又过不久，（公元1398年）朱元璋驾崩。这位伟大传奇的皇帝完成了历史赋予的使命后归西去了，却将皇位传给了年轻孙儿朱允炆。
朱允炆即位后，便是史称的建文帝。他按着皇爷爷生前遗命，迅速召回一直没被重用的方孝孺，任命其为翰林侍讲；并提升黄子澄为翰林学士，齐泰为兵部尚书。此三人便成为他政权所在核心成员。
他成为皇帝后，对于叔父们可能造反的忧虑不但没有丝毫减弱，却越感强烈，他很快找来此三人，询问三人建议。这三人的意见，有一些方向非常一致，又有另外一些方向分歧很大。方向一致的地方就是，先下手为强；分歧较大的地方就是，先确定谁为目标，拿哪位皇叔先开刀。
齐泰认为，先拿燕王朱棣为好，理由是朱棣能征善战，谋略过人，极难对付，如果以迅雷不及掩耳之势将他拿下，则余下诸王就会手到擒来；黄子澄认为，应该先对付其他各王，等于是除掉燕王的助手，然后再对付燕王，这样会更容易。
在经过深思熟虑之后，朱允炆采取了黄子澄的意见，并很快确定了第一个目标，就是周王朱柿。周王朱柿与燕王朱棣是同母兄弟，关系亲近，正因为此，他成为被第一个剪除的皇叔。
这里有必要说明一下，负责执行任务的将领叫李景隆，此人乃名将李文忠之子，当真是“将门出虎子”，此位李景隆兄的“传奇”色彩甚至超越了其父李文忠，只不过他的传奇并非如同其父的英勇善战、屡建奇功，而是屡战屡败、阵前逃亡，甚至于有些间歇性弱智。
然而此人也并非一无是处，抓人拿凶还是有一套的。他突掉大军奔赴河南周王王府，以迅雷不及掩耳之势、快刀斩乱麻的方式，将朱柿一家老老小小全部押到京城。朱允炆为保皇位而削藩是下了极大决心的，他对这位皇叔也没讲究多少情面，直接将之贬为庶民，并迁至云南。
在前前后后不到一年的时间里，朱允炆又以“贪暴残虐”、“不法事”等理由先后清除了代王和岷王。可是在对付湘王朱柏时，可怕的事情发生了，还没等李景隆大军赶到，朱柏一家居然紧闭府门，****而死。
事情到了如此地步，就是傻瓜也知道朱允炆后面会干什么。朱棣不傻，他当然更知道。他当然想过造反，可是那需要极大的资本和无比的智慧。他选择了暂时的隐忍,隐忍的同时，当然也在做最坏的准备。
事态在进一步发展。公元1399年五月，是朱元璋的忌日，按照礼制，朱棣当然应该亲自去京城，结果他已告病为借口，派出了三个儿子前往拜祭。
等到朱棣的三个儿子到了京城，齐泰就给朱允炆建议，立刻将三人拿下，作为人质。朱允炆当时就表示同意。偏偏此刻黄子澄兄为展露才华，一番精彩推论之后得出的结果是，如果这样做会打草惊蛇，不如将之放回以麻痹对手。——好一个黑色幽默，五六个藩王已经被你除去，连买鸡蛋的老婆婆都知道你要对燕王下手了，这时候居然还谈麻痹对手？