朱元璋虽然是个出身草莽的游民，但却深知儒学对于统治的重要。称帝之前，打下文人荟萃的浙西地区之后，他一边延揽儒士，一边着手恢复学校。当了皇帝后，特别重视儒学传统的恢复，立即开始在全国设立学校（官学），地方政府设置具有官员性质的训导和教谕。同时，在首都南京设立国子监，招收各地优秀的学生入学，从国子监的优秀学生中直接选拔官吏，以救开国人才匮乏之急。
由于元代是个对儒学、士人和科举都不重视的朝代，有比较长时间的荒废，加上易代之际的混乱，整个国家儒学之士特别缺乏，不仅没有学生，连有资格教学生的人都难找，老百姓一时也没有兴趣求学。为了迅速填补这种人才缺乏的空当，鼓励人们上官学读书，政府制定了一系列优惠政策。学生不仅可以免去差役，减免赋税，而且还可以享受补贴，“日给廪膳”。同时，朱元璋让国子监加紧培养，把其中能够胜任教学的学生派到各地担任教官。特别值得一提的是，为了督促国子监学生用功读书，朱元璋亲自上阵督促检查，对监督不力的国子监官员严加惩处，不规矩的学生甚至因此掉了脑袋，脑袋还被挂在监外示众，以警示他人。朱元璋亲自为国子监制定了监规，下令将监规不仅刻石立在国子监，而且每个府州县学都将之刻成石碑，立在明伦堂（学宫里的建筑），作为永世之法。
国子监的校规非常严厉，犯规一次，记录在案；犯规两次，打竹篾5下；犯规3次，打10下；犯规4次，开除，充军，最严重的可以杀头。洪武二十七年（1394年），国子监学生赵麟因受不了虐待，写了一张无头帖子，抗议施虐的教师，被查出后定罪“诽谤师长”。本来按校规，这等罪过应处刑杖一百，打不死再充军发配，然而朱元璋为了杀一儆百，竟然法外加刑，将赵麟杀掉，并在国子监门外竖立一长竿，将赵的脑袋砍下来挂在竿上示众。（参见周道祥：《江南贡院》，23页，北京，中国物资出版社，1999。）
随着明朝统治的逐渐稳固，科举制度走上正轨，学校制度也稳定下来，人才不再那么缺乏，不再需要从国子监直接选人，此后国子监地位下降，原来作为国子监主要生源的岁贡，逐渐演化成为国家正式科举选才的一项补充。只要是地方选拔上来的优秀生员，就可以直接进入仕途（主要是做教谕和训导）。而一般的监生，无论官宦子弟的荫监还是纳捐得来的例监，基本上跟地方官学学生一样，具有相同资格，可以参加举人考试。
明英宗正统年间，中央政府开始在各省和准省级建制设置提学官。提学官由于是皇帝钦命的，因而又被称为“提学宪臣”和“学院”，具有钦差的性质，无论品级如何，均与督、抚以及布、按二司平起平坐，而且人们还要对他表示十分的尊敬。提学主管当地的学校事务，主要工作是主持官学的入学考试。不论考生年龄大小，一律被称为儒童或者童生，所以这种考试又被称为童试。在没有学院之前，童试只需通过当地的府、州县考试就可以了（上哪一级学校就考哪级的试）。有了学院之后，童试逐渐演化为三级。第一级为县试（知县主持），及格后考府试（知府主持），府试及格后参加提学主持的院试，院试合格，则成为正式的官学学生，被称为“生员”，俗称“秀才”。算是进入了士的行列，可以享受国家赋予的种种特权，减免赋税，不服徭役，见了知县可以不用下跪，自称“学生”。犯了法，在没有革去资格之前，不能对其动刑。
生员又分为三个等级，资格最老、平时成绩也好的称为廪生，由国家定期发给补助；其次为增生，没有补助，但已经有资格为童生参加考试作保；第三是附生，属于新进学的生员。增生和廪生都有一定名额，需按资格和平时成绩递补。事实上，每次生员的录取，各省也是有固定名额的。因而地方不同，考试的难易和录取的比例也不同。文风炽盛的江南，比起西南的贵州和云南来，考上生员的难度要大得多。
明清时节，贵州荒僻，读书人不多，省里的学额往往填充不满，所以秀才考试特别松。尽管如此，考生依然难以完卷。一次，一个考生在做了破题和承题之后，只写了“且夫”两字，也被录取，说该生已有起讲之意，实属难得。而同时期的江南地区，熟练八股的考生挤破了头，也难以得一秀才。
此外，提学还要对已经考取的生员在三年内进行两次全省统一考试。第一次叫“岁考”，按成绩，生员升级或者降级，成绩太差的要被开除。第二次叫“科考”，在乡试之前举行，按成绩决定哪些人可以参加举人的考试。不过，时间一长，除了入学考试外，岁考和科考逐渐流于形式。岁考只决定升级，不再降黜生员，而科考更是闸门大开，参加考试的人数越多越好。
生员本不算正式科举程序中的一个台阶，但由于学校制度已经与科举选官制度捆在了一起，取得生员资格，是参加正式科举考试的一个必要的前提，加上取得生员资格又有诸多优待，所以，人们就习惯地将童试作为科举考试的第一个阶梯。
吴敬梓小说《儒林外史》上说范进中了秀才，老丈人胡屠户拎了一串大肠和一瓶酒来看他。怕女婿地位提高看他不起，预先教训他不许在他的同行面前充大，但“家门口这些做田的、扒粪的，不过是平头百姓，你若同他拱手作揖，平起平坐，这就是坏了学校的规矩，连我脸上都无光了”。其实，胡屠户虽然比做田的、扒粪的有点钱，但论起政治地位，还不如他们。一个秀才，要比一个屠户地位高多了。小说这样写，是故意讥讽。
科举考试的第二个台阶是乡试。乡试属于省级考试，地点在省城的贡院。乡试开始于洪武三年（1370年），此后每三年逢子、卯、午、酉年的秋天八月举行，所以又称“秋闱”。考试设主考二人，同考四人，主考例由翰林担任，同考也需有进士的资格。考官一般被称为“内帘官”，地位和清望都非常高。一般同考官负责分房阅卷，主考负责总体复核，被同考淘汰的卷子，主考也可以调来重判。考上的人一般称主考为座师，称同考为房师。为了保证考试顺利进行，地方官常派要员担任提调官，都察院要派御史担任监试官。这些官员被称为“外帘官”。
乡试连考三场，历时9天。考生被锁在贡院一个个号房里，吃住均在里面，考完才能放出。进去的时候要搜身，考试的时候外面有军士把守，如临大敌。
登第的举人，被称为“乙榜”（相对于会试而言），也有叫“乙科”的。乡试第一名俗称“解元”，第二名叫“亚元”，第三名至第五名叫“经魁”，第六名叫“亚魁”，其余的叫“文魁”，反正都是好听的。
考中发榜之后，例有人前去报喜。往往报喜的人有好几拨，不管贫富，中举之家都要给报喜者赏钱。一般报条是这样的：
喜报
贵府老爷X讳XX应本科X处乡试高中第X名举人闻报连捷登第
第三个台阶是会试。会试是中央一级的考试，也是科举考试中最关键的一个环节。因为会试通过，就等于进入了仕途，后面的殿试只是排名次，不淘汰。
会试例在乡试的第二年，即丑、辰、未、戌年的春季，在京城举行，所以又称“春闱”。考试由礼部主持，主考和副主考均为翰林出身的重臣，同考也由清要之职的京官担任，多由翰林中出。同考官多达20人，跟乡试一样，分房阅卷。
会试正因为是关键的一环，所以，录取非常之严格。在明代，多的时候不过四百，少的时候只有30余人，平均大概是300人上下。由于中国地域差距很大，文化程度差异更大，所以一般在考虑文化发达地区名额的前提下，往往要照顾不发达的落后地区。明政府常常采取“分地录取”办法，考试录取分南、北、中卷录取，南卷占55%，北卷占35%，中卷（西南地区）占10%，但名次高低不受地域限制。由于当时南北文化差异相当大，南方文化程度和水平都远较北方为高，所以，南北卷的录取方式，实际上是照顾了北方人。会试录取都称贡士，第一名被称为“会元”。