最后，审查复议案件的程序合法。不能违反法定的步骤、方式和顺序。程序合法是卫生行政复议不可或缺的组成部分，必须遵循法律所设置的各种程序规则来规范行政复议的实施，达到复议实体内容合法的目的。防止复议机关滥用权利，保护相对人的合法权益。否则，即使一项卫生行政复议决定的内容合法，也会因欠缺合法的程序而被认定违法。
2．公正性原则。复议机关履行复议职责应秉公执法，平等对待复议当事人，避免和排除可能导致不公正的因素，尤其要防止由于部门利益而偏袒、庇护本部门或下属机关等狭隘因素的影响。
3．公开性原则。受理、审查、做出复议决定等都应公开地进行。公开化是现代民主对行政的一个主要要求，也是公民参政权的延伸，它对于保证卫生行政复议的合法、公正，保护相对人的合法权益及提高卫生行政机关工作的透明度和公民对卫生行政机关的信任度都有积极意义。公开性原则要求复议机关不仅应当让当事人了解复议行为，还应当充分保证当事人参与复议过程，广泛听取各方意见，允许当事人争辩和质证。法律（《行政复议法》第22条、第23条）明确规定，除有特殊规定外，应当允许复议申请人、第三人查阅被申请人提出的书面答复及做出具体行政行为的证据、依据和其他有关资料。这些规定体现了公开原则。
4．及时性原则。行政复议应以提高行政效率，实现公共利益为目标。尤其是卫生行政管理直接与人民大众的生命健康，公共卫生相关，确立复议的及时性原则更为重要。及时性原则要求，应在保障合法、公正的前提下，尽量提高复议各个环节的运转速度。复议机关在受理复议申请，做出复议决定，执行复议决定时，都应在法律规定的时间限制内完成，保障快速实现行政目标。卫生行政复议行为超过法定期限即构成违法，应当承担相应法律责任。
5．便民原则。便民原则要求卫生行政复议机关尽可能减少不必要的环节和手续，为复议申请人提供便利条件。卫生行政复议是相对人依法维护其合法权益的救济手段。行政复议法为贯彻便民原则作了许多相关规定：申请行政复议可以书面申请，也可以口头申请；在能够通过书面解决问题的情况下，尽量不采取其他给当事人带来不便的方式；可以本人参加复议，也可以委托他人参加复议；申请人难以弄清复议机关的情况下，可以直接向具体行政行为发生地的县级人民政府提出复议申请，由该县级人民政府负责转达。
申请人无须缴纳任何费用，复议所需经费由国家行政予以保障等等。
6．法与适当双重审查原则。在卫生行政诉讼中，人民法院只审查具体行政行为的合法性，而不审查其适当性。然而，由于复议机关行使的是行政权而非司法权，因此复议机关既要对具体行政行为的合法性进行审查，又要对其适当性进行审查，做到有错必纠。复议机关对具体行政行为合法性的审查是要监督做出具体行政行为的卫生行政机关是否依法行政，有无超越职权，滥用职权或违反法定程序的情况；对具体行政行为适当进行审查，主要是审查其是否在法定的自由裁量权幅度内，有无滥用自由裁量权的情况。
二、卫生行政复议的范围和管辖
（一）卫生行政复议范围
受案范围决定着卫生行政争议的复议对象，是卫生行政复议的核心问题。现代国家大都在立法中逐步扩大复议的范围，尽量在行政机关内部解决争议；同时，又将特殊领域的行政行为排除在外，以保证行政效率和国家利益。
卫生行政争议不是都可以向卫生行政复议机关申请复议，只有法律规定属于可以申请行政复议范围之内的卫生行政争议才可以申请复议。根据《行政复议法》的有关规定，卫生行政机关的具体行政行为不论是作为还是不作为，只要公民、法人或其他组织认为这些行为违法或者不当，侵犯了自己的合法权益，都可以依法申请复议。《行政复议法》第6条又对复议范围作了列举式具体规定。结合我国现行医事立法实践，具体地说公民、法人或其他组织对卫生行政机关下列具体行政行为不服的可以申请复议：
1．对卫生行政机关做出的行政处罚决定（如警告、罚款、没收违法所得、没收非法财物、责令停产停业、暂扣或者吊销许可证、暂扣或者吊销执照等）不服的。
2．对卫生行政机关作出的行政强制措施决定不服的（卫生行政强制措施是指卫生行政主体为了预防和控制疾病，或者预防或制止正在发生或可能发生的违法行为，或者为了保全证据，确保案件查处工作顺利进行，而对相对人的人身自由、财产予以强行限制的一种具体行政行为，诸如按照《国境卫生检验法》、《传染病防治法》、《食品卫生法》等医事法律的规定，可依法对卫生行政管理相对人采取强制隔离治疗、强制留验、强制戒毒等限制人身自由或者查封、扣押、冻结财产等措施）。
3．认为卫生行政机关侵犯其合法经营自主权的。
4．认为符合条件申请有关卫生许可证（照），卫生行政机关拒绝颁发或不予答复的。
5．对卫生行政机关作出的有关许可证、执照、资质证、资格证等证书变更、中止、撤销决定不服的。
6．要求卫生行政机关履行其保护人身权利、财产权利等法定职责而拒不答复或没有依法履行的。
7．认为卫生行政机关违法要求履行义务的（如违法集资、征收财物、乱摊派等）。
8．认为卫生行政机关侵害其合法权益的。
9．法律、法规规定可以申请的其他具体行政行为。
另外，针对现实生活中行政机关作出具体行政行为所依据的规定（规范性文件）存在不合法的情况，行政复议法还规定，公民、法人或其他组织认为卫生行政机关的具体行政行为所依据的规定（规范性文件）不合法，在对具体行政行为申请复议时，可以一并向行政复议机关提出对该规定的审查申请。这里所说的“规定”，仅指除国务院部委规章和地方人民政府规章以外的其他规范性文件。这说明，我国行政复议审查范围已不仅局限于其具体行政行为，规章以下的抽象行政行为在一定条件下，亦可成为行政复议审查的对象。但这种对规范性文件的审查是附带审查，并不是对所有规章以下的规范性文件都可以提出复议申请，相对人只能对作为具体行政行为依据的规范性文件提出复议申请。
《行政复议法》第8条对行政复议的排除范围作了规定，根据该法条的规定，不服卫生行政机关作出的行政处分或者其他人事处理决定的；不服卫生行政机关对民事纠纷作出的调解或其他处理的，均不能申请行政复议。
（二）卫生行政复议的管辖
复议管辖是指不同层级的行政机关之间在受理卫生行政争议案件方面的分工与权限。复议管辖的确定，使行政机关内部的行政监督逐渐走上了法制化的轨道。卫生行政复议的管辖有以下几种规定。
1．对县以上卫生行政机关的具体行政行为不服申请复议，由当事人选择上一级卫生行政机关或同级人民政府管辖。但对卫生检疫机关的具体行政行为不服，只能由其上级主管部门管辖，需要注意的是，现行的《食品卫生法》、《传染病防治法》规定，对卫生行政处罚不服只能向上一级卫生行政部门申请复议，这与《行政复议条例》规定相衔接。按新的《行政复议法》规定，对食品卫生、传染病防治方面的行政处罚不服的，应由相对人自由选择向上级部门或本级人民政府申请复议。
2．对国务院卫生行政部门的具体行政行为不服申请复议，应由国务院卫生行政部门管辖，对省、自治区、直辖市人民政府所作出的具体卫生行政行为不服，申请复议应由省、自治区、直辖市人民政府管辖。
3．对法律法规授权组织的具体行政行为不服申请复议，由主管该组织的卫生行政机关管辖。
4．对受委托组织的具体行政行为不服申请复议，由委托的卫生行政机关的上一级行政机关管辖。
5．对两个卫生行政机关或卫生行政机关与其他行政机关共同作出的具体行政行为不服申请复议，由其共同上一级行政机关管辖。
6．对被撤销的卫生行政机关在撤销前作出的具体行政行为不服申请复议，由继续行使其职权的行政机关的上一级行政机关管辖。