阿圣是一名六年级的学生，因为学习任务繁重，已经好久没玩过电脑游戏了。这天，作业不多，他心血来潮，打开了电脑，双击桌面上久违的神奇宝贝游戏......
就在这时，阿圣的身边凭空出现了一个蓝色的漩涡。“咦，怎么......”“回事”二字还未出口，他就被卷入了漩涡。
阿圣只觉得一些乱七八糟的东西在眼前掠过，便失去了知觉。
当阿圣睁开眼时，发现自己正躺在街上。他正在纳闷，一个绿色的小巧身影引入了他的眼帘。
“这是......我不会看错了吧......”阿圣揉揉眼睛，“啊，我没有看错，这是木守宫！不过，我不会到了神奇宝贝世界了吧......”
木守宫欢叫一声，立刻蹭了蹭阿圣。“真舒服啊！”阿圣望着眼前这个可爱的小家伙，“木守宫，我们做朋友吧！”
木守宫用力蹭了阿圣一下，又欢叫了一声。
“好，走吧！”
阿圣站起来，抱起木守宫，沿着街一路走去。但是他马上就感到不对劲了：自己的步子怎么那么小？
不看不知道，一看吓一跳，当阿圣打量着自己的时候，差点晕了过去。自己的个子矮了那么多！
阿圣下意识地掐了一下自己的肉，痛得大叫一声。“天哪，不是梦呀，我穿越了！”
阿圣继续向前走去，一个气派的建筑映入眼帘。阿圣摸摸头：“让我想想......这是什么地方来着？”
“愘嚤愘嚤！”木守宫叫了一声，窜了上去，敲了敲门。
“喂喂，别乱敲门啦！”阿圣惊慌失措。
可是迟了！一个身着白色大褂的老人开了门：“谁在敲门？”
阿圣激动得连话也说不好了：“哦，您就是，您就是......”
“哦，这位小朋友，你找谁？”
“我是阿圣，找大木博士！”阿圣稍稍平静了些，但依旧压抑不住心中的激动。
白大褂老人和蔼地笑了笑：“呦，找我啊！来来来，进来慢慢说！”
阿圣便跟着大木博士进了屋。
“看起来这只木守宫和你是好朋友嘛！”大木博士坐下来端详着木守宫，“它的天赋看起来很高啊！很少遇到这样的木守宫了！”
“这样啊，真好......啊——”阿圣打了个哈欠。
“累了吗？那你先去睡一觉吧！”大木博士果断是好人......
阿圣点点头，又想起了什么：“对了，大木博士，您家小茂在吗？”
“哦，小茂他明天就满10岁了，可以出去旅行了，这不，跑去买旅行用品了！”大木博士的记性貌似还不差，“话说回来，你几岁了？”
“我啊。”阿圣本来想说12岁的，不过转念一想，自己不是穿越了吗，那岁数肯定也变了，就现在的身高来看的话，大概是10岁吧，于是说，“我也是明天满10岁。”
“那么巧啊？正好呢！可是阿圣你的木守宫就一直这样呆在外面吗？”
阿圣一拍脑袋：“瞧我！大木博士，您有神奇宝贝球吗？”
“废话，我这里是哪里都不想想！”大木博士站起来走开，回来时手上已经捏着一个上红下白的球了，“这就是神奇宝贝球，用来收服一般的神奇宝贝。还有别的种类的神奇宝贝球，以后你会知道的。”
“好了，木守宫，明天我们一起旅行吧！”阿圣将神奇宝贝球砸在了木守宫头上。木守宫化作白光进了球里，没有丝毫挣扎，收服成功！
“呼，真累，先睡一觉！”阿圣说睡就睡，一倒下便睡着了。
睡梦中，阿圣似乎听到有人在叫他：“阿圣，阿圣！”
“谁？”阿圣在梦境中问道。
“我是时间之神迪亚鲁卡。我是来道歉的。”
“你来道歉？你可是神诶，怎么会来向我道歉呢？”
“诶，话可不能这么说。事情是这样的。那天，我和帕鲁奇牙再次相遇，都以为对方侵犯了自己的领地，就打了起来。我们的攻击对撞，打开了异空间的入口。然后我的攻击又不小心打进了里面。那个异空间就是你们那个世界。这道攻击阴差阳错就向你射去。幸好我及时赶到，接下了攻击。不过你还是被吸入了通往我们这个世界的通道。我和帕鲁奇牙都很内疚，于是便去请求创世神，给你一只神奇宝贝。你的这只木守宫，就是创世神创造出来的。我们请创世神把它造得特别强，你只要好好训练，会很厉害。”
“那么，我能回去吗？”
“很难了吧。现在无人掌管的空间有上亿个，我们只能打开自己空间的入口，不能打开别的空间。通往你们那个世界的入口要打开的唯一办法，就是我们的攻击再次对撞，不过，成功率只有几亿分之一。而且，万一不小心打开了别的空间，你又被吸进去，会更糟糕的。”
“那......我拜托你们帮我做一件事。”
“什么事？”
“到冥王龙骑拉帝纳的空间去，帮我找到我在那个世界的家，再想办法告诉我的家人，我在这里，叫他们别担心。”
“这个啊，没问题。我想，冥王龙会有办法的。还有，为了弥补我们的过失......可以给你一个神奇宝贝蛋，可能孵出各种神奇宝贝的一种。这个蛋，你醒来以后，会在你怀里的。”
“谢谢你们，也代我谢谢创世神和骑拉帝纳。”
“没问题。还有，我用穿越时空去过了未来，那个时候，有一些人会控制我和帕鲁奇牙，在那之前，你得好好训练，到时候来释放我们！”
“控制？”阿圣似乎想起来了，“哦，是不是一个红色的宝石一样的东西？”
“看来你知道啊！是的，就是这样。”
“那么，该讲的你都讲完了吗，时间之神？”
“嗯，你可以醒了，有一个身穿白大褂的人在等你了。”
阿圣只觉得一阵白光闪过，眼睛睁开了。
“阿圣，醒啦？”大木博士果然在旁边。
阿圣连忙把怀里的蛋藏在身后：“嗯嗯，睡了一觉就是舒服。”
晚上，一个身穿白大褂的人站在窗前：“敏捷的思维，强悍的精灵，我的天才孙子也不过如此吧。”