白光闪过，当我们的主角醒来的时候，发现眼前一片黑暗！
“怎么了？这是哪啊？怎么这么黑？”
突然，主角的脑袋里传来的创世神的声音“你现在在神奇宝贝世界了，现在还没出生那，时间设定和小智一个年纪的，好了，好好的在那个世界里折腾把。”
轩辕林闲着无聊，就在戒指里修炼起了个创世神诀（创世神给主角的功法总共分九层，每层分上下）
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时间飞逝，我们的主角出生了，当睁开眼的时候，发现四周都是人，主角对他们笑了起来。只听一个年纪很老但是却很精神的声音传了过来“哈哈哈！不愧是我的孙子，刚出生就是与别人的孩子不一样，别人的孩子一出生就哭，我的孙子一出生就笑，今后绝对很坚强的。”一个精神抖擞的老头了笑了几声说道。
“汗~~~坚强和出生就笑怎么扯得上关系啊。看来这位是自己的爷爷啦。”主角内心吐槽道。
“老爸，孩子取什么名字啊？”一个很帅的青年问道。看来，这个就是主角的老爸了。
“就叫林吧！轩辕林！”
“不是把！这么巧啊！上辈子叫轩辕林，这辈子还叫轩辕林啊，呵呵”主角内心惊叹道。
就这样，我们的主角出生了，名字还是和上一世一样。
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转眼已经过去五年了，我们的主角也五岁了，创世神诀突破到了第二层，这期间，小林（今后就用小林来称呼主角了）知道了自己的家庭情况，爷爷是已经退役了的精灵掌门，在联盟里有着很高的名声，毕竟就他一个精灵掌门人，呵呵。奶奶是等级最高的神奇宝贝饲育家。老爸是家族族长同时也是联盟里最神秘的天王。老妈则是一个很出名的神奇宝贝协调家。而外婆外公则是和大木博士起名的研究员（这样设置的，各位不要吐槽吧）。
现在，小林在院子里陪着迷你龙和利欧路还有伊布玩耍着，这里说明一下，利欧路是小林的爷爷在小林三岁的时候送精灵蛋里孵出来的。迷你龙则是爷爷的大徒弟，在联盟里的龙天王渡送给小林的蛋里孵化的。而伊布则是小林四岁的时候在森林里玩时救回来的身上受伤的精灵，后来伊布对小林很有好感，就一直跟着小林。在给伊布治疗的时候，小林惊奇的发现，这只伊布耳朵上有个微型机器，后来才想起来这是火箭队的那只可以进化退化的伊布。
小林陪精灵们玩了一会后，就去了大木博士的研究所。小林出生三个月的时候就会说话五个月的时候就会走路，被真新镇的人成为了天才，后来就经常去大木博士的研究所学习，虽然有着精灵掌门人的知识，但是，学无止境，所以小林很用功的去学习。
到了博士家门口按响了门铃，开门的是小茂，小茂看到是小林就笑着说道“小林，你还真是用功啊，天天都在学习，比小智那个白痴要好多了。”
小林很开心的对这小茂打了个招呼，然后就进去了。走到里边，就看到大木博士一边吃着泡面，一边对着小林打了个招呼，小林对此表示很无语，就去了后院，在这里，能观察到很多的神奇宝贝，每次小林都是在这里观察神奇宝贝，还做一些神奇宝贝们爱吃的食物，和研究所的神奇宝贝们关系一直都很亲密。
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时间有像一支箭一样的飞梭了过去，小林每天都是在学习和饲养中度过，迷你龙也经过蜕皮进化成了哈克龙，利欧路也和主角的波导联系在了一起进化成了路卡利欧。自己的创世神诀也到了第三层的巅峰。终于到了该领取初始神奇宝贝的时候了，小林一进门，就看到了小茂在那里，精灵已经被拿走了一个（另一个人是龙套，在这里不设定了），小林打了个招呼后就问小茂拿了什么精灵，小茂拿了杰尼龟，另一个人拿了妙蛙种子走的，那么只剩下一直小火龙和原著里小智的那只乱放电的皮卡丘了！小林可不打算把主角的皮卡丘拿走，所以就拿了小火龙的精灵球，然后从博士那里拿了图鉴和精灵球就对着小茂打了声招呼走了。
出了真新镇，小林把小火龙放了出来，然后微笑的对着小火龙说“小火龙，我叫小林，以后请多多指教。”然后又把伊布、哈克龙和路卡利欧放了出来，给它们互相介绍了下，每个精灵都感到很开心，然后小林就把小火龙、路卡利欧和哈克龙收回了精灵球，让伊布在自己的肩上趴着，就开始了自己的神奇宝贝大师的旅途。