六月十六日，清军第一轮攻击开始。清晨时分，施琅发动攻击，双方在澎湖海面恶战，清军出师不利，被刘国轩依托海岛炮台猛轰，再以舰队侧翼合围，险些被清军包了饺子，危急时刻施琅亲督战船反扑敌阵，与兴化镇吴英前后夹击，总算突出重围，是役清军伤亡惨重，阵亡两千多人，战船15艘。连施琅本人也眼睛负伤。之后至二十一日，双方在澎湖列岛相互冲杀，互有胜负。犬牙交错的态势一直在持续。但局面的发展，却越发对施琅不利，事实证明，以刘国轩在澎湖的苦心经营，壁垒纵横，清军欲突破澎湖，却是何其难，一旦局面胶着，等着台湾本岛援军到来，施琅的攻台大军，很可能会陷入腹背受敌的绝境。
所以在二十一日战罢后，当时清军中，已经出现了暂且退兵的声音，毕竟此时损失尚不大，同时台湾的援军也势必正火速增援，暂且退兵等待战机，也许是最好的选择。但施琅不为所动，更颁下严令：退兵者斩！他一生的理想，信念，皆维系在这惨烈的一战上，更何况他坚信，他的判断不会错，苦苦等待的战机，就在眼前了。
二十二日，战机到来。
是日清晨开始，平静的澎湖海面忽然狂风大作，施琅的判断是对的：西南风来了。激动的施琅火速布置，清军兵分四路，施琅亲自率领五十六艘巨型炮船，攻打刘国轩的主阵地娘宫庙。总兵陈莽率领五十艘战舰，从侧翼攻打基隆屿，牵制刘国轩的防御。董毅率领的西路军登陆牛心湾，夹击西路明郑军队，其余战舰跟在施琅身后，作为后援。呼啸的西南风，果然成了清军进攻的助推，乘着风势，清军奋勇冲杀，一举突破刘国轩的主阵地。关键时刻，刘国轩却做出了错误的判断：他本来有堡垒优势，稳固防守是上策，但此时他却一反常态，率领水师主动出击，和施琅杀成一团。当然他也是有信心的，他率领的，正是从郑经时代开始就扬威东亚海洋的王牌战舰——鸟船。这种载炮上百，拥有三千斤巨炮的巨无霸，火力远远强于清军主力战舰，在刘国轩看来，施琅选择攻击，其实是一种“自杀式”打法，以明郑水师优势的配备，完全可以将他聚歼。
然而甫一交手，刘国轩就发现自己错了，施琅的炮船比他小不假，但却排成了一种奇怪的阵型冲向他，还没等他反应过来，就发现施琅海军以五艘为一对，已经把他们鸟船编队团团包围了，四面全是呼啸的炮弹，笨重的巨型鸟船，一下子笼罩在团团包围的火力中了。没过多久，一艘艘鸟船在击沉。澎湖水师，完了。
刘国轩的果断出击，成了整个战局的转折点。明郑水师的官兵们，简直不敢相信自己的眼睛：清军的阵型，好比一张网，他们引以为自豪的巨型战舰，被眼睁睁的包围，分割，在密集的火网中一艘艘沉没。澎湖守将邱辉，曾瑞，王德，吴福，王受的战舰相继被击沉，逆境之下，刘国轩发动了最后一击，以喷筒火箭向清军反扑，焚毁清军战舰多艘，清军也伤亡惨重，总兵朱天贵战死，施琅的爱将蓝理受重伤，肚皮被射破。顽抗之下，施琅押上了所有的预备队，外围待命的八十艘战舰全数投入战斗，他亲自带领旗舰向刘国轩冲锋，力不能支的刘国轩终于崩溃了：他的旗舰被击沉，他本人乘小船离开，他的舰队全线溃败，战船或毁或沉……
仓皇离开的刘国轩，在登上小船的一刻，或许会想起来：施琅这套奇怪的战法，正是著名的“五点梅花阵”，那是明郑水师抗击外敌，收复台湾的时候曾经用过的，那时候，那个人，经常用。
堪称中国古代史最大规模海岛攻防战的澎湖海战，至清晨终于见出了分晓：清军击沉俘虏明郑海军大小战船二百艘，歼敌一万两千人。刘国轩仅带二十六艘战船败退台湾岛。这是一场让明郑海军输光了所有家底的战役：那支曾经啸傲东亚的明郑海军，主力已在此战中损失殆尽。郑氏家族在台湾岛二十一年的统治，至此也大势已去。胜利，只是一个时间问题。
澎湖惨败之后，明郑政府上下都很惊慌。最惊慌的当属郑克爽，施琅的父亲就是郑成功杀的，此时“爷债孙还”，似乎是天经地义的，台湾岛上也流言满天飞，说施琅这次来就是复仇的，要杀光郑家所有子孙来陪葬。刘国轩也很惊慌：当年杀施琅父兄的事情，就是他执行的。眼见大势已去，又该何去何从？
所以在澎湖战役之后，明郑政权就忙着开会，一干人等叽叽喳喳，却连个像样的主意都拿不出来，主流的意见就是跑，至于往哪里跑，有说去南下菲律宾的，冯锡范甚至还想过北上日本。还没商量出个丑寅来，又传来消息，台湾宁靖王自杀了。这个宁靖王，就是当年跟随郑经来到台湾的明朝宗室朱术桂，也一直被看做明郑政权对外的一块“招牌”，大势已去下，“招牌”也没了。
当时的台湾岛，可谓人心惶惶，什么流言都有，家家户户忙着逃难，许多有钱人二话不说，卷起东西乘船南逃东南亚。就在这时，澎湖之战中的败兵，也陆续跑回台湾岛了，缺胳膊断腿的，陆续在东宁街头出现，正当大家更人心惶惶时，逃兵们的话，却让许多人不慌了：我们都是清军放回来的。
他们确实是清军放回来的，澎湖之战，施琅累积俘虏明郑军士兵近万人，对这些士兵，施琅的态度是“去留尊便”，有愿意留下的自然好，愿意回台湾和家人团聚的，还发放路费。施琅优待俘虏的事情很快在台湾岛传开了：对俘虏都这么优待，何况台湾？
得知消息的明郑政府，投降的建议也很快占了主流，但是一个疙瘩却始终不解：施琅是和郑家有仇的，他要报仇怎么办？
施琅来解疙瘩了：其实清朝平定台湾的整体方略，在战前就定下来了，就是“寓抚于剿”，即在战场取得压倒优势的情况下，采取招抚手段，力争和平解决问题。在攻克澎湖列岛后，施琅并没有急于进兵，相反则在澎湖休整，不断向明郑政权发出和平信号。和平解决的突破口，还是放在了刚刚交过手的刘国轩身上，他从台湾俘虏中找到了刘国轩的亲兵，托他给刘国轩捎话，表示不会与刘国轩为仇，如果刘国轩能促成明郑归降，他甚至愿意和刘国轩结成儿女亲家。为了表示诚意，施琅“折箭为誓”，对于军人来说，这好比是发了毒誓。
施琅的诚意，最终打动了刘国轩，在明郑政权内部，他开始极力主张归顺。他的意见在明郑集团中尤其重要，毕竟现在台湾最后一支军力还在他的手中，他都要降，别人还有什么办法？一向喜欢弄权的冯锡范也没了主意。在刘国轩的坚持下，明郑向施琅提出了条件，即清军入台，必须尊重“三不伤”原则，即不伤百姓，不伤官民，不伤宗室。施琅全部答应，这时候的台湾岛上，已是“民心既散，谁肯死守”。归顺，已经水到渠成。
七月十五日，台湾延平郡王郑克爽上降表，正式宣布投降。七月二十五日，清康熙帝下赦谕，接受郑克爽投降。八月十三日，施琅率一万水师，从鹿耳门进入台湾受降。明郑政府全体官员前来迎接，施琅当场宣布安民告示，禁止官兵劫掠百姓，一路纪律严明，于台湾百姓秋毫无犯。之后施琅巡视台湾南北，安定地方。十一月二十二日，清军班师回朝，将郑克爽并台湾官员一干人等护送至北京。收复台湾的大业，至此彻底完成。
台湾的收复，意味着这场绵延数代人的战争，最终落下了帷幕，中国东南沿海，从此迎来了真正意义的和平。在这场战争中最终殊途同归，做出选择的人，也迎来了他们不同的结局。
进京觐见过康熙帝后，郑克爽等一干台湾降官们，得到了清王朝的妥善安置，郑克爽受封海澄公，从此世居北京。刘国轩和冯锡范受封伯爵，冯锡范的事迹不再见诸史料，这个弄权弄了一辈子的小人，应该彻底老实了。而职业军人刘国轩，一度曾担任过天津总兵，在任上清正廉洁，与民休息，尤其是他在天津推广水稻种植，惠民颇多，也深受康熙赏识，之后康熙曾多次赏赐他财物宅邸，过世时受封太子太保，在明郑政权诸多降将中，他应是最受信用的一个。其余如林兴珠等部将，也各有任用，当年郑成功收复台湾时建立奇功的“藤牌军”，在台湾收复两年后更被调往黑龙江，参加了清军两次收复雅克萨的战斗，继续屡建战功。铁军，走到哪里都是铁军。
而台湾的历史，也在这场收复之后，再次平稳走过了一个拐点。在台湾平定初期的康熙二十二年底，清政府“弃台论”一度甚嚣尘上，即将台湾的全岛人口尽数迁入内地，只留一空空荒岛。持此议的，是大学士苏拜，该主张在清廷上下颇有市场，连当年举荐施琅的李光地也认为，台湾岛是可以抛弃的，至于荷兰人要占，只要他们愿意纳贡称臣，也可以由着他们占。连收复台湾决心异常坚决的康熙帝，在战事胜利后，竟然也认为“台湾弹丸之地，得之无所加，弃之无所损”。如果此议成真的话，这无疑是历史的倒退，之前几百年，数代人的心血，都将付之东流。
关键时刻，却还是施琅挺身而出，在台湾收复后，他为康熙上了著名的“恭陈台湾弃留疏”，在这份事关台湾命运的奏疏中，施琅丝丝入扣，以他几十年来对台湾的理解，全面分析了台湾对于中国的意义。包括军事上巩固边防的作用，经济上其沃野千里，对国民经济的支撑，甚至地处黄金海域，巨大的商业价值。奏疏中的每一个理由，都以他亲身的见闻经历为佐证，包括当年的海商经历，海洋征战，在郑芝龙，郑成功，清王朝几家势力间的反复辗转，更包括了荷兰人，西班牙人，葡萄牙人，日本人，不同势力与它发生的战火纠葛，这是一份详细阐述台湾历史的著名奏疏，以一个老将军沉浮海洋的一生为佐证，证明一个简单的道理：台湾，是中国领土不可分割的一部分。
清王朝收复台湾的战役，真正的战斗只有一战，前后不过两个月，而事后关于台湾命运的争论，却长达八个月，几乎所有康熙朝的著名人物都牵涉进来，每天口水满天飞的争吵。到了康熙二十三年四月二十一日，这场争论也终于有了结果：依施琅奏议，清政府在台湾设台湾府，下设台湾，凤山，诸罗三县，继承了南明时期郑成功在台湾的建制，以中央政府的名义设机构统治。这以后的台湾，进入了它又一个黄金时期。在经过了战后早期的“回大陆潮”潮后，从康熙年间开始，更多的沿海移民进入台湾岛，至清朝乾隆年间，台湾岛的人口已经突破了百万人。而其经济贸易，也和大陆贸易圈连接在一起。两岸之间商船游走频繁，贸易繁荣，台湾的物产远销内地各省。这个五千年来中国领土中的蛮荒之地，至此已成中国国土密不可分的东南重镇。18世纪清朝重行“海禁”前的台湾，依然延续了它在东亚贸易圈中的特殊地位，更有了中国大陆的坚固依托，两岸的经济，文化，从此更成为难断的血脉。
战后的施琅，也得到了清王朝的表彰，被清王朝晋封为“靖海侯”，并永镇福建水师。之后施琅在台湾招纳人才，稳定人心。并力主解除海禁，发展工商业。虽然也有过垄断贸易，掠夺田产之类的劣迹，但因他不世的功勋，依然有理由得到尊重。
然而他做的最值得尊重的一件事，却是在康熙二十二年八月二十二日，即收复台湾战役结束的伊始，那时候的施琅，是刚刚打赢一场战争的胜利者，所过之处，无不是鲜花，崇敬，乃至逢迎巴结。全岛上下，上至明郑王室，下至官民百姓，对他无不恭恭敬敬。可谓威风到了极点。
然而就是那一天，一直威风的施琅，却庄重的更衣，备礼，不坐轿不骑马，步行出发，来到了一个地方，焚香，叩拜，献礼，恭恭敬敬，来拜见一个人。一个他念念不忘数十年的仇人，却也是一个给予了他一条道路，并令他奋斗终身的前辈。
他到的地方，叫国姓爷庙。他拜祭的人，是郑成功。
自南安侯入台，台地始有居民（大量泉、漳移民)。逮赐姓启土，世为岩疆，莫可谁何！今琅赖天子威灵，将帅之力，克有兹土，不辞灭国之诛，所以忠朝廷而报父兄（应为“父弟”）之职也。但琅起卒伍，于赐姓有鱼水之欢，中间微嫌，酿成大戾。琅与赐姓，剪为仇敌，情犹臣主。芦中穷士，义所不为。公义私恩，如是而已！
追随过他的身影，分享过他的光辉，冲撞过他的威严，逃避过他的愤怒，怨恨过他的绝情。然而沉浮起落，戎马奔波，却最终走上了和他一样的道路，奋斗着他所曾奋斗过的事业。
直到此时，此刻，相逢，未笑，恩仇却早已尽泯。因为，殊途同归的他们，都是炎黄子孙。