大约五百年以前，中国的道教文化兴盛，武功配合心得使得中华大陆出现了无数半仙之体。
此时中国大陆的旁边，一个小岛之国正处于兵荒马乱的时代。此时岛国的一位帝王派人到中国请了一位得道高人前来助战，但此高人早已淡出红尘世事，无意帮助战乱。
帝王眼看自己的霸业要毁于一旦，放下高贵之躯，亲自前来跪求，连续三天三夜不动的精神和诚意感动了高人，高人答应随帝王回去助阵。
到了那个叫东盈的岛国，帝王又恳求高人收自己两个手下为徒。高人既然已经决定帮忙，不好意思拒绝，就勉强答应了，教了两个年轻人一些修真的皮毛。
两个年轻人到也十分刻苦，本事越来越大，但怎么修行都赶不上那高人一层，心中大不满足，趁高人不备，将高人的宝书典籍偷窃入手，并假借高人之名，骗取了一些道友的法宝秘籍。
高人得知以后十分愤怒，向两人索要密集，并不许将密集功法透露出去。两人早已把典籍抄写了数份，将正本归还高人，并立誓不会透露。秘籍失而复得，高人不忍再追究下去，转身离去。
然而二人并没有遵守诺言，将密集奉贤给了帝王，并暗地组织了两个帮派，修习秘籍中的杀戮之道，为怕高人知晓此事，两人传令下去，凡习功法者，且勿张扬，凡事隐姓埋名，不得暴露于人群之中。
从此两个组织分为两个流派，并以两个建派祖师的名字取为派名。一个为伊贺，一个为甲贺。
随着一代枭雄织田信长落败，战国时代接近尾声，伊贺和甲贺两人也随着大战的落幕而淡出，消失在历史舞台之中。之前的那个帝王，就是这个落败的枭雄织田信长，随着历史不断地前进。他落败的原因也渐渐成了一团迷雾，各种说法都有。
而枫今天所面对的，就是曾经消失在历史舞台中的忍者首领——甲贺！