一个途径是将职能相同相近的部门，重组为一个职能更宽、管理范围更广的大部门，使相关职能由一个大部门负责，统一协调管理相关领域的事务。具体整合方式，应从实际出发，统筹考虑。比如说，食品药品安全管理与公共卫生服务有着内在有机联系，应当在统筹协调食品药品和公共卫生管理职能的基础上，整合现有政府部门，统一负责相关领域的政策规划、组织协调和监督管理职能。再比如说，能源涉及到经济、社会、外交、资源等多个领域，关系到国计民生、国家安全和发展战略，国家能源管理机构的设置，既要考虑强化行业管理职能，也要考虑从更高层次上加强战略规划和统筹协调职能，实现职能有机统一。另一个途径是只对相同相近职能进行整合，不动机构。在许多情况下，一个部门可能只有某些管理职能与其他部门存在交叉，或者一项事务的工作流程客观上需要几个部门共同管理。在这种情况下，就没有必要重组机构，而是采取职能整合的办法，将相近职能归人一个部门管理为主，使之成为该项职能的主要负责部门，牵头协调相关业务，其他部门配合，做到职责明确、各负其责，防止都负责、又都不负责，出了问题无人负责。
其二、决策与执行分开问题。目前，有些政府部门集决策权、执行权、监督权于一身，容易导致权力过于集中、部门利益化等问题。十七大报告提出，要“建立健全决策权、执行权、监督权既相互制约又相互协调的权力结构的运行机制”。实行大部门体制，有的部门职能更宽，权力更大，可能出现新的部门利益，监督控制更加困难。因此，实行大部门体制，更有必要在建立决策与执行相对分离的权力结构上有所创新。在这方面，国外已有多年实践，有些成熟经验可供我国参考借鉴。例如，20世纪90年代起，英国开始推行政策制定与执行相分离的政府模式，内阁部门主要负责政策制定，设有各种决策咨询委员会，同时将部门内设机构成建制地转为执行机构，负责政策执行，并授予执行机构负责人充分的人事权、管理权和财政资源支配权，目前执行机构已达100多个，大部分公务员在执行机构工作。澳大利亚、新西兰、新加坡等国也有类似做法。从我国情况看，可考虑以大部门制改革为契机，进行决策与执行相对分开的改革试点，如将执行性、服务性、监管性的职责及相关机构，分离出来作为大部门的执行机构，将所属事业单位改为独立法人单位，使部门本身主要负责政策制定，执行机构和法人单位专门负责政策执行，形成决策与执行相互制约和协调的权力结构和运行机制。
其三、各类政府机构关系问题。现代政府机构种类较多、关系复杂，例如我国目前政府机构分为政府组成部门、直属机构、办事机构、直属事业单位、部门管理的机构等。实行大部门体制，涉及到部门职能重新界定和机构调整，如何理顺各种机构之间关系，优化政府组织结构，至关重要。可供考虑的措施有：一是对各种类型机构的定位、职责、规格、权力、责任和隶属关系，做出明确无误的法律界定，为理顺机构之间关系奠定组织基础。例如，将目前机构设置中政事不分、以事业单位序列却行使行政职能的机构，明确界定为行政机构。二是使一个部门主要负责一个事务或融合性强的事务，做到职责明确，便于问责。三是明确综合部门与行业部门之间、政府组成部门与其他政府机构之间，是分工合作、相辅相成的关系。四是通过建立部际联席会议制度，确定负责一项事务的牵头协调部门等方法，加强部际关系协调机制，提高政府整体效能。
其四、地方政府机构设置问题。我国是实行单一制的国家，中央政府的机构调整必然会影响到地方政府的机构设置。实行大部门体制改革，在逻辑顺序上应先从中央政府起步，而后延伸到地方政府。考虑到中央政府与地方政府的职能有所不同，例如中央政府管理更侧重宏观性、间接性和指导性，地方政府管理更侧重具体性、直接性和执行性，地方政府的机构设置也应当有所不同。在大部门体制改革中，除了根据政府管理需要实行上下级对口设置的机构外，其他地方机构的设置，应在地方机构编制总额限定的情况下，由地方各级政府根据本地行政管理的实际需要，因地制宜地整合职能和机构，灵活设置地方部门，为地方政府改革和管理创新留下空间，充分发挥地方政府积极性、创造性。
（第四节 大部制难以承受之重
日新月异的社会发展变化，孕育了一些国人跟风追时髦的风尚，对于政府管理领域似乎也未能例外。在以产值论英雄的年代，自上而下的经济目标责任制形成所谓的“压力型体制”，它所对应的则是“表现型政治”：自下而上响应上级指令，层层加码、层层拔高，表现出大轰大嗡的特征。目前有关“大部制”的热论似乎呈现出类似苗头：不恰当的定位、无根据的演绎、不切实际的希冀，人们正在赋予大部制难以承受之重。科学发展观意味着施政理念和价值目标的转变，它的贯彻落实则需要行事方式的转变，从“表现型政治”转变为“务实型政治”。务实的标志之一，就是要以平常心看待大部制。
媒体上经常可以看到对大部制的种种评论：“中国政府将对自己庞大的行政体系进行改革，这一次的行动代号是‘大部制”’；“以大部制为代表的第六次行政体制改革”；“‘大部制’构想被普遍认为是政府改革的一个新起点、新突破口”；“大部制改革引领行政管理体制改革”；“以推行大部制着手，布局行政管理体制改革”。大部制在行政管理体制改革中该如何定位？我们需要重温一下胡锦涛总书记十七大报告中的有关论述。
关于行政管理体制改革着力点或重点领域，十七大报告中明确提出了“转变职能、理顺关系、优化结构、提高效能”四个方面。报告中有关改革的具体内容和措施，也可以大致围绕这四个方面进行归类：健全政府职责体系，完善公共服务体系，强化社会管理和公共服务等，明显属于“职能转变”的范畴；推进政企分开、政资分开、政事分开、政府与市场中介组织分开，主要着眼于“理顺关系”；“优化结构”
涉及面比较广，既包括“统筹党委、政府和人大、政协机构设置”，又包括“精简和规范各类议事协调机构及其办事机构”，而“加大机构整合力度，探索实行职能有机统一的大部门体制”，则是其中的重要部分；“提高效能”略微复杂一些，既涉及到诸如“推行电子政务”、“规范垂直管理部门和地方政府的关系”、“健全部门间协调配合机制”等管理运作和技术层面的改革措施，同时又是职能转变、理顺关系、优化结构等改革所追求的最终效果。
显而易见，十七大报告中关于行政管理体制改革的论述是系统全面的，从中可以得出几点结论：第一，大部制只是改革的四个着力点或重点领域之一。第二，大部制仅限于政府内部的机构整合，不可能替代党、政、人大和政协的机构设置统筹，也不等同于“精简和规范各类议事协调机构及其办事机构”。换句话说，即使就“优化结构”这一着力点而言，大部制也只是其中的一个组成部分。退一步讲，国务院现有60多个组成部门，即使所演绎的大运输、大农业、大文化、大卫生、大能源等全部付诸实施，所涉及到的部门数可能也不到一半。对于这样一个改革举措，用“引领”、“着手布局”、“新突破口”等字眼，把它视为足以“代表”本次行政管理体制改革的一面“旗帜”，无异于用局部代替了整体，给人以过犹不及的炒作之嫌。如果这些不恰当的定位出自于真诚信念，那只能反映了对行政管理体制改革综合性与复杂性的漠视和曲解。
政府为履行特定职能而存在，部门只是职能履行的载体或责任主体，政府机构设置、关系模式、运作方式和管理手段的发展变革，无不受到政府角色定位和职能结构的影响，并服务于有效履行职能这一目标。从实践上看，改革开放以来我国政府机构的历次重大改革，都和政府角色和职能结构转变有着密切的联系，都是职能决定机构设置的例证。以物资部、纺织部、轻工业部等部门的演变为例，是市场化的发展导致了相关职能的消亡，进而导致这些部门被撤销，而不是这些部门的撤销带来了市场化的发展，也不是机构变革导致了职能的转变。因此，在行政管理体制改革涉及的四大重点领域中，深化职能转变依然是第一要务，其他领域非常重要，但在我看来都居于从属地位。大部制尤为如此。
首先，职能转变是中央新施政理念和“新民生”路线的旗帜或标志。我国改革开放的过程实际上是政府职能转变的过程。随着工作重心从阶级斗争向经济建设的转移，政府职能转变的重点长期放在经济领域：“从计划调节到市场调节，从微观管理到宏观管理，从直接管理到间接管理”等，显然都属于经济职能转变的范畴。新一代领导集体提出的“科学发展观”与“和谐社会”目标，体现了经济建设、政治建设、文化建设和社会建设四位一体的总体发展思路，突出了“以人为本”和对民生的高度关注。在“新民生”路线下，政府职能转变的核心是“健全政府职责体系，完善公共服务体系，强化社会管理和公共服务”。换言之，这些改革措施最能体现新施政理念，因而职能转变依然是行政管理体制改革的核心。
其次，政府职能转变是大部制得以顺利实施的基础和条件。人们常用“缺位和越位”来形容我国政府职能中的问题，这在不同阶段有不同表现方式，但都对机构设置产生决定性影响。当公有经济占据绝对主导地位，政府对行业甚至企业实施微观管理的时候，把一机到八机部合并为一个“机械工业部”都会超越管理能力的边界。
弥补政府“缺位”，当前的重点是强化社会管理和公共服务，这需要工作重心和资源投入上的倾斜，因而首先是职能转变的问题。否则，即使建立一个高规格的大部门，也会面临运转不良的困境。至于政府“越位”可以从两个角度来理解：一方面，政府管了许多“不该管也管不好”的事情；另一方面，许多可以由非政府中介组织履行的职责，目前还是由政府部门包揽。如果大部制改革的目标是精兵减政、理顺关系、提高效能，那国际经验表明，分散化的公共治理结构越发达，大部制就越能够成功。否则，大部制同样会运转不良，最后走向“合而又分”。
所谓“大部制”，就是在政府的部门设置中，将那些职能相近、业务范围趋同的事项相对集中，由一个部门统一管理，最大限度地避免政府职能交叉、政出多门、多头管理。大部制不是万灵丹，有所能又有所不能。所谓“能”，指大部制能解决哪些问题，带来哪些期望的效果；所谓“不能”，指大部制改革的作用有其边界。
大部制度改革何以避免政出多门，从而提高行政效能？我们以商务部为例做一说明。在原经贸委、外经贸部和计委职能整合基础上成立商务部，可以说是大部制的一个早期尝试，其积极意义表现在几个方面：内经贸和外经贸管理机构统一，为统筹综合内外发展状况，制定统一的经贸战略和政策奠定了组织基础；有利于推动外商、合资和国内企业，国有和民营企业在经营权等方面的一视同仁，更好落实国民待遇原则；内外贸管理体制统一，有利于克服出口和进口脱节，在国际贸易谈判中形成出口和进口的连结效应。大运输的设想与此同理。航空、铁路、公路、水运等具有明显的竞争和替代关系，竞争不仅涉及市场、客户，而且争夺国家有限资源的投入。组建统一的大运输部门，有利于市场和资源投入的统筹规划与合理布局，有利于统筹思考解决几大行业间的矛盾和政出多门，有利于减少国务院的管理幅度，从而为提高效能奠定基础。
大部制的“不能”表现在哪些方面？首先，大部制在解决政出多门和部门矛盾方面的作用有限。人们往往以“仅建设部门就与发改委、交通部门、水利部门、铁道部门、国土部门等24个部门存在职责交叉”、“农业产前、产中、产后管理涉及14个部委”等，来论证大部制的必要性及其对改革的期待。问题在于：部门再大，也得有个边界，超越这一边界，职责交叉就是必然的，矛盾和扯皮也是不可避免的，大部门之间也不例外。其次，大部制聚焦于结构调整，并不能完全解决部门内部的运行机制问题。国际经验表明，有限政府和决策／执行职能的适度分离，是大部制有效运行的前提和基础。我国多数政府部门决策和执行职能混合，部长既抓政策又对执行管理和政策效果负直接责任，工作负荷超过了个人能力。实施大部制，这一问题无疑更为突出。第三，大部制会对强化监督和权力制约带来挑战。职能集中必然伴随着权力集中，人们对监督弱化的担心不是多余的。有人预言，“大部制改革将按照决策、执行、监督分离的原则确立部委运行机制”，这一新体制将带来更多的变化，其中包括强化监督和权力制约。其实，决策、执行、监督不论怎样分离，都绕不过部长负有全面责任和权力这一“天花板”，加上我国特有的官僚文化和上下级关系，部门内设监督机构的作用注定有限。强化监督和权力制约，不能押宝于大部制，功夫应在部门之外，不仅是政府专门监督机构，更重要的是权力机关、人民大众和社会舆论的监督。
胡锦涛总书记在十七大报告中提出：要“加大机构整合力度，探索实行职能有机统一的大部门体制，健全部门间协调配合机制”。这句话实际上涉及两个问题，一是大部制，二是部门间的协调配合机制。目前，人们对大部制的热议超乎寻常，但对部门间的协调配合机制缺乏足够的关注。在我看来，它至少同大部制改革一样重要，甚至更为重要。
前已提及，部门再大，也得有个边界。除非把所有部门整合成一个“国务部”，部门之间注定出现协调配合问题。一个基本事实是，美国政府被视为大部制的典范，但部门之间的职责交叉依然存在。解决由此带来的矛盾和扯皮，传统智慧致力于“职权界定明确化”，即详尽列出各个部门的管辖范围和事项，通过明确划定边界达到“井水不犯河水”。一位美国学者对此做过生动描述：“如果在公寓大楼里发现一只老鼠，那是住房检查员的责任；如果老鼠跑到一家餐馆，那就归卫生部门管辖；如果它跑了出去，死在一个小巷里，那就归公共工程部门管理”。实践证明，在问题盘根错节的高度复杂化社会，职权界定明确化日益无能为力。