此消彼长之下，刘仁愿征战多年的苦劳、举荐人才的功劳，全都化为乌有；而刘仁轨则彻底成为李治眼中最值得信赖的红人。
几年后，唐军再次讨伐高句丽。那时刘仁轨已经被调回朝廷，接替他的刘仁愿受命联合新罗军从南线配合进攻。由于新罗军故意拖延，刘仁愿没能及时赶到前线，就被朝廷以“征高句丽逗留”的罪名逮捕下狱。高宗李治念刘仁愿没有功劳也有苦劳，便赦免了他的死罪，把刘仁愿一家全部流放到了西南边陲的姚州（今云南姚安北）。刘仁愿从此退出历史舞台，郁郁死于姚州。
这就是命数。
刘仁轨的谋略
在刘仁愿和孙仁师班师回国后，刘仁轨的主要任务就是治理百济，处理各种战后事宜。
刘仁轨是文官，文官想要控制地方，就需要有信得过的将领和军队。刘仁愿是指望不上了，其他唐军将领也要陆续回国，于是，刘仁轨决定起用曾经投身复国运动，并在任存城之战中立下战功的百济名将黑齿常之、沙咤相如。黑齿常之知恩图报，竭力帮助刘仁轨治理百济。
这一年（664年），刘仁轨63岁，黑齿常之35岁。
黑齿常之把刘仁轨当干爹一样来感激。
从首次领兵出征到正式成为唐朝在百济的最高军政长官，从一个默默无闻的普通官员成为独当一面的封疆大吏，刘仁轨用了三年时间。刘仁轨没有辜负高宗皇帝的期望，成为唐朝在百济的最高长官后，他摇身一变，开始大刀阔斧地教化百济，实施仁政。
第一，收殓遗骨，清理战场。大战之后必有大疫，四年的战乱几乎让百济境内的每一寸土地都变成了人间地狱，战死、饿死、病死者不计其数，大多曝尸荒野。刘仁轨上任后的第一道命令，就是下令军民收敛尸体、掩埋死者，一方面防止疫病爆发，一方面清理农田山林，为恢复生产做准备。
第二，选拔官吏，恢复行政。从百济灭亡到刘仁轨上任，其间几年，百济原有的政府机构已经荡然无存，苏定方、刘仁愿、扶余隆都曾先后委派官吏处置政务，但整个百济的行政机构仍混乱不堪，很多地方都是“三不管”，盗匪丛生、政令不通、赋税不收。刘仁轨上任后，在百济原有政府机构的基础上重新划分府、州、县，并委派官吏进行管理，构建起百济官员负责具体事务，汉官稽查监督的行政体系。
第三，修桥开路，兴修水利。多年战乱让百济境内的生产和交通设施遭到了严重的破坏。为了能够尽快落实各项政令，刘仁轨在让治下官吏收敛尸骨，恢复行政机构的同时，还积极发动军民修桥开路，恢复交通干道，修缮各种农田水利设施，为恢复农业生产创造条件。
第四，收拢流民，落实户口。几年的战乱不但破坏了百济的农业生产，也让数十万百姓流离失所，逃避兵役和赋税。刘仁轨颁布了各项政令招募流民，派官吏帮助他们返回原籍，并登记在册，不但大大充实了民间劳动力，也让百济境内的治安状况大为改善。
第五，鼓励生产，赈济灾荒。前面四点可以说是刘仁轨在上任后的一系列准备工作，稳定百济局面的关键，就在于尽快恢复生产。为此，刘仁轨一边鼓励百济军民垦荒种田，重建家园，一边对伤兵、孤老、灾民等进行救济，让百济军民能够维持生计，慢慢安顿下来。
第六，屯粮练兵，营建后方。安顿百姓，恢复生产只是刘仁轨治理百济的第一步，当各项政令逐一得到落实，百济境内逐渐恢复秩序后，刘仁轨便开始了第二步行动，也就是为唐朝攻灭高句丽的全盘战略营建一个坚实的南线大后方。为了摆脱在后勤军需上对“盟友”新罗的过度依赖，刘仁轨积极修建百济各处要塞，分兵戍守，一边训练士卒，提高军队战斗力，一边屯田积粮，以备战争之需。
第七，宣扬正统，教化百济。在实施一系列物质措施的同时，刘仁轨还培养百济人在精神文化上对大唐的依赖。他一边命人在各地修建官社，供奉大唐社稷，一边使用大唐年号和历法，推行汉话和汉字，通过一系列的教化措施，让百济慢慢演化成大唐之土。
这七项措施的落实，很快就使得百济从战乱的创伤中走了出来，百济军民也对大唐仁政感激涕零。混乱不堪的百济，终于呈现出一派欣欣向荣的局面。
百济内部关系算是基本理顺了，接下来就是对外。
贰 日本的选择
在白江口海战中，损失最大的无疑是日本，辛辛苦苦十几年，一朝回到改革前——大化改新苦心凝聚起来的国力和民心，只打了一仗，就被无情地击碎，最精锐的水军也完蛋了，虽然没有伤及根本，却再也不敢轻易对朝鲜半岛用兵。经此一役，唐朝上下已然意识到了日本的威胁，开始把日本正式归为实质性的威胁力量；而日本上上下下也对唐朝产生了严重的恐惧心理，外交策略也从战略扩张转变成了战略防御。此时的唐朝和日本，都在观望，都在试探。
中大兄的妙计
在治理百济内政的同时，刘仁轨并没有忘记周围的邻居们，重点要试探的，是高句丽和日本。
首先是高句丽。
试探高句丽，刘仁轨决定采取武力，因为盖苏文是个二愣子，跟二愣子讲道理是没用的，直接抡拳头效果最好。所以，刘仁轨派出一支部队，还拉上了新罗——新罗和百济不是刚刚会盟吗，那就有难一起当，有架一起打。文武王金法敏没办法，只好派大将金仁问、金品日也带着一支部队配合作战。
金仁问和金品日跟唐军配合多年，两军联手，很顺利地就攻下了高句丽南部重镇突沙城。按照刘仁轨的估计，高句丽一定会发起反击，夺回城池；结果高句丽只是加强了周围地区的警戒，并没有立刻反攻。这说明，一向蛮横的高句丽，实力已经大不如前，试探的目的达到了。
其次是日本。
日本自古就是一个危机意识很强的国家，而且缺乏安全感。没有安全感的一个重要原因，就是他们生活在列岛上，四面都是大海。日本人一直都很向往广阔的陆地，很希望能够在陆地上取得一个据点，因此，只要国力稍强，他们就会迫不及待地向外扩张。
而在白江口之战后，日本上到贵族统治阶层，下到平民百姓，最担心的就是唐军乘白江口大胜之威渡海东进，直接对日本本土用兵。
日本的担心不是没有道理，白村口之战后，朝鲜半岛的局势虽然趋于缓和，但各方势力的明争暗斗并没有结束，反而有愈演愈烈之势：百济王族在唐朝的扶持下在名义上“复国”了，刘仁轨的一系列仁政也让百济军民的抵触情绪大为缓解，国内生产逐步恢复，百济正在一步步成为唐朝在半岛南部最稳固的战略基地；新罗不甘心就此让出一大半战争果实，他们一边积聚实力、寻找机会，一边在外交和领土问题上拖唐朝的后腿，但又不敢公然与唐朝翻脸，在态度上显得暧昧不清；高句丽虽然没有多少领土损失，但在唐军南北两线的持续打击下，国力损耗严重，很难再对辽东、百济、新罗发动全面攻势，因而也寄希望于混乱的半岛局面能延缓唐朝攻掠东北亚的步伐。
白江口之战中，被唐罗联军歼灭的主要是一直跟随扶余丰的5000人和第四批由庐原君所率领的水军，总计在万人之上。阿云比罗夫率领的第二批日军和周留城的百济守军则一同向唐军投降；毛野稚子和阿倍引田比罗夫率领的第三批日军则与复国军余部退回日本本土。
日本和百济是同盟关系，所以那些被打散的复国军余部和众多不愿归顺唐朝的百济遗民理所当然地把日本当成了庇护国，纷纷渡海前往。这些百济遗民很显然不是前去日本当“顺民”的，而是想以日本为基地重新组织力量伺机东山再起，反攻百济本土。另外，尽管百济的国力不如日本，但百济人对日本人是有心理优势的——百济不论在经济上还是文化上都要优于日本，日本大化改新的很多思想也都是从百济传入的。因此，这些百济遗民来到日本后，倒是颇有些反客为主的意思。
这就让中大兄皇子非常头疼了：接纳的话，大量百济遗民涌入，给日本沿海地区带来了严重的治安问题；不接纳，就有违当初两国缔结的盟约，一旦逼得这些百济人从流民变成流寇，对日本的危害更大。而日本上下最担心的，就是接纳百济人会引来唐朝的不满，怕唐军以追击百济复国军残部为名，对日本本土实施报复性攻击。
怎么办？摆在日本君臣面前的是两难抉择。
最后，中大兄皇子使了一招顺水推舟：你们这些百济遗民想要在日本落脚不是不可以，但想要在日本待下去，就要为日本的建设和国家安全出一份力。怎么出力呢？
盖城堡，修工事，筑长城。
为了防范唐军从海路来犯，中大兄皇子决定在北九州和濑户内海沿岸修筑三道防线：第一道防线是一系列沿海防御工事，主要是在对马、壹歧、筑紫国等地修建烽火台，并派精兵把守要冲，主要起到预警作用；第二道防线是在筑紫一带修建大水堤，并以水地围成水城，可供小船通行，使唐军大船却无法靠岸登陆；第三道防线是在对马、北九州、长门、赞吉的屋岛、河内的高安修建城堡，形成纵深防御，即便对马、壹歧等地失守，还能凭借沿途城堡阻挡唐军，确保筑紫大宰府及北九州等核心地区的安全。
但是，仅靠日本当时的技术水平，是无法完成这一系列高难度的建筑工程的。所以，中大兄皇子册封了数十名渡海来投的百济贵族和将领，让他们在日本朝廷担任官职，在安抚和笼络的同时，让他们把数万百济遗民组织起来，负责这一系列工程的建设和监督。
百济的贵族和将军们得到了日本朝廷的接纳，于是很用心地充当起了日本防务建设者的角色（反正出力的是士兵和老百姓），把百济较为先进的生产技术和管理经验带到了日本。而对刚刚来到日本的百济人而言，给他们事情做，以工代赈，生活有了着落，吃住问题解决了（干活肯定要给工钱），力气都用在干活上了，也就不会有太多的精力去闹事了。
日本修建沿海防线与刘仁轨治理百济几乎是在同时进行。从表面看，双方都在为接下来可能发生的战争做准备；但实际上，唐朝并没有远征日本本土的计划，留在百济的唐军也不具备渡海远征的充足兵力，日本过于紧张的举动反而引起了刘仁轨的警惕。
作为唐朝在百济的全权代表和最高军政长官，刘仁轨必须要对熊津都督府的安全负责，因此，他决定派人去日本走一趟，看看一边收留百济遗民，一边修筑军用工事的日本到底想干什么。
郭务的山寨使团
664年（唐高宗麟德元年）四月，刘仁轨派朝散大夫郭务带着书和礼物坐船到日本的九州岛访问。需要注意的是，这次出访的最初策划者并非刘仁轨，而是百济都护、熊津都督刘仁愿和熊津道行军大总管、右威卫将军孙仁师，只不过刘仁愿和孙仁师在郭务动身前就已回国，所以这个计划的实际执行者是刘仁轨。
关于这次访问，史料是这样记载的：“（664年）四月，大唐客来朝。大使朝散大夫上柱国郭务等卅人、百济佐平祢军等百余人到对马岛。遣大山中采女造信侣、僧智弁等来，唤客于别馆。（郭务）乃授牒书一函于智弁等而奉上，但献物检看而不将也。”
从这条记载中我们能够获得两个信息：第一，这次出访实际上是唐朝在百济灭亡后首次向日本派遣使者；第二，这次遣使并非唐朝政府官方所派，而是熊津都督府作为地方行政机构的一次外交行为——在没有得到唐朝中央政府的授权下，这次出访可以被视为是非法的。
那么，刘仁愿、孙仁师和刘仁轨为什么会在唐高宗不曾授意的情况下突然派人前去日本出访呢？
首先是稳定的需要。白江口之战后，百济境内大体平复，进入了恢复生产和休养生息的时期，但唐朝留在百济的军队数量并不多，大体能够维持百济的安全与稳定，并不足以对高句丽和日本发起大规模的进攻，战后的百济也需要时间来恢复生产，同时与高句丽和日本为敌并不是明智的选择。
其次是战略的需要。唐朝的主要目标是高句丽，经营百济是为了在半岛南部建立稳固的大后方，而非渡海远征日本，所以需要对日本采取一定的安抚措施。同时，百济复国军残余势力并未完全被消灭，他们和不愿归附唐朝的百济遗民一起投靠日本，企图东山再起，又不得不防。
所以，刘仁愿、孙仁师、刘仁轨等人才决定派有能力有胆色的朝散大夫郭务和百济高官祢军一起出访日本，打探百济遗民动向和日本境况。朝散大夫只是一个衔位，没有具体的职务。在唐朝的外交史上，先后有两位著名的朝散大夫，一个唐太宗时期的王玄策（王玄策在印度一人灭一国的传奇经历，足以另写一本书），另一个就是唐高宗时期的郭务。
郭务带去的那封外交文书，一定经过了刘仁轨的精心润色——既要表明唐朝愿意通过和平手段来解决东北亚问题的态度，以减轻日本上下对唐朝的敌意，同时又委婉地警告日本不要助纣为虐，帮助百济遗民与大唐为敌，让日本君臣在疑虑和惶恐中不敢轻易插手半岛事务。
不过，这次出访也带有很大的风险。郭务的使团是由熊津都督府派出的，并不代表唐朝政府和皇帝的意志，而是以地方官员的身份派人出访一个国家，等于把日本降了一级——你日本也就能和我大唐道一级的官员平起平坐。这一举动放在外交上，说得严重一点，不仅是蔑视，还带有明显的挑衅性，日本人要是火气大点，脸皮薄点，那可就是战争的借口！
不过刘仁愿等人（最后拍板的是刘仁轨）不怕。为什么不怕？因为日本刚刚在白江口吃了个大败仗，正是害怕唐朝的时候，哪里还有胆子跟唐朝斤斤计较？
这种外交嘛，大多数时候是打着文明的幌子行分赃之事，但在非常时期，又需要这样的胆色和痞气，譬如陈汤，譬如班超，譬如王玄策。
“大唐使团”的突然到来，让日本上下惊疑不已。当时两国正处在战后的“冷战期”，任何外交上的举动都会引来对方的担心和揣测。当时负责日本外交事务的，是筑紫大宰府。而筑紫大宰府的最高长官，就是中大兄皇子新近任命的大将阿倍比罗夫。
阿倍引田比罗夫也曾率部前往周留城支援复国军作战，但他并没有参与白江口之战，而是在得到白江口惨败的消息后立刻撤离百济，退回日本本土。由于阿倍引田比罗夫率领的人马没有在战争中遭受太大的损失，所以在战后被中大兄皇子任命为镇西筑紫大将军，也就是筑紫大宰府的最高长官——筑紫大宰帅。
这位日本国外交部长上任没多久，就迎来了唐朝派来的使团。唐朝的使团是来了，可日本人纳闷啊：唐朝在这个时候派人来，到底是来干什么的？是真心实意来搞好关系，还是借机前来刺探军情？可这伙人又不能不接待，如果怠慢了上国使臣，那可就给了唐朝开战的借口。而且，日本人从郭务带来的牒书发现，这个使团的级别并不高，而且不是大唐皇帝派来的，只是熊津都督府的代表。这就又有两个问题：