这次南关战役后，韩雍成了倒霉蛋儿，就是因为他不相信叶三那点兵力能拖住锡宝齐篇古军团，致使贻误战机，使歼灭辽南女真军功亏一篑。御史们把辽南的一切损失都扣在了韩雍头上，并把援军没有及时赶到上升为不是单纯的军事问题，而是韩雍个人的昏庸问题，韩雍这辽东经略还能干下去吗？不等御史们上书严斥韩雍，韩雍竟然主动让贤，不干了。而叶三的孤岛海盗军团每位有功的将领就加官进爵，叶三是不能再往上升迁了，太师已经是虚衔，可他的手下升任指挥使的就有两个，指挥同知有好几个，手下将领都成了副将，加正二品左都督同知衔。
成化九年四月，雄壮激烈地喊声响彻孤岛的演武场上，叶三默不作声地看着大批新兵正笨拙地做着突刺动作，学习着长枪兵的队列配合。这里的新兵有来自旅顺军的五百老兵，上个月月底，叶三率孤岛海盗军团返回孤岛，这五百旅顺军的士兵死活要跟着叶三一起回孤岛。当时叶三看着金州参将行营外密密麻麻跪了一地的士兵，口口声声说如果不让他们跟着就跪死在叶三面前。
叶三一看这五百多口子人绝对是旅顺军内的精锐，而且都是上过战场，见过死亡的老兵。叶三当然不能同意，自打叶三下令让冯翔的旧部统领旅顺军后，旅顺军官兵也把心头最后一丝疑虑抹去，剩下的只有对叶三的无限感激。叶三把南关七千辅兵全部运回孤岛，没有引起旅顺军任何不快，这五百多旅顺精锐要求加入孤岛海盗军团的时候，那些旅顺军残存的将领同样也没有任何不满。恰恰相反，还有不少新被叶三提拔起来的旅顺军将领还极力地劝叶三接受这批新兵。于是叶三老实不客气地对这批新兵进行鉴别筛选，他希望接收进来的新兵都是纯粹的战兵，没有将领，最好在原来旅顺军中没有任何地位。结果这批新兵其中九成以上的士兵都通过了叶三的选拔。这些新兵也确实都是些没有关系的人，或者是和他们有牵连的将领头目都在南关一役中阵亡了。这批新兵所有的人都上过不止一次战场，叶三就高高兴兴地把这批新兵都笑纳了。
接收了这五百新兵后，加上孤岛海盗军团的老兵，叶三手里一下子有了快四千名步兵。把海盗军团中作战经验比较丰富的一百多名战兵从作战序列中抽调出来，一律给予了把总官衔。然后把他们组建成了一个新的作战序列，这个作战序列取名叫指导队，每名士兵都叫指导员。以叶三的意思，他不打算把指导队的成员送上战场去做炮灰，他们将被留在孤岛用来训练新兵。
南关之战，马文升的骑兵马队几乎没有受到任何损失，但叶三对骑兵的信心仍然严重不足，因为他组建的这支小小的骑兵队伍还没有进行过一场真正的正面抗衡实战。别看自己的骑兵装备好，堂堂正正和正面的女真铁骑对阵恐怕还有很大问题，叶三估计如果人数相当的话，自己的骑兵弄不好会被女真军的重甲护兵打得一败涂地。叶三始终觉得马战太依赖个人勇武了，而且他坚信实战经验是难以靠装备来弥补的，如果这些骑兵和自己来个对攻的话，他能把这些人都灭了，叶三有这个自信，也有这个把握。出于这种考虑，叶三就决定把骑兵拆散放到野战营里去做侦察和追击的任务。
所以马文升想建个骑兵营的企图又被叶三否决了，他遗憾地看着自己最珍爱的骑兵马队被叶三残忍地拆散了，而且叶三还明确地告诉他，所有的野战营都必须配属骑兵，这个决心叶三永远也不会动摇，在所有野战营都能得到骑兵支持前，马文升的骑兵要集中使用就成了歪理邪说。
炮队这次损失也不小，不过缺人的问题暂时还解决不了，因为全大明有能耐的盗墓贼和风水先生现在都在孤岛了，眼下只能靠伊恩自己去培训合格的炮手。伊恩本来想组建一个车炮营，同样也被叶三否决了，因为叶三认为这并不符合眼下的技术水平。就叶三对军事的个人理解，那种依靠火力就能彻底压制对手的军队要等到有连续击发的火器出现以后，在此之前，白刃战始终是最有力的杀伤手段。现在女真铁骑在面对长枪兵战阵的时候也是要下马步战、步射，等步兵阵型崩溃以后再上马追击。无论是叶三还是女真军将领，在他们遭遇过的战争场面，女真人也都不把投射兵器作为杀伤的主要手段，一般都是用投射兵器破坏对手的阵型稳定，然后依靠肉搏战来摧毁对手的作战意志，这点和叶三现在的思路的一致的。所以叶三虽然极力建设火铳兵和炮兵，但他也不指望依靠他们取胜，火器只要能保证对抗对手的弓箭他就满足了，其目的也是为了随后的白刃战作铺垫，孤岛海盗军团新兵白刃战的水平也是他最重视的部分。在以往的作战中叶三多次身陷险境，但他并不想把自己知道的知识搬弄出来，更不想别人知道他身怀绝技，因为叶三总担心这会成为别人对付自己的利器。另外，叶三还知道女真人本是连一个自己文字都没有的，愚昧透顶的少数民族部落，华夏民族如果被一个最野蛮、最愚昧、最黑暗的蛮夷吞占了，那么印入这些野蛮人骨髓中的自卑，就会让历代女真统治者疯狂地破坏华夏文明和文化，让华夏民族从巅峰跌落到谷底。叶三只有利用自己的眼光，彻底地重振大明军威，扫荡女真蛮夷。
新兵训练计划已经实施，还有一件事情也在筹划之中，那就是步兵辎重后勤部队的正规化和职业化，叶三打算趁此机会建立起职业工兵和后勤兵。步兵的彻底职业化会给步兵带来很多好处，立竿见影的一个好处就是战略机动力的提升。步兵虽然在战场机动力上处于下风，但是长远的战略机动力步兵却超过了骑兵。这是因为马匹的耐力远远不能和人类相比，战马可以爆发性冲击百里，但爆发一次后在几天内都不能前进，不然马匹就会大批死亡。所以在军中超过五天的连续行军，最先到达目的地的一定是步兵。
现在叶三的孤岛海盗军团的野战营都配备了所属的救护营、辎重营，而且营中的官兵都是战兵化。叶三看着练兵场上训练的新兵，抿着嘴想了想，现在他手下的野战营都他娘的成混成步兵旅了，要不要先封自己个旅长当当呢？娘的，还是阁老实惠，什么都能管。
进入三月以后本来应该是农忙了，但叶三没有务农的习惯，在他的坚持下所有的剩余劳力都投入到了孤岛水库的建设。一个月下来，两个高低搭配的小型水库已经显出雏形，叶三的计划是用三到四个月完成这两个水库，然后修建四个大型风车给水，这样就可以利用风车和水库把海风储蓄起来，以供应水车的日常运转所需。
叶三的两个野战营已经占去五千人力，按照叶三的计划还需要组建辎重营等等，这样还需要补充五千人力以上。如果把孤岛一半的男人都脱产去训练实在太夸张了，叶三眼下只能组建一个一千多人的辎重部队，工兵部队只有暂时先放一放。为了最大限度地榨取孤岛的人力资源，叶三还是把一百多女人编入了救护营，并且交给一个江湖郎中去培训。这个只会些跌打伤痛治疗的江湖郎中医德很差劲，一贯骗吃骗喝还骗财，但是既然被充军到了孤岛，叶三就不怕整不过他的医德来。眼下辽南的主力都在孤岛驻守，旅顺军则留在了金州，叶三的参谋部向叶三反复论证，南关之战足以让女真人头脑清醒过来，从此以后他们不拿下金州就绝不敢再深入旅顺腹地。金州守备王玺被叶三派到旅顺修筑旅顺堡，不过进度非常慢，现在的旅顺即没有人力也没有财力。本来叶三还考虑是不是在南关继续修筑一个更大的堡垒，比如威力巨大的棱堡什么的，可等预算一出来，被吓了一跳的叶三立刻抛弃了这个念头，一个土石结构的小小棱堡就需要白银百十万两，最后叶三只让旅顺军在南关周围修了些木制的烽火台了事。