李世一生用兵多筹谋，其料敌应变，皆契事机，现在突然被贬，实在毫无理由。薛仁贵为皇上近侍，仅有卫护之责，而无宣旨之职，他却受长孙无忌委派前来宣旨，实在透出蹊跷。李世在此一闪念间，已洞悉了李世民的意图，他近日对李世民病情早有耳闻，明白李世民如此做其实为身后事安排。想到这里，李世对薛仁贵道：“薛将军今日还回翠微宫吗？”
“下官明日方回。”薛仁贵老老实实答道。
“如此，请薛将军上复皇上、皇太子及长孙太尉，就说我深深感激圣恩。现在接了圣旨，立刻往叠州赴任。”
“莫非李大人连家都不回了吗？”薛仁贵见李世开始收拾简单的行装，不禁诧异问道。
“是啊，皇上如此紧急下诏，想叠州那里定有要紧事，还是早日赴任为好。薛将军，我要忙于收拾行装，马上就走，如此就不能与你叙话了，请多担待。”
薛仁贵惊讶得张大着嘴巴，想不透他为何如此匆忙。不过如此一来，长孙无忌吩咐自己的事不用办了，倒免了一番手脚。
片刻之间，李世已整顿结束，仅带领两名随从，跨上马向薛仁贵拱手作别。
李世民听说李世的这番举动，不禁叹道：“唉，他毕竟识破了我的心机。不过他竟然不停顿一下，连家门都不入，未免露出了痕迹。”
李世民自知大限将至，这日将褚遂良唤来，让其代拟遗诏。三日后，褚遂良将遗诏拟成，送入含风殿请李世民过目，此诏写道：
夫天命之重，绿错奉其图书；天子之尊，赤县先其司牧。而功兼造化，桥山之树已阴；业致升平，苍梧之驾方远。至于平寇乱、安黎元、洒洪灾、攘大患，黄帝之五十三战，商汤之二十七征，以此申威，曾何足算！昔者乱阶斯永，祸钟隋季，罄宇凝氛，昏辰象，绵区作梗，摇荡江河。朕拂衣于舞象之年，抽剑于斩蛇之地，虽复妖千王莽，戮首车，凶百蚩尤，衅尸军鼓。垂文畅于炎野，余勇澄于斗极。前王不辟之土，悉请衣冠；前史不载之乡，并为州县。再维地轴，更张乾络，礼义溢于寰瀛，菽粟同于水火。破舟船于灵沼，收干戈于武库。幸李卫霍之将，咸分土宇；缙绅廊庙之材，共垂带绶。至于比屋黎元，关河遗老，或赢金帛，或赉仓储。朕于天下士大夫，可谓无负矣；朕于天下苍生，可谓安养矣。自栉风沐雨，遂成弭诊；忧劳庶政，更起沉疴。况乃汉苦周勤，禹胼尧腊，以矜百姓之所致也。道存物往，人理同归，掩乎玄泉，夫亦何恨矣！皇太子治，大孝通神，自天生德，累经监抚，熟达机务。凡厥百僚，群公卿士，送往事居，无违朕意。属纩之后，七日便殡。宗社存焉，不可无主，皇太子即于枢前即皇帝位，依周汉旧制。军国大事，不可停阙，寻常闲务，任之有司。文武官人三品以上，并三日朝晡哭临，十五举音，事毕便出。四品以下，临于朝堂。其殿中当临者，非朝夕临，无得擅哭。诸王为都督、刺史任者，并来奔丧。其方镇岳牧，在任官人，各于任所举哀三日。其服纪轻重，宜依汉制，以日易月。园陵制度，务从俭约。昔者霸陵不掘，则朕意焉。太原无从人见在者，各赐勋官一级。诸营作土木之功，并宜停断。
褚遂良体会李世民心意，拟诏时数易其稿，逐字斟酌。李世民阅后非常满意，说道：“可在‘诸王为都督、刺史任者，并来奔丧’一句之后，加上‘濮王、莱王，不在来限’。”
褚遂良急忙答应，当即在稿上注上此八个字。李世民不让李泰回京奔丧，深怕昔日魏王党再有异动，如此对新皇帝不利。
李世民闭目养神一会儿，然后睁眼说道：“遂良，此诏拟得过于华美，像其中所言：‘前王不辟之土，悉请衣冠；前史不载之乡，并为州县。’又曰：‘朕于天下士大夫，可谓无负矣；朕于天下苍生，可谓安养矣。’后人若见此等词句，定会讥朕自我吹嘘。你应该知道，此诏虽由你所拟，毕竟为朕之言语，对其中过于溢美之处，可以略作改动。”
褚遂良急忙答道：“陛下，臣拟诏之时，往往笔悬纸上难以下笔，深恐不能表达全貌。臣下笔之时，实际上已将陛下之功抹去不少，若再加改动，臣实在不敢奉旨。”
李世民此时无力多讲，就轻轻挥挥手说道：“朕有些乏了，你下去吧。此诏就如此定稿，待朕宾天之日，可立即颁行天下。”
“陛下……”褚遂良听到“宾天”一语，顿时泪如泉涌，有心想说话，终久不敢再说，遂躬身退出殿外。
李世民的担忧其实为多余的，后世史家写此，由衷赞道：“甚矣，致治之君不世出也！……其除隋之乱，比迹汤、武；致治之类，庶几成、康。自古功德兼隆，由汉以来未之有也。至其牵于多爱，复立浮屠，好大喜功，勤兵于远，此中材庸主之所常为。然《春秋》之法，常责备于贤者，是以后世君子之欲成人之美者，莫不叹息于斯焉。”
世人常常爱求全责备，然后人提起李世民，往往多溢美之言，对其“牵于多爱，复立浮屠，好大喜功，勤兵于远”等诸多所谓的缺失，常常视而不见，由此可见后人对其极为爱戴。
李世民一日又一日躺在含风殿内，身上苦楚未有一丝减轻，反而日益加重。御医们百般调治，终久束手无策。李治向长孙无忌说道，不如将李世民搬回京城诊治，也许会有结果，长孙无忌坚决不同意，说李世民如此虚弱的身体，哪经得起如此折腾。
五月过后，李世民的身子更糟，其周身浮肿，面孔肿得变了模样。长孙无忌见诊治无效，对太医令大发脾气，骂道：“你们往日里自恃医术高明，皇上如今有病，你们怎么越治越糟？哼，皇上若有个三长两短，我定要问罪你们。”
太医令也无计可施，心道皇上食丹中毒，无药调治，怎能独怨我们！长孙无忌现在权倾朝野，当此盛怒之时，他不敢与其犟嘴，只好小心回答，然后再苦思疗法。
其实李世民到了现在，任何药石用在他身上也毫无功效，其强撑至今，无非靠其肌体自身维持罢了。到了五月八日，李世民召长孙无忌入殿，想独自对他说一些要紧的话。孰料长孙无忌一进殿门，看到李世民那令人撕心裂肺的模样，不禁悲从心来，就此呜呜大哭起来。二人从小为伴，后来又成为至亲，诸般情谊混杂在一起，非是简单的君臣关系。
李世民叹了一口气，费力地抬起手来抚在长孙无忌的面庞上，替他拭去泉涌似的泪花，叹道：“无忌，我唤你前来，有大事要说。你如此哭哭啼啼，我们如何说话？”李世民说完，忽然明白长孙无忌如此大哭，实为悲己将与之永诀，也不禁哽咽起来。
长孙无忌大哭道：“陛下……陛下……臣见到陛下如此模样，实在心痛如割……”
李世民此前与人诀别时，其最大痛处即是今生再难与人相见。现在自己病重，心里早知道离辞世不远，与长孙无忌等人相见的时辰无几。那一时刻，他不禁悲从心中来，也陪着长孙无忌流泪不已。
他们相对而泣，实在无法说话，过了好长时间，他们方才止住哭泣。然经此一折腾，李世民又耗去许多精力，没有力气对长孙无忌说话，遂让长孙无忌退出，说道：“我今日歇息歇息，你明日带治儿和遂良入殿说话。”
第二日为五月九日，李治、长孙无忌和褚遂良三人早早地候在含风殿之外。殿内，太医令带人正为李世民侍候汤水。
过了半个时辰，太医令等人方才出来。太医令将长孙无忌拉到一边，小心说道：“瞧皇上的光景，今日很不好，你们入内后拣要紧的话说，不能让皇上耗力太多。”
长孙无忌点头答应，与二人一起入内。
李世民躺在病榻上微闭双眼，看到三人入内，轻声道：“你们来了，我有几句要紧的话要说。”
李治不禁轻轻啜泣起来。
李世民轻轻地摇摇头，说道：“不可再哭！”李治急忙止住哭声。李世民目视长孙无忌和褚遂良，示意二人靠近一些，将手抬起拉着二人之手，殷切地说道：“我自知大限将至，今日召你们来，要将大事托付给你们。”
“陛下……”长孙无忌和褚遂良心里非常明白李世民离死不远，有心想再宽慰几句，又觉得于事无补，唯有流泪不止。
李世民费力地抬起右手指了李治一下，说道：“你们当初言称治儿仁孝，极力推荐他继为储君，我遂群臣之意立治儿为皇太子。治儿入东宫以来，勤勉学习，练达政事，堪称仁孝，可为大唐天下之主。无忌、遂良，我此刻心中有千言万语，然无力说出。一句话，治儿毕竟年轻，你们今后要好好辅佐他，将天下事办好。”
两人心里明白，皇上临终之前，指明自己为顾命大臣。长孙无忌既为勋臣又为国舅，当然为顾命大臣；而褚遂良为朝中新贵，新进位为中书令，却能成为顾命大臣，他事先实在难以想到。两人齐齐地跪在榻前，向李世民叩首道：“臣遇此大恩，愿尽心竭节，鞠躬尽瘁，全力辅佐太子。”
“起来吧。自今日开始，你们二人就依此办事。”李世民又将目光视向李治，说道：“若无忌、遂良在，你勿忧天下！”
李治也跪下叩首道：“儿臣奉旨。儿臣今后每遇大事，定事先与其商量。”
李世民让长孙无忌、褚遂良为顾命大臣，其实他心中还有一个人，即是被贬出京的李世。后来李治即位，果然召李世回京，授其为尚书左仆射。有此三人辅佐李治，保证了大唐延续贞观年间的做法，使大唐国势保持了蒸蒸日上的势头，后世称此段史事为“永徽之治”，此为后话。
李世民说完这些话，已大汗淋漓，无力多说。这时，他又忽然想起一件事，对褚遂良说道：“无忌随我多年，忠心耿耿，我有天下，多其力也。只是他性格耿直，不知世人心内幽暗。我死以后，你要多替无忌操些心，不能让小人进谗言以毁之。”
褚遂良躬身领旨，然心里纳闷，长孙无忌现在实为首辅，又为国舅，何人敢打他的主意？
李世民一生识人用人，实有他的过人之处。他现在嘱咐褚遂良让他保护长孙无忌，实在大有深意。后来李治即位，武媚娘渐渐专权，许敬宗也在朝中大行其道，许敬宗秉持武媚娘的意思，捏造长孙无忌与褚遂良意图谋反，一下子扳倒了二人。这样，褚遂良自身难保，更谈不上保护长孙无忌，则李世民可谓一语成谶。
三人见李世民神情疲惫，无力说话，遂躬身退出。李世民这时又忽然想起一事，唤回李治，嘱咐道：“我死之后，你千万将《兰亭序》放入墓中。我一生独爱此帖，就让它陪葬吧。”李治含泪答应。
是夜，李世民崩于含风殿，终年五十二岁。其死后，有司为其上谥号曰文皇帝，庙号曰太宗，后世从此称李世民为唐太宗。
李治遵从李世民遗愿，将《兰亭序》放入其墓室枕前，并将其母长孙皇后与李世民合葬一起。这样，李世民一生最爱的人和最爱的物件，从此又归于一室。
墓室前，镶嵌有六块石画，即是有名的《昭陵六骏》。
李世民驾崩，天下闻此噩耗皆为之举哀，四夷之人入仕于朝者及来朝贡者数百人，闻丧皆恸哭，他们依本族风俗剪发、面、割耳，以致流血洒地。阿史那社尔、契苾何力、执失思力等人痛哭流涕，向李治请求，要求杀身殉葬，李治坚决不许；松赞干布闻听此讯，极为哀伤，以婿礼遣使吊祭，献金银珠宝十五种，请置李世民灵前，并致书长孙无忌，表示效忠李治，其中写道：“天子初即位，若臣下有不忠之心者，当勒兵以赴国除讨。”李治感于这些人对父亲的一片忠心，就召来阎立德、阎立本兄弟二人，让他们画出归附中国的十四位外国君长之像，再琢石为像立于昭陵之前，此十四人为：
突厥颉利可汗左卫大将军阿史那咄苾；
突厥突利可汗右卫大将军阿史那什钵苾；
突厥乙弥泥孰俟利苾可汗右武卫大将军阿史那思摩；
突厥答布可汗右卫大将军阿史那社尔；
薛延陀真珠毗伽可汗夷男；
吐蕃赞普松赞干布；
新罗乐浪郡王金贞德（女）；
吐谷浑乌地也拔立豆可汗诺曷钵；
龟兹王左骁卫大将军诃黎布失毕；
焉耆王左卫大将军突骑支；
于阗王右骁卫大将军伏阁信；
高昌王左武卫将军麴智勇；
婆罗门帝中天竺王阿罗那顺；
林邑王范头黎。
贞观二十三年六月，李治即皇帝位，即是后世所称的唐高宗，次年改元为永徽元年。