同文馆之狱与车盖亭诗案有着千丝万缕的联系，旧党不是利用车盖亭诗案放逐了蔡确并导致他死在岭南吗？现在势力完全倒过来了，蔡确的二儿子蔡谓早先在蔡确被贬的时候受到牵连。他到处避难，曾经躲到广西的香林寺里面。穿着僧人的衣服，一躲就是7年，哲宗亲政后回到朝廷。当年的仇恨压在心头已经很多年了，现在到时候报仇了。
绍圣4年（1097年），他给哲宗报告说，他的叔叔蔡硕曾经在邢恕那里看到一封信。信是文彦博的儿子文及甫写给邢恕的，信中说道“司马昭之心，路人所知。又济之以粉昆，朋类错立，欲以眇躬为甘心快意之地”。“眇躬”意指宋哲宗，因此旧党的刘挚和梁焘等人被认为是曾经在元祐年间准备废掉哲宗。
哲宗一看，龙颜大怒。命新党的官员蔡京和安惇在同文馆受理此案，因此史称“同文馆之狱”。其实，这件事完全就是子虚乌有。蔡京等人花了很大的力气去审理，用尽各种办法逼供。终究没有找到刘挚等人谋反的确切证据，最终以“诚有是心，而反形未具”结案。刘挚等人早在绍圣初年就被贬到岭南去了，尽管这样朝廷还是将刘挚等人的子孙一并禁锢在岭南，以示惩戒。
元符2年（1098年），刘挚再次被诬陷与宦官陈衍和张士良阴谋废立。刘挚已在绍圣4年岁末贬死，死无对证；陈衍贬在崖州（今海南崖县），被哲宗下令在当地处死；张士良从贬所押回朝廷受审。当时蔡京在张士良面前摆满了很多刑具，鼎镬刀锯一应具备。威胁他说只要你承认此事，那就官复原职；不承认，那就大刑伺候。
张士良是一个有骨气的宦官，当问及所谓高太后废立事，他仰天大哭，高声说：太皇太后不可诬，
天地神祇岂可欺！
他说：“杀了我也不能诬陷高太后。”在中国数千年的宦官史上，张士良应该被记上一笔。因为他也代表着大宋精神，他的人格比那些寡廉鲜耻且首鼠两端的官员文人要高尚得多。
章惇与蔡卞还打算追废高太后，并拟好了诏书。向太后听说了这事，号哭着来见哲宗。她以同听政的身份，证明高太后所做一切昭如正午的太阳。哲宗生母朱太妃也苦劝道：“皇上一定这么做，也就容不得我。”哲宗这才怒斥章惇与蔡卞，是否还让他有脸跨进英宗的祖庙，一场追废高太后的政治闹剧才草草收场。
同文馆之狱及其相关事件是继车盖亭诗案之后的一场大的文字狱，它表明围绕着最高权力的斗争更加激烈。它使得北宋的政治生态进一步恶化，使得任何人都有可能被莫须有的罪名赶到岭南去，使得人人自危。丧失了安全感，也就丧失了责任感，靠着士大夫的责任感支撑起来的文治帝国随时都有垮塌的危险。
3. 元祐党籍碑
在今天的广西，桂林龙隐岩和融水县真仙岩各有一块《元祐党籍碑》，两块碑是否都是宋刻还有些争论。但是不管怎样，这两块碑依然传达着久远的历史信息。将人们带回八九百年以前，再次感受那场政治大清洗运动的惊心动魄。
元符3年（1100年）正月，年纪轻轻的哲宗病崩了，据说是因为他在性生活上的放纵而导致自己短命的。他没有儿子，使得皇位的继承成为一个大问题。当然，皇帝也只能从哲宗的兄弟中诞生。神宗共有14个儿子，当时在世的只有5个。
神宗的皇后向太后此时走到了政治的前台，她向章惇等大臣说：“先帝无子，应当立谁？”
章惇是宰相，他提出应立哲宗同母弟简王。
向太后说自己没有儿子，所有的皇子都是神宗的庶子，不应再有区别。简王乃13子，断无僭越诸兄的道理。
章惇改口说：“若以长幼，应立申王。”
申王有残疾，一眼瞎。向太后表示反对，认为端王最合适。
章惇一句话脱口而出：“端王轻佻，不宜君天下。”
向太后强调先帝遗言就是让端王即位，曾布也指斥章惇，支持向太后。于是端王继位，他就是宋徽宗赵佶。
宋徽宗以庶子入承大统，尽管已经19岁，仍请向太后垂帘听政，以压阵脚。与真宗的刘皇后和英宗的高皇后不同，向太后对权力并不感兴趣。听政仅半年，这年7月就宣布还政。
刚刚登基的宋徽宗励精图治，启用名相韩琦之子韩忠彦和范仲淹之子范纯仁。文彦博、司马光和刘挚等33位元祐大臣恢复了名誉和官职。一时间朝野欢呼，号为“小元祐”。
徽宗登基，反对徽宗的新党领袖章惇立刻就倒霉了。他担任山陵使，结果哲宗的灵柩陷入泥潭，被参劾为大不敬。于是他被罢相，然后就被贬到了岭南。后来移至睦州（今浙江建德），死在那里。
蔡卞也是众多台谏官弹劾的对象，作为王安石的女婿，他也是鼓动哲宗绍圣的主角，现在贬往太平州（今安徽当涂）居住。
接着，蔡京夺职出居杭州，邢恕、林希和吕嘉问等也分别被逐出了朝廷。
可以说这时候朝政成了旧党的天下。
四人帮之中，唯有那个比较温和的曾布还在朝中。他本来就反对章惇的激进主义做法，并且拥立徽宗有功。一些旧党对他也很有好感，成为当时新党在朝的唯一领袖。
元符3年岁末，徽宗明确表示元祐和绍圣均有所失。要以大公至正，消释朋党，改元建中靖国。宋代年号往往反映出在位皇帝的施政意向，徽宗这个年号的政纲很明确。“建中”就是在元祐和绍圣之间不偏不倚，“靖国”就是强调安定团结乃压倒一切的头等大事。
建中靖国元年（1101年）正月，向太后去世。向太后是旧党的靠山，她一去世，朝政的风向马上就变了。
起居郎邓洵武是新党邓绾之子，他挑唆徽宗说：“陛下是神宗之子，忠彦是韩琦之子。忠彦更变先帝之法，在他是继承父志，陛下却不能够。必欲继承遗志，非用蔡京不可。”邓洵武用父子之情离间了徽宗的君臣之义，挑起了他对旧党的不满和仇恨。11月，徽宗宣布明年改元崇宁，表明他将转而崇尚熙宁新法。
曾布为了把韩忠彦挤走，援引蔡京入朝担任翰林学士承旨。不久，蔡京就当上了执政。蔡京入朝，先与曾布联手迫使韩忠彦罢相。罪名是变神宗之法度，逐神宗之人才。但蔡京站稳脚跟却开始倾轧曾布，上演了“螳螂捕蝉，黄雀在后”的闹剧。曾布很快被他赶出了朝廷，蔡京成了最大的赢家，宋朝历史进入了徽宗与蔡京狼狈为奸的时代。
蔡京是福建人，是蔡卞的哥哥。他本来是一个没有任何立场的人物，只是因为弟弟是王安石的女婿，所以和新党关系密切。其实在司马光废除新法的时候，他当时任开封府，废除新法比谁都要快，司马光说“倘若人人奉法都像蔡京那样，何不可行之有”。然而章惇掌权，他又去讨好章惇。他就是这样一个毫无立场唯利是图的奸诈小人，可是徽宗就是欣赏他。
蔡京是位书画能手，据称宋代书法四大家苏黄米蔡的蔡最初就是指他。后来因为人们觉得他人品太坏，就用另一位书法大家蔡襄替代了他。
他在徽宗登基之后，阿谀宦官童贯，寻找飞黄腾达的机遇。当时童贯奉诏到杭州搜罗书画珍玩，而蔡京被贬在这个地方，于是他精心绘制了屏障扇面让他带回宫中。徽宗一看，十分喜欢。童贯乘机说项，徽宗便决定重新起用蔡京。于是蔡京在10个月里掌握朝政大权，成了一人之下，万人之上的人物。
如果说章惇只是心狠手辣，则蔡京完全就是卑鄙无耻。蔡京不讲任何立场和原则，他只是利用任何可以利用的手段整人。
蔡京当宰相的时候，他依然高举新法的伟大旗号，然而其所作所为跟王安石的新法没有任何关系。王安石设了“制置三司条例司”，他就模仿着设了个“讲议司”。由他担任头头，说要讨论一下新法该如何如何进行。实际上他把自己的亲信都安插其中，独揽权力，打击政敌。
元符末年徽宗曾经下诏求言，一些官员纷纷上书。现在蔡京把这些人分成6等，即正上、正中、正下、邪上、邪中和邪下。谁跟他走得最近，那就是最正；反对他的程度越深，那就越邪。
后来徽宗和蔡京开出了一个元祐党人的名单，包括：文彦博、吕公著、司马光、吕大防、刘挚、王岩叟、范纯仁、韩维、苏辙、陆佃等文武执政官22人。
苏轼、范祖禹等曾任待制以上官员35人。
秦观、黄庭坚、程颐等其他官员48人。
张士良等内侍8人。
王献可等武臣4人。
徽宗御笔书写，把他们的名字刻在了端礼门外的石碑上。看到这个名单，很多人立刻就会明白为什么北宋会灭亡，而且灭亡得那样快。
到了崇宁3年（1104年），徽宗下诏重定元祐和元符党人。还有上书邪等者，一共是309人，刻石朝堂。先由徽宗书写刻石文德殿门东壁，再由蔡京书写颁示全国州县刻石。
这时候已经没有了新党和旧党，只有蔡京喜欢和不喜欢的。蔡京也懒得搞文字狱，直接仿效秦始皇焚书坑儒。像苏轼及其苏门弟子的著作都成了禁书，要被毁掉；司马光及其弟子的书也要被毁掉。就连《资治通鉴》也差点被毁了，幸好有神宗写的序才幸免于难。
元祐党人的子女也遭到株连，他们不能在京城任职，不能在京城居住。
然而到了崇宁5年（1106年），事情又峰回路转。这年彗星出现，古人认为是上天示警。所以徽宗听从建议，拆毁了各地的“奸党碑”，但是为元祐党人的平反又经历了很复杂的历程。
南宋的时候，为了保存历史，两位党人后裔重刻了元祐党籍碑。这两块碑流传至今，为人们所关注。刻碑的人及碑上所列的人都早已经远去，然而碑文依旧让人感慨万千。
蔡京在碑文中所做的描述如下：
皇帝嗣位之五年，旌别淑慝，明信赏刑，黜元佑害政之臣，靡有佚罚。乃命有司，夷考罪状，第其首恶与其附丽者以闻，得三百九人。皇帝书而刊之石，置于文德殿门之东壁，永为万世臣子之戒。又诏臣京书之，将以颁之天下。臣窃唯陛下仁圣英武，遵制扬功，彰善瘅恶，以昭先烈。臣敢不对扬休命，仰承陛下孝悌继述之志。司空尚书左仆射兼门下侍郎蔡京 谨书。
透过蔡京那潇洒的书法，数百年之后依旧可以感受到那浓浓的杀气。这种杀气当时一度笼罩了开封城，笼罩了大宋王朝。