作为神学家，司各特并不否认宗教信仰，但他认为理性应在信仰之上，并力求使哲学独立于神学，宣称上帝并不是形而上学的主题。同时他还指出理性是有局限的，认为人们既不能通过证明承认上帝存在，也不能利用理智把握上帝的属性，只有借助个人的沉思才能直接认识上帝。
在伦理观方面，司各特主张个人是行动和道德的主体，人应该根据自己的意志去追求幸福。他的这些思想肯定了个人的独立意志，这在当时具有一定的解放思想的作用。
在唯名论与实在论的斗争中，司各特坚持唯名论的概念论观点，他认为一般不能在人的理智之外独立存在，它只是同类事物之间的共同性。司各特采纳了亚里士多德关于形式和质料学说的基本思想，不过他反对抬高形式贬低质料。他指出质料即物质，具有独立的实在性，形式的作用在于让物质具有个性，只有它与物质结合才能构成独立的实体。
在司各特看来，人固然不能通过理性认识上帝，但可以凭借自己的天赋和能力获取知识。他认为，认识起源于人的感官对单纯物体的表象，人以这些简单的、混乱的感官表象为诱因，然后凭着理智能力，形成对根本原理的认识。理智若不从感官方面获得主题，就不可能对命题的主题有任何认识。他还猜测物质具有思考能力，认为灵魂中可能有物质。司各特的这种观点是对宗教神学唯心主义认识论的否定。
司各特的哲学思想在历史上产生了很大影响。晚年在巴黎和科伦讲学的他，从经院哲学内部公开批判托马斯·阿奎那，削弱了封建神学和托马斯·阿奎那学说的权威，加速了经院哲学的衰落。然而，正是这样一个离正统教义很远的人，却躲过了宗教迫害，最后逝世于科伦。
司各特著有《巴黎论著》和《牛津论著》等著作，其具有唯物主义倾向的认识论思想，成为17世纪英国唯物主义经验论的思想来源之一。
修道僧的信仰
◎信仰寻求理解
一般认为，除了教皇赛尔维斯特二世之外，10世纪的西方没有哲学家。但伴随着11世纪的到来，在哲学上真正杰出的人物开始逐渐现身了。这其中最具代表性的人物有罗塞林、安瑟伦等人。他们有一个共同的身份，即都是支持教会改革运动的修道僧。
安瑟伦是意大利人，基督教经院哲学家、神学家，实在论主要代表。26岁进入本笃修会的他，先后任了法国柏克隐修院副院长、院长和英国坎特伯雷大主教。在他担任大主教期间，曾因主教续任权与英王发生争执，两次被驱逐出境。
和奥古斯丁一样，安瑟伦也认为信仰高于理性，理性应该从属于信仰，认为如果没有信仰，就不能理解一切。为此，他提出“我信是为了理解”和“信仰寻求理解”的口号，但同时他又认为，如果仅有信仰而不诉诸理性，则近乎玩忽。
在《独白》中，安瑟伦运用因果律，从事物有不同程度的完善，推论出必有一个最完美者，即神的存在。之后，他又在《宣讲》中提出了哲学史上著名的关于神存在的“本体论论证”，从而一举成名。
安瑟伦声称任何人都有一个关于神的概念，即神是一个“不可设想有更大的最伟大者”；但如果它仅仅存在于人们的想象中，那么人还可以设想一个更伟大者，这是相互矛盾的。因此这个“不可设想有更大的最完美者”不仅存在于人们的想象中，也必须存在于现实中。
安瑟伦的这种观点，为上帝和教会高于一切作了哲学论证，但遭到了托马斯·阿奎那的驳斥。尽管后来得到笛卡儿、莱布尼茨、黑格尔等的肯定和修改，但被洛克、康德等摈弃。
在《神何以成人》一书中，安瑟伦提出世人因犯罪而冒犯神的尊严的观点，他说，神为维护其尊严与统治，坚持有罪必罚的“公义”，要求对世人施以刑罚，不然必有适当的补偿以满足神的要求。基督是神之子，以无罪之身代人受死，这就满足了神的“公义”。后世称这为救赎论的满足说或补偿说。
究其源头，安瑟伦哲学观点主要来自奥古斯丁的哲学学说，因为安瑟伦身上具有许多柏拉图的因素，都是从奥古斯丁那里获得的。
正是由于奥古斯丁的思想和柏拉图主义之间的这种承袭关系，人们往往称奥古斯丁主义为“教父的柏拉图主义”或“柏拉图—奥古斯丁主义”，而安瑟伦则是这一传统在中世纪经院哲学中的中坚人物，也便有了“最后一位教父”和“第一位经院哲学家”之称。
◎上帝存在论（节选）
神是的的确确存在着的，即使顽固的人在心里认为没有神。
请将理解的力量赐予信心的主，期望你照耀着你所认为有益的，使我理解你的确像我们所坚信的那样存在着，且的确是我们坚信的神。我们坚信，你是人们所能想象到的最伟大的存在。难道这样的存在是虚假的吗？只因为那些愚昧顽固的人心中认为没有神？可是，不管怎样，即使是愚昧顽固的人，当他听到我提及的那一位——人们所能想象到的最伟大的存在——的时候，也一定会理解他所听到的，而他所理解的，原本就在他的悟性范围之内，即使他并不清楚这存在的的确确地存在着。
那是因为，一个事物在悟性范围之内存在着，与理解那事物的的确确存在，是不同的。比如，当画家想象着自己即将要创作的画，他已经在悟性范围之内掌握它了，但是他本人并不认为它是存在的，因为他还没有将它创作出来。而当他将这幅画作完成以后，他不仅仅是在悟性范围之内掌握它，还明确它是存在着的，因为他已经把它创作出来了。
…… ……
因此，那位在人们所能想象到的最伟大的存在，如果真的只在悟性范围之内存在，那么在人们所能想到的最伟大的存在之外，我们很可能会想象到比之更伟大的存在了。可是，这是不可能的。所以，毋庸置疑的，有一位人们所能想象到的最伟大的存在，真实地存在着，不仅在主观悟性范围之内存在，在客观实体上也存在着。
不能认为神不存在，在一切可能的想象中，神是最伟大的；被视为不存在的神，就不是神。神确确实实就这样存在着，以至于我们不能忽略它的存在。因为想象一个存在的存在是可能的，而这种观点比想象一个不存在着的存在大得多……所以，一定有一位在一切可能想象之中最伟大的存在，人们不可能想象不到它。
神啊，你就是这存在……
然而，愚昧顽固的人如何在心里说他想象不到的事，抑或如何想象他心里不能说的事呢？因为心里说的和想象到的不是同一个事物？
…… ……
所以，但凡知道神是什么的人，即使他有意识或无意识地在心里说出“神不存在”的话，也想象不到神是不存在的。因为神是在一切可能想象之中的最伟大的存在，同时，能彻底了悟这个事实的人，一定能理解这种存在是如此的真实，以至于神不能被想象为不存在。
感恩我仁慈的主，我感谢你。只因我曾受过你的恩惠，并现在仍受到你的启发而相信理解你。即使我不想相信你是存在的，但我也决不能否定你的的确确存在的这个事实。
伊斯兰文化及其哲学
◎百科全书式的哲学家
伊斯兰教纪元开始于公元622年。十多年后，阿拉伯人开始了征服世界之旅。公元732年，伊斯兰教徒在图尔战役中战败，于是针对西方的部分扩张战争就此停止。伊斯兰教徒遵奉《古兰经》的教导。
阿拉伯帝国是一个君主制国家，成为统治者的哈里发，必须要继承穆罕默德许多圣洁品质才可以。
公元661年，穆罕默德的女婿阿利逝世之后，伊斯兰教徒分成逊尼和什叶两派。
后来，倭马亚王朝倒台了，接替者是代表波斯利益的阿拔斯王朝，但是阿拔斯王朝并没有统治整个帝国，因为有一股倭马亚王朝的力量在逃到西班牙以后，又统治了那里。从此，西班牙独立于伊斯兰教世界了。
第一个用阿拉伯文写哲学的人是金迪，被后人尊为“阿拉伯哲学家”。他精通医学、逻辑学、音乐、几何、数学等学科，翻译了普罗提诺的著作《九章集》的一部分，但这给阿拉伯人认识亚里士多德带来了混乱，数百年之后，阿拉伯哲学界才克服了这种混乱。
一般而言，阿拉伯哲学家都是百科全书式的，只要是可以被称为哲学的学问，他们都感兴趣。
◎伊斯兰教哲学的集大成者
伊本·路西德，拉丁名为阿威罗伊，出生在西班牙科尔多瓦的一个审判官之家，因此，他也先后在塞维利亚和科尔多瓦做过审判官。最初，伊本·路西德只对神学和法律感兴趣，后来才开始研究医学、数学和哲学。他名声很大，以至于人们相信他完全有能力分析亚里士多德的著作，把他称为“亚里士多德著作最权威的诠释家”。
1184年，伊本·路西德做了叶尔孤白·优素福的宫廷御医，两年后，叶尔孤白·优素福就去世了。叶尔孤白·曼苏尔继任哈里发之后，对伊本·路西德信任如故，但由于正统教派的反对，伊本·路西德后来被革职，先后流放到科尔多瓦附近和摩洛哥。
这还不算完，后来又有人控告伊本·路西德“以牺牲真正的信仰为代价从事古代哲学的研究”。于是，叶尔孤白·曼苏尔下令烧毁了所有涉及逻辑和形而上学的书籍。不久以后，伊本·路西德就逝世了，至此，西班牙境内的伊斯兰教哲学也宣告结束。
伊本·路西德在生前曾致力于改变阿拉伯人对亚里士多德的理解。他崇敬亚里士多德就像崇敬一位宗教创始者那样。他还认为，可以借助独立于启示的理性证明上帝的存在。他的这一主张影响了托马斯·阿奎那，后者在很大程度上继承了他的主张。
伊本·路西德崇敬亚里士多德，也曾经紧紧地依附于亚里士多德，在提出“灵魂不死”的主张时就是如此。他认为，灵魂不死是因为智性不死。不过，这并不能保证灵魂不死，因为表现于不同的个人之间的知性其实是同一的。这也遭到了基督教哲学家的反驳。
像大多数后期的伊斯兰教哲学家一样，虽然伊本·路西德是伊斯兰教徒，但却不是严格的正统教派。在当时也流行过一个纯正统教派的神学家组织，这个组织认为，哲学对信仰不利，因此反对一切哲学。
这个组织中间的一个名叫阿勒嘎则勒的人写过一本书，书名就叫《哲学家的毁灭》。伊本·路西德对此作出了回应，写了一本名为《毁灭论的毁灭》一书，有力地抨击了阿勒嘎则勒。
从哲学发展的角度来讲，伊本·路西德是伊斯兰教哲学的集大成者，也是基督教哲学的一个开端。13世纪时期，米凯尔·司各特将他的著作翻译成了拉丁文，在欧洲产生了极大的影响。
当时，不仅是经院哲学家受到了他的影响，就连许多主张灵魂不死的非专业自由思想家也受到了他的影响而被称为“伊本·路西德主义者”。起初，弗朗西斯教团和巴黎大学的职业哲学家是最仰慕他的人。
作为独创性思想，阿拉伯哲学并没有多重要，因为它仅在数学和化学领域有些独创性，况且在化学领域的独创性还是在研究炼金术时偶然得到的。不过，伊斯兰教文明对哲学的发展还是有一定促进作用的，在文明鼎盛时期，它在美术和技术领域的成就斐然，只是在哲学理论领域缺少了几分独立思辨的能力。
所以，如果把阿拉伯哲学视为一个文明的传播者，那么它的重要性毋庸置疑。在伊斯兰教徒的刺激下，西欧摆脱了野蛮状态，而且还产生了一种超过传播者自己创造的新思想的思想，这就是经院哲学。
教父般的权威
◎顺时而革新
托马斯·阿奎那是自然神学最早的提倡者之一，也是托马斯哲学学派的创立者，被公认为中世纪经院哲学最伟大的代表。既是哲学家又是神学家的他，把理性引进神学，用“自然法则”来论证“君权神圣”说，从而成为天主教长期以来研究哲学的重要根据。
在那个时代，如果天主教信徒想学习哲学，就必须认可托马斯。在他们的心目中，托马斯具有教父般的权威，因为在大多数场合下，他都紧密地追随着亚里士多德。对于亚里士多德哲学，托马斯掌握的知识足够充分。他还促使教会相信，与柏拉图体系相比，亚里士多德体系更适合作为基督教哲学的基础。
托马斯的体系在当时所有教授哲学的天主教机构里，被认为是唯一正确的体系。天主教教会认为他是历史上最伟大的神学家，将其评为33位教会圣师之一。他死后还被封为天使博士（天使圣师）或全能博士。
托马斯的父亲——阿奎那伯爵，当时居住在那不勒斯王国，托马斯的童年也是在那里度过的，后来，他在腓特烈二世创办的那不勒斯大学读了六年书。期间，他出乎意料地加入了多明我会，该会和方济会共同对欧洲中世纪早期建立的神职阶层发起了革命性的挑战。
阿奎那的这一转变令其家族感到不悦。在去罗马的路途中，阿奎那被他的几个兄弟逮住，押送回圣齐奥瓦尼城堡。他的家人为迫使他放弃入教志向，将他监禁了一两年。根据最早有关阿奎那的传记的记载，他的家人甚至安排娼妓去诱惑他，但他不为所动。在教皇诺森四世的干预下，最后其家人还是妥协了。17岁时，托马斯·阿奎那终于穿上了多明我会会服。
阿奎那的师长看出他在神学上天赋异禀，于1244年便送他去科隆的多明我神学院深造，拜入大阿尔伯特门下学习哲学和神学。一年后，他又跟随大阿尔伯特去巴黎大学学习了三年。在这段期间阿奎那也卷入了大学与天主教修士之间有关教学自由的纠纷，他主动抵制大学提供的演讲和小册子。当教皇知晓这起争议时，多明我会挑选了阿奎那作为辩护者。阿奎那在辩论中大获全胜，接着取得了神学的学士学位。