废科举对于主持变革的政府来说，危害是致命的。科举制从它诞生那天起，对中国政治就起着三种作用：一是作为士人与王朝之间的纽带和管道，即何炳棣先生所谓的上升的阶梯。一方面通过考试的方式将优秀的人才都吸纳到官僚体系中来，一方面使大部分的读书人连接在了朝廷的战车上，让他们围着科考的指挥棒转，等于是围着中央政府在转。以明清为例，王朝除了官僚的金字塔之外，还通过科举制度建构了一个从进士、举人、生员再到最底层的童生的更大的金字塔。跟传统社会的别的结构相比，这个金字塔拥有最一致的价值导向和无与伦比的向心力。二是作为官方意识形态灌输的渠道，将官方对儒家的标准解释，以考试标准而用程序的形式贯彻下去（显然，官方意识形态的内容是什么并不重要）。三是维护上层文化的同一性。通过定期的考试，使得地域和文化差异如此巨大的不同地区的文化人，产生强制性的交流，而不至于因彼此的隔绝而出现文字表达上的变异。这种变异，无疑是分裂的迹象和征兆。不言而喻，科举制的三种功能，对于王朝政治的维系以及遏止地方主义是有着非常重要的意义的。许倬云先生将中国的文官考试制度，称之为中国文化的三原色之一，显然是有道理的。
新兴的学堂系统，主要是面向社会的，它一方面通过基础教育提高国民的文化素质，另一方面通过大学和各种专门学校，为社会培养各种各样的人才，现代社会所需要的各种专门技术人才，也只能通过学校的途径来生产。学校教育，其结构只能是多元的，不可能由中央政府一家操办。所以说，从某种意义上讲，新学堂所体现的品格，与科举制恰恰是相反的，实际上不能用新式的学校体制来取代科举制。然而，在新政中，我们却看到了一幅十分怪异的图画，无论改革的推行者，还是原来依附在科举制金字塔上的读书人，其中大多数人的意识中，学堂变成了科举当之无愧的替代物。一边是政府忙不迭地授予那些学堂的优秀毕业生（留学生）以相应的贡生、举人和进士头衔，以至于冒出了“牙科进士”、“农科举人”这样不伦不类的名目。一边则是全国的读书人理所当然地认为，大学生相当于进士，中学生相当于举人，小学生相当于秀才。
这种比附，极大地消解了这场教育改革的阻力，尤其是来自下层的阻力。在科举时代，秀才每三年考一次，各省的名额有限，从少的753（贵州）到多的2845（直隶）不等，太平天国变乱之后虽然有所增加，但多的也不过加了几百个（参见张仲礼：《中国绅士——关于其在19世纪中国社会中作用的研究》，第86页）每次考试，县、府、院三场大考，不考煳了也得脱层皮。中个举人就更难，有的地方一个县多少年也出不了一个举人，别个不讲，单说以译介西学闻名的严复，自打英国回国以后就张罗考举人，一连考了几十年也没考上。现在可好了，只要有点钱，似乎就可以实现过去难以实现的科场梦了。所以，童生们一窝蜂地拥进了小学，秀才们则进了中学，举人进士则张罗着进大学或者出国留学（当然也有明白人“越级”）。大家突然之间，都升了一级。
改革的阻力虽然消解了，但农村社会却因此而陷入了混乱。以私塾为代表的旧式乡村教育，遭遇到了灭顶之灾，因私塾垮台而引发的一系列问题，也逐渐浮出水面。
毫无疑义，私塾赖以存在的导向是科举制，没有了科举制，私塾存在的合法性就要大打折扣。教育改革如此快地推行，不仅私塾在导向上迅速丧失意义，而且逐渐地不仅拉走了私塾的学生，甚至拉走了私塾的教师。从此以后，私塾教育一落千丈，不可避免地走向式微。
在那个时候，私塾教育是一种相当普及的教育，它的成本很低，只要有个房子，有个桌子，再有个三家村学究就可以开办（学生用的桌椅都可以让他们自带）。农民家的男孩子，只要还有口饭吃，往往都会被家长送到私塾里去学两年，认识几个字。因为费用极低，一点米，一条干肉（标准的束脩）或是别的什么都可以（事实上，农村里的教书先生仅靠教书是养活不了自己和家人的，他们往往还要种地糊口）。农村的私塾虽然有许多层次，乡绅的家塾师资和条件都比较好，强宗大族的族学，条件也不错，但更普及的却往往是那些根本不起眼的，由三家村学究主持的乡塾。事实上，那时农村的私塾教育，至少是那些最低档最普及的私塾，其功能和导向存在相当程度的分离，私塾的功能当然首先是把个别的农村孩子教成读书人，其中只有极个别中的极个别分子可能进入科举的程序，但是其次，或者说是主要的功能则是教众多的农家子弟认识几个字，有的还教一点珠算，好让他们能记个账、看懂文契和官府的文告。除了这两种显而易见的功能外，私塾实际上还存在着第三种功能。这第三种功能是与传统农村的生活状况紧密相连的。我们都说，传统的农村是一个礼俗社会，礼俗既是农村日常活动，也是农村人的基本行为准则。但是，无论是婚丧嫁娶的各种礼仪，还是年节庆典的各色风俗活动，都离不开知书达理的读书人参与其间，既要主持喊礼，又要从事各种文字事务。显然，这种文字和礼仪的传承，都要靠私塾这种旧教育，新学堂是不沾边的。从表面上看，这种文字和礼仪的传承，对生活并没有特别紧要的关系，实际则不然，农村人不仅日常调解和叙事话语要依赖它，而且乡村组织的活动、农村人的风俗行为没了它也无法正常运转。
新政教育改革的结果，不仅是吸走了乡村的精英（新教育与旧教育不同，需要师资和设备，学堂办得好的，只能在城市，改革的暗示非常清楚，只有走出去，才会有出息，走得越远，出息越大，最好是到欧美留学），而且无可挽回地毁掉了乡村的教育。
问题是，尽管新政的改革力度不能说不大，虽然说先进的中国人学西方也学了几十年，洋人也进来了几十年（主要是洋教士），但当时的中国农村，却依然是一个传统的农村，有的地方是刀耕火种，有的地方是牛耕人种，跟西方人没有来之前并没有什么两样。传统的农村，没了传统的读书人，就等于没有了乡村文化的灵魂，而没有了私塾，传统的读书人也就没了传承的渠道，终有一天会有油尽灯枯的时候。其实，用不着等到那一天，自新政以后，农村的社会生态就已经开始被破坏了。这种破坏，并不止于旧教育毁去、新教育不来，而是农村礼俗社会规则和行为方式的紊乱，农村逐渐丧失了原有的调节机制，无法完成固有的循环和运转。民国以来，虽然乡村的风俗还在延续，但灵魂却已丧失，日见凌乱和无文，乡村的组织，从宗族到乡社，无不处于风雨飘摇之中。中国的农村至少在文化层次上，已经陷入了现代化变革的深渊。20世纪30年代许多有志之士从事的乡村改良试验，往往从乡学的建设入手，实际上已经意识到了问题的实质所在。只是，他们的努力无法使这个已经扭曲变形而且残破的乡村世界复原。
几千年来，中国经历过多次的经济和社会转型，也经历过无数次的战乱和破坏，农村总是保持着自己的弹性，往往能够很快地从破坏中恢复，在变化中适应，其强大的组织力和整合力，不能不归功于乡村世界独特的文化状态，那种大传统小传统水乳交融的结构，那耕读难分的传统，那生生不息的礼俗传承。在中国农村，绅士和农夫没有截然不可逾越的界线，上层文化也难以离开下层文化而独自生存，反之亦然。中国的现代化也许是必然的，但这种大规模异质文化输入背景下的现代化，似乎必定要导致中国乡村文化的破败。从某种意义上说，在整个现代化的过程中，西方的属性是城市，而东方则是乡村，城市必然要吞噬乡村。
新政已经过去了将近百年，但当年教育改革的过程却并没有因江山的易代而中止它的步伐，西式的教育，从开始的不伦不类逐渐变得有模有样，但是教育的每一次进步，往往都以损害农村为代价，只有毛泽东在“文革”期间用政治强力想使其逆转，然而，却戏剧性地付出了整个国家倒退的巨大代价。
也许，出路只有一个，那就是彻底消灭农民，像美国一样，只有农场主，没有农民。可是，在中国，行得通吗？
神经过敏的“经济特科”考试
在清朝历史上，举行过三次特科考试，前两次是所谓的“博学鸿词”，发生在康乾时代，说是收揽不善八股的博学之士，其实无非是对汉人士子，尤其是对那些对清朝满人统治还不太帖服的士子，来点收买和诱惑，在选官制度本身，实际上是种点缀。最后一次，是“经济特科”，是清末改革时期的产物，本意是要选拔一些懂点西学或者治国强兵非常之术的人才，来救急的，其本身也蕴涵着选官制度的进一步变革。可是，做点缀的，搞得热热闹闹，所取之士一时也洋洋大观；而救急的，却虎头蛇尾，草草收场。
开经济特科的主意，是百日维新前夕的1897年，由时任贵州学政的严修提出来的。严修是当时的改革派人士，骨子里跟康、梁没什么区别，只是对教育救国更加热衷，由于对变法的政治操作卷入不深，政变后赋闲，没有受到惩罚，后来成为南开的创办者。这里，“经济”的概念，还是传统意义上的某一种，“经国济世”的意思，非后来从日本转口的“经济”（economic），但已经开始有点接近了。可是，经济特科的提议，由于维新变法命太短，还没有来得及实行，就胎死腹中，一直等到闹出了庚子国变，逃到西安吃羊肉泡馍的西太后终于想明白了，原来洋人并不在乎中国的统治者是谁，为雄是雌，反过来打算再搞新政时，才重新提上日程的。
经济特科非一般的常科考试（即一般所谓的会试），应试者需有中央和地方大员的保荐，条件相当苛刻，一般都要有点擅长西学的名声，至少，得像杨守敬那样，精通地理之类的“实学”（杨也在保荐名单之内），按当时人们的认识，只有这样的人才能称得上经济之才。由于大乱之后，朝廷有心改革，而且经济特科，实际上是改革的第一步，所以，朝野上下，虽说戊戌变法被镇压、庚子之变受打击的改革势力余痛未消，义和团时代，懂西学的人被当二毛子追杀的余悸尚在，但还是有人对此表示了相当的热情，几十上百的曾经留过学或者喜欢格致之术的人士被“挖掘”了出来。自1902年11月朝廷下诏要求重开特科以来，陆续有370余人被保荐出来，准备应试。
然而，考试前夕发生的两个案件，却给考试蒙上了阴影。一个是苏报案，一个是沈荩案，两个案件都牵扯到革命党人，牵扯到革命党人颠覆清朝政府的宣传鼓动。而革命党人，在朝中的某些人看来，往往跟西方和西学有种模模糊糊又难解难分的关系。沈荩给杖毙了，但章太炎和邹容，却在租界的庇护下还活着，引渡苏报案的涉案人员，未能如愿；杖毙沈荩，居然还引起了西方的阵阵饶舌，这一切，都令西太后不舒服，让朝中大臣义愤填膺。在刚刚过去的岁月里，朝廷进入了倒退的轨道，不仅力主学习西方的改革者成了颠覆国家的罪犯，就是那些稍微懂点洋务的大臣，只要在义和团兴起的时候还待在北京，也有性命之忧。戊戌之后的开倒车，开得国家大乱，两宫西奔，事过之后，虽然西太后的脑筋有点转过弯来了，但朝中大批头脑冬烘的人并没有那么轻易地放弃成见。对他们而言，对洋人妥协是一回事，但对本国人，还是要严防西方思想的“和平演变”，在他们眼里，凡是通西学的人，大多思想不稳，有不轨的嫌疑，而预备参加经济特科考试的人们，恰是这些人的大集中。于是乎，一时间，京城上下，谣言四起，说这些应试者里，有大量的革命党。有些人本来就心有余悸，在这种情况下，干脆就不来应试了。
当时的清朝政府，改革派非死即逃，剩下的也基本上遁入上海租界或者在乡野里做严子陵，热心变革的只是一些通晓时事的务实派，像张之洞、袁世凯这样的人。顽固派虽然受到惩办祸首的打击，但毕竟人数众多，实力尚存，尤其是像瞿鸿机这样的以当日清流自居之辈，虽然自身还算清廉，但头脑冬烘，嫉“西”如仇。承办苏报案的两江总督魏光焘，则是一个既贪财好货，又顽固保守的政府大员的代表性人物。正是此人，借办理苏报案之机，把很多各地保奏的应试者，都指为革命党。至于作为统治集团的满人亲贵和官僚，更是昏聩自闭，像端方这样比较开明的公子哥，已属凤毛麟角，连贪财好货但比较务实的庆亲王奕勖，居然算是难得的有用之人了。辛丑议和前，几乎所有的在京旗人都骂李鸿章是汉奸，等到听说李鸿章要来议和了，又都欢欣鼓舞，议和完了，大家再骂他是汉奸，但心里都踏实了，大家还像过去那样过日子。
说起来，西太后实际上为政并不保守，更谈不上顽固，不然同光新政（我们说的洋务运动）怎么搞起来的？甲午战败，据她自己讲，经常和光绪两个抱头痛哭，她心里知道大清国非变法不能存活，只是由于对权位的恋栈，在满人保守派权贵的“忽悠”下，发动政变，结束了百日维新，此时再提变法，心中未免尴尬，但又不能不提。只是既要旧事重提，再做冯妇，又不能改正当年之失，在提防着光绪的同时，把康、梁等人，决然地挡在国门之外，事实上也恨死了这些成天嚷着让光绪亲政的保皇党。然而，过去的倒行逆施，不仅使她添了保皇党这个敌人，而且孙中山的革命党也趁机成了气候，一些原来的康党，也一改改良之道，趋于激进。一个孙中山尚未摆平，蔡元培、章太炎、黄兴、邹容、陶成章、章士钊等一群来自四面八方的知识分子都祭起了反满革命的大旗，不由得不让老太婆焦心。依这个颇为倔犟的老太婆的脾气，就是改革，也要坚持自己的原，则，一不能招安革命党，二不能起用保皇党。这样，当然使得本来西学资源就十分缺乏的中国，改革陷入人才困局之中，开经济特科，从某种意义上讲，就是力求解困。可是，事态的发展偏与愿违。