1860年夏
石达开率领远征军抵达广西庆远休整，期间部将彭大顺、吉庆元等人率领数万太平军东返天京，史称万里回朝。
1860年6月
咸丰皇帝赏曾国藩兵部尚书衔，署理两江总督。
1860年6月
安庆咽喉要地枞阳被太奸韦俊攻占。
1860年7月28日
曾国藩从宿松进驻皖南祁门。
1860年8月10日
曾国藩被实授为两江总督，兼任钦差大臣，大江南北各军均受其节制。
1860年8月20日
陈玉成从浙西撤退，攻占安徽广德，准备北上援救安庆。
1860年9月26日
陈玉成兵至皖北，联络捻军救援安庆。
1860年11月26日
陈玉成联合捻军在桐城西南与多隆阿交战，战败。
1860年12月
李秀成进入皖南羊栈岭，占领黟县，曾国藩在祁门写下遗书，不久解围。
1860年12月10日
陈玉成在桐城附近第三次与多隆阿交手，大败。
1861年1月2日
陈玉成进攻枞阳救援安庆，不胜，于12日撤退。
1861年4月
陈玉成从湖北撤军东返，南北合取武昌救援安庆计划失败。27日率主力杀进集贤关。
1861年5月2日
洪仁玕等率援军与多隆阿交战，失败。
1861年6月8日
集贤关外四垒精锐太平军被鲍超等人围歼。次日刘玱琳被擒杀。
1861年7月16日
石达开率部一万余人回到家乡贵县。
1861年8月22日
咸丰帝在承德避暑山庄驾崩，托孤于肃顺等顾命八大臣。
1861年9月5日
安庆被曾国荃攻陷，陈玉成撤往庐州。
1861年9月30日
胡林翼病死于武昌。
1861年11月
慈祥太后联合慈安、奕发动北京政变，走上大清权力舞台的中心，开始了近半个世纪的独裁统治。
1861年11月20日
清廷降旨任命钦差大臣曾国藩统辖江苏、安徽、江西、浙江四省军务，所有文武大臣，包括巡抚、提督、总兵，全部归曾国藩节制调度，由他来统一指挥。
1861年12月29日
李秀成第二次攻占杭州。
1862年2月
左宗棠率领湘军开进浙江，开始了收复浙江的军事反攻。
1862年4月8日
李鸿章第一批淮军抵达上海，开始在苏南战场与太平军作战。
1862年5月13日
陈玉成从庐州撤围，北上寿州。
1862年5月15日
陈玉成在寿州被苗沛霖诱捕。
1862年5月21日
陈玉成被押送到胜保军营。
1862年5月31日
曾国荃率湘军进逼天京城南雨花台，开始着手实施合围天京的战略计划。
1862年6月4日
陈玉成在河南延津身受凌迟之刑被杀。
1862年9月14日
李秀成统率大军从苏州出发援救天京。
1862年10月13日
李秀成率军至雨花台与曾国荃大战。
1862年10月23日
李世贤率军前来雨花台助战。
1862年11月26日
李秀成率军从雨花台撤围，为期四十六天的十三王救驾归于失败，援救天京行动失败。
1862年12月
洪秀全命令李秀成执行进北攻南战略方案。
1863年1月17日
常熟守将钱桂仁赶赴苏州，部将骆国忠趁其外出之机，率部抢先献城降清。
1863年4月26日
江苏太仓守将会王蔡元隆诈降，大败淮军，击伤李鸿章弟李鹤章。
1863年5月5日
清廷任命左宗棠为闽浙总督，曾国荃为浙江巡抚，暂由左宗棠兼领。
1863年5月14日
石达开率领大军来到大渡河畔紫打地，准备过江杀进四川腹地。
1863年5月19日
李秀成撤六安围，从寿州返回天京，进北攻南彻底破产。
1863年6月11日
石达开等五人来到大渡河畔洗马姑清军军营，希望能够以“自我牺牲”来挽救手下将士性命，被擒拿。
1863年6月19日
石达开远征军将士两千余人，在大树堡于深夜被骆秉章命唐友耕部袭杀。
1863年6月25日
石达开在成都被凌迟杀害，时年三十三岁。
1863年11月19日
苏州被李鸿章淮军合围。
1863年11月25日
曾国荃部湘军扎营孝陵卫，天京面临被合围的危险。
1863年12月4日
苏州因纳王郜永宽等八名大太奸投降而失陷。
1863年12月6日
李鸿章杀郜永宽等八名太奸。
1863年12月21日
从苏州回到天京的李秀成向洪秀全提出了“让城别走”的建议，遭到洪秀全怒斥。
1864年2月28日
天京城外紫金山的天堡城被曾国荃部湘军攻陷。
1864年3月25日
太奸程学启攻嘉兴脑部被子弹洞穿，后死于苏州。
1864年3月2日
曾国荃部湘军扎营太平门和神策门外，天京十门全部被堵，被彻底合围。
1864年3月31日
杭州被左宗棠军攻陷。
1864年5月11日
江苏常州被李鸿章淮军攻陷。
1864年6月1日
洪秀全在天京病逝。
1864年6月6日
小天王洪天贵福举行继位仪式。
1864年7月19日
天京被曾国荃部湘军攻陷，当晚李秀成率兵千余保护小天王洪天贵福、干王洪仁玕等人从太平门缺口成功突围。
1864年7月23日
李秀成在方山被猎户陶大来、王小二绑送清营，送至天京城外曾国荃军营。
1864年7月30日
曾国荃在天王府内挖出洪秀全尸体，鞭尸解恨。同日李秀成开始写自述。
1864年8月7日
曾国藩在金陵杀李秀成。
1864年10月25日
干王洪仁玕在江西石城被秀才出身的按察使席宝田俘获。同一天，小天王洪天贵福在石城荒谷被席宝田俘获。
1864年11月2日
远征西北的扶王陈德才三次远征西北之后奉召回救天京，中途得知天京陷落，兵锋顿挫，屡被清军所败，当日再败几至全军覆灭，陈德才服毒自尽，远征军全军覆灭。
1864年11月18日
小天王在江西南昌被杀害。
1864年11月23日
洪仁玕在江西南昌被杀害。
1865年8月23日
侍王李世贤被清军击败后只身逃跑，投奔广东镇平的康王汪海洋，因汪曾杀其部将李元茂，汪害怕其追究，将其杀害，时年三十二岁。
1866年2月
南方最后一支太平军主力偕王谭体元部在广东被清军击败，死伤万余，余部四五万人投降，至此由江浙进入江西、福建和广东的太平军余部全部被清军歼灭。