众所周知，俄藏32A记有“施主敦煌王曹宗寿与济北郡夫人汜氏，同发信心，命当府匠人，编造帙子及添写卷轴，人报恩寺藏讫。维大宋咸平五年壬寅岁五月十五日记”。咸平五年（1002年）的这篇施人记是目前所知最晚的一件藏经洞出土文书，此前的纪年写本大体上持续不断，而此后有年代的写本讫今尚未发现（某些被认为是藏经洞出土的晚于1002年的材料，大多可以指出它们的其他来源或误解之处）。从现存写本年代的累计，可知藏经洞的封闭应在1002年以后不久，不应晚到伯希和提出的1035年西夏的到来。
从1002年往后，西北地区最重要的历史事件，首先就是1006年于阗佛教王国灭于信奉伊斯兰教的黑韩王朝。因为于阗与沙州的姻亲关系，970年于阗国王曾致函其舅归义军节度使曹元忠，请求发兵援助抵抗黑韩王朝。当于阗陷没后，大批于阗人东逃沙州。于阗僧人所带来的伊斯兰教东进的消息，要比信佛的西夏人到来的消息可怕得多，因为黑韩王朝是经过近40年的血战才攻下于阗的，他们对于阗佛教毁灭性的打击，应当是促使三界寺将所得经卷、绢画等神圣的物品封存洞中的直接原因。而由于黑韩王朝并未马上东进，所以，封存活动是主动而有秩序地进行的，并且在封好的门前用壁画做必要的掩饰，以致当事者离开人世后被人们长期遗忘。
（4）宋皇祐之后（1054年）说。
持此说者为陈垣先生，他在《敦煌劫余录序》中说：“通考载，大中祥符末，沙州归义军节度使曹贤顺，犹表乞金字藏经。景祐至皇祐中，朝贡不绝，知此等经洞之封闭，大约在皇祐以后。”
1978年，马世长先生在《关于敦煌藏经洞的几个问题》中也持此说，并对伯希和的西夏侵扰说提出了不同看法。认为种种迹象和材料表明，“藏经洞的封闭不在西夏占据敦煌之前，而是在西夏占据敦煌之后的某个时期。其相对的大致年代，陈垣先生推断在皇祐之后的意见，可能较为切近实际，而封藏遗书的原因，则一时还难于肯定。估计或许与西夏对瓜、沙等州的控制进一步加强，曹氏家族彻底失去对此地的统治有关”。
（5）曹氏封闭说。
白滨先生在《试论敦煌藏经洞的封闭年代》一文中力主此说。认为从现有情况可知，敦煌遗书纪年最晚者是宋咸平五年（1002年），这只能说明到咸平年或稍后的年代藏经洞已被封闭了。“所以我认为藏经洞的封闭当在宋咸平年间或稍后的年代里是比较合理的”。
白文还说，许多论者都认为16号窟北壁壁画是西夏早期的作品，其实，曹家晚期洞窟与西夏早期洞窟壁画，如无供养人题记与可靠记载是很难区分的。那么，第16窟北壁重绘壁画有什么可靠证据可以确认为西夏早期壁画而不是曹家晚期重绘的呢？“我认为第16窟重绘壁画应定为曹家晚期，即在西夏占领瓜沙之前，上限为咸平之后，曹宗寿或其子曹贤顺初期所为”。
贺世哲先生在《从一条新资料谈藏经洞的封闭》一文中，从另一角度研究了这一问题。据刘玉权的分期，57个西夏洞窟中，包括16窟和130窟。可知130窟现存表层壁画与第16窟甬道表层壁画大致上属于同一历史时期重绘的。据伯希和1908年记录，第130窟主室东壁南侧表层壁画中有供养人题名：“故叔敕谒（竭）诚（奉）化功臣河西一十（下缺）。”在瓜沙曹氏中有“竭诚奉化功臣”头衔者，只有曹延禄与曹宗寿两人。而第130窟的“竭诚奉化功臣”是曹延禄。它是曹宗寿当权时期（1002年至1014年）重绘并题名的，所以称“故叔”。那么第16窟甬道表层壁画重绘时间大体上也应在此时期或稍后。因此，“被这层壁画覆盖着的藏经洞的封闭年代，亦应在此稍前或同时”。
藏经洞封闭的原因，贺世哲认为是东边甘州回鹘政权与西边于阗李氏政权相继被消灭或即将灭亡，等于切断了瓜沙曹氏政权的左右臂，构成了东西夹击的威胁（主要是东边西夏的威胁），为了防患于未然，瓜沙曹氏政权对于可能即将临头的战争危机，不得不有所准备，其中也包括密藏佛教典籍、画卷。在密藏佛教典籍、画卷时，顺：便把官府与寺院的一些社会文书收藏进去，也是合乎情理的。
（6）元初说。
关百益在《敦煌石室考略》一文中说：“石室地址，为元朝以前之大佛寺，经历年之搜集，宝藏甚富。元太祖成吉思汗西征，其军师道士邱处机，最为信任，与佛教为仇，道经敦煌之先，到处毁坏佛寺，迫僧徒蓄发，改易道装，寺中沙弥，早有所闻，预将所有贵重古物，作石室以封固之，免遭浩劫。及元太祖师次敦煌，即逐僧毁寺，改为道观，直至前清未之能改。至伯希和等闻石室之名，前往发掘时，仍须商得观中道士之同意也。”此说既没有联系藏经洞中之遗物，又没有从藏经洞封堵之实况出发，纯为臆断，故鲜有附和其说者。
（7）元明之际说。
张维在《陇右金石录》中，论及《重修皇庆寺记》时提出此说。《重修皇庆寺记》石碑立于元至正八年（1348年），为僧守朗立石，奢蓝令旃刻。张氏认为“元末兵乱，瓜沙沦没……石室闭扃，其时盖即在元明之间，或即为守朗、奢蓝合楠及其徒众所为”。此说与事实相去甚远，无人赞同附会。
（二）废弃说
在《西域考古图记》一书中，斯坦因根据他在洞中所藏一些包裹皮中发现的一批相当数量的汉文碎纸块，以及包皮、丝织品做的还愿物、绢画残片、画幡木网架等，认为这些东西是从敦煌各寺院中收集来的神圣废弃物，藏经洞就是堆放它们的处所。这一看法，实际上就是今天我们所说的“废弃说”。斯坦因还根据其所见写本和绢画题记最晚者为10世纪末的情况，推测洞窟的封闭是在11世纪初叶。“废弃说”的代表人物是方广铝先生，他在《敦煌遗书中的佛教著作》一文中，认为“避难说”实难自圆其说。这是因为藏经洞内没有整部大藏和其他珍贵物品，大多是残卷断篇，夹有不少疑伪经，甚至还有不少错抄之废卷与涂鸦之杂写，乃至作废的文书与过时的契约等等。在藏经洞封闭时，即曹宗寿当政时期（1002年至1014年），敦煌已向内地乞求配齐了藏经，也曾从朝廷乞求到一部金银字大藏经，还有锦帙包裹、金字题头的《大般若经》，如系避难，它们理应珍藏其中。为何整部大藏未被收藏，所藏的反而是残部破卷？因此其真正的原因并不是避难，而是在于“这一批文书对当时的敦煌僧众来说已完全失去了实用价值，故而废弃”。提出“废弃说”的理由是：
第一，中国人一直有敬惜字纸的传统。在古代，纸张比较珍贵，对地处西陲的敦煌来说更是如此。据敦煌遗书中的抄经记录记载，当抄经时，每人所领纸张均要记帐，如果抄错，必须凭废纸换好纸。废纸并不抛弃，而是留待他用。
第二，佛经经过长期使用之后，难免会破损，但对这种不堪再使用下去的经典是不允许抛弃的，而是另行收藏。
第三，从现存遗书可以知道，敦煌寺庙经常清点寺内的佛典及各类藏书，查看有无借出而没有归还的，或有无残破而不堪使用的。
第四，宋代，四川的刻本经典传到敦煌，朝廷又颁赐了金银字藏，敦煌的经典大为丰富。大概在曹宗寿当政时期，敦煌进行了一次比较彻底的大规模的寺藏图书清点活动，将清理出来的一大批无用的另部残卷和各种无用的文书与废纸，挑选了一个不太重要的洞窟，统统封存进去，然后在外面重新画上壁画。由于是一堆无用的东西，自然不会有人把它们放在心上，年深日久，也就被遗忘了。
在《敦煌藏经洞封闭原因之我见》一文中，方广铝更全面地论证了“废弃说”。认为到了五代时，由于内地战乱，敦煌又偏处一隅，经典的来源是很困难的。从《沙州乞经状》可知，五代时，敦煌教团曾数次遣人赴内地各处搜寻配补敦煌所缺经典。进入北宋后，由于敦煌曹氏政权与北宋、辽、西夏等保持朝贡关系，对外交往较多，经典的来源也就比较丰裕。虽然尚无确证，《开宝藏》有极大可能已传人敦煌，四川的刻本佛典确已传人敦煌。与此同时，纸张的生产、流通情况也有了变化。晚唐五代以来，敦煌地区一直自己造纸。进人北宋后，随着对外交通的发展及敦煌地区自身经济的发展，纸张紧张的状况想必已大大缓解。经典来源的充裕产生了淘汰残旧经卷的需要，纸张状况的缓解又使人们不再想到其背面可资利用的价值。于是，非常可能的情况是，“在曹氏政权的某一年，敦煌各寺院进行了一次寺院藏书大清点。清点后，将一大批残破无用的经卷、积存多年的过时文书与废纸以及用旧的幡画、多余的佛像等等，统统集中起来，封存到第17窟中。由于它们被认为是一堆废物，年深日久，就逐渐被人们遗忘。至于洞外抹的墙泥、绘的壁画，也许与这一封存活动直接有关，也许与这封存活动并无直接关系，而是其后若干年的另一次宗教活动的结果”。
关于洞窟封闭的时间，方广铝先生在《敦煌藏经洞封闭年代之我见——兼论“敦煌文献”与“藏经洞文献”之界定》一文中，仍然从废弃说的前提出发，指出“就现有材料而言，把藏经洞的封闭年代暂且定在曹宗寿统治时期（1002年至1014）是适宜的”。因为既然是废弃，所藏的自然都是一些已经无用的东西。而在现实生活中还有用或还起作用的东西，当然不会抛弃。所以，藏经洞封闭之前的诸如契约文书、新抄的经典等，都不会放入。这样，藏经洞封闭之前，即1002年后的文献出现的机率就非常小了。此外，藏经洞外的壁画，我们还不能排除画于曹氏归义军后期的可能。即使画于西夏早期，由于藏经洞因废弃而封闭，因此，藏东西与画壁画完全可以是不同时期的两件事情。既然如此，壁画画于西夏与藏经洞于曹宗寿时期封闭也并不矛盾。
对于“废弃说”，施萍婷先生提出了不同看法，她在《三界寺·道真·敦煌藏经》一文中说：“有的学者认为，藏经洞内存放的那么多的古写本是‘废纸’，本人不敢苟同。”并以道真在三界寺的写经生涯为据，探讨了920年至987年间敦煌的写经活动，进而指出：“藏经洞有年代题记的古写本，学术界目前公论的最晚为1002年，因而笔者认为，10世纪末孜孜以求的佛经，11世纪初叶绝对不会那么快就成为‘废纸’。”
关于藏经洞封闭的时间，施萍婷先生非常谨慎，只根据掌握的有关材料，提出了自己的“一点猜想：公元1002年，道真可能82岁，如果他当时健在，那么在这一时期，如果发生什么威胁佛经存在的危急情况，道真以其身份、地位主持将佛经封存，是完全可能而合乎情理之举”。
（三）书库改造说
在1979年巴黎国际敦煌学术讨论会上，日本学者藤枝晃提出了“书库改造说”。他在《敦煌“藏经洞”的一次复原》一文中认为，大约在1000年左右，折叶式的刊本经卷，已从中原传到敦煌，因此，必须改变藏书室的位置，故将使用起来不方便的卷轴式佛经以及许多一直分散的杂物一并封人石窟。
何昌林先生在《敦煌“藏经洞”之谜》一文中同意此说。认为改造书库，就需把废弃的卷轴式佛经“藏”起来，以便腾出地方来存放折叶式佛经。莫高窟每年有多次庙会和佛教节日，四面八方的来客很多，人多手杂。为了防止入藏的卷轴式佛经被人拿走，每次庙会或节日都得派出一人看守“藏经洞”，而庙里的人手又少。入藏者毕竟是古物，对于后世僧侣们来说，许多东西都是很神圣的，少了哪一件也不行，因此，就干脆砌上墙，封起来了。
以上对藏经洞封闭时间及原因的研究情况作了简单介绍。从以上所述可知，对这一重要问题的看法，真是众说纷纭，莫衷一是。而要真正解决这一问题，还需进一步挖掘旁证资料。这一千古之谜究竟由谁来解？我们期待着、盼望着早日解开这一历史之谜。