麦克阿瑟的到来稍稍缓和了人们的情绪。每天都有数百个澳大利亚人聚集在墨尔本孟席斯宾馆外，只是为了在他进出总部时看他一眼。他有意识的昂首阔步，挥舞手杖、轻松自如。举手投足间都彰显着可以让人托负重望的气质。而此时，他光鲜形象的背后却掩藏着精神抑郁、过度紧张的心灵。他忧心忡忡，在给老朋友的信中充满了悲呛的言论：“如果我有幸能在战争中幸免一死……如果我能活着回到美国……”
巴丹问题让他备受折磨，让他的神经高度紧张。麦克阿瑟经常向他的参谋，柯廷和赫尔利，以及他所见到的每一个人都谈起巴丹。总司令部的电话接线员都只用“巴丹”作为接线语。虽然他的参谋们在日本人入侵菲律宾后，几乎都没有去过巴丹，但其参谋们也被称为“巴丹帮”。巴丹是失败的象征，同时也承载着返回的承诺。
正当麦克阿瑟焦虑万分时，哈尔·乔治准将突然惨死的消息令其震惊万分（他在菲律宾时就已经十分欣赏这位精神奕奕的战斗机飞行员）。当时乔治正在达尔文机场看飞机起飞，一架澳大利亚飞行员驾驶的P－40飞机失控，突然冲出跑道撞向乔治。麦克阿瑟感到悲痛万分，并做了一件让人感到十分意外的事情：他出席了乔治的葬礼。除了哈尔·乔治外，在菲律宾的所有高级空军指挥官都令他失望。乔治的能力在无能的布里尔顿，布雷迪和克拉杰特的反衬下显得格外出众。麦克阿瑟亲自将乔治的名字列入用巡逻艇从科雷吉多尔运走的人的名单中。
乔治之死让麦克阿瑟无比悲伤，以至于他起草并诵读了悼词。悼词开头是：“老兵中一直都流行着一首歌谣，‘老兵永不死，只是悄隐去’。但是哈尔·乔治的死却是个不可弥补的损失。他是年轻军官们的楷模，是部下心中的偶像，他的专业水平赢得了我的无限信任和敬仰。他确实是我所认识的最伟大的飞行员。
除了悲伤，令麦克阿瑟感到沮丧的是，他认为自己从海上脱险的经历的验证了他几个月来不断呼吁的推测是正确的：由于日本战线长、兵力分散，他们在菲律宾群岛实施的封锁实际上并不坚固，只不过是“纸老虎”。如果海军再坚决一些，原本是可以突破这些封锁的。
当年春天，吉米·让利特尔上校率领的从“大黄蜂”号航空母舰上起飞的一支数量不大的B一25轰炸机部队于18日轰炸了日本首都东京，但这一振奋人心的消息却并不能改变他的环心情。早在两个月前，麦克阿瑟就强烈要求航空母舰能到达菲律宾群岛，并派出飞机增援空军。那时，他被告知这是不可能的，但是现在看来事实正好相反。麦克阿瑟认为，既然能派B一25轰炸机飞到东京上空，就可以将这些空中增援力量派往菲律宾，帮助海军突破日本封锁。
当西奥多·怀特到总司令部见麦克阿瑟时，麦克阿瑟情绪不佳。他猛烈抨击罗斯福、马歇尔、海军以及怀特的下属享利·卢斯。所有这些人都让他在某种程度上感到失望，并将他逼向了现在的凄凉境地，他成了一个没有军队的将军，一个被历史海啸吞没的要什么没什么的战区司令。
当帕特·凯西带了两名工兵军官去见麦克阿瑟时，麦克阿瑟让他们三人坐在他办公室的破椅子上。然后就开始一边踱步，一边情绪激动地讲了一个多小时，内容都是关于罗斯福的。他抱怨说，他已经呼吁了无数次……现在大势即将逝去……巨大的危机马上就要来临了……要铸成大错了。突然，他又停止了讲话，礼貌地与来访者告别并重新开始工作。这样的宣泄方式对他来说是一种疗法，但是这些消息是一定会传到华盛顿的。
当麦克阿瑟正在悲叹命运时，日本人正在向南快速推进。东京的帝国总部正为是否入侵澳大利亚而争论不休。日本海军想入侵，但陆军不想。最后的决定策略是，控制所罗门群岛并掌握住巴布亚新几内亚。如果他们控制了所罗门群岛，就会给美国从夏威夷到澳大利亚之间的海上航线带来严重威胁。
新几内亚长达1300英里，人口稀少，资源匮乏，十分落后，岛上几乎全是山地和丛林，并不值得攻占。关键在于位于这块广阔土地东部的巴布亚。驻新几内亚的盟军基地对日本扼守的菲律宾群岛形成了制约。帝国总部决定，如果日军部队能夺取巴布亚的唯一大城市莫尔兹比港，并在巴布亚建立空军基地，那么他们就可以抵抗同盟国部队了。3月，日军在巴布亚北岸的莱城登陆并在那儿建立了一个空军基地，占领了附近的萨拉莫阿港。他们计划等莱城的机场一旦投入使用，就在3月10日左右通过两栖进攻夺取巴布亚南岸的莫尔兹比港。
接近1942年4月底，美国海军密码员通知总司令部，他们正在跟踪日本海军部队的一次大规模集结。他们估计日本人可能把目标锁定在澳大利亚东北部或巴布亚。美国海军匆忙中筹备了一支特混舰队抵抗即将到来的日军。
入侵莫尔兹比港的部队从北所罗门群岛的腊包尔大港乘船朝东南驶向巴布亚和澳大利亚北部之间的水域——珊瑚海。5月8日，日本舰队被美国的第17海军特混舰队拦截。“列克星敦”号航空母舰被日本的飞机击沉，海军蒙受惨重损失。而日军损失了一艘小型航空母舰——这让日军一下方寸大乱，日本舰队返回了腊包尔。
麦克阿瑟毫不怀疑日本人会卷土重来。他对布莱梅说，“从6月10日起莫尔兹比港任何时候”都有可能再次遭到空中和海上袭击。他增派部队和空军到莫尔兹比港以增强其防御力量。他还打算在靠近巴布亚最东端的米尔恩湾建立空军基地，从米尔恩湾采用陆基飞机控制珊瑚海。
早在珊瑚海之战以前，马歇尔就向麦克阿瑟表示了他的不满，美国报纸似乎已确定西南太平洋即将开始一场恶战，马歇尔暗示他怀疑这一情况是西南太平洋总部泄漏出去的。马歇尔认为，如果日本人了解到的同盟国信息比通过侦察得到的信息多，那么“他们就有充分理由相信密码已被破译”。
麦克阿瑟极力否认他的总部泄密机密。他坚持认为，症结在于失控的报界损害了漏洞百出的澳大利亚政府的利益。他怒气冲冲地说道：“我根本就无权对这个海外国家进行新闻审查”。不过，他还是不失时机地要求获得这种权力，而且战争咨询委员会也立即授予了他这一权力。从1942年5月中旬起，西南太平洋地区的前线的新闻主要由麦克阿瑟的总司令部负责。然而，虽然他可以直接管理澳大利亚新闻界，但他仍然控制不了美国的新闻媒体，对此，他感到十分气恼。
麦克阿瑟对他自己战区内的新闻媒体拥有绝对控制权，他决定亲自好好运作一番。他不仅在战斗期间连续发布公报，正如他的偶像拿破仑那样，（拿破仑将他发布的情况称为公报）而且还亲自撰写公报。这些公报只代表他个人对战争的看法——不代表任何其他人的意见。他撰写的宣布珊瑚海之战的战果公报就是个令人担忧的例子。麦克阿瑟明显夸大了日军的损失，并且还吹嘘说他读到了写着“我们形势危急”的日本海军邮件，并公开指责美国海军“失去了一次让日本遭受重创的机会。”
珊瑚海之战的硝烟尚未散尽，夏威夷的海军密码分析员又成功地获得了战争中最让人惊骇的情报：日本袭击珍珠港是个十分失误的战略。因为日军连一艘航空母舰也未能击沉，受袭击的8艘美国太平洋舰队战列舰并未使其元气大伤。这是6月山本将军想通过攻打中途岛和阿留申群岛来弥补的损失。他想诱使太平洋舰队落入圈套，利用他拥有的强大海军空中力量摧毁太平洋舰队的航空母舰。
由于事先得到警告，海军让3艘航空母舰参战，并为粗心大意和过分自信的日本人设下圈套。然而令麦克阿瑟慌乱的是，按计划应被派到西南太平洋地区的海军和空军部队突然被改派去参加中途岛战役。
6月初，在中途岛附近的大型海战中，日本损失了4艘航空母舰和上百名拥有丰富战斗经验的驾驶员。美国海军损失了“约克城”号航空母舰，但夺回了太平洋地区的军力主动权。
6月17日，麦克阿瑟会见柯廷战争咨询委员会并对该委员会的成员们宣布澳大利亚的入侵威胁已经不存在了。他说：“珊瑚海之战前，澳大利亚处于危机之中，然而中途岛海战及其胜利保住了澳大利亚的战略防御地位。我们现在应在战略上采取主动了。我们的目标应是向北打击日本的岛上基地并将敌人的轰炸线推后700英里。”他现在想赶在日本尚未从失败余绪中恢复过来时发动攻势，以夺取巴布亚，并一举占领日本在腊包尔的大型空军基地和海军基地。
他已让工作人员起草夺取腊包尔的计划，还恳请马歇尔给他提供两栖部队和进攻舰艇。他相信他在陆地上能取得与海军中途岛同样的胜利，他计划用14一18天的时间夺取腊包尔。但是他并不了解日军在那里的人数和其防御力量有多强大，甚至不能给驻扎在莫尔兹比港的为数不多的美国和澳大利亚军队提供充足的供给。显然，他对通过一场大规模两栖作战攻打一个500英里外的重要据点所面临的庞大后勤问题及其复杂性一无所知。
无论如何，金和尼米兹都不想由麦克阿瑟发动腊包尔的战争，那里不在麦克阿瑟的权限范围内。金告诉马歇尔，如果要在所罗门群岛发动进攻，就必须由海军作战。海军密码员最近截获了日本的一条信息，明确指出日军的下一个目标：攻打位于所罗门群岛南部，巴布亚以东约700英里处的瓜达尔卡纳尔岛。日军想在那儿建造一个空军基地，以威胁美国同澳大利亚的海上枢纽。金建议海军向瓜达尔卡尔岛发动进攻，以防止日军采取行动。他明确告诉马歇尔，海军准备独立完成此次战役。如果必须让陆军参加，陆军也只能进行辅助。
麦克阿瑟知道海军这一计划后恼羞成怒，立刻向马歇尔发去一份表示抗议的电报，并抗议道，这是海军想独揽太平洋战区大权的做法，他们想让陆军处于从属地位，受其调遣。
马歇尔设法和金采取了折衷的做法。7月，麦克阿瑟接到通知，腊包尔作战分3个阶段或三项任务：
1.任务一，夺取并占领圣克鲁斯岛、图拉吉岛和邻近阵地。
2.任务二，夺取并占领所罗门群岛。莱城、萨拉莫阿和新几内亚的东北岸。
3.任务三，夺取并占领新几内亚岛一新爱尔兰岛地区的腊包尔和邻近阵地。
图拉吉的战略意义在于它是距离瓜达尔卡纳尔岛几英里远的一个小岛，日本人正在那儿建立水上飞行基地。前面提到的“邻近阵地”是指瓜达尔卡纳尔岛。
接到这条消息4天后，麦克阿瑟出席了在布莱梅司令部举行的指挥官会议。他对大家说：“现在所有编队的任务都是为开展机动进攻而训练。防御性准备应该放在次要地位。宝贵的时间和精力不能浪费在挖战壕和架电线上。为进攻行动而使我们保持良好的体力并做好充分的准备是我们的首要目标”。
麦克阿瑟建议首先夺取新几内亚岛东北岸控制权。在一个叫布纳的地方，有一座澳大利亚政府公使馆。布纳公使馆附近有一座为轻型飞机建造的小型简易机场。能否把这个机场扩建供，供战斗机起降呢？如果可以的话，他打算把地面和空军部队送到布纳。
一个侦察组奉命去调查，很快他们便回报说布纳的建议机场不值得开发。但在南边10-英里一个叫多博杜兰的地方，是个修车的好地点。麦克阿瑟根据汇报的情况确定在布纳南边10英里一个叫多博杜兰的地方是个修建机场，计划在8月中旬进入。在这之前麦克阿瑟必须做一项筹备工作。
7月20日总司令部从墨尔本搬迁到北边500英里的布里斯斑。麦克阿瑟住进了城里最好的列农饭店。总司令部搬进了一座八层楼的大厦，这座大厦曾进驻过一家大保险公司。总司令部搬迁期间传来了日本护航队驶向巴布亚北部的消息。7月21日晚，一支大约2000人的日军部队在布纳登陆，这就意味着现在如果麦克阿瑟想得到布纳，他就得同日本人战斗。
最让麦克阿瑟担忧的是，一旦日军入侵不对澳大利亚人构成威胁，西南太平洋战区将成为第二次世界大战中“被遗忘的前线”。日本人可能会满足于在西南太平洋长期跟他们僵持，只要同盟国还执行“德国优先”的战略，日本就能成功，这一切都让麦克阿瑟十分苦恼。
麦克阿瑟对人员、飞机、舰艇和枪炮的需求已到了极尽夸张和感情用事的地步。5月份，原本要派到西南太平洋的部队突然被派到中太平洋参加中途岛之战，麦克阿瑟向马歇尔提出强烈抗议。他坚持说澳大利亚面临着即将遭到入侵的危险。盟国部署在大西洋和印度洋的舰队中应当立刻调动其战斗部队调入到西南太平洋。“如果不这么做，不仅澳大利亚的命运危危可及，美国自己也将面临建国以来最严重的威胁。”
马歇尔同他一样知道入侵的威胁并非迫在眉睫。事实上，他最近已把西南太平洋仅有的美国军队调往英国，其理由是“尚无明显迹象说明日本将攻打澳大利亚，目前投入在澳大利亚的地面和空军部队足以应付该地区可能发生的军事行动…。”
麦克阿瑟的电文夸张到了歇斯底里的程度。即使澳大利亚受到入侵，对于美国而言也不会是比内战和大萧条更大的危机。况且德国的舰艇目前正在大西洋战役中大发神威，在此时从大西洋中调出作战舰艇，等于是将胜利拱手让给希特勒。
1942年整个夏季，并没有谁企图入侵澳大利亚，但是这并不能阻止一篇篇“言辞恳切”的电报从麦克阿瑟的总司令部铺天盖地的飞向美国陆军部。8月30日，麦克阿瑟通知马歇尔，“我希望人们能注意到太平洋战区危险即将来临，形式已经发生了重大的变化……，只有修改‘德国优先’战略并大量增加西南太平洋战区的兵力，才能避免这场可能发生的军事灾难。”他在结尾部分说，“我迫切肯请您让总统和参谋长们审查这一重大问题，否则会为时太晚。”
许多义愤不平的美国将军在重压之下可能用电报来自欺欺人，但是冷静的参谋长就会用“此时信号通信线路繁忙”之类的谎话将这些电报搪塞过去。而这些电报最终只有一种结局：它们会破坏马歇尔、史汀生和罗斯福对麦克阿瑟的信任。然而没有任何事情显示出萨瑟兰曾试图说服他不要把这类电报发出去，相反萨瑟兰在此事上还起到了推波助澜的作用，加深了麦克阿瑟对美国陆军部本来就很深的怀疑。每当马歇尔拒绝来自麦克阿瑟的总部的要求时，萨瑟兰就会对麦克阿瑟说：“你看，那该死的马歇尔和他的小子——艾森豪威尔，他们正扼住你的咽喉呢。”