为加强旧军势力，在第一次古贤会议上，阎锡山还决定成立军政干部学校，培养青年军官，并且决定将原来准备给决死队两个军的番号第33军、34军，拨给旧军，将第71师扩编为第33军，教导2师扩编为第34军，由孙楚、杨澄源分任军长。1939年1月，阎锡山在吉县五龙宫“避战”时召开的高级军官会议即“五龙宫会议”上，又作出了“建立现代化有基础的30万团力的铁军”的决议。所谓“铁军”，按阎锡山的说法，“就是要打人人受不住，人打来必定吃亏，使人不敢打不愿打无法打，而自己打人，却是无往而不利”。后来，他还提出“我们能完成10万有团力的铁军，即可掌握山西；完成20万就可掌握二战区，驱逐敌人出境；如完成30万，即一定可以支持华北”（《阎司令长官抗战复兴言论集》第3辑，第100、123页）。在阎锡山的筹划和大力支持下，由王靖国具体操办，被冠以“三三铁血团”名称的铁军组织，于1939年11月在秋林成立。
于积极扶旧形成鲜明对比的是对新的多方抑制与打击。阎锡山于1938年9月25日至10月8日在吉县古贤村公开召开的由军政民干部参加的“抗敌行政工作检讨会议”亦即第二次古贤会议上，通过了由他亲手制定的《抗敌行政十大纲领》、《抗战人员必戒二十条》和《抗战必要条件六项》。“十大纲领”虽然有军事核心、实行说服教育、实行强民政策、整理地方武装、尽量消除摩擦、严格执行纪律、按期实行考核、保障人民权利、争取汉奸反正、普及革命教育等内容，但实际上，它不但否定了1936年11月公布的“山西省民族革命十大纲领”，而且继温泉会议后，又使阎锡山的专制领导进一步加强，因为在“严格执行纪律”中就要求“下级必须遵守纪律”，而“普及革命教育”中，又强调了“要壮大民族革命同志会的组织”。至于《抗战人员必戒二十条》，其中所规定的“行政不协助军队者必戒”、“军队妨碍行政者必戒”、“有武力而不抗敌、图谋扩张势力者必戒”、“言论行动力足以挑动阶级斗争者必戒”、“滥委人员、成立游击队、强迫人民供应者必戒”等等，可以说，都是针对抗日进步势力，企图限制共产党、牺盟会和决死队发展抗日武装，建立民主政权的活动的。此外，在这次会议上，阎锡山还特地议定的“厘定区、县战事编制”、“统一动员机构”、“严格执行合理负担”三案，也是要从法令制度上缩小牺盟会和决死队的权力的。而第二次古贤会议后，阎锡山的许多作为也更证实了这一点。
先就阎锡山对牺盟会的态度而言，自从牺盟会成立以来，阎锡山对牺盟会一直是支持的，就在1938年1月，阎锡山还准许牺盟会挑选40名能力较强的牺盟会特派员，经过短期训练后，调任游击县的县长。对于“牺盟会同志”积极响应他的游击县长制，去当游击县长，还颇感满意。2月，在对全省行政机构进行调整时，把原来的行政公署改为行政督察专员公署，政治主任改为督察专员，虽然对新增设的第八、第九行政区委旧派人物陈兴邦、尚因培任专员，但原来7个行政区的第1、3、5、6行政区的主任宋劭文、薄一波、戎子和、张文昂仍继续担任行署专员。这些行署专员可代行省政府职权，委派县长，有很大权利。这样，到临汾失守前，全省103个县中，就有62个县的县长、9个专员公署中就有4个专员，是牺盟会的特派员。由于这些人都是共产党员，所以，山西的政权实际上有一半掌握在了共产党的手中。这个事实，不能不使阎锡山感到问题的严重性。因此，他于温泉会议成立“民族革命同志会”，以便对牺盟会等抗日进步势力加以控制之后，在第一次古贤会议开过不久 ，1938年8月，便从宋劭文的第1专区分割出灵丘、广灵、浑源、应县、山阴、大同、阳高、天镇等县，组成第10专区，从旧派专员杨集贤的第2专区分割出新派基层势力较强的河曲、保德、五寨、偏关、平鲁、神池、左云、右玉等8县，组成第11专区，由杨集贤任专员兼保安司令，以缩小新派势力的活动范围与权力。不久，阎锡山又在行政区之上特设4个“省政府行署”，分别委任其亲信将领第13集团军总司令王靖国 （王不愿赴任，改为杨澄源）、第7集团军总司令赵承绶、第8集团军总司令孙楚、第6集团军总司令陈长捷兼第1、2、3、4即晋东北、晋西北、晋东南、晋西南4个区的行署主任。由于这4位行署主任可以代行阎锡山的职权，而行署之下，又依阎锡山的要求，根据全省人口、土地面积及战略位置，划分成了若干“作战师管区”。每个师管区派若干团驻扎，在师管区内实行军事统治一切，师长兼专员，团长兼县长，将军、政、民大权，全集中在了旧派军人手中。按阎锡山的话来说，这样“不但有利于现在的抗战，而且有利于将来的复兴”（《牺盟会史》第488页）。但实际上，阎锡山此法，就是要把大多数牺盟会员任县长和4个牺盟会员任行署专员的权力以及决死队4个纵队的权力予以剥夺，使之完全掌握在旧派军人的手中。秋林会议之后，阎锡山又向决死队、牺盟会控制的地区派遣了“政治突击队”、“敌区工作团”、“精建会”（全称为国民抗战精神建设委员会。因“同志会”的名义当时不便公开，阎锡山便借国民党中央成立“国民抗战精神总动员山西分会”之机，于1939年7月在秋林成立了“精建会”等），进行侦察、捣乱、破坏活动。
与此同时，阎锡山对于抗战初期他曾同意创办的战动总会，也采取了排斥打击的态度。1938年2月，他要在战动总会宣传部任部长的赵宗复（赵戴文之子）和赵中枢（国民党中央蒙藏委员会副委员长赵丕廉之子，战动总会宣传部印刷科科长、秘密中共党员）二人将宣传部人员全部带走，离开战动总会。经战动总会内的中共秘密党团组织研究决定，为了维护抗日民族统一战线，只允许二赵离开战动总会，其他人员一律不准离开，二赵离开战动总会后，即到临汾第二战区政治部交通局任职。阎锡山企图从组织上削弱战动总会的举措未能得逞后，又断绝了对战动总会游击队的军需供应。3月下令将战动总会所属12个游击支队改编为山西保安二区游击支队，任命续范亭为保安二区游击队司令。但在中共中央的指示下，在改编过程中由于将一部分部队巧妙地编入其他部队共4300余人，其中决死纵队1400余人，第120师1800余人，编入保安四区1100余人，因而，各游击支队实际上并没受改编的多大影响。
此后，阎锡山对战动总会的打击，更为变本加厉。当战动总会所属游击支队改编后，阎就趁续范亭由苛岚赴吉县古贤之际，将保安二区的第14和第1支队分别调往保安四区和苛岚赵承绶骑兵驻地附近，以便于控制，并且密令保安二区各支队统归赵承绶指挥。由于续范亭的坚决反对，阎也觉得自己无理，只好暂时“忍让”。可是，阎并未就此罢休，不久，他便委派郝梦九（阎方派往战动总会委员）为保安二区政治部主任，旧军官朱耀武为保安二区司令部参谋长，企图从人事上控制保安二区的军政大权，架空续范亭，同时还将游击支队的活动范围由原来的68个县，缩小到保安二区所辖苛岚、五寨、神池、朔县、宁武、崞县、静乐、左云、右玉等13个偏僻贫瘠的县份，以限制游击支队的发展。
尤为严重的是，阎锡山对战动总会的解散。在第一次古贤会议上，阎锡山就想解散战动总会，但鉴于他觉得自己直接出面不太方便，遂一面电请蒋介石以中央政府的名义下令取消战动总会；一面通过战动总会副主任、第二行政区专员杨集贤等人提出取消和改组战动总会的建议。会后，阎又电召续范亭赴吉县，商谈取消战动总会之事，当他见续维护战动总会的态度很坚决后，遂提出战动总会可以不解散，但是必须让南汉宸、程子华离开战动总会。这一提议也遭到续的坚决反对。会谈未取得结果。虽然如此，但阎已“对战动总会开始进攻，如提议由两个专员发动各县长和人民请愿取消战委会，再由专员汇集报阎锡山取消战委会”，“阎已电战总会减少工作人员，各县经费由总会支出”等等（中共山西省委党史研究室编著：《战动总会简史》文津出版社1993年版，第177页）。中共中央和毛泽东等领导对于阎锡山想取消战动总会的一切举动，早已知道，针对阎锡山的图谋，中共中央和毛泽东等为避免与阎正面摩擦，并延缓与阎公开破裂的时间，曾做了大量工作，其间周恩来还致电阎锡山，告以解散战动总会将会产生的不良后果，但由于阎锡山在秋林会议上，借口国民党中央政府下达了各地战争动员一律由总动员实施委员会负责，不允许形形色色机关存在的通令，发出了取消战动总会的命令。在此情况下，经中共中央同意，战动总会于1939年7月1日正式发出了结束工作的通告。
如果说自温泉会议、两次古贤会议，直至五龙宫会议这一时期，阎锡山在抗战道路上向后倒退的主要表现还是扶旧抑新，所采取的措施也还比较隐晦的话，那么，随着中日战争形势的变化，在秋林会议前后，阎锡山在抗战道路上的向后倒退，不仅表现在对日妥协的严重倾向和与日的加紧勾结上，并且其表现方式也变得更为肆无忌惮和更加露骨。
1938年10月21日广州沦陷，25日武汉失守。武汉的失守，标志着国民党正面抗日战场的基本结束。自“7·7”事变爆发后的一年多时间里，由于全国人民坚持团结抗战，特别是中共领导的华北、华中敌后战场的开辟和抗日游击战争的开展，消耗和牵制着日军的大量兵力，给日军造成了日益严重的威胁。日本帝国主义为了集中兵力打击中共及其领导的八路军、新四军，以巩固其所占领的地区，并且为其开辟南洋战场进行准备，因而于攻陷武汉后，遂调整了它的侵华战略和策略，把对国民党政府以军事进攻为主、政治诱降为辅的方针，转变为政治诱降为主，军事打击为辅的方针，停止对正面战场的战略性进攻，政治诱降活动随之加紧。而蒋介石也采取了严格限制与打击共产党、八路军和新四军的政策。这种严重逆转的抗战形势不能不对于抗战已经信心不足的阎锡山产生影响。
就在当年冬天，阎锡山在秋林举办的校尉级军官训练团的一次讲话中，就说：蒋先生的脑筋中决无抗战之意，今天是如何妥协的问题了，因此他可以设法更多地增加前线的困难，使前线将领自动要求停战，他可以任意广播共产党、八路军破坏统一，不服从命令，加他们一个奸党奸军的帽子，在不知不觉中，转移抗战为剿共，一切关键只在日本条件能否接受。这种形势我们要看得很清楚，天要下雨，要赶快准备雨伞。所谓天要下雨，即抗战形势要大变了，蒋介石已开始对日妥协与反共了，在此情况下，山西也应根据形势的变化，及时准备好反共和日的准备。
不仅如此，1939年1月1日，当阎锡山在五龙宫听到薄毓相向他报告的另一则日本广播说是“汪精卫已由昆明正往河内，发表艳电（1938年12月29日），声言要与日本合作”后，他当即沉下脸来，思索了一阵方说：“兆铭（汪名）走得太早了。咳！各行其是吧”！随即将他以《共产主义的错误》一文为兰本而改写的《中心思想》，电致其秋林司令长官部办公室主任宁超武用大通行发表，作为“元旦文告”。阎锡山这里所说的汪精卫“走得太早了”，是对汪的惋惜，或是认为汪的降日“不合时机”，还是“不讲策略”？均无可妄断，但有一点却是可以肯定的，即他对汪的降日没有任何谴责的意思。并且，汪的降日也确实触动了阎锡山。至于他将其《共产主义的错误》一文的基本精神改头换面后，作为1939年元旦文告发表，则清楚地表明，阎锡山对共产党的态度已经发生转变，由过去的联共变为反共了。也就是在1月9日至17日召开的五龙宫会议上，当从重庆返回的省财政厅厅长王平向他报告交涉财政经费及有关后方情况后，阎锡山因何应钦卡二战区经费而大动肝火，骂何是“混帐”，是“汉奸行为”，并且自负地说：“全中国只有三个真正抗战的人，就是重庆蒋、延安毛和吉县的我！其余都不抗战，也不懂政治”（《阎锡山统治山西史实》第263—264页）。从这些言辞中，也反映出阎锡山在和日或降日的问题上是早就有所考虑的，在他看来，和日或降日是一个严重的政治问题，必须谨慎对待，不然就会落下千古骂名。汪精卫鲁莽行事，早早降日，就是“不懂政治”，而他才是懂政治的。
正因为如此，所以，阎锡山于1939年3月25日至4月22日，在陕西宜川秋林镇召开的有师长、独立旅长以上部队军官、各区专员、保安司令以上的行政区干部及部分县长、“公道团”县团长、“牺盟会”县特派员等共计167人参加的“军政民高级干部会议”即“秋林会议”上，“懂政治”的阎锡山，虽然在开幕词中提出这次会议精神为“讨论加强抗日力量，争取最后胜利，奠定复兴基础的全盘办法，讨论事项，为军政民工作如何进行”（《阎锡山统治山西史实》第266页），但实际上是要在这些“抗战”、“复兴”言辞的掩饰下，为他的降日、反共而对其军政干部进行思想动员，并采取相应的一系列行动，以扫清其降日的主要障碍共产党、牺盟会和决死队等抗日进步势力的。