小林和娜姿走在路上，分别经过了黑暗市，并帮忙解决了那两家道馆的相争。然后经过了嘉年华，小林也没有去管那个魔术师，毕竟小智的小火龙就是在帮他的时候进化的，所以还是交给小智了。最后是霓虹市也叫做不夜事，这里的人都不睡觉，走路碰了对方一下就吵个不停，受不了的小林和娜姿就迅速的离开了这个城市。
来到了大傻谷的小林和娜姿看到天色不早就搭起了帐篷，弄好帐篷后，小林便带着娜姿来到了一个隐秘一点的地方。
“娜姿！这个山谷地下有化石神奇宝贝，刚刚我用波导查了这附近的一切发现的，但是现在这附近都是一些挖化石的人，等到晚上的时候，我们偷偷的去地下，我要把那些化石小精灵收服。”小林对娜姿悄悄的说道。
娜姿刚听到小林说地底有化石小精灵的时候也吓了一跳，后来听到小林的方案后就同意了。
到了晚上，那些挖化石的人全部离去了后，小林带着娜姿来到了一个早上用波导探到的一处地面很薄的地方。“河马王！用气合拳把这里的路打碎后迅速的使出念力力，把打碎的石头用念力轻轻的移动到外边，不要弄出太大的动静来，拜托你了。”小林放出了河马王后说道。
河马王点了点头便照着小林说道去做了。很快地上产生了一个巨大的裂缝，小林和娜姿还有河马王用念力飞进了里边。
在地下走了一段时间，这段时间小林收服了化石盔三只，菊石兽四只，镰刀盔一只，多刺菊石兽三只。到了一个山洞出，小林看到了一直巨大的化石翼龙在里边的一块岩石上睡觉。“就是它了，我主要就是收服化石翼龙的。出来把，哈克龙。”小林把哈克龙放了出来。
“哈克龙，不要发出太大的声音，用急冻光线对准化石翼龙。”小林打算先偷袭化石翼龙，便对着哈克龙说道。
哈克龙对化石翼龙用出了急冻光线，直接偷袭成功，被偷袭的化石翼龙醒了过来，看到偷袭的哈克龙后对着哈克龙叫了起来，然后直接朝着哈克龙撞了过去。
“哈克龙，使用高速移动躲开，然后对着化石翼龙实用水之波动。”哈克龙用高速移动躲开了化石翼龙后用出了水之波动命中了化石翼龙。
偷袭用的急冻光线加上现在的水之波动，一冰系绝招一水系绝招使得刚刚醒来的化石翼龙收了不轻的伤害。化石翼龙很愤怒，直接对着哈克龙用处了亿万顿冲击。哈克龙没来得及躲开就被攻击到了地上。而化石翼龙却一点都没有受到一亿万顿冲击的反弹伤害。
“一点都没有受到亿万顿冲击反弹的伤害，看来特性果然是石头脑袋啊，我觉得要收服你。哈克龙，不要隐藏实力了，直接进化把。”小林看了化石翼龙后对着地上刚起来的哈克龙说道。
哈克龙会意的叫了一声，全身散发出白光，然后一只快龙飞了起来，面对这化石翼龙。
“快龙，抓住化石翼龙的尾巴用出叩打。”化石翼龙速度是很快，可以和正常的快龙一较高下，但是问题是小林的快龙不是个正常的快龙，速度全开后完全超过了音速。所以结果显而易见，化石翼龙还没反应过来尾巴就被快龙捉住了，然后快龙用了叩打，把化石翼龙摔来摔去，结束后，化石翼龙已经晕了过去。
“去吧！精灵球。”小林朝着化石翼龙扔出了精灵球，收服了化石翼龙。
小林让娜姿先回去，自己再去最里边看看后便往里边走去。娜姿也很听小林的话，会到营地去等小林了。
小林到了最里边，看到了那颗波克比的蛋。上前拿起波克比的蛋后笑道。“这就是那颗波克比的蛋把！”然后小林把蛋收进了戒指里就回去了。
回到了营地，小林就给大木博士打了电话。“小林啊，你现在到哪了？”大木博士问道。
“我到大傻谷了，对了博士，正辉博士在吗？”小林说道。
“有什么事吗小林？我在帮博士整理东西那。”正辉博士听到小林叫他就出现在了屏幕上。
“是这样的，我抓了几个精灵，现在就传回去，你们研究归研究，但是千万别发表出去。”小林说道。
“哦？是什么精灵啊？这么神秘。”大木博士来了兴趣。一边的正辉博士听到小林的话隐隐感觉的了什么。
“我传回去就知道了。”小林说完就把精灵球传了回去。
“精灵球传回去了，我就先挂了。”小林说道。然后就把电话给挂了。
大木研究所。“我来看看是什么精灵啊。”大木博士和正辉博士把小林的精灵球放到了台子上用电脑扫描了起来。
“天哪！这是化石盔和镰刀盔还有菊石兽和多刺菊石兽啊，全都是化石神奇宝贝，小林在哪里收服的。”大木博士看到资料后惊讶的道。
“果然是化石神奇宝贝啊。”正辉博士好像听了小林那句“不要把研究发表出去”的话后就猜到了小林传回来的会是化石神奇宝贝，但是还是稍微惊讶了一下。
然后大木博士和正辉博士就开始研究了起来。
而小林这边。小林带着的神奇宝贝现在有：伊布、快龙、电击兽、海刺龙、呆河马、笨笨鱼、皮卡丘、化石翼龙、达克莱伊、闪电鸟，再算上一只没有孵化的波克比的蛋总共十一了，携带的神奇宝贝数量还剩下一个。整理好一切后，小林和娜姿就在大傻谷休息了。
第二天早上，小林和娜姿收拾好了所有的东西后就上路了