两大会宗，三元合一。
吕真人曰：此篇言性命之学，欲人依性命修持。然性命之幽深，实人所不易晓，古经每以简括为尚，一字一句，务求包括，不肯作为分析语，故言皆肃括宏深，后学实苦于难明，其后代演说者，则尤甚，谈怪言谎。虽奥义未尝不隐寓，而语涉不经，遂贻误乎后学。吾欲使人明性命之旨以修持，故此先推究乎性命之本根，以发通篇申论之意也。何谓两大会宗？两大者，盖指天地之覆载而言。天地之覆载，无一物不入其内，即无一物能出其外，大何如耶？故曰两大。然天何以能覆，地何以能载？此其中便有性命存焉。天以寂然至一之灵，驾驭乎清淑连转之气，其至一之灵是性也，气之清淑是命也，天有性命。地以静安灵，化就出腴润之精华，其灵之静安为性，腴润之华为命。此分而言之，以见性命之旨。至若天以灵阳普降于下，地脉即以和柔之精气，应接而上腾，于其灵阳之降，和柔之腾，是两大性命之交即会宗之义。会者，交会之谓，两大交而成一太极，乃性命之真谛。宗对祖而言，太极从无极生来，则太极为宗，故曰两大会宗。人禀两大之灵气而生，内亦自具一太极，空中一点寂然不动，粹然至一之神是性，真精及本然之淑气是命。其生禀之初，太极完全，何尝不如两大会宗？不过自后起之邪缘感动，遂将太极分之，而性命不能归还本原耳。所以有待于修习，而复还厥初也。何谓三元合一？三元者，元神、元精、元气也。天地元神，寂然真一之灵是也；清淑运转之真气，是谓天地元气；天之甘露，地之膏脉，有所以能生之本，甘露膏脉非天地元精，其所以生之本乃为元精，实无物可以比之。合一者，三者合而还归于真一。人亦一天地之妙用，具乎三元。元神，性之内含也；元精元气，命之根蒂也。三者合而亦还归于真一，此性命之万源统会处。人不从此真机处穷究明白，欲自得修途反真难矣。吾作此篇，故首为推究其源，俾学者得以先明其奥妙，方好为印证之本。凡有志于此道者静究之。
疏：
两大即天地。
天地无性命何以覆载？此可见西方之机械还原论的错误，象拆卸钟表一样将自然还原成一组基本的、独立的零件，再通过对这些基本零件的研究来推知自然现象的性质。若以此还原论的方法，既然还原了天地，何以还原天地之性命？而无法还原天地之性命，又叫什么”还原“？
天之性：至一之灵。天之命：气之清淑。
地之性：灵之静安。地之命：腴润之华。
天地以性命相交。
此可见太极是天地相交。
人之性：神。人之命：精气。
人之性命不能还原的根本原因是：”邪缘感动，遂将太极分之。“
此言天地之”三宝“：元神、元精、元气也。
此言人之性命与三宝，亦本段之关键字句：元神，性之内含也；元精元气，命之根蒂也。
先五行而定位，配八卦以成能。
吕真人曰：何谓先五行而定位？五行者，即水火木金土之五行。盖五行迭运，相生相克，已属后天，在先天只浑然一气，所谓先五，即水火木金土未判之初，一气浑然立极，是即性与命合而为一，举先天元始者而言也。故曰先五行而定位。在人禀天地之灵气以生，当其未有形质之先，五行未判，已有一点真灵，浑然居中立极，此性命合一之初也。一自形质既成，五行判然，而性与命遂分为两途。所以然者，五行判后，则分镇各宫，水润下而不复与火合，火炎上而不与水交，先天之水火合一，变而为后天，判然两途之水火，后天之火，是人之识神，凡一切识是识非，防危虑患等神明是也。后天之水，则精津血液是也。识神尽是气质之性，精津血液，已属阴浊之命，皆非本然性命之真。丹书汞铅二字，盖即指本然之性命而言。然性命虽落于后天，无不可逆而修之，以还归元始。盖先天一点顺行而去，此灵阳亦随而耗，所以先天之性命，日化作后天，以供其剥丧，到性命剥丧，亦安有能后天之理？人苟知以真性真命为重，自当究明先天后天，乃得修途着手处也。何谓配八封以成能？八卦即伏羲观龙马所画之八卦。人自有生以后，五行既分，而八卦自配对分列，假如乾坤老阳老阴为未分化之阴阳，浑然未有动变，是性命初分时之体段。自乾坤交而坎离出，遂截然水火分两途。震巽木也，主魂。兑金也，主魄。艮土也，主意。然既落于后天，又皆足以佐离火之炎上，助坎水之沉流，此后天卦气之能也。故谓之配八卦成能。善修持者，必将后天八卦之能，逆而反归先天，即如坎离剥尽其阴则为纯乾老阳，至于金木土之卦莫不皆然。盖离火剥去阴邪，则识神不炽，而性自反于厥初。坎水能拨去阴浊，复归阳明，则不化阴浊之精血，而命自归于本然。其余各卦所属，如主魂主意等类，一并剥去阴邪，自务反归先天统一之位，凡此皆性命二字之奥妙机关，不可不细为究明也。此一节上句言性命未离，为先天之真宰，下句言性命既别为后天之作用。俾学者知性命有先后天之殊，好从后天气质而反先天，以完全本真也。
疏：
云五行已落后天，先天只有”一气浑然立极，是即性与命合而为一“。观此，岂可再訾议”阴阳五行是中医哲学的基础“吗？
先天无形之灵变为后天有形之质，而性与命分。
先天水火变为后天水火，元神变识神，而失性命之真。
汞铅：《周易启蒙翼传》云：”公撰《参同契》者，谓修丹与天地造化同途，故托易象而论之。莫不假借君臣以彰内外，叙其离坎，直指汞铅。“元·胡一桂撰《周易启蒙翼传》外篇，《钦定四库全书》经部，易类。《云笈七签》云：”夫金液还丹并诸经诀者，无出古文《龙虎上经》，魏伯阳《周易参同契》为还丹经诀之最妙也，莫不以铅火为宗，龙虎为祖。诸家经诀中，有明铅而不明火者，有说虎而不说龙者，虽则互有指陈，实则殊途归于一，理尽一源也。丹诀中有太白真人歌四句，少即少矣，妙即妙焉，实为直指龙虎之幽微，全露汞铅之宗旨。歌曰：五行颠倒术，龙从火里出；五行不顺行，虎从水中生。此要言二十字，可谓泄天地互用之机，分阴阳反复之道，水虎真汞之本，火龙真铅之门。还丹根基于斯尽矣。实为真秘之言，不易之诰也。“宋·张君房撰《云笈七签》卷七十”内丹诀法“，《钦定四库全书》子部，道家类。 离坎即水火，水火即性命。
各派内丹家多认为，钟离权、吕洞宾为内丹学开山祖师，其丹法为性命双修、形神并炼，以炼精、气、神为基本功，以摄取先天一气为要诀，以从后天修返先天为目标。
《周易参同契通真义》云：”魏公谓，修金液还丹与造化同途，因托易象以论之，莫不首采天地混沌真一之气而为根基，继取乾坤精粹潜运之踪而为法象，循坎离否泰之数而立刑德，盗阴阳变化之机而成冬夏。阴生午后，阳发子初，动则起于阳九，静则循于阴六，乃修丹之大圣也。故以乾坤为鼎器，以坎离为匡廓，以水火为夫妻，以阴阳为龙虎。以五行为纬而含真精，以三才为经而聚纯粹。寒来暑往，运行于三百八十四爻；兔起乌沉，升降于三百八十四日。此皆始于乾坤二卦之体而成变化者也。故云乾坤，易之门户，众卦之父母也。“后蜀·彭晓撰《周易参同契通真义》卷上，《钦定四库全书》子部，道家类。
《周易参同契通真义》云：”乾坤坎离四卦，为药之父母，枢辖鼎器，则非昼夜之数契，乃统而言之，兼并为六十四卦也。“后蜀·彭晓撰《周易参同契通真义》卷上，《钦定四库全书》子部，道家类。
此从卦理推演性命还元之理，”一并剥去阴邪“。亦是参详《周易参同契》等内丹学古籍的基本理论。
仪象未生，理自存于混沌。
吕真人曰：此承上节上一截，而申言性命之本然。何谓仪象未生？仪者，两仪，即乾坤也。象者，四象，即震巽艮兑也。盖乾坤未关之初，浑然一点性命之真灵无所作用，在人则未生身处，只具灵阳一点，妙到不可思议，是性命源头。丹书所谓未生身处一轮明，盖即此先天性命之根蒂也。乾坤既未辟，亦安得有四象之列？自乾坤分辟后，始有太少阴阳之四象，而人遂有魂魄意等类，分其作用。若当其初，则不过浑然之真一而已。所以修持性命者，必从太少之阴阳，分司存主处，加以锻炼，剥去阴邪，使魂魄意等类，反归于粹然静寂，谓之从四象反两仪，再由两仪反归于未开时之体叚，谓之性命反真。非若伪学一流，妄假孤阴寡阳等物，盲修瞎修而完之，便是合天之学。太上经所云：天地根，即指此也。何谓理存混沌者？即性命源头之妙。混沌者，无所作用，无知无识田地也。盖乾坤未辟之时，浑浑沦沦，独存不可比拟妙理，是天地之混沌。人于未生身处，灵光默寓，无所知，无所识，是生初性命统一之混沌，是以性命之学，必反到混沌光景，乃为源头至真。孔圣系易，何当不隐寓此奥理？但不轻以语人，致人不达而妄生躐等。因性命之理，微说之不尽，必到不可思议地始完。轻以语人，人亦未遽能达，故即后天之理，散见于日用者指示，使中材以下，得所据依耳。诸真古佛，亦不肯轻指此中关头，一则秘密之机，难于分剖，二则人未能达后天散见之实境，亦安得语以性命真宗耶？此一节，推言性命尽头处，俾学者知祖窍焉。
疏：
《遵生八笺》云：”纯阳曰：穷取生身受炁初。平叔曰：劝君穷取生身处。元炁之所由生，真息之所由起。白玉蟾又谓之：念头动处。修丹之士，真息不住，则神化无基矣。且此一窍，先天而生，后天相接，先后二炁，总为混沌，沓沓冥冥，其中有精，非常精也；恍恍惚惚，其中有物，非常物也。天得之以清，地得之以宁，人得之以灵。“明·髙濂撰《遵生八笺》卷十”延年却病笺下“，《钦定四库全书》子部，杂家类，杂品之属。
中孚子云：庄子道家学派认为人的生死是如同昼夜交替一样的自然规律，主张自然无为以顺应物理之情。道教哲学则”贵逆不贵顺“，主张丹可炼、金可作、仙可学、世可度，提出了”我命在我不在天“的口号。内丹学的理论核心是要”归根返元“，要对热力学第二定律提出挑战，从逆的方向模拟宇宙反演的规律。陈致虚注《参同契》云：”太极之分，有先天，有后天。何谓先天？形而上者谓之道，以有入无也。何谓后天？形而下者谓之器，从无入有也。“”世人惟顺行后天之道，故一生一死而轮转不息。圣人善逆用先天之道，故能致知格物正心修身乃长存而不泯。“”顺行阴阳，生人生物；逆用阴阳，必成金丹，此原理也。“《丹经》也有”顺为人，逆为仙，只在其间颠倒颠“之说。因之我们将”顺则生人，逆则成仙“称作内丹学原理。
老子曾指出：”谷神不死，是谓玄牝。玄牝之门，是谓天地根。绵绵若存，用之不勤。“修炼之法，当求根本。关于玄牝之说，龙门派的长春子丘处机曾在他的《丘祖秘传大丹直指》中有详细的论述：”人以命门为玄，肾堂为牝，此处立基，谬之千里矣。不知玄牝乃天地之根，在西南坤地，脐后肾前，而又非脐下一寸三分，亦非两肾间之空窍。此乃真窍，能得而知。上通泥丸，下透涌泉。中接心肾，内虚而直。不可形求，不可意取。先天真种实藏于此，通天地，通神圣，得则生矣，失则死矣，’真人之息以踵‘者此也。“两者所说相互应照。
中孚子云：丹家特别重视父母交感形成胎元之际和胎儿出离母腹之际两个关节点，认定这是人体和宇宙初始信息相互感应的时机。丹家认为人体本身就是一个小宇宙，它和天地的大宇宙是相互感应的，人体生成图式也和宇宙演化图式在理论上是一致的。阴阳五行学说和天人感应原理是中国哲学的理论支柱，内丹学的法诀也是根据天人相通的理论设计的。清净孤修派的丹法也认为寡阴孤阳不能成丹，也将丹法的要点放在招摄宇宙中的先天一炁上，只不过是以人体自身的阴阳和宇宙的阴阳相感应。清修派丹家甚至说人体一身皆属阴，断言在体内守窍、运气终究难脱生死，强调不要在腔子里摸索。清修派丹家顿入虚无的入定功法，阴阳双修派丹家的男女合炁的交感法诀，实际上都是一种恍惚杳冥的浑沌状态。丹家认为只有进入浑沌状态才能和宇宙的初始状态相感应，从而招摄先天一炁。
质形既降，路实判乎阴阳。
吕真人曰：此承上节下一截，而申言性命之落于后天，俾学者知反本所着手也。何谓质形既降？即指人有生以后言。盖人自禀气成形，十月胎足，一斗落地，五官百体，是形也。五行判别分司，是质也。有是形，自有是质，谓之质形既降，其形之顽实者，无论已，至于内五行之质，自降生以后，知诱物化，日渐一日，到二八之期，情窦勃然大开，遂将内之五行美质，混得个颠倒错乱。假如真火元神，本来如日月之光，不刚不柔，常安静定，是火之本体。然情窦开而阴火之识神主事，好比烈炎飞腾，连定静之真火元神，亦化而从阴火识神去，至元神化作识神，而火非其正矣。又如先天之水，本来无形，不过天一之清气耳。一自识神主事，遂熏蒸此天一之水，沉坠而入于至阴之地，化为浊精，及津血等类，甚而识神阴火动，而真逼阴海中之阳关，即浊质之水，亦顺流而去，是水非本然之真水也。果系天一至清之真水，断无下坠阴海之理。至于土之本来，真实无妄，一变遂为妄意。金之本真，为清淑转运元气，一自水火错乱，亦化而为后天口鼻出入之浊气，而本来之真气，日行漏泄，是金魄亦非本然矣。所以达道谈真者，曾比人于气袋，消尽则死，亦是至理。此质形降后，五行皆离本真，至于错乱，丹书同说坎离交济。盖因倒错后，而用功以复其初，使后天阴浊之水化尽变为天一之清，而反于上，首在使后天阴火之识神降伏不作慝，化厥阴火识神，复为元神，则元神之真火，下与中五之真土合，同游于北坎之乡，而一天之水，可化而反于上，复为天一之清。丹书云：海水逆逝，即指此也。但语隐僻而人不能达其微奥耳。凡一切取火填离，乌肝兔髓等语，皆不能外此范围也。质形降后之五行，折散颠倒如此，此何以故？盖由质形降后，二气已截分两路，而五行因各异途，乃至错乱。故修持之法，后天之质，只可化以补先天，非执据此后天之质，遂可为真性命也。惟其二气判别，故曰路判阴阳。学者苟能参透乎此，何有性命之不达？何有歧途之能迷耶？
疏：
中孚子云：按”顺则生人，逆则成仙“的内丹学原理，人体的生成演化图式要经过”三变“而成熟，达到精旺、气足、神全的极盛时期。其中父母初交，于恍惚之中，合成一炁，生长出形体未具，神炁未判，性命尚未分立的，处于浑沌状态的胎儿，为人道的”第一变“。由心肾成形，神炁始分，到十月胎圆，婴儿出离母腹而生，为人道的”第二变“。以后每三十二个月，生元气六十四铢，由一阳生之地雷复卦（两岁零八个月），至地泽临卦（二阳生，五岁零四个月）、地天泰卦（三阳生，八岁）、雷天大壮卦（四阳生，十岁零八个月）、泽天夬卦（五阳生，十三岁零四个月），直到十六岁生乎六阳，变为乾卦的纯阳之体。由初生婴儿至十六岁少年，得元气三百六十铢，加上父母祖二十四铢，共三百八十四铢，正合一斤之数，阳精成熟将泄，情欲始萌，为人道的”第三变“。