僧侣之间闹起了分裂时，这种限制就越发明显。罗马人并不是特别尊重教皇，在党派斗争时，他们会因为诱惑而毫不犹豫地绑架、拘禁甚至毒杀教皇——至少在教皇格里高利七世之前是这样的。因此，对于僧权而言，加强教会的纪律和建立一个管理教会的统一机构就是不可或缺的了。可喜的是，在十一世纪中期，这些僧侣道德革新的目标终于达到了。
教职买卖和蓄妾是所有僧侣改革家一致批评的两大弊端。教会在信徒的捐献下变得异常富有，主教也就拥有了雄厚的财产，因此他们便有财力从掌握主教任命权的国王那里买到主教之职，之后再兜售自己职权内的教职以捞回“成本”。
教职买卖改变了教会的人事升迁的主流，从此，升迁凭的不是功绩而是财富。更重要的是，这种行为间接认可了俗界在教会人事升迁方面的权威，使主教从属于世俗国家的统治者。当然，还有很多原因。这些原因使反对教职买卖成了教会改革的一个重要方面。虽然修道僧不能结婚，但世俗僧侣却没有受到禁止结婚法令的约束。因此，蓄妾也成了教会改革的另一个重要方面。
如果要追溯修道院改革运动的开始时间，那应该是公元910年的事。那一年，自创立以来就一直独立于外界权威（教皇的权威除外）的克吕尼修道院落成了。当时，大部分修道院经济富有但纪律松散，只有克吕尼修道院还保持着尊严与礼法。但仅仅过了两个世纪，克吕尼修道院就丧失了改革热情，退出了教会改革的舞台。
十一世纪时，改革家掀起了创立教团的风潮。1012年，罗穆阿勒德创立了卡玛勒多力兹教团；1084年和1098年，布鲁诺创立了以严谨闻名的卡尔图斯教团和西多教团。其中，西多教团继承了本尼狄克的教规，成为拥有多个修道院的著名教团，芳腾修道院就属于西多教团。
要想取得教会改革的成功，这些改革家需要更多的勇气和魄力，因为他们和他们的信徒最终促使整个教会改革得以实现。不过，无论教会改革家们如何努力，不可否认的是，起初的教皇制改革主要是世俗皇帝的功劳。
1032年，最后一位通过世袭得到教皇之位的本尼狄克九世即位。当时，这位教皇只有12岁，还是个天真无邪的孩子。然而，令人遗憾的是，随着年龄的增长，本尼狄克九世的荒淫无道也不断增长。后来，这位荒唐的教皇卖掉了教皇之职，过起了结婚生子的生活。买到教皇宝座的是改革家格里高利六世，他获得教皇之位的丑陋手段注定了他不能被世人包容的命运。
1046年，年仅29岁的德意志国王亨利三世来到了意大利，代表俗众掀起了与格里高利六世的斗争。亨利三世是一个虔诚的宗教改革家，立志要杜绝教职买卖现象，因此，他与格里高利六世必不相容。果然，很快他就以买卖教职的罪名废黜了格里高利六世。在废黜了格里高利六世之后，亨利三世又任命日耳曼籍主教苏伊德吉担任教皇，称为克雷芒二世。结果仅仅过了一年，教皇克雷芒二世就死去了。在另一位被推荐为教皇候选人病死之后，亨利三世只好选立他的表兄弟布鲁诺伯爵担任教皇，称利奥九世。和亨利三世一样，利奥九世也是一个虔诚的宗教改革家，他虽然做了很多工作，但没能取得大的成就。1055年，利奥九世逝世，亨利三世又推荐革布哈尔德继承教皇之位，称维克托二世。第二年，亨利三世逝世；又过了一年，维克托二世也死了。
从此以后，世俗国家的皇帝和教皇的友好关系就大不如前了。教皇在皇帝的支持下当上教皇以后，最想做的事不是回报皇帝，而是设法摆脱皇帝而独立，进而又要求超越皇帝的权威。皇帝岂能甘心呢？于是，一场历时二百年的皇帝与教皇的大纷争就此上演了。从这个角度看，亨利三世的改革是缺乏预见性的。
亨利三世的继任者是亨利四世，起初，大权由他的母亲阿格尼丝执掌。当时的教皇是司提反十世，但他只当了一年教皇就死了。之后，红衣主教选出了一位教皇，沉寂已久的罗马民众在此时突然觉醒，也利用手中的选举权选出了一位教皇。这样一来，决定权就到了阿格尼丝手中。在阿格尼丝的支持下，红衣主教选出的教皇即位，称尼古拉二世。
尼古拉二世只当了三年教皇，但这三年却极其重要。为了减轻对皇帝的依赖，他和诺曼人讲和，此外，他还颁布了选立教皇的一项教令。这项教令规定，教皇的人选由六个红衣主教管区的红衣主教选择，然后其他主教再参与讨论，最后由罗马城内的所有僧侣和民众确认。然而，据说，所谓僧侣和市民的确认只是一个形式，实际选举教皇的只是罗马市郊的六个红衣主教。不过，可以肯定的是，皇帝无权参与选举的任何环节，被完全排除在外了。在经历了一场激烈的斗争之后，这项教令终于确立下来。这是教皇脱离皇帝控制的重要步骤。
此外，尼古拉二世还规定，以后但凡是通过买卖获得的教职一律无效。这就从根本上杜绝了买卖教职的现象。
当然，并不是人人都喜欢改革。在尼古拉二世统治期间，就发生过反对改革的斗争。当时，米兰的大主教向尼古拉二世提出要求，希望有一定的独立自主。为此，他和僧侣们联合贵族坚决反对教会改革。恰逢此时，米兰又发生了一些支持僧侣独立运动的暴动。米兰的局势变得非常复杂和危急。于是，尼古拉二世于1059年将彼得·达米安派往米兰，代他处理危机。达米安到了米兰以后，在僧侣集会上发表了反对买卖教职的演讲，并凭借着雄辩的演讲感动了僧侣。于是，僧侣们纷纷低头认罪，并发誓会忠心拥护教皇。
1061年，尼古拉二世逝世。此时的亨利四世已经亲政，于是再次就教皇的继承问题与红衣主教们发生了争执。亨利四世认为，他没有承认过尼古拉二世颁布的那部教皇选举教令，因此他拒绝放弃在选举教皇问题上的权力。尽管这场争执持续了三年之久，但亨利四世还是失败了，因为红衣主教们选立了一个品行高尚且经验丰富的人当教皇，他就是亚历山大二世。亚历山大二世死后，格里高利七世成了新的教皇。格里高利七世是历代教皇中最杰出的人物之一。
现在，让我们抛开世俗国家的皇帝和教皇之间的恩恩怨怨，把目光转到当时的哲学和哲学家身上吧。