1644年3月18日，李自成的农民军兵临北京城下，崇祯皇帝召见3个儿子，命他们换上百姓服装，由太监护送出外逃生，以期日后光复大明基业。次日，李自成进城，崇祯帝自缢于煤山。
此后，太子朱慈炯下落不明。
清初，顺治、康熙两朝不断出现自称为崇祯太子的人。其中在各地号召人民起兵抗清的事很多，大多是人民不满清朝的统治，借其名义抗清。也有个别之人，一直闹到北京。如顺治元年，一青年找到周奎，自称太子，周奎上报清政府，朝廷派多人审理此案，仍然真假难辨，最后处死了事。康熙十二年，三藩之乱时，北京有人趁势响应吴三桂，其中有人自称是崇祯三子，又有一人自称崇祯太子，在两广招兵应和吴三桂，两人被捕后，送至北京，公堂对质，竟互不认识，均被处死。
还有一个南明弘光朝的假太子事件。有一少年从北方逃到浙江，自称太子。南明朝廷派内监带回南京，福王朱由崧召集大臣马士英等对他进行盘问，他竟对答如流，连在场的一些大臣名字也能叫出。由北京南逃来的原宫中内监，也认为他是太子朱慈炯。但是，他却不认识另一些作为太子应该认识的大臣。最后，经过酷刑相加，断定他是假冒太子，是一位驸马的侄孙，名叫王元明。因他略知宫中之事，想投机，碰碰运气。当时南明朝廷的派系斗争十分激烈，这个结果使一些大臣极为不满，镇守长江中游的将领左良玉因此领兵沿江东下，造成极大内乱，从而加速了南明王朝的灭亡。后来，百姓因为不满南明福王政权，坚信这位年轻人是真正的崇祯太子，趁清兵南下尚未到达南京、福王逃离的短暂空隙，拥立他为王监国。清兵攻破南京后，清豫王多铎把他掳至北京，从此不知所终，想必为清廷所害。
崇祯太子的下落引起各方关注，这些假太子的出现破坏了既定的秩序，成为中国历史的一桩奇案。那么，真太子朱慈炯的下落究竟如何？传说有几种结局。
有人说，是在李自成掌握之中。
据说李自成进城后，太监栗宗周把太子献给了李自成。李自成将他留在军营中交刘宗敏看管。后来太子被李白成封为宋王。也有人说，吴三桂与清兵联合作战，打败了李白成，双方谈判，吴三桂提出的要求中有“归还太子”一条，因此，李自成把太子交给了吴三桂。还有的说，李自成自山海关大败，准备西撤，4月29日晚放火烧了宫殿和九城门楼，次日一早，挟崇祯的3个儿子往西撤退，此后再无太子的消息。
有人说，他已经落发为僧。
有人考证是李士淳带着太子一起潜逃到粤东嘉应州阴那山灵光寺，在那里削发为僧，度过余生。
李士淳是明朝翰林院编修，曾任太子讲官，明亡后被迫接受李自成封的官职，与太子同在一处，负责看护太子的刘宗敏又在战斗中负伤，趁农民军节节败退，自顾不暇之时，他带着太子逃跑了。后来，李士淳的后人李大中在《二何先生事略》中公开承认了其祖先确曾救了崇祯太子。
也有人说，他被清廷处死。
有人说，太子先被一民间老太收留藏匿于民家3个月后，因其家贫无力收养，被送到亲属周奎家。周奎不敢收留，听到清廷的搜捕命令后，便将其上交刑部，清统治者担心崇祯太子会成为明末遗民的精神支柱，不利社稷的稳定，下令将他处死。
此外，还有许多说法层出不穷。有说太子从吴三桂军中逃出，先在皇姑寺暂住，后与太监高起潜一起从天津乘海船南下，有说太子逃亡时死于乱军之中等等，不一而足。
名妓陈圆圆魂归何处
陈圆圆，本名陈沅，苏州人，原姓邢，因幼年丧母，被送到姨母处抚养。后来随姨父学唱，8岁时即能登台扮演杨贵妃、虞姬、崔莺莺，扮相极佳，又兼嗓音圆美，又会填词，十几岁便红遍江南，“色艺擅一时”，芳名远播。（图 陈圆圆）
当时，吴三桂时任宁远总兵，手握10万精兵，是明末军事将领中属于第一号实力派人物。崇祯皇帝对他心存忌惮。一次回京时，田国丈请吴三桂到府里一聚，便叫宋陈圆圆为吴三桂殷勤劝酒。吴三桂一见之下，惊为天人，又惊叹她的才艺，于是开口向田弘遇索要陈圆圆。田弘遇无奈之下，将陈圆圆送给了吴三桂。吴三桂喜得陈圆圆，本想带她同去山海关，但由于父亲吴襄极力劝阻，只好将陈圆圆留在父亲府中。
不久之后，李自成农民起义军一路所向披靡，势如破竹，迅速攻占北京，崇祯帝在煤山吊死，明朝灭亡。
农民军进京后，大将刘宗敏因早闻陈圆圆芳名，便到吴襄府上掠走了陈圆圆。李自成本来已派牛金星带着自己的书信去招降吴三桂，而吴三桂眼见明朝已亡，李自成又在北京建立了大顺政权，便暗生归闯之意。可就在他举棋不定的时候，传来了父亲被打、圆圆遭抢的噩耗，立刻，“痛哭三军俱缟素，冲冠一怒为红颜”，表面为崇祯举丧，实则为报伤父夺妻之恨，决心与李自成为敌。为了打败李自成，吴三桂不惜投降清兵。而清军也在吴三桂的带领下迅速占领了山海关，并大举侵入中原，建立了清王朝。
吴三桂一家38口遭李自成农民军屠戮，父亲吴襄头颅也被砍下，但陈圆圆却奇迹般地幸得不死，最后终于回到吴三桂身边。吴三桂接受清世祖封赏，受命带兵杀向云南，后来镇守云南，成为一方藩镇。吴三桂在云南为陈圆圆选金殿，效吴王与西施故事；又派人寻找陈圆圆的亲人给予殊遇和厚禄。陈圆圆得宠多年，极富极贵。然而吴三桂淫心难足，野心膨胀。在陈圆圆之外，又有“四面观音”、“八面观音”等美女与陈圆圆争宠。陈圆圆年长色衰后逐渐看破红尘，立意吃斋念佛，不与他人争宠。吴三桂要封她为正妃，被她婉言拒绝。
康熙十二年，玄烨下令撤云南藩镇，调吴三桂去镇守关东。吴三桂抗旨不遵，树起“反清复明”大旗，与官军对峙。陈圆圆已看出吴三桂不得人心，就多次劝阻他，但吴三桂不为所动，在失望之余，陈圆圆随玉林禅师做了尼姑，法名寂静。
吴三桂势单力孤，负隅顽抗，在清军强大武力攻势下最终忧急病死。昆明被清军攻陷后，陈圆圆搬入昆明城外的三圣庵。几年以后，清将蔡毓带兵去三圣庵抄查古玩，一见到陈圆圆，引动色欲。陈圆圆一生遭际多多，不愿再次受辱，便投莲花池自尽了。
由于陈圆圆经历奇特，她的结局也引起不少人关注，传说很多。有人说她死于苏州，也有人说她死于上海，更有传说她葬于陕西，或葬于四川的。但由于没有可靠史料记载，皆成臆测。死于昆明之说似较为可信，但又有一说，陈圆圆参与了吴三桂的反叛阴谋，兵败后与吴三桂一同被杀。
陈圆圆究竟魂归何处？现在无论是苏州、上海还是昆明，都没有发现陈圆圆的墓地，史料中也缺少记载，所以对于陈圆圆结局，一般认为还是个谜。