在《物种起源》的最后一部分，达尔文自信地写道：“我看到了将来更为重要的广阔的研究领域。……人类的起源和历史也将由此得到许多启示。”在达尔文的另一巨著《人类的由来》中，达尔文就这一重要而广阔的研究领域，进行了辛勤的探索和耕耘。
在西方的基督教文化传统中，绝大多数人都笃信《旧约·创世纪》中上帝造人之说。在上帝的诸产品中，唯有人是一种理性的存在物；人的理智被认为根本不同于其他各种聪明动物的智能，惟独人拥有不朽的灵魂，这就界定了其本质属性及其与上帝的联系。人的神圣性、高贵性构成了基督教教义的一部分。达尔文之前的有些自然学者，由于对人的心理能力和精神能力怀有特别深刻的印象，所以把整个的有机世界分成三个界，人界、动物界、植物界，使人有别于其他生物，而自成一界。有些自然学者，考虑到人类独特的心理能力和智力水平，于是步居维叶后尘，把人分作一个目，叫做两手目，因而和四足类、食肉类等几个目处于同等的地位。显然，自然学者的这些分类方法，与基督教教义是吻合的。
中国传统文化称人是“万物之灵”,“灵”虽出自万物之上，身犹在万物之中，“灵长类”
的译名有可能就是从此而来的。所以，对于我们来说，接受人类起源于动物的说法，在感情上并不存在严重障碍。但是，对于西方民族来说，人有人的独特的尊严，绝对不能和动物相提并论，更不必说是从猿猴进化而来的了。这不仅是一个科学事实问题。更重要的是诮谈情问题。我们可以想象，当达尔文跨入这一领域时，需要何等的勇气和信心。
对于达尔文来说，他坚信，物种绝不是由上帝单独分别创造出来的，而是由一个简单原型演化而来的，人自然也不例外。“在种种心理能力上，人和低于人的动物之间，尽管在程度上有着极其巨大的差别，但在性质上却是相同的”.“程度上的差别，无论多大，不能构成一个理由，使我们把人列入一个截然分明的界，或使他自成一界。”达尔文列举了大量的事实，证明人与动物在解剖结构、生理功能上存在着密切的关系，尤其是人与灵长类，更有着惊人的一致性。许多疾病，如天花和梅毒等，人与猿猴都能相互传染，表明人和这些动物的细胞组织及血液，在细微的构造和内容的组成上，都有着密切的相似之处。
当然，人与其他高等动物的真正差别还在于大脑所反映出来的智力上。正是在这一点上，有着“达尔文的斗犬”之称的进化论者赫胥黎（ThomasHenryHucley,1825-1895）指出：“人和黑猩猩或猩猩之间的差别，要比后二者和甚至各种猴子之间的差别还要少，而黑猩猩的脑子和人脑之间的差别，比起前者和狐猴的脑子来，几乎是微小得没有多大意义可言。”达尔文完全赞同这一观点。
然而人所珍贵的是各类心理能力以及语言、智力等，它们在动物中有没有呢达尔文坚定地回答：动物也有这类能力的萌芽。所以，从动物到人，没有一个截然的界限。
首先是心理能力。达尔文指出：“人和其他动物的心理，在性质上没有什么根本的差别，更不必说只是我们有心理能力，而其他动物完全没有了。”当然，其间存在着无数的由浅入深的层次。很多复杂的感情行为，比如两性之爱、母爱、自我保全等，人和动物都共同拥有。
许多动物都会表现出对事物的好奇之心，甚至好奇心的强弱，可用来比较不同动物的智力。
一条警觉的狗与一只懒慵的猫，前者有着更强烈的惊奇心理，故而智力上也比较优越。而在人类当中，一切哲学家、科学家比常人具有更多的对外界事物高度的敏感、惊奇心理，这正是求知的开端。
想象力是人的最高特权之一。但它在动物当中仍有一定程度的反映。达尔文举了一个观察者所记下的例子。狗在夜间要嗥，尤其是在月夜，而且嗥得很奇特、很凄厉，称为犬吠月。但不是所有的狗都这样。据说，凡是不吠月的狗，一到月夜，两眼避开月亮不看，而是盯着靠近地平线的某一个固定之点。据分析，在月夜，狗的想象力受到四周事情模糊不清的轮廓所干扰，并且这种光景会在它们眼前召唤出种种离奇古怪的幻象来。
总之，争胜等。进而抽象的概念、一般的意识、心理的个性等，它们在动物中能反映到什么程度，由于人与动物之间的难以沟通性，致使准确地获得这类知识相当不易，但是达尔文坚定地相信，动物在某种程度上具备这类复杂的心理行为，这是毋容置疑的。
其次是语言的使用。达尔文认为，动物也有自己独特的语言，狗能理解人的语言，其程度大致相当于10至12个月之间的婴儿。人在感情特别丰富的时候，也能像动物一样，更多地以各种手势、吼叫、脸部肌肉的活动等等来表达内心的情感，而不是用音节分明的语言。“人与其他动物的差别只在于，在人一方面。这种把各式各样的声音和各式各样的意念连接在一起的本领特别大，相比起来，几乎是无限大；而这套本领显然是有赖于他的各种心理能力的高度发达。”
第三，宗教信仰。谁都会认为宗教是人区别于动物的一个重要特征，然而，从广义上看，若是把宗教信仰理解为对一切神秘事物的敬畏、膜拜之情，那么，达尔文认为，在动物中间同样能找到这些情感的踪迹。在一只狗的身上，通过它对主人的深情，百分之百的顺从，一些畏惧以及还有其他的情感，这些正是宗教心理的萌芽。达尔文说：“一条狗仰面看它的主人就像瞻仰上帝一样。”
在证明了人的种种独特品质与动物的关系之后，达尔文又进一步论证了一些品质的取得，同样受制于生物界普遍适用的客观无情的法则--自然选择原理。正是在这一点上，许多人，甚至包括与达尔文共同提出自然选择原理的华莱士（AlfredRusselWallace,1823-1913）也无法接受。若说人的体制构造的形成受制于自然选择，情理上能为人接受。比如镰刀状贫血症。因为有益于抵御疟疾的侵袭，故而在非洲人群中有着较高的发病率，这显然与自然选择有关。而且事实也证明，在美国的黑人中，这类患者明显减少。因为在一个疟疾不再猖獗的环境中，贫血患者的生理缺陷，致使他比别人有着更少的生存率。
但是，如果说人类珍贵的心理特征的获得，如道德感、非凡的智力、宗教感情等等，同样受制于自然选择，这将导致对基督教教义的亵渎，并大大伤害这些教徒的宗教感情。然而，达尔文以非凡的勇气，更以翔实的资料，坚持把他的自然选择原理贯彻到人类的所有领域之中。
比如说语言，达尔文认为：“用有音节的喉声来模仿动物的音乐性的叫唤声这一活动终于产生了可以用来表达各种复杂的情绪的一些字眼。”这就是语言的起源。因为语言对原始人是极其有益的，所以，自然选择保持并完善了这一至关重要的性状。
又比如说道德感，这是人的骄傲，在达尔文看来，“不论任何动物，只要在天赋上有一些显著的社会性本能，包括亲慈子爱的感情在内，而同时，又只要一些理智的能力有了足够的发展，就不可避免地会取得一种道德感，也就是良心，人就是这样。”
达尔文认为，人的种种心理特征，乃至道德感等，与其他性状一样，也是会变异的，并且我们有一切的理由可以相信，这些变异是倾向于可遗传的。只要变异对人类的远祖有用，它们就会通过自然选择而发展得更为完整。以道德的起源来说，“当两个居住在同一片地区的原始人的部落开始竞争的时候，如果（其他情况与条件相等）其中的一个拥有一个更大数量的勇敢、富有同情心、而忠贞不贰的成员，随时准备着彼此告警，随时守望相助，这一个部落就更趋向于胜利而征服其他的一个。”胜利者得以繁殖更多的后代，于是，这些被人类社会所赞美、鼓励的道德就在人群中蔓延开来。
既然自然选择原理曾经在人类的起源中，起到了如此重要的作用，达尔文不得不遗憾地指出，现在文明时代的许多做法，反而是违背了自然选择的原理。“我们有理由相信，接种牛痘之法把数以千计的体质本来虚弱原是可以由天花收拾掉的人保存了下来。这样，文明社会里的一些脆弱的成员就照样繁殖他们的种类。”接种牛痘还算是一个特殊事例，从总体上来看：“就野蛮人、身体软弱或智能低下的人是很快就受到了淘汰的，而存活下来的人一般在健康上都表现得精力充沛。而我们文明的人所行的正好相反，总是千方百计地阻碍淘汰的进行。”这些措施包括建立各类慈善院，收容残疾之辈；医生想方设法救活每一条垂危的生命等。
于是，达尔文很自然地从生物学领域过渡到了社会学领域，并且将进化论中的自然选择原理应用于人类社会本身。生物学的观点与政治观点的结合就是所谓的“社会达尔文主义”.斯宾塞（HerbertSpencer,1820-1903）是一个典型的社会达尔文主义的鼓吹者和信奉者。甚至还在读达尔文的著作之前，斯宾塞就企图证明，放任自由的个人奋斗与导致生物体改善的严峻的自然法则是一致的。“最适者生存”也是人类进步的方式。尤其是，他为当时英国的政策找到了一个正当的借口：自由贸易和经济竞争都不妨说是自然选择的社会形式，篡改它们便会干扰宇宙进化的过程，并将使人类进步的车轮发生故障。
另一位进化论者，达尔文的忠诚卫士赫胥黎在自然的进化与人类社会的进化之间作了严格的区分。前者是宇宙过程程对社会进化的影响就越大。“而社会进化意味着对宇宙过程的抑制，并代之以另一种可以称为伦理的过程，这种伦理要求”用‘自我约束’来代替无情的‘自行其是’;它要求每个人不仅要尊重而且还要帮助他的伙伴以此来代替、推开或践踏所有竞争对手；它的影响所向与其说是在于使适者生存，不如说是在于使尽可能多的人适于生存。“所以，在最文明的社会中，生存斗争是不起什么作用的。
曾经独立得出自然选择原理的另一名进化论者华莱士，在有关人类起源的问题上，持有与达尔文相反的观点。华莱士认为，人类大脑的出现从根本上改变了生物进化的性质；随着智力及文化的进步，器质性器官的形态特化和变异就不再发生了。华莱士还认识到，人与类人猿在智能方面的差距比达尔文所承认的要大得多；被达尔文看做是人与类人猿之间过渡的原始部落里的野蛮人，其固有的意识能力与文明人实际上是一样的。在这一点上，华莱士完全是正确的。
在此基础上，华莱士主张自然选择不能说明人的高级能力的出现。他指出，”原始部落里的人们，其大脑体积与高度文明的人不相上下，其实这样的生活只要有一个体积小得多的大脑就够了。“自然选择只能为野蛮人奉献一个略逊于类人猿的大脑，但事实上他却拥有一个仅仅略逊于哲学家的大脑。”华莱士用一种所谓的“潜在能力”来说明人类的特殊进化过程。
这种潜在能力至今未被发现，但华莱士正确地看到了人类的起源、进化具有与纯粹的生物学过程相比所不具备的特殊性，而这种特殊性确实是达尔文所忽略的。
正因如此，达尔文的进化理论是对基督教神学的一个极为沉重的打击。威尔伯福斯主教在英国科学协会怒斥达尔文主义，他大声疾呼：“自然选择原理同《圣经》是绝对不相容的！”
1860年，《物种起源》发表后的次年，赫胥黎与威尔伯福斯主教发生著名的辩论。当大主教以轻蔑的口吻质问赫胥黎，究竟是他的父亲一方还是母亲一方来自猴子这一祖先时，赫胥黎机智地回答，他不以父亲或母亲一方来自猴子而感到差愧，相反，如果他的祖先中有这样一种人，他对问题缺乏真正的了解，却还在无知地谩骂，他将会感到差愧万分。这次辩论不仅为赫胥黎赢得了崇高声誉，而且为进化论的普遍接受扫清了障碍。