将近72万日本人最终接受了审查。在这些人当中，有20万人被从政治、商业、军事和民事岗位上撤了下来。第一次清除行动是规模最大的，一开始就将内阁中400名成员撤换，还有一半的内阁成员变动。这次行动的影响甚大。
然而，对于惠特尼和凯迪斯来说，这还不够。他们说服麦克阿瑟，第一次清除行动还不够彻底。于是在1946年年底，麦克阿瑟展开了第二次行动。此次主要针对媒体、工业和地方政府中的狭隘民族主义者。日本就在上一次的苦味还没消失时又被迫再次吞下同样的苦果。即使这样，麦克阿瑟所做的远不到参谋长联席会议所希望的程度。在德国的美国占领区，被罢免公职或从有影响的位置上拉下来的德国人占总人口的2.5%。但在日本，这个数据还不到0.5%。德国有数千人被关进监狱，数万人受到重罚或财产没收。而日本，没有一个人入狱，遭受罚款或没收财产。
尽管如此，美国本土还是掀起了强烈反对，认为麦克阿瑟践踏公民自由。为了反击这种说法，凯迪斯建议让一些美国专家亲自来日本看看。凯迪斯让惠特尼出面，通过陆军部邀请美国民权联合会的三个重要人物：罗杰·鲍德温、莫里斯·厄恩斯特和阿瑟·加菲尔德·海斯。麦克阿瑟得知此事后，给华盛顿发了一封电报，取消这个请求。凯迪斯并不知道厄恩斯特是德鲁皮尔逊的律师，1943年他曾恐吓麦克阿瑟要公开他写给伊莎贝尔·库伯的情书，并让她出庭作证。在麦克阿瑟眼中，厄恩斯特不过是个敲诈了他1.5万美金的勒索犯。海斯和厄恩斯特取消了去日本的计划，但鲍温德表示，既然他已被邀请，他并不想放弃去日本的计划。他说，如果有必要他将自付旅费。麦克阿瑟现在的唯一选择就是做出让步。
这次考察有用吗？很有意义！鲍德温在日本待了三个月。总司令部得到命令负责全面陪他的工作。他想去哪里，就带他去哪里；他想看什么，就给他看什么；对他提出的问题，要坦白而全面地回答。正如麦克阿瑟是保守主义，鲍德温是自由主义的英雄。他把他的一生都献给了支持个人主义，反对国家势力不断增长的运动。早在20世纪20年代初，他在红色恐怖的基础上创立了美国民权联盟组织。在他的职业生涯中，鲍德温机智勇敢地对抗法西斯主义、种族歧视和民族主义。在20世纪20年代后期，他被误导开始赞扬苏联，但很多和他同时代的人不同，他很快意识到共产主义是可怕的独裁统治。
鲍温德是怀着怀疑的态度来到日本。多年后他回忆说：“我见过很多所谓的大人物，都言过其实。但观察麦克阿瑟将军的性格，我觉得即使他默默无闻，他那非凡的气质和迷人的个性也能让人为他的说服力和雄辩所吸引……毫无疑问，他鹤立鸡群，有点趾高气扬，但私下接触时，他显得很放松，随意，充满魅力，十分睿智，同时也是十分专心的倾听者。与他周围人描述的耀武扬威、装腔作势相去甚远。他伟大的人格中同时蕴含着腼腆和敏锐的自我意识这两个既矛盾又互补的方面。”
鲍德温对自己在总司令部见到的新闻审查机构感到困扰。麦克阿瑟曾效仿英国的新闻体系，记者和编辑报道的是总司令部想看到的新闻，或是建议他们把当局不想看到部分去掉。报业知道要依靠政府才能生存。鲍德温告诉麦克阿瑟，不管做多么巧妙的掩饰，这种预先检查还是破坏了自由言论。麦克阿瑟回答道，“我们在代理时期制定的某些政策，不能让他们随意评论，否则我们会很难执行。”因此，取消新闻审查还需时日。
又有一次，鲍德温在会见时抱怨他的邮件被人拆开了。麦克阿瑟温和地向他担保说，检查邮件已经被终止了。鲍德温说他确实在大阪邮局亲眼看到了邮件审查。后来会面中，麦克阿瑟告诉他，“你是对的，鲍德温先生。连我的邮件都被人看了。我发现有封信被打开了，我已经下令全面停止这种做法。”在鲍德温离开东京的时候，他创立了日本民权自由联盟，还说服麦克阿瑟放宽了美国士兵娶日本女人的条件，帮助结束了邮件审查。还在麦克阿瑟的帮助下会见了天皇。
当他对的麦克阿瑟法有所改观的时候，麦克阿瑟也成为了他的粉丝。1949年，麦克阿瑟在罗杰·鲍德温退休的时候，给他写了一封信，这封信被收录在鲍德温的《纪念文集》中。麦克阿瑟称呼他为“创建美国生活方式的塑造者之一”。鲍德温以潦草的字迹在信的底部歪歪扭扭地写着，“尽管将军说过的过于夸张，但这没有伤到我，作为自由主义者足矣。”
麦克阿瑟在日本的开始几年里，对于改革国家政治深思熟虑，想减弱神教道的影响。神教道是日本的国教，不可避免地和日本军事和侵略相连。他意识到去掉一个信念而不植入另一信念是毫无意义的。自他孩童起，他就是虔诚的圣公会教徒。他每天都阅读圣经，除了一些必须出席的葬礼外，他从不会去教堂。简每周都会教堂，代表他们两个人。麦克阿瑟要在周日也照常工作，而在日本，这一天也的确和其他日子没什么不同。他最大的心愿梦想就是在他离开那天，日本已经成为一个基督教国家。
麦克阿瑟下令让政府停止向神道寺庙发放资助金。他让天皇公开放弃神道教主的地位，疏远神道教。同时，他积极想把基督教传播到日本，尽管日本有几万已经信奉基督教。他鼓励基督教传教士来到日本，并强迫日本政府资助他们。他认为日本已经到改变信仰的最佳时期，便通知美国圣经公会，“《圣经》、圣约书和福音书的需求这里很大。数几百万的日本人对基督教信条很感兴趣。”在占领日本期间，1000多万本日文版《圣经》运进日本。
他一度以为这起作用了。“日本人已经了解《山上宝训》，”他告诉一位记者，“没有什么可以把这些带走。”然而他想到在大众中传播基督教的希望最终失败了。他们可能以为，如果传教士的努力要改变一个人的信仰，那就是天皇。那就会使罗马帝国的故事重演：在罗马帝国的君士坦丁大帝归依基督教以前，基督教遭到强烈抵制。
在1946年早些时候，有传闻开始散播，裕仁想要成为基督教徒。罗马教皇的使节直接去找索普，并要求觐见天皇。因为当时索普是盟军负责监管天皇的人。索普强烈认为裕仁改变信仰的想法只是随口说说，如果他的转变能给他的人民带去好处，也没什么不好的。教皇使节似乎也得到了同样结论，打算想让裕仁投入梵地冈教廷的怀抱。然而，索普拒绝让教皇使节接近天皇。
在简短而激烈的讨论后，教皇的代表离开了，之后来了3位新教的重要人物。他们都要求要觐见裕仁，索普给了他们同样含糊的答案。然后，索普去见麦克阿瑟告诉他发生了什么。“长官，”他总结道，“一旦天皇真的成为基督教徒，我们就会有麻烦。”因为，如果裕仁天皇信仰天主教，美国数千万的新教徒会暴动的。如果他信奉新教，那么数千万的天主教也会同样愤怒的。“我认为我们不承担不起让他改变信仰的后果。”
麦克阿瑟眼睁睁地看着他的梦想破灭了。“你是对的，”他叹了一口气，说道，“我不能让他成为基督教徒。”就这样，本世纪一桩改变信仰的大事就从麦克阿瑟指间溜走了。
1945年到1946年间，日本的经济困境，简直难以用言语形容。水道收成只有正常水平的2/3。城市中粮食消费水平已从平均每天每人1800卡路里，降低到1000卡路里每天。吉田和麦克阿瑟第一次会面中，吉田就请求美国提供400万吨的粮食来防止大规模的饥荒。赫伯特·胡佛也对此深表忧虑。胡佛由于在在一战中向陷入饥荒的比利时人提供粮食，还在20世纪20年代初帮助饥饿的苏联而拯救了布尔什维克人而闻名于世，被称为“最伟大的人道主义者”。此时，胡佛也感到担忧。他写信给麦克阿瑟，建议他“借”若干艘能运100万吨粮食的“自由”船只，把剩余的印度支那半岛多余的大米和北美的小麦运往日本，将这场危机消除在其萌芽状态。
麦克阿瑟既不大从海外大量运粮食，也不想花费很多资金去买大量粮食。他只利用他能支配的有限的船只，从西太平洋陆军库存中调来35万吨粮食。日本政府清空了用以紧急粮食储备的粮仓。
麦克阿瑟因解救可恶的敌人而遭到国会的批评。他后来说，之所以采取那样的行动是希望陆军部明白，除非解救日本的粮食问题，不然会有“大规模的骚乱、无秩序和暴力”。“要么给我粮食，要么给我子弹”。事实上，麦克阿瑟在电报中警告说，饥荒“会产生灾难性的后果。要么是粮食，要么是士兵，必须运到日本”。
粮食危机的爆发更促使要尽快进行盟军司令部的计划来执行土地改革。日本可耕种的土地有限，只有领土面积的一半。佃户为了勉强糊口而租种美国草坪大小的小块土地，而将大部分收成交给地主。麦克阿瑟的解决办法是满足劳动人民愿望：自己不在当地的地主必须把土地以佃户能够接受的低价全部卖给他们的佃户。这样，耕者有其田。到占领后期，至少拥有90%的土地已归佃农所有。对于那些租地的人，命令禁止实物地租。农民种植出来的粮食由他选择是出售还是自己吃。
1946年10月中旬，日本国会通过了两项土地改革法案。凯迪斯带来消息的时候，麦克阿瑟正坐在他的办公室里。40年前，麦克阿瑟的父亲也曾在菲律宾试过土地改革，但失败了，那时候，菲律宾的佃户和日本差不多受到严重的压迫。他凝望着桌上他父亲的照片，“父亲会希望这样做的，”他说道。
另一个重要的经济改革是创造了有组织的不受政府控制的工人运动。日本半个世纪以来有一些组织，但几年来他们都失去了自主的权力。麦克阿瑟接到命令要让他们重获自由。由于他长期不在美国，而且受到右翼报纸思想的影响，他不可避免地对美国工人历史昌盛了不同的看法。比如，他认为在美国法律下，每个工人都必须加入美国劳工联合会或者美国产业工业联合会。
麦克阿瑟劝说日本政府制定三项重要的劳工法。虽然不要求每个日本人要加入工会，但那些自愿的人加入更容易。要成立一个组织同样也很容易。麦克阿瑟鼓励美国工人领袖来带日本，帮助日本的工人抓住机会，完善劳工组织。
有组织的工人以惊人的速度增加。战前，日本只有不到12个工会组织，成为大概为10万人。在1045年到1948年间，工会数量从5个增加到3.4万多个，工会成员多于660万。
工会数量的增加，也促使了大量罢工游行的产生。日本的生活水平的城市化也令人观止。大多数新工会的主要目标是为他们的工会成员争取更高的工资。另外，共产党控制了一些新的工会，想利用他们作为阶级斗争的工具。1947年1月，许多工会联合举行一次大规模罢工，整个国家几乎陷入停滞状态。麦克阿瑟迫切希望政府可以找到一种方法来阻止这场罢工。但工资上涨40%的提议也没能奏效。在最后时刻，麦克阿瑟不得不亲自干涉，不然罢工还会继续。麦克阿瑟十指相扣，屏住呼吸，禁止罢工。如果共产党挑战此禁令，他知道，那可能就会发生流血事件。让他如释重负的是，并没有发生什么事件。工人们得到了40%的加薪，现在工会和平，共产党领导人公开蒙羞。
麦克阿瑟并不对共产党会对像威洛比这样苦恼的人影响而感到害怕。1948年乔治·凯南访问东京，听到传言说有共产党员在盟军总司令部工作的谣言。麦克阿瑟回答道，“或许有吧，陆军部也有，国务院也可能有。这并不意味着什么。”尽管如此，他还是对共产党在工会中的影响感到困扰，因为这些工会代表政府工人，比如学校老师。在他离开日本前，他还展开了另一次清理活动，将他们从工人运动中根除。这次行动让他再次陷入无视公民自由的指责中。
麦克阿瑟的任务还包括解散那些人称“财阀”的大型控股公司，它们控制了日本工业。三菱、三井和住友等15家最大财阀就是由少数家族拥有，而他们的成员在日本军事和侵略中都有积极参与。他们控制了整个工业，包括钢铁、化工和机械生产。他们还控制了最大的银行和保险公司。这些财阀家族从军事统治中获利，并为日本政治的军事提供资金，为日本侵略行径铺平道路。至少华盛顿是这样认为的。当麦克阿瑟到日本后，他会见了这传说中可怕而无情的商业精英，觉得不过尔尔。他们提醒他，他轻蔑地说，他们让他想到了“纽约最无能的花花公子。”
清理运动的一大目标就是和打破财阀体制。看起来很有必要把日本的这种封建因素清除，才能建立一个自由的市场。清除活动使这些财阀经营公司的1000多名主管和经理被撤职，并且家庭其他成员禁止取代他们的位置。尽管天皇和很多保守的日本政客警告这样不要做，但大部分财阀还是被解散了
一些盟军在国务院的强烈支持下向日本要求强烈补偿，但麦克阿瑟则反对为偿还战争赔偿而削弱日本工业基础的任何企图。但他最终不得不让步，于是日本工业的很多机械工具被洗劫一空。这些都被送到了苏联、英国、荷兰、菲律宾和很多东南亚国家。这些工具对盟军经济的贡献是有争议的，但这件事对已经在战争中伤痕累累的日本工业的影响是显而易见的。
美国没有索取任何赔偿。相反地，提供了20亿美元作为经济援助，大部分是缓解数百日本人的贫困。然而，麦克阿瑟打算让日本政府接受赔偿损失的法律责任。最终，日本付给美国将近50亿美元作为损失赔偿，是援助的两倍多。
虽然这看起来很奇怪，但麦克阿瑟并没有接到命令缓解日本的经济状况。他接到的命令是让经济民主化，其办法是扩大生产资料所有的范围，增加工人和农民等从前没任何权利的群体的参政渠道。在现代哲学中，这是为“必要但不充分条件”之说。使日本经济民主化正是恢复日本经济的是必要条件，但又是不充分条件。1946年工业产量还不到战争期间最高的1/3。通货膨胀以每个月50%的速度增长。人们的收入工资增长，但赶不上通货膨胀的速度。日本的外贸几乎为零。投资萧条。失业率在20%左右。土地改革、政治改革、财阀解散、工会的增加、紧急救助等等似乎还不能把日本从经济萧条中拉出。