第二天，小林从家里拿了一个黑色的单肩的背包后去了研究所，把三神鸟，梦幻，超梦，七彩精灵，达克莱伊这些不算在携带上限的神兽收进球里后放进了自己的背包里。然后小林手里抱着波克比，带着快龙，鬼盆栽，果然翁，暴鲤龙和化石翼龙的精灵球，并嘱咐了喷火龙它们要好好的训练后，就前往石英高原了。
走了一段路的小林，准备在路边休息的时候，却听到了接连不断的巨响。一会朝着声音传来的地方看去，看到了一只巨大的耿鬼和一只巨大的胡地在战斗。“是超古代神奇宝贝啊！看来这个剧情到了。”小林想到。突然，又出来了一只超大胖丁。“没想到胖丁这么快就出来了，我要速度点了，要不然就结束了。”小林看到巨大胖丁出来后想到。然后小林为了不让周围人认出自己就船上成了原来从火箭队手下救出急冻鸟时的装束，然后朝着那三只超古代神奇宝贝的地方走去。
“当化为圆球沉睡在地底的三股能量苏醒的时候，一个神秘的人将带着三神降临于世。”考古家怀特看着手上的石板说道。只见三只超古代神奇宝贝互相对视着。突然，三道破坏死光飞了过来，并击中了三只超古代神奇宝贝。小智他们抬起头，眼前看到的场景全部愣了。只看到天空上，三只鸟在飞着，而且三只鸟的旁边，有有个装扮奇怪的人站在空中，但是让他们惊奇的并不是这个，而是那三只鸟，下边的人全部都认了出来。“那是三神鸟啊。”下面的人都惊讶的想到。
“当神秘人带着三神出现后，就与那三道苏醒的力量彼此争斗着。”怀特的话又传了过来。“急冻鸟，用绝对零度，火焰鸟，用燃烧殆尽，闪电鸟，用打雷。”小林说道。急冻鸟对耿鬼用了绝对零度，火焰鸟对胡地用了燃烧殆尽，闪电鸟对胖丁用了打雷，并且全部击中了对方。
“被击中的三只力量由于愤怒的原因，全部解开了自身所有的封印，力量更加的强大，和神秘人率领的三神，斗的难解难分。”怀特继续说道。
之后和怀特所说的事情一模一样，小林率领的三只神鸟和那三只超古代神奇宝贝打难解难分。这时，怀特的声音又传了过来。“不想浪费时间的神秘人，从身上放出了另一只强大的力量，那只强大的力量比神秘人率先用出的三神更为强大。”
“可恶，不能浪费时间了。出来吧！超梦！”小林放出了超梦。“那股力量一出来后，便以压倒性的胜利制止了那三股力量，这个世界便从神秘人的手中脱离了危难。这是最后的话了。”怀特说道。
超梦一出来，看到了三只超古代神奇宝贝后，直接一个念力便把它们压得晕了过去。“去吧！超重球。”小林看到失去战斗能力的三只超古代神奇宝贝后，扔出了三个超重球把它们收了进去。不停摇晃的三个超重球最后也是停止了摇晃。小林把三个超重球拿了起来，并把超梦和三神鸟收进了球里，看了小智它们一眼后，直接瞬间移动消失了。
“刚刚怎么回事？那个人到底是谁？”看到小林消失后，在场的人无一不是这么想到。“太厉害了，居然把那三只超大的神奇宝贝给收服了，而且还有三神鸟啊，最后的那个神奇宝贝是什么？好厉害啊，好像要和他对战一场。”小智惊讶过后，热血的说道。
“还是算了把，对方可是有三神鸟的，而且最后的那一只神奇宝贝更是强的离谱，你和他对战，倒霉的只能是你。”小霞无奈的说道。小刚也在一旁点点头。
插曲过后，小林瞬移到一个岛屿上，这个岛屿没有任何一个人。“出来把，你们三个。”小林放出了三只刚刚收服的超古代神奇宝贝。三只巨大的超古代神奇宝贝一出来全部把目光统一看向了小林。
“你们三个，力量还没有完全恢复啊，想不想恢复？我可以帮你们，但是前提，你们必须要当我的神奇宝贝。”小林用心灵感应对它们说道。看到三只神奇宝贝都点了点头，小林便把它们身上的封印给破了开来。
三只超古代神奇宝贝封印解开后力量全部达到了巅峰。“你们三个，现在的身躯太大了，可不可以变小啊。”小林对它们说道。三只超古代神奇宝贝听到后就全部小了，只不过都比平常的耿鬼，胡地和胖丁要大一些。“你们变小后就不要变回去了，而且你们的力量很强，我现在要给你们加一道封印，这个封印是可以自由解开的，只有我让你们解开或者是到了万不得已的时候，你们才能解开封印。知道了吗？”小林对它们说道。三只神奇宝贝都点了点头。“这个封印解开后，你们的力量会恢复，之后就会自动封印。”小林给它们说道，然后手一挥，耿鬼和胡地还要胖丁身上就出现了一些奇怪的紫色纹路。
然后，小林放出了在神奇宝贝原野区里收服的暴鲤龙！“暴鲤龙，你跟着喷火龙它们训练的也够强了，但是我要给你重新做一个系统是训练，这里是一个小岛，四周都是海，对你的训练很有帮助的，海底有压力，你到你能够承受的地方联系那些能够发射的绝招，在四周的都是压力的海底里，要把绝招的释放速度达到最快，之后你在向更深的地方去适应，然后再练习释放绝招的速度，提醒你一下，绝招的威力不准减小，要用到最大。”小林对暴鲤龙说道。
暴鲤龙知道这个训练非常的难，可以说对于自己而言是极限。之后又想到了这个训练完成之后，自己的实力会大幅度的提升到一个前所未有的境界后，便大叫了一声就去训练了。
之后小林把快龙，鬼盆栽，果然翁，化石翼龙后，对他们和旁边的已经变小的三只超古代神奇宝贝说了下训练的计划后，它们就全部去训练了，然后小林就抱着波克比和它玩耍了起来。
在岛上过了几天后，小林知道了石英大会要开始了，所有的神奇宝贝都训练的很好，暴鲤龙也完成了目标，现在在海里的最深处也能达到了绝招释放和平常的暴鲤龙在水面上全力释放绝招的速度相同。
小林把他们收进球里后，抱着波克比直接瞬间移动，目标，石英高原。