当他得到有32名参加学潮的学生被军警逮捕的消息后，他又端着脑袋四处奔走，多方营救，终于在5月7日使被捕的学生（其中包括20名北大学生）全部获释。
对北大学生的带头"闹事"以及蔡元培的"姑息纵容"，恼羞成怒的北洋政府准备解散北京大学，撤掉蔡元培校长的职务，以儆效尤。为了保全学校保护学生，蔡元培毅然决定出走。
陈独秀、胡适等北大师生和各校师生组织了一系列请愿、罢课、游行，强烈要求蔡元培回任。
拖着一根灰白的长辫子的辜鸿铭，更是语惊四座："蔡元培是天下第一好人，他出身前清翰林，但一生革命，现在依然革命。他是北大的皇帝，北大一天也不能没有他。"
谁也不能把蔡元培从这个校长的位置上拖下去。
6月28日，巴黎和会上的中国代表拒绝在对德和约上签字。
9月20日，北京大学三千多人召开欢迎蔡元培返校大会。
在北大建校的历史上，没有一个校长像蔡元培这样有如此之高的威望，由代表着革命派的革命党，代表封建传统文化保守势力的守旧派，以及正在孕育发展的共产党等千姿百态，形形色色的党派所共同推崇和拥戴。
四
人生像一间疗养院，无论是已经被世事沧桑折磨得皮松肉垮的人，还是光鲜爽朗的青年人，都在张牙舞爪地咿呀抱怨，这个一定要到已经没有床位的湖边去，那个一定要挤到人满为患的窗户旁，很少有人认为自己已经找到了心满意足的位置。蔡元培也许就是那极少数得以满足的人之一，他在某一瞬踩上了社会的鼓点，揽住了时代飞转而来的腰身，便在流变的历史中占据了最稳固的位置。
1940年，蔡元培在香港逝世。五年后，日本人被赶出中国。又过了四年，他当年手下的一位图书管理员，在北京天安门城楼上升起了中国第一面国旗，中国人民的命运，从此改变。