比起前几次交手，这次双方算是“公平较量”了，不用像澎湖之战那样挖沙子，也不用像料罗湾水战那样堵港口，茫茫大海这么宽，你放火船也烧不着，只能拼船坚炮利了，可这个却是荷兰人的强项。起初郑芝龙有自信，你的船炮厉害，我的三桅炮船也不是吃素的，可真打起来才知道，跟这种荷兰新式夹板船相比，三桅炮船真吃素了……
和前面几次交手不同，这次荷兰的三桅炮船，普遍的都加厚了船舷上的挡板，甚至还装上了铁皮，也就是中国人常说的“铁船”，这下可没咒念了，郑芝龙的大炮打的欢，可飞过去的炮弹，打在人家船身上和挠痒痒似的，半点用都没有，可人家一炮开过来，你这里就天崩地裂了。你死我活的海战打了整整一个白天，荷兰人没怎么打疼，自己这边却伤亡惨重，其族弟郑芝蟒，郑芝鹤的战舰相继被击毁。眼看着要吃眼前亏，郑芝龙不愧是“好汉”，连忙下令撤退。仗着船小跑的快，总算从荷兰人的火炮射程里逃了出来，全军退到附近的枫亭港休整。
在郑芝龙身经百战的航海人生里，这应该是他为数不多的败仗之一，可这时候是来不及总结经验了，荷兰人像嗜血的鲨鱼一样紧紧的跟了过来，好战的朗必即里哥，这次目的很明确：打赢你是不够的，灭了你才算完。
这时候的郑芝龙，已经到了人生里最凶险的时刻：跑跑步了，人家的船不慢，一路盯得紧，就算是跑得了，回去有什么脸见人，多年打下来的海上霸权，怕是也要一战赔个精光了。可不跑又能怎么样？荷兰人的战舰忒硬，火炮忒狠，轰轰不透，真恨不得一把火烧了。
危机局面下，众将不免人心浮动，有说突围的，有说交替掩护跑的，关键时刻，还是郑芝龙能撑，好吃好睡不说，还勉励众将莫慌，可话虽这么说，但敌人彪悍如此，你能怎么办？
郑芝龙的办法很简单：那就一把火烧了他。
次日再战，荷兰人还是老样子，排成欧洲海军惯用的海军编队，得意洋洋的点火放炮，郑芝龙的水师还是一如既往的不经打。照着朗必即里哥的盘算，用不了多久，这些中国战舰就要一个个像靶子一样统统被打烂，轰鸣的炮火在继续，硝烟弥漫的海洋上，一艘艘中国战舰在起火，沉没……
朗必即里哥正欣赏着这动人的一幕，却忽然觉得不对，不是郑芝龙的船队在起火吗？怎么烧到我这里来了？
然后他又听到了那声熟悉的嘶叫：火！火！火！
见了鬼了，他明明没有用火船啊，这火从哪里来的，仔细一看却差点没晕过去，郑芝龙确实没用火船，那玩意危险性大，外加成本高，在这外洋上用不划算，但不用火船，不意味着我不能烧你。选一群经验熟悉的水手，七八艘小船，每人背俩火药桶，外加点火的油料，每艘船上有铁链，趁着其他战舰掩护，小船迅速突破荷兰人的火力网迫近对手，用斧丁把小船牢牢钉在敌船上，接着跟点炮仗似的放火，烧！
对于打惯了阵地战的荷兰人来说，这招确实很雷，但郑芝龙却雷到了荷兰人的死穴上：你的战船大，防卫坚固，但船身下部就行动不便，打起来更有射击死角。正好让我钻空子，正要我能钻进去，就该你“过年”了。噼噼啪啪一通点火，荷兰战船来了通连环炸，一个个轰隆巨响，当场五艘战船起火，趁着荷兰人灭火的机会，郑芝龙的反击开始了，雨点般的炮弹砸向荷兰舰队，熊熊烈火中，铁甲也白搭了。先前牛气哄哄的朗必即里哥，眼见败局已定，不得不匆忙下令突围。在经过一波三折之后，湄洲岛海战，再次以郑芝龙的完胜而告结束。
对于郑芝龙来说，湄洲岛海战的惨胜，算是把他“打醒”的一次，这之前的郑芝龙，虽然反复告诫部下不能轻敌，但因几次大战的胜利，也确实飘飘然了，此战的凶险却让郑芝龙明白，荷兰人的野心是不会收敛的，而志在拓展万里海疆的欧洲人，他们的决心和发展能力都是惊人的。上次可以放火，这次可以放炮仗，说不定下次就没这便宜事了，郑芝龙当然不能让荷兰人占便宜，从明朝崇祯十三年开始，郑芝龙陆续在福建海澄，漳州各地建立新式兵工厂，礼聘专业技师研发火器，后来他儿子郑成功那条骄人的军火生产线，就是在这时期奠基的。
但荷兰方面，却不是惨胜，而是只剩下惨了，连最能打的朗必即里哥都歇菜了，外带五艘精锐战舰报废，打一次败一次，这赔本的买卖无论如何也不能做下去了。此战后的荷兰人，算是老实了。明朝崇祯十三年，郑芝龙和荷兰人缔结了有关对日贸易的分成协定，按照协议，每年对日贸易的利润，郑芝龙拿六成，荷兰人拿四成，虽然荷兰人已经觉得很吃亏了，但郑芝龙脑袋里却全然没有这个概念，和你签协议就算瞧得起你了，还想拿四成？做梦！结果是协议虽然签了，可一天都没兑现，海洋上的郑芝龙照样漫天要价就地还钱，荷兰人一开始也很怒，当时的荷兰驻台湾总督顾恩，曾威胁要劫掠中国商船进行报复，没想到郑芝龙更怒，立刻反驳道，你要劫掠我一条中国船，我就劫掠十条荷兰船，面对这个说得出做的到的老对手，荷兰人只好服软了，还有啥办法，继续忍吧。
除了这场凶险的对决后，拜郑芝龙所赐，中国东南沿海基本算是消停了，对于这条连接全球的东亚航线来说，这时候的郑芝龙，真实的角色就是保护者，虽然他没有维护世界和平的觉悟，每张令旗三千两银子的“保护费”也够高，可对于当时的中国海商来说，这确实是个双赢的选择，有钱就出海，出海就赚钱，交点保护费算什么。更重要的是，按照有关历史资料的记录，这时期的东南沿海，从此“海氛频息”，也就是说太平了，虽然三千两白银的保护费够高，但是过往的商贾可以获得的利润，有“二十倍之利”，东南亚的华人数量，每年出海的中国商船，都滚雪球般的增长着。一个由中国人主宰，北至辽东半岛，南到曾母暗沙的东亚海洋帝国，在郑芝龙的努力下已经悄然形成了。中国海商的“后发效应”，此时正勃勃向上。
对于这样的勃勃向上，荷兰人是不甘心的，可海洋争霸实力说话，不甘心也只能憋气，憋到后来，荷兰人还要忍气吞声，辗转从日本购买郑家的令旗。也就是承认了郑芝龙家族对这片海域的主宰地位。控制这片海洋没指望了，还是关起门在台湾过日子吧。
而郑成功主宰这片海洋的时期，也是荷兰人通过台湾为中转站，与中国大陆贸易的高峰期，比起早期他们的强买强卖，欺行霸市，这时候的荷兰人算是老实了，每次买货，都老老实实的按照郑芝龙提供的价格购买。也正是这时期，占有台湾的荷兰人，输入大陆的台湾土特产日益增多，比如鹿肉，砂糖，硫磺，牡蛎，盐鱼，鹿皮，同时荷兰人从东南亚劫掠的象牙，犀牛角这些奢侈品，也同样通过台湾中转，输送入大陆，晚明有钱阶层奢靡之风大兴，靠转卖这些物品，郑芝龙同样也年年大赚一把，但是他不会想到，他赚的，是台湾百姓的灾难。
虽然我们说到台湾沦入荷兰人之手的历史，往往都说“三十八年殖民统治”。但荷兰人真正开始他们在台湾岛上的独大地位，却是在郑芝龙接受招安，离开台湾扬帆西归之后，虽然成为“朝廷命官”的郑芝龙，也曾接着福建饥荒的机会，多次招募流民到台湾垦荒，但醉心于仕途以及拓展海洋航线的他，对台湾也越发管不过来了，他迁去的那些刻苦耐劳的百姓，最后都成了送给荷兰占领军的“大礼”。
荷兰人在台湾关起门过日子，是有一个从怀柔到残暴的过程的，总的趋势是一开始很怀柔，往后就越来越残暴，比西班牙杀光烧光的做法更狡猾。西班牙人是把占领地的居民当奴隶，想杀就杀想抢就抢，而荷兰人则是一开始把占领地的居民当邻居，赌咒发誓要和睦共处，一开始也还算老实，慢慢的就不老实了，先是小偷小摸的沾你点便宜，然后就开始明火执仗的敲诈勒索，等着最后实力强大了，就干脆露出獠牙，“光明正大”的把你变成他的奴隶。无论是对台湾本土的高山族原住民，还是对后来源源不断上岛屯垦的沿海汉族百姓，荷兰人都是这样的。
对当地的高山族，荷兰人的“翻脸”比较快，明朝天启四年他们上岛，欺负高山族同胞不懂数学，连装可怜带忽悠骗了几块地，等着城堡修起来后，一开始也还算老实，除了首任总督宋克曾强行征服新港社高山族部落外，基本算是和当地部落公平买卖，交换土特产品。他们开始大规模的武力征服，是从明朝崇祯二年开始，那年荷兰人入侵麻豆社，反而遭到麻豆社的痛打，死伤五十多人。事发后荷兰人很恼火，但麻豆社是个大社，以荷兰人当时在台的兵力很难一下征服，荷兰人于是“杀鸡给猴看”，没去找麻豆社算账，反而大举进攻和麻豆社相邻的家遛弯，将这个相对弱小的部落的房子全部烧毁。在欺软怕硬的荷兰人眼里，麻豆社也好，家遛弯也罢，都是“土番”，杀谁都一样。
荷兰人在台湾开始“不怕硬”，是从料罗湾海战结束后开始的。料罗湾海战后，遭到惨败的荷兰东印度公司大为震惊，为了应对郑芝龙越来越近的威胁，开始大力加强台湾岛上的防务。那位在料罗湾被打的头破血流的台湾总督普罗曼斯，一再给荷兰东印度公司写信，要求增加在台湾岛的防卫。到了明朝崇祯九年，荷兰人在台湾的兵力增加到了四百七十五人，人多了，荷兰人也胆大了，之后，就是长达八年的对台湾岛高山族同胞的血腥征服。先是当年被荷兰人“杀鸡儆猴”的麻豆社，被荷兰人强行烧掉了所有的房屋，大肆杀戮，外加荷兰人带来了当时欧洲流行的天花病，导致当地瘟疫横行，三千多麻豆社居民，仅死于瘟疫的就有三百多人，这还是来自荷兰人的统计，显然是缩了水的。在荷兰人的重压之下，麻豆社被迫同荷兰人签订契约，宣誓效忠。
比起另一个高山族部落——小琉球岛的遭遇，麻豆社的同胞还算是幸福的。崇祯十年春，荷兰人对小琉球群岛发动了大规模进攻，为了继续“杀鸡给猴看”，他们居然在当地搞起了种族屠杀。1200名小琉球群岛居民，死于战火和屠杀的有四百多人，另有一百多青壮年被荷兰人选拔出来，分批卖到东南亚做奴隶。部落的所有女人，则分配给士兵做“礼物”。整个小琉球岛几乎灭族。此举之酷烈，甚至惊动了荷兰东印度公司总部。巴达维亚东印度公司十七人董事会经过投票发表声名，认定这种做法“不是很妥当”。
当然，所谓“不是很妥当”，也就是随便说说，“不妥当”的事，该做还是做。比如荷兰人之所以对一些部落并不赶尽杀绝，而是和他们签订契约，建立统治，其中的目的之一，就是为了方便可以强征他们的兵马，再去征服别的部落，既省力气，还能挑动各部落间的仇恨，可谓一举多得。从崇祯九年到崇祯十七年，荷兰人用烧毁部落粮食房屋，强迫签订契约等方法，陆续征服了台南各主要高山族部落。在荷兰人的《热兰遮城日志》里，只要涉及到高山族部落，满篇都是“不妥当”的事，比如在记录荷兰人对虎尾龚社的征服时，荷兰人用细致的笔墨，描绘了他们三次扫荡虎尾龚社村落的全过程，每次都是很缺德的在秋收之后动手，将该村落过冬的粮食，房屋全部烧毁，从明朝崇祯九年至明朝崇祯十五年连续干了三回，要的就是让这些村民在入冬时节吃不上饭，也没地方住。荷兰人在《热兰遮日志》里详细的记录了这些躲避杀戮的高山族同胞，在回村后面对惨景，集体失声痛哭的景象，然而很得意洋洋的说“他们终于明白拒绝文明开化的后果。”欧洲殖民主义者的冷血心肠，在字里行间若隐若现。