在占领日本的第一年期间，麦克阿瑟十分倚重那些参加过战争的那些人。总司令部内仍然存在一个所谓的老“巴丹帮”的核心集团，还有一个吹毛求疵、嫉妒眼红的外围集团跟他们竞争来博取这位老人的关注。然而到了1946年，随着陆军缩编，麦克阿瑟的很多参加过战争的关系亲密的战友失去了他们的星徽，曾经已是将军的军官一下子退回到先前佩带过很久的军衔——通常是上校——他们发现一旦失去将军的威风，再服现役就太痛苦了。
这帮老战友离开后，他们的岗位由一些对麦克阿瑟来说很陌生的，而且注定永远都不会熟悉的军官取而代之人替之。麦克阿瑟还是把那些老兵当成是自己的家人，也忽视了那些新来的人。威洛比的副手詹姆斯·H·波尔克上校发现了这一点，“那些参谋一向不违背麦克阿瑟的意见，从不提出不同看法……他对待自己身边的那些老参谋就像对待他的子女一样，而对这些新来的视而不见”。
1945年秋天，美国在日本有2个集团军：一是克鲁格的第6集团军，一是艾克尔伯格的第8集团军。美国战时陆军大规模复员，意味着必须撤消这两个军中的一个，到1946年1月克鲁格到了美国陆军强制性的退休年龄，因而撤消第6集团军是符合逻辑的选择。
麦克阿瑟深知艾克尔伯格在战争期间没有得到很多公众的注意。然而，现在不同了。那个秋天，艾克尔伯格公开出现在了《时代与生活》封面上。这样的公众影响和突出的文字对于人们判断起着很坏的影响。艾克尔伯格是个不错的人，但不够老练，沉迷于名声，以至于断定这意味着自己已“是伟人或是接近伟人的行列。”麦克阿瑟感到可以借这件事亲自出面赞扬艾克尔伯格，同时还给了他亲笔签名照，上面写着，“在这场战争中，任何一个集团军的光荣与功勋都比上不第8集团军”。艾克尔伯格就是这样喜欢陶醉在赞美中，他把这段题词读了一遍又一遍。他告诉他的妻子，这就是“我人生中最伟大的时刻之一”。然而，这样的题词不过是麦克阿瑟管用的夸张表达。不要告诉任何人他做得不错；告诉他，他是个天才，然后言听计从。
艾克尔伯格从默默无闻一跃成为显赫任务。他1962年在利文沃斯的学友、新任陆军参谋长德怀特·艾森豪威尔给了他一个意想不到的晋升机会，提议让他出任陆军副参谋长一职。如果接受这个职位，他几乎肯定能得到梦寐以求的四星上将头衔。艾森豪威尔在战争期间一直盼望着要退休，并不是什么秘密。但他不得不出任陆军参谋长。他之所以答应杜鲁门的要求，仅仅是因为他知道总统先生会在两年内找到人选接替他。因此可想而知，艾克尔伯格会成为陆军参谋长。
麦克阿瑟不愿意他，这可能是担心艾克尔伯格在五角大楼坐的那个位置可能成为他强大的敌人。尽管自从麦克阿瑟命令他宁死攻克布纳后，艾克尔伯格就好多抱怨，此后还不断积累。尽管如此，断然拒绝艾森豪威尔的提名可能是不明智的。他和艾克的关系并不怎么融洽，而且艾克可能很容易对他认为遭到麦克阿瑟冷落的人产生同情心。没必要在这些事上产生不愉快的回忆。麦克阿瑟煞有介事地告诉艾克，他准备放艾克尔伯格走人。他补充道，如果艾克尔伯格离开日本，那么克鲁格则要留下。那样的话，要撤消的会是第8集团军，而不是第6集团军。
当艾森豪威尔还在思考这封电文的时候，麦克阿瑟也向艾克尔伯格谈起此事，并指出此事的用意。如果第8集团军解散，麦克阿瑟说道，那么克鲁格肯定会要求将他需要的第8集团军的一些军官留下参加第6集团军的工作。他清楚地知道该说什么。艾克尔伯格爱慕虚荣，充满野心，但感情用事。只要想到那些曾忠诚地为他效力了三年多的军官要听从克鲁格的命令，就难以忍受，因为他十分鄙视克鲁格。他拒绝了艾克的提议。这种富于浪漫主义色彩的举动让他的性格增添了玫瑰色的一笔……却为他的理智抹上了一片迷雾。
如果艾克尔伯格有麦克阿瑟一半的精明，他就会说，“将军，我必须接受这个任命。”一旦他成为副参谋长，他就有足够的影响力把他的前任军官指派到任何他们想去的地方，或者安插在那些得到晋升的职位上去。如果他接受任命，而不是待在这里，他可以为他们做更多事。
如果这样，他们在克鲁格指挥所必须承受的不管怎么样的不舒适在之后都会简单而详细地得到报答。然而，无论是在战争时期还是和平时期，艾克尔伯格总是无庸置疑地会放弃那些已经到手的大多数士兵梦寐以求的机会。他曾有两次通过幕后活动由西南太平洋区调到欧洲战区，尽管两次都有机会来临，但他都错过了。他本来是有机会解放马尼拉的，但他又畏缩不前。
麦克阿瑟非但不感谢艾克尔伯格选择留在日本，还对他感性的选择嗤之以鼻。尽管艾克尔伯格的这种姿态是他自己促成的。在一个凉风阵阵的岩洞的那一边，是他曾构思贺词并在照片上题字的地方，这里有个冰窖，大得能让一个人走进去，正是在这里，他对于别人的热情都消失了。麦克阿瑟对别人的能力做出了无情的判断。在之后的两年里，他觉得艾克尔伯格一文不值。
鲍伯对麦克阿瑟耿耿于怀。他认为，麦克阿瑟不仅欺骗了那一颗本该由他获得的星徽，而且骗走了属于他的荣誉。为了让自己恢复心理平衡，他叫自己手下的一名军长绕过麦克阿瑟，并直接向陆军部推荐他去接受各种奖章，包括铜星奖章和空军奖章。在获得颁发奖章的授权之后，他在自己的办公室秘密举行了仪式，把奖章别的自己身上。
艾克尔伯格决定留在日本后能从中得到的唯一安慰就是克鲁格必须离职。巧合的是，克鲁格和麦克阿瑟同一天生日，都是1月26日，而在1946年的那天，克鲁格去到第一大厦和麦克阿瑟告别。
麦克阿瑟让他的参谋在他办公室旁边的接待室靠墙站成一排。他的右手靠在扶手椅上，一脸沉思地盯着克鲁格。这是品特派式风格，充满情感，意味深长，还有令人难以忍受的戏剧性的紧张感。他终于开口讲话了，声音缓慢而洪亮地说道，“在撰写第二次世界大战最后篇章时，任何集团军司令都无法和沃尔特·克鲁格媲美。为了表彰他在我亲眼所见的很多场合所表现出来的应用相位，我不胜荣幸地向他授予服役优异十字英勇勋章”他还授予了他所获得的第3枚服役优异勋章。
麦克阿瑟向前，把这枚服役优异十字英勇勋章别在克鲁格将军胸前那4排已经获得的勋带上方，这是克鲁格所获得的首枚也是唯一的一枚十字勋章。然后，他伸出双臂，紧紧地抓住克鲁格的肩膀，戏剧化地吟诵道，“你不愧是无与伦比的指挥官。”他将握紧的手松开片刻，又再次拥抱克鲁格。“你是一名了不起的军人。”他第三次将克鲁格松开，又抱住，凝视他的眼睛。“而且你一直是忠诚朋友。”
克鲁格生硬地站立着，想要说话，却哽咽住，不禁潸然泪下。泪水不断地流进了他脸上沟壑纵横般的深深的皱纹里，好像是要躲起来。泪水太多了。他低下他的头，伸出手，拍了拍麦克阿瑟的手臂。然后，麦克阿瑟把他带到大使馆，简在那里为他们两个准备了生日宴会。
理查德·K·萨瑟兰中将是麦克阿瑟多年的参谋长，特地从美国过来，他正在美国休假，表面上是去美国计划投降仪式的。很难相信麦克阿瑟定下这一仪式的基调后，总司令部的参谋们还没有拟订出这一重大事件的技术性细节。笔者认为，真正的原因是麦克阿瑟认为只有萨瑟兰才有资格留在“密苏里”号战列舰上。尽管他有种种过失，但在抗日战争上，他对麦克阿瑟来说扮演了重要的角色。另外，他的缺席会引起别人的关注，并有可能对他们关系产生不良的好奇心，麦克阿瑟一直想向马歇尔和史汀生表明这种关系是相当亲密而和谐的。
开始占领日本之后，麦克阿瑟实际上并没有把萨瑟兰放在眼里，而萨瑟兰被自己的高血压弄的心神不宁，好像高血压是给他判了死刑。很明显，麦克阿瑟想继续留用在战争时的那班人马。他仍希望他们能在早上7点到9点上班，一周工作七天。他们根本没有自己的生活。他们的存在只是麦克阿瑟的存在的延伸而已。
这种生活作息制度对于整天忧心忡忡的病人来说缺乏吸引力。就在1945年圣诞节即将到来之际，萨瑟兰对麦克阿瑟说，他想回国看病。如果他的健康状况允许，那他会继续待在陆军，但不会回日本；要不然他就申请退休。麦克阿瑟急切地告诉他这可是个好主意。而萨瑟兰，这个自认为造就了把麦克阿瑟的伟大，并一向珍惜自己的这个神话的人崩溃了。几周后当他离开时，通常会在到别时情感洋溢的麦克阿瑟显然克制住了向他致谢的念头。他向萨瑟兰的告别就好像终于摆脱了的感觉。
尽管麦克阿瑟是盟军的最高指率领，并且代表盟国改造日本上几乎投入了全部的精力，但他仍然负责掌管大量地面部队。他的美国军事司令部，也就是太平洋区陆军司令部，掌管着夏威夷与亚洲大陆之间的陆军官兵（不含朝鲜）。掌管太平洋区陆军部队是麦克阿瑟最后感兴趣的事了。他让他的参谋长分管这项工作。
解除日本武装是太平洋区陆军部队的首要任务。在日本投降后的一个月，麦克阿瑟告诉麻省理工学院的院长卡尔·康普顿，他希望在接下来的30天内解除整个日军的武装。除此之外，他说，不然日本军队中的顽固势力可能会上山拿起武器发动游击战。
事实证明根本找不到任何游击队。一些日军的确埋藏了他们的武器，20年后那些几乎被遗忘的武器贮藏处被不断挖掘出来，然而在日本投降与克鲁格启程之间的4个半月里，日本已几乎完全被解除军事武器。这支700万人的军队被遣散，其海军被废除，还有420艘海军舰队被拆毁。美军缴获并毁灭了数百万件枪炮，将近150万吨的弹药，8000架战斗机，2500辆坦克，将近20万大炮与海岸炮。如果不是日本政府的配合，这样快速而高效的解除武器是不可能完成的，这也正是执行麦克阿瑟的指示的首次考验。此次行动的成功是个搞好占领日本的良好开端。
当日本被拔去毒牙后，美国第8集团军的大部分的参战的老兵已经离开或正准备离开部队。在占领军的成员中，满脸稚气，到日本来寻欢作乐的新兵越来越多。太平洋区陆军部队（后来改名为远东司令部）成为无关重要的警队。它的战斗能力低，没有训练计划，还和日本妇女关系亲密。如果真要什么时候打战，可能会发现他们已经把最佳表现都留在床上了。
作为盟军最高司令的麦克阿瑟显然有权采取他认为“明智而适当”的任何措施，来执行从华盛顿得到政策指导。因此，他在诠释指导时有比战争时期更多的自由。美军的传统自格兰特时代以来，就是战地指挥官对其指示作出解释时有很大的自由空间，而不主张对采取的每一步进行微观管理。1945年后，参谋长联席会议更支持美军的传统——在麦克阿瑟看来是绝对正确的——比在战争期间有过之而无不及。他拥有像潘兴曾被授权的自由度，可以追溯到1917年。
当时，那些批评麦克阿瑟的人将他在解释其指示方面所拥有的自由度大肆夸大，他们将麦克阿瑟塑造成个倔强的人，把整个行动变成他个人独角戏的刚愎自用的家伙。有趣的是，考特尼·惠特尼也是这样认为的，“没有一位总督、征服者、总司令比麦克阿瑟在日本拥有的权力更大。他的权力至高无上的。”
尽管麦克阿瑟并没有到惠特尼所说的程度，他自己似乎也支持他的断言，“自从被任命成为总司令，我执行了我要做的政策。”这当中有相当多的夸张成分。这是麦克阿瑟自己提供的细节。制定政策方针的华盛顿方面。正如詹姆斯教授所说，“对他的限制也有很多。”
即使这样，麦克阿瑟还是以全面的思想来迎接这个新挑战。早在日本投降前六个月，他曾对罗斯福总统身边最亲近的幕僚之一罗伯特·舍伍德说，实施严厉的占领政策只会带来种种问题，但如果美国能够公正自由地对待日本，“我们在将来会赢得亚洲人民的友谊和合作。”
麦克阿瑟在日本做的每个重要决定都是根据参谋长联席会议的指示办的。将战败的日本看做是战争中的日本——把日本问题当作军事问题。占领政策是五角大楼制订的。尽管看起来他掌控一切的样子很符合麦克阿瑟的虚荣心，但事实上绝对没有完全自主权，而且大多数时间，他和其他陆军军官一样，只不过是在执行有关指示而已。
事实上，他还受到艾森豪威尔、布雷德利和斯帕兹等欧洲战区司令官的制约，此时，他们都处于五角大楼的主要领导岗位。当出现结束战争的一丝希望时，那时杰克·斯维尔德鲁就回国休假，并被杜鲁门总统召见前往华盛顿。史汀生热切希望这场战争结束就辞去陆军部长职务。20年来，杜鲁门对斯维尔德鲁很了解，很喜欢，也很信任，甚至有传闻说在杜鲁门缝纫店倒闭的时候，是斯维尔德鲁替他还清了债务。正因为如此，在在杜鲁门的眼中，作为美国中中部最大的建筑公司之一的创始人，而且还在战争中升到二星际军衔的斯维尔德鲁，是担任下一任陆军部长的最适合的选。
斯维尔德鲁听了杜鲁门的意见，但又想与麦克阿瑟商量一下。当他回到太平洋战区时，麦克阿瑟和他长谈了一个小时，劝说他接受任命。他迫切需要“一个在政府机关工作的朋友”，而斯维尔德鲁多少有点倾向于拒绝杜鲁门的提议。由于这场战争，很多工程项目已被搁置。美国商界和政府有大笔的现金花不出去。总部位于圣路易斯维尔德鲁与帕斯尔公司面临选择：要么成为真正巨头公司，要么眼睁睁看着竞争对手从眼皮底下抢走合同。斯维尔德鲁越是想到这点，就越想回到公司，大展宏图。尽管麦克阿瑟很能说善辩，但也有局限性。尽管斯维尔德鲁很忠诚，也是有限度的。在他抵达日本后，麦克阿瑟就知道他不会有朋友在政府机关里，不在五角大楼，也不在白宫。