吴淞江原长二百六十里，江南有支流九十六条，江北有支流八十三条，“深广可敌千浦”，狭处也有二里宽。上游与太湖汇合处原本是一片水域，湖水由吴江长桥入江。然而到元末明初时，由于唐代建的吴淞塘路长期阻碍湖水下泄，泥沙和湖底沉积物已经在长桥一带淤涨成陆，被占为田宅和军营，迫使吴淞江的入口向北移到只有八十米宽的瓜泾口，湖水下泄不畅，大大削弱了冲淤能力。淀泖湖群也由于围垦而萎缩，排向吴淞江的水量减少，越发加重了这一情况。随着海岸线逐渐向东伸展，吴淞江又不断向东延长，延长之处均为沙涂，而且多被围垦，水流受阻，故而淤塞严重，几乎成为平陆。太湖和浙西的来水只能向北逆流。因为水势不顺，流程又远，造成下游排水困难，洪涝灾害频繁发生。
针对这一状况，明清时期对太湖下游进行过多次疏浚，其中最著名的工程是夏原吉的“掣淞入浏”和开挖范家浜。
明永乐二年，太湖地区的苏、松、嘉、湖四府水灾，户部尚书夏原吉受命治理。他亲自调研，对四府地貌和水患成因作了精辟分析，认为苏、松、嘉、湖水患“为浦港塘塞，涨溢害稼”，继而又对吴淞江等港浦状况分别加以剖析。他认为治水之法，“应在浚吴淞诸浦”，刘家港、白茆等港浦应大加利用，可工少效快。他采纳元代周文英的主张，决定采取把太湖水南北分流的办法，“舍吴淞，事刘家河，首开昆山夏驾浦，掣吴淞北达刘家河，复挑嘉定县之顾浦，引吴淞北贯吴塘，自刘家河入海”。
“掣淞入浏”后吴淞江上游之水部分引入刘家港，使水势更大，为减轻刘家港的负担、有利于太湖东北水系排水，还对白茆、福山等港浦进行疏治，导昆承、阳城等诸湖之水经此出长江归海。
夏原吉也注意到了淀泖湖群壅积不畅问题的解决，开挖大黄浦、赤雁浦、范家浜，使大黄浦之水改由范家浜北流，在今天复兴岛附近与吴淞江水汇合，于吴淞口入海。
夏原吉仅用一年时间就较好地解决了太湖下游长期存在的排水困难问题，后人颇多褒赞。当然也有不同意见，归有光就指责他的做法是舍本逐末。
夏原吉确实在一段时期里解决了太湖下游的泄水防潦问题，而且黄浦江此后日渐扩大并愈益通利，终于成为太湖流域的泄水大川，夏原吉功不可没。但他放弃吴淞江不治，结果使吴淞江下游淤塞更为严重。到隆庆年间，吴淞江下游宽度已经从“掣淞入浏”前的一百五十丈变得只存三十丈。况且，随着黄浦江的扩大，“掣淞入浏”这条路线也逐渐淤塞，分流吴淞江水的能力也随之下降。
所以，从“掣淞入浏”三十年后开始，明清两代还对吴淞江及其他港浦进行过多次治理。
其中海瑞治水的事迹至今为人传颂。海瑞是广东琼山人，回族，为官清廉刚直，因嘉靖年间上疏批评皇帝迷信道教、不理朝政而闻名。隆庆年间海瑞担任应天十府巡抚时，嘉兴、吴县、吴江、松江发生大水灾，他巡视灾区后，针对年荒民饥的情况，决定以工代赈，疏浚吴淞江及常熟白茆河。这一做法既使灾民免于挨饿，又为抗灾招来了劳动力，实属一举两得。榜文发布后民工云集，不到两个月河工便告成，苏州、无锡、常州河道郁积之水由东北方向宣泄入海，灾情因而解除。海瑞还曾治理芙蓉湖圩田。当时圩田虽成，但沟浍尚未配套，海瑞督率乡民兴修圩堤，疏通田间水道，增强了圩田抵御旱涝灾害的能力。四百多年来人们对大政治家张居正不用海瑞颇多非议，治水的事迹表明，海瑞不但是诤臣而且是能臣，未能得到施展抱负的更好机会实在可惜。
昆曲《十五贯》中有一位陈腐迂阔的巡抚周忱，现实生活中的周忱却根本不是这样的昏官，而是水利建设尤其是圩田治理方面的功臣。周忱是江西吉水人，永乐二年进士，宣德五年被任命为工部右侍郎，到江南地区整顿财政、总督税粮。周忱到任第二年就主持整治芙蓉圩。无锡西北部的芙蓉圩旧时是芙蓉湖，因湖中生长芙蓉而得名，又名上湖、射贵湖、无锡湖。湖水面积原有一万七千顷，北宋元祐年间因泄水为田，面积大为缩小。明代以前，芙蓉湖经常泛滥成灾，周围农田往往颗粒无收。周忱总结前人治理经验，依照宋代水利专家单锷的主张拟定方案，征集无锡、武进等地民工，先后七次进行大规模治理。他采用“上堵下泄，化害为利”的方法，在芙蓉湖上游整修加固东坝，阻绝上水下泄，同时开疏沿江黄田港等泄水河道，加快向长江排水，有效控制水位，为湖区垦殖打下基础。然后大范围修筑圩堤，用坚固的外围堤岸圈成西湖芙蓉圩和东湖杨家圩两个大圩，圩内开辟良田十万多亩，并开渠道泄水。为防湖水或河水倒灌，又筑了水闸。为防止堤内积水，还制造了排水工具--戽水机。周忱在江南二十二年，为百姓做了许多好事，在水利方面建树尤多。在他生前百姓就建祠褒扬他的功德，芙蓉圩南端的和尚桥、惠山寺左面的听松坊，旧时都有周忱祠。现今无锡的五中丞祠中，周忱还和海瑞、周孔教等治水有功的先贤一起受到人们的纪念。
平原治圩是农田水利建设的根本课题，明清两代曾多次实施圩岸修治工程。农村设有塘长制、圩长制相结合的社会组织“乡圩”，负责圩岸的修治事宜。地方官府也参与监督，经常巡视勘验。周忱巡视苏州时，还在每都每里设置官车，如某处圩田被淹，则由粮长拘集官车若干辆，“督令人夫，并工车戽”。
浙西、苏南的山丘坡地之间夹有许多洼地，仅金坛一带，面积就达到三四十万亩。山洪暴发时奔腾直泻其间，水土大量流失；雨过后又涓滴无存，只有乱石、泥沙遍地狼藉。因而在明清以前大多荒芜。山洪下泄对下游地区也是一大威胁。明清时曾采用筑圩挡洪、圩内蓄水、开河建闸等方法进行治理。仅金坛一县，就先后修建了建昌圩、都圩、长新圩、杨树圩、大小南北圩。丹阳、溧阳、乌程、长兴、归安、临安、余杭也都有修建，对于防止洪灾、保持水土、开垦田地发挥了巨大作用。
明清两代在苏、松、嘉、湖、杭诸府的海塘修建方面投入较大，共修建江南海塘九十余次，修建浙西海塘也有九十余次。在海塘修建技术上也进入了一个新的阶段，技术日趋完善，塘材不断改进，形式多种多样。崇祯七年，松江知府方岳贡、华亭知县张调鼎等人还首创了以石材修建海塘的先例，为后世修塘提供了经验。
明初以金陵为都城，贡赋漕粟都由浙河运到丹阳，继而登陆转运，人力过于劳费。改成水运从长江溯流而上又要冒风涛之险。因而于洪武二十五年重新疏浚胥溪，并把宋代建的东坝改为石闸，更名为广通镇闸，设立巡检司专职管理。鉴于河水易泄入太湖而不足，不便航行，又命崇山侯李新于胭脂岗凿山焚石，开挖了一条河，也就是今天的溧阳天生桥河，引石臼湖之水，会秦淮入江。于是苏松七府粮运可经东坝直达金陵，胥溪成为漕运要道。但西水东泄的弊端重又形成，苏、常、湖三郡的水患又因此增多。
明成祖迁都北京后，运道不再需要，便废除广通镇闸，改建土坝阻止西水东泄。苏、常、湖三郡的水患因之得到舒缓。但是，所建的土坝既低又薄，常有漫溢泄漏。正统七年，西水泛滥，土坝大决，苏松一带成为泽国。巡抚周忱征集民夫重建土坝，名为“广通坝”，并出榜警告：“如有漏泄水利，淹没苏松田禾者，坝官吏皆斩，夫邻充军。”其后，主张恢复古道者屡次建议废坝，但均被阻止。
嘉靖三十五年，东南沿海受到倭寇侵扰，商旅纷纷取道广通坝以避乱。沿坝居民乘机盘剥过坝客商取利，并由于贪利而在坝东十里更筑一坝，即下坝。上下两坝相阻，西水绝不东流，苏、常、湖三郡的水患因此缓解，而岭脊高淳地区开垦的农田却渐渐废圮，圩田重新被水淹没为湖。
明清两代大部分时期里，大运河都是漕运的主要通道。为确保漕运，当政者对江南运河进行过多次疏浚。对江南运河南段，多采用浚河、增辟水源、建塘筑堰和开凿涵洞等方法，以调节水量，保障灌溉和漕运。对中段多采取修缮塘岸、增建泄水涵洞等办法，以避免泛滥。北段是明清时期治理的重点，主要采用修建河闸以调节水位、另辟河道与运河配合使用等办法治理。道光五年后漕运改为海运，清皇朝对江南运河便不再似前重视。
明清两代太湖流域水利的兴修，不仅对农业生产起到促进作用，而且对于手工业、商业、航运业的恢复和发展，对于太湖周边地区城市经济的繁荣，都有重要意义。或许可以说，正是在太湖水利灌溉的沃土上，明代的江南才萌发了资本主义的幼芽。
十三
民国时期进入近代水利建设的时代，出现了机械排灌、电力排灌、水文检测等先进治水技术，还出现了专业水利组织和较完整的治水计划等近代管理手段，本该是水利事业长足发展的时期。然而，由于战祸频仍和政治腐败，太湖水利长期处于放任自流的状态。水利设施破坏严重，堤防残缺，河港淤塞，涵闸失修，塘浦水网混乱无纲，圩系零散失统，高田患旱，低田患水，洪、涝、旱交替发生，严重影响了农业生产和人民生活。
民国初期，一批有识之士针对太湖地区旱涝灾害频频发生的情况，开始研究水患治理问题，成立水利研究会，从事水利情况的调查、规划，筹拟实施方案。例如，著名教育家、水利学家胡雨人的《太湖水利建设手稿》一书，就对太湖的治水方略提出了大胆的设想和比较全面的意见。
江南地区于二十世纪初出现民族工商业萌芽，运河及其他主干河道两侧纷纷建起工厂、商店、仓库，河道渐窄，加上铁路桥孔狭窄，致使河道涝时不能畅泄，旱时难以引水。民国十年和十二年发生水灾，大片农田受涝，民国二十年和二十三年又分别发生涝、旱灾害，迫使当局不得不重视水利建设。地方政府于是连年征工浚治主干河道、改造阻水严重的桥梁。
日军侵占太湖流域期间，日伪政府为“清乡”而封河筑坝，破坏圩岸，河道淤塞严重，水旱灾害愈益加剧。
在民国时期，江南运河，尤其镇江、丹徒、丹阳境内河段是浚治重点。例如，民国二十三年大旱后，江苏省政府曾经发行江苏水利建设公债，办理全省工赈以疏浚运河，当时划江南运河为第三工赈处，又称疏浚镇武运河工赈处，负责实施了镇江小闸口至无锡洛社段的运河疏浚。一些局部修浚工程则主要靠向当地士绅募捐筹资，其他河道的疏浚工程也由各地自行组织实施，部分先富起来的民族资本家发挥了重要作用。值得一提的是，抗日战争时期在敌后坚持抗战的澄、武、锡三县边区抗敌委员会，也曾经组织农民疏浚河道。
民国时期治水的另一重点是修圩筑堤。圩田是江南自然条件下的特有事物，是江南人民的智慧结晶，是适应湖泊星布、塘浦纵横、水旱不期的环境的有效方法。当时各圩都有岁修制度，遇有圩堤溃决则由地方政府工赈修复。
民国时期，圩区排水逐渐使用机械，圩口都筑闸控制，旱启涝闭，圩区按地形分设排水区。但圩堤都是土堤，而且由于缺乏科学防洪标准及物力有限，大部分堤身单薄，高度不足，遭遇较大雨涝时往往堤决圩破，即使遇有一般雨涝，圩中心积水也难以排出。
从东汉毕岚发明龙骨水车到民国时期，两千多年间太湖地区农民一直利用龙骨水车抗御洪、涝、旱灾害。水车有脚踏、手摇、畜拉等形式。自1908年后，才开始利用进口小型煤油发动机做动力，拖带龙骨水车排灌。进入民国后又出现戽水机船，排灌效率大为提高。因为本地区水网密布、河道通联，大多数农民采用这种木船安装机械排灌设备组成的戽水机船。非排灌季节则拆掉水泵，装上碾米车，流动为农民碾米。由于缺乏专业组织，加之政府扶持不够，所以机械排灌事业发展缓慢。
日寇侵华时，对柴油、汽油实行禁运，油价猛涨，戽水机船的油源供应断绝，大部分戽水机船只能在船上另装木柴炉，改烧木柴。戽水机船数量猛减。民国三十二年后，木柴、煤炭都被日伪当局控制，伪政府下令使用人力或畜力龙骨水车灌溉农田，机械戽水事业严重受挫。
抗日战争胜利后，柴油恢复进口，政府平价配给农用柴油，戽水机船方才逐步恢复。
另一方面，由于武进的戚墅堰电厂建成发电，苏南地区于二十世纪二十年代中期开始使用电力戽水灌溉，各地出现了一批小型电灌站。抗日战争胜利后电力排灌又得到进一步发展。
十四
1949年，新中国的成立，掀开了中华历史上最为翻天覆地的一页。太湖，作为中国版图上最为精华的36500平方公里土地的母亲湖，不仅见证了所有巨大的变化，同时也负载着这变化带来的所有抱负、喜悦、荣光和苦涩。
建国伊始，太湖的水利建设就受到了新成立的人民政府的高度重视，从以下资料就能看出，数十年来，太湖从来没有停止过治理的步伐：
1949年夏季，刚获解放的太湖地区受台风暴雨袭击，长江、太湖同发大水，江堤溃决，圩堤破口，低洼地区大面积受淹，逃荒乞食者数以万计。当地人民在有关部门的有力组织下立刻进行抗灾抢险，全面修堤筑圩，实行联圩并圩，掀起兴修水利第一个高潮。
二十世纪五十年代末和六十年代，江、浙、沪二省一市统一规划，开始有计划地整治太湖流域大中型骨干河道，掀起了兴修水利的第二个高潮。
二十世纪七十年代，在“农业学大寨”运动中，各地全面开展农田基本建设，又掀起了兴修水利第三个高潮。
二十世纪八十年代，国务院长江口及太湖流域治理领导小组通过了包括十大骨干工程的《太湖流城综合治理规划》，从此开创了太湖水系治理的全新阶段。
二十世纪九十年代，国务院召开治太工作会议，进一步明确治太工程的目标和任务，并决定将综合治理骨干工程增补至十一项，规划的实施使太湖流域面对1999百年不遇的大洪灾时也能有效抵御，安然无恙。
到2009年8月，太湖流城综合治理十一项骨干工程全部竣工，困扰太湖子民已逾千载的洪涝问题基本解决。
十五
太湖流域的经济得益于此更是出现了前所未有的高速发展。尤其是改革开放起始的七十年代末到八十年代，除了上海、苏州、无锡、常州、杭州、嘉兴、湖州这些密集的工业发达的环太湖城市，从惠麓山旁到阳澄湖畔，从天目山下到钱塘江边，几乎所有的乡村也都工厂林立，机器轰鸣，形形式式的小企业、小工场乃至小作坊更是不计其数。彪炳中国改革开放史册的闻名遐迩的江南模式、温州模式都发源于此。
毫无疑问，为了生存和发展，为了彻底改变贫穷落后的面貌，农民们如此作为是很难非议的。更严峻的事实是，太湖流域是中国人口最为密集的地区，有限的耕地根本无法满足日益增长的人口的需要【有的乡村每人的耕地竟只有0.4亩】，在工业上找出路已成为憧憬美好生活的农民们必然的选择。
然而，隐患也就埋下了。