胡安娜出生于1479年11月6日，她的外祖母伊莎贝拉就是一位悲剧女性。伊莎贝拉曾是葡萄牙公主，因为政治上的联姻，嫁给了西班牙国王胡安二世，成为胡安二世的后妻。虽然胡安二世娶了伊莎贝拉，但却并没有真正地爱过她。他让伊莎贝拉一个人住在一个幽暗的城堡里。伊莎贝拉在古堡里常常独自静坐，凝视着墙壁发呆。由于忧郁积压，致使她的精神失常，最后变成了疯子，因此西班牙历史上便有了“疯子伊莎贝拉”的称呼。
胡安娜的母亲是西班牙历史上最著名的女王——伊莎贝拉一世。她曾驱逐占据西班牙上千年之久的阿拉伯人，还曾用自己的珠宝作为资金来支持哥伦布远洋探险。她勤奋好学，而立之年后还努力学习拉丁文。虽然她对西班牙的发展作出了最大的努力，但个人生活却很不幸，童年时母亲发疯，晚年时女儿胡安娜又精神失常。伊莎贝拉一世于1504年疲倦地死去了。
有些专家从病理学分析，认为胡安娜的异常行为是源自外祖母伊莎贝拉的遗传；而有些专家则认为，与其说胡安娜是受遗传因素的影响，还不如说是爱情的失落害了她，这一切都缘于她有一个不忠的丈夫。
1496年，在比利时的一个小村子里，17岁的胡安娜和一位奥地利的王子相识，这位王子就是奥地利神圣罗马皇帝马克西米连一世的儿子——腓力王子。当时他只有18岁，英俊潇洒，是当时有名的“美男子”。胡安娜爱上了腓力王子后，匆忙与他结了婚，享受着腓力王子带给她的幸福。可她没有想到，正是这位腓力王子，使她的下半生过得异常悲惨。
腓力王子生性风流，他对胡安娜的忠诚并未坚持得太久。在胡安娜怀孕期间，他开始“旧病复发”。一次，他竟然要把妻子留在西班牙只身返回奥地利。伊莎贝拉女王坚决不同意腓力王子的做法，这位王子便暗中策划偷偷逃走。软弱的胡安娜没办法阻止腓力王子的出轨行为，所以每一次怀孕都使她忧心忡忡，总是担心腓力王子会在这期间寻找别的女人。
1502年，由于哥哥、姐姐的相继去世，胡安娜成为西班牙的王位继承人，风流的腓力王子有了转变，但好景不长。1504年，伊莎贝拉女王去世后，胡安娜丧失了最后的政治保护人。胡安娜的父亲斐迪南是西班牙阿拉贡国王，素来有政治野心的腓力王子悄悄与岳父斐迪南密谋：由于胡安娜精神失常，所以不能让她掌握西班牙的政治实权，要把她架空！胡安娜本人并不关心政治，也不介意他们的阴谋，但宫廷贵族们出于自身利益的考虑而拥戴胡安娜为女王，使腓力王子的阴谋最终破产。
1506年，腓力王子到西班牙的布尔戈斯参加盛大宴会，胡安娜因为怀孕不能前往。腓力王子在宴会后又跑去骑马、打球。不幸的是，他从马背上跌落下来被抬回皇宫。已经怀孕6个月的胡安娜开始日夜照料丈夫，但丈夫还是离她而去了。
痛苦的胡安娜无法接受这个事实，她拒绝在丈夫的死亡书上签字；守灵时，她不准任何一个妇女单独站在棺材旁；当丈夫下葬时，抬棺材的人想中途休息一下，当她得知休息的地方有一个女子修道院时，便立刻要求把丈夫的棺材抬走，她担心丈夫的亡灵会和这些修女们鬼混。
丈夫下葬3个月后，胡安娜生下了第6个孩子，是个女儿。那是1507年的冬天，当时寒风凛烈，胡安娜派人到丈夫的墓地把丈夫的遗体从棺柩中取出，用担架抬至宫中，安放在她和幼女的身旁。因为天气寒冷，丈夫的面容没有损坏，胡安娜抱住丈夫的尸体不放。后人便以此来判断她确实是一位“疯子”。丈夫生前在生活上的不检点，对胡安娜刺激太大，使她处处提防。而丈夫死后，胡安娜处于一种精神恍惚的状态，她不认为丈夫已经死去，生怕其他女人会接近丈夫。胡安娜对腓力王子爱得太深，这种爱折磨着她，可以说，胡安娜是一位痴情的女子，也是一位命运悲苦的女王。
从1508年起，胡安娜就被父亲关在一个城堡里。在城堡中，她依然执著地爱着丈夫，最终于1555年带着这份深沉的爱意死去。在胡安娜的6个子女中，有一个儿子成为皇帝，一个儿子成为皇位继承人，四个女儿都成为王后。对于可怜的胡安娜来说，这也许算是一种安慰。