秦学仁于公元1930年11月在敦煌县城西和巷一王姓院内呱呱坠地。秦学仁出生之日即是多难之时。他体弱多疾，父母畏其不寿，日夜提心吊胆。他长至四岁，仍疾病缠身。他父即去大佛寺占卜吉凶。抽签、相面之后，该寺祁喇嘛对父亲说：“你儿洪福高于你。若能养到6岁，方保无事。23岁则居官成名。”秦学仁6岁之后，身体逐渐结实，被父母视为掌上明珠。他10岁上靖远庙初级小学。一年级开设的课程是《三字经》、《百家姓》等。二年级时才开设国语算术。升四年级时，父亲将他转入设在敦煌城内的回民小学并在此校初小毕业后升入东街小学。在此校两年，秦学仁崭露头角。他的各科成绩、习字都在同学中名列前茅。他品学兼优、为人诚直，当班长、喊队，作集体事均不甘人后，受到同学老师的爱戴。同时，他拜叶多福为师，课余偷偷学习拳脚武艺。1946年秦学仁16岁在东街小学加入了三民主义青年团并任该校三青团副分队长。同年6月，他以各科第三名的成绩在该校毕业后考入敦煌中学。此时，他仍是一名涉世未深、不知忧愁的翩翩少年。
在敦煌中学三年，秦学仁看到了社会的不公正和人们之间的不平等。他曾经因阻止驻军抢劫一牛车薪柴而施展武艺将几个士兵三拳两脚打倒在地，几乎闯下祸端。“双十节”游行，敦煌中学学生与警察发生冲突之时，眼见警察殴打自己的同学，他怒发冲冠，大打出手，将同学救回学校。在敦煌中学三年，先后有两位大家闺秀出身的同学倾慕于他。然而处在讲究门当户对，儿女婚事必听父母之命、媒妁之言的社会里，纯真之情终成南柯一梦。经过风风雨雨坎坎坷坷的生活磨砺，终于使秦学仁具有学生领袖的风范，养成刚正不阿、不畏强暴、不媚权贵的品格。此时的秦学仁已出落得浓眉大眼，器宇轩昂。
1949年9月当王震统帅的中国人民解放军以排山倒海之势，以秋风扫落叶之威席卷大西北时，敦煌中学的一部分学生已投身于解放大军洪流上了新疆。此时，秦学仁与全体留校学生既不像那些国民党党棍惶惶不可终日，也不听信“共产党共产共妻，杀人放火，”的宣传，而是安心学业，乐观其变。敦煌的各级国民党反动政权犹如树倒猢狲散，顷刻倒台，人民政权建立。然而，新政权缺少干部。同年11月的一天，中共敦煌县委书记杜秉德（陕西米脂人，1937年参加革命工作）来到敦煌中学，由校长程晖陪同，给全校学生作报告，号召同学们参加革命，为新政权工作。此后秦学仁即与三十余位同学满怀革命热情响应号召，报名参加革命工作。他们告别书桌，告别母校，来到敦煌县人民政府，接受革命的启蒙教育。为期一月的方针政策学习结束后，秦学仁被分配到敦煌县人民政府第一科（民政科）任科员。他的父母因其子在县政府终有一官半职而极为欣慰，谆谆告诫其子少挂念家事，一心为公，洁身自好。此前，他以学生代表候选人的身份与旧政府留用人员、县民众教育馆馆长严显同被选为代表，出席了敦煌第一次各界人民代表会议，讨论通过了镇压反革命、减租减息、改善人民生活等政策。他初涉政界，即表现出干练、敏捷、吃苦、可靠，处处不甘人后的品格。不会拟写文件、报告、总结，他就把别人拟写的文件、报告、总结材料借来阅读，抄录研究。不会刻写蜡纸印刷，他就把自己关在房子里，埋头练习至晚上12点，以致手脚冻肿。下到村上开群众会时不会讲话，他就记录别人的讲话，从中汲取营养。“世上无难事，只怕有心人”，“铁杵磨成针，功到自然成”的格言使他浑身有使不完的劲。
1950年初，刚刚新生的人民政权受到严重的威胁。此前，新疆警备总司令兼河西警备总司令陶峙岳率部起义。新疆、河西和平解放后又被蒋介石任命为新疆警备总司令的乌斯满发动叛乱被中国人民解放军打垮，率残部逃窜到敦煌南山，与流窜在此的骑五军的残兵败将、“国大”代表包布拉及敦煌的恶霸地主张二麻子（张维秀）、阎万有、张楷、赵功沆瀣一气，时而在安西、敦煌周边地方抢劫烧杀，时而又扬言要攻打敦煌城，颠覆新生的人民政权。因此，剿匪支前，保卫新生的人民政权就成了敦煌县委、敦煌县人民政府的当务之急。此时，动员组织人力、物力、畜力，带领担架队，运送伤员，赶上牛车、马车往南山、北湖运送面粉，就成了秦学仁所在的民政科的第一任务。这年3月的一天上午10点，石志刚县长命令他火速去离城40公里的张家墩向蒙古族群众征用30峰骆驼，并于下午4点前赶回县城。秦学仁得令便跨马上鞍，如离弦之箭，两小时后即到达张家墩湾，一小时后征用的30峰骆驼到齐，由蒙古族头人派人将骆驼赶回县城。此时离4点还差10分钟。同年9月，敦煌人民政府粮食科科员郭升去南湖征粮回城时，在现在的党河水库转弯处大坡被土匪杀害。石县长派秦学仁领人去收拾遗体。秦学仁冒着生命危险拉回郭升的遗体，圆满完成任务。同年10月，黄新廷军长来敦煌，坐镇指挥剿匪。秦学仁带领民兵将面粉、羊肉送到博洛转井前线。不久，乌斯满被活捉，剿匪胜利。在庆功会上，秦学仁被选为支前模范，受到奖励。
天道酬勤。革命工作最能锻炼人。秦学仁经过一年的磨炼、考验，迅速提高了工作能力。他对革命工作积极认真的态度，肯吃苦不怕死的精神，都得到杜秉德书记、石志刚县长的赏识和器重，得到县委、政府领导和同志们的爱戴。
1950年秋，秦学仁陪同农民代表冯有（郭家堡南渠农民）到省城兰州出席了甘肃省第一届人民代表会议。这年他才20岁。在这次会议上，他听了邓宝珊省长、张德生书记关于实行土地改革的报告，并受到中央访问团沈钧儒团长、萨空了副团长的接见。
1951年冬至1952年春，敦煌全县完成了史无前例的土地改革。这是从根本上改变生产资料所有制的改革，这是深刻触及一些人经济利益、深刻触及一些人在生产中的地位的改革。土地改革也是秦学仁革命或者不革命甚至反革命的试金石。其先，中共酒泉地委宣传部部长殷序来敦煌指导土地改革试点。敦煌县抽调了三十余名干部，组成以殷序、杜秉德为队长的工作队，进驻二区一乡（现三危乡）进行土地改革试点。秦学仁被抽调其中，住在该乡二行政三村。他们与贫苦农民同住土炕，民食则同食，民饥则同饥。经发动群众、划分成分、没收土地和农具耕畜、分田分农具分耕畜、斗争地主、建立农会及基层政权等阶段，取得了经验。敦煌土地改革在全县5个区20个乡全部展开后，拥有耕地80亩、耕牛2对、马1匹、驴13头、羊100多只、房屋17间，雇长工两人的秦学仁家，被划为地主成分。
在当时，成分表明在生产中的地位，又表明政治地位。秦学仁的父亲虽然一字不识，但地主成分对儿子的仕途与利害他却敏锐地感觉到了。他非常理解儿子的处境。他要求儿子在土地改革期间不要回家，一心为公，以免对儿子的工作前途产生影响。他让儿子放心，他一定接受土地耕畜农具等财产的没收，决不做违法之事。秦学仁此时牢牢站在党和人民的立场，对父亲讲清党的各项方针政策，希望他安分守己，照旧耕耘，不要转移财产，等待没收。父子相劝，恪守承诺。土地改革期间，秦学仁的父亲没有被贫苦农民斗争。秦学仁从土地改革开始至结束的8个月中没进家门。在此期间，县委、县政府领导也多次告诫他站稳革命立场，严守革命纪律，接受考验。在土地改革期间，秦学仁任敦煌土改巡回法庭第二分庭审判员，执掌对四区不法地主的批捕、审讯。该分庭由陪审员、书记员等5人组成。他们背着行李，腰别手枪，风风火火，巡回于所管区域。在土地改革期间，他们共宣判不法地主分子22人。其中就地枪决负有血债、民愤极大的地主一人。那是个历史刚刚被颠倒过来的时代，是由人民当家作主、执掌生杀予夺大权的时代，也是千百万曾经饱受压迫剥削的贫苦农民有仇报仇、有冤伸冤的举动像火山爆发的时代。那是一个非常时代。他们的批捕、审讯、判决、执行程序往往在一个群众大会上就雷厉风行，一气呵成。他们代表人民行使着震慑敌人、保卫土地改革、保卫贫苦农民刚刚分到手的胜利果实的神圣权力。在此期间，秦学仁实事求是，调查研究，明察秋毫，秉公执法的工作作风得到群众的称赞。四区地主张桐曾在敦煌解放前打死长工3人，解放后，张桐畏罪自杀。土地改革时，有人移花接木将3条人命安到其子张建平头上。秦学仁明察暗访，分清主从，批评了诬告者，仅将张建平判徒刑半年，监外执行。张建平心服口服，叩头拜谢，感恩不尽。张建平至今尚存。四区四乡李姓农民被姓郑地主毒打致伤，愈后又得病死去。到土地改革时，其子受人唆使，一口咬定其父被郑姓地主当场打死。当地土改工作组组长贾钧也如此认定，要求分庭将郑姓地主逮捕、判刑。秦学仁受理此案后，查证六天仍难定论。他在县城开会后在岳母家看见桌上供奉的岳父牌位，信手拿起，即见亡灵牌位由两块木板合并做成，内写死者生卒年、月、日。他即返回住地，派人查明李姓农民也供奉着亡父牌位，并写明生卒年、月、日。次日，秦学仁与已死李姓农民之子当面取下牌位。打开两板，抄录了死者生卒年、月、日。返回住地后，即召开工作组及全体村民大会，宣布李姓农民生卒年、月、日，证明他的死与郑姓地主无关。此时，知情者哑口无言，李姓农民儿子哭跪在地，口出真言：“法庭所讲是实。我受人指使是想整死郑地主。”土改工作组差一点儿因一时激愤而错杀人命，此时郑地主的儿子感叹不已，心悦诚服，逢人便说：“要不是秦庭长明察，我父少不了枪决。”老百姓说：“秦庭长年纪轻，办案如包公。”一时，秦学仁成了新闻人物，并在全县三级干部会上介绍了办案经验。
土地改革邻近验收阶段，区长李连成快马赶到秦学仁家所在工作组，他叮嘱工作组员赵士林说：“秦学仁家财产要留宽。”没收后留给秦学仁父亲耕地20亩、耕牛1对、驴2头、羊10只。此时，秦学仁的父亲并未因自己的大部分耕地、耕畜、农具、房屋、羊群被没收而耿耿于怀，反倒比土地改革前更精神了更豁达了。
1952年冬，秦学仁任副组长的工作组到三区四乡（现七里镇）进行土地改革复查。这个工作组的组长是1937年参加革命的敦煌县委统战部长左凤高，组员有王成彦、王爱、王维善、张有才、高文生、萧存英等。左凤高为人正直，爱贤任能，放手让秦学仁施展才华。凡工作部署、计划、人员使用、农村积极分子培训、土地丈量等工作都由他大胆负责。此年11月，敦煌县人民政府任命秦学仁为民政人事副科长。时年他22岁。当时的民政科简称一科，主管全县5个区及县直各机关的人事调动、吸收国家工作人员、工厂工人、社会救济、婚姻优恤、拥军支前等工作。他春风得意，雄心勃勃，浑身是劲，他一心为公，不念家事。他时而执掌全县民政民事，时而又背上行李下乡做中心工作。1953年春，秦学仁任组长，带领郭法孝、贾德堂、马照吉、姚祯祥、马桂兰、尚天全等8同志去三区三乡，通过宣传政策、查田计产、核定征购等过程，完成了该乡的粮食统购任务。
1954年6月，秦学仁进甘肃省行政干部学校，学习社会主义改造的政策方针半年时间。同年10月回敦煌后，又任工作组组长，与权正光、郭俊、杨占春、阎钦德、张建仓到四区三乡（现肃州乡）宣传农业合作化，试办农业生产合作社。
1955年3月，秦学仁调离民政科，改任农林科副科长。
1956年4月转渠口乡西沙门大队的河南移民向乡政府反映因生产队会计贪污，使他们少分了钱。该乡长陈正基久拖不决，致使移民群起围攻。陈正基跑后，移民即结伙数十人到县委、县政府告状。县委书记黄仕福、县长张福生答应三日内派人下去解决。后抽调了8名干部，由秦学仁带领到该村。秦学任与二人深入农户调查走访，另由四人算账，一人整理问题。紧锣密鼓，不过10天，账目算清，问题落实。该村会计李佑孝伙同出纳贪污公款，致使当年全村每个劳动日少分5角钱。秦令其立即退清赃款。工作组将查证结果公布于众，让群众讨论，男女老少无不拍手称快、交口称赞。次日，召集村民大会，每个劳动日补分5角钱，当场领款，会计、出纳撤职。顿时，群众敲锣打鼓，一片欢呼。此时，有一河南移民走出人群念了一段顺口溜：
“西沙门来了秦科长，后领八员大干将。
逐门逐户做调查，十天算清全村账。
每个工日补五毛，我们的汗水没白淌。
会计出纳心太黑，撤职查办理应当。
村民感谢秦科长，年轻有为人夸奖。”
工作组离村之日，群众仍是锣鼓喧天地送至村口，依依惜别。在全县干部会上，秦学仁介绍了处理此次问题的做法和结果。黄仕福书记说：“西沙门问题解决得很好，人员处理得好。全县都应照此办理，认真查清账目，防止贪污。”此后不久，西沙门群众到县政府送来一面锦旗。锦旗上款写着：“赠四·二六工作组”（工作组是4月26日进村的），内容写着“勤政爱民”，落款“西沙门全体村民”。此后，秦学仁声名大震。
从上永丰渠口至黄墩子城的惠煌渠土方开挖工程在1955年由水利科主持完成。1956年春，甘肃省水利厅水利工程技术人员10余人来敦煌帮助修建该渠的100余座分水闸、跌水等建筑物。同年3月，县长张福生认为此工程重大，须调得力干部担任指挥。秦学仁被选中。随后，秦学仁走马上任，任惠煌渠工程委员会总指挥，抽调干部20余人，民工1800余人及省派10余人奋战在惠煌渠现场。施工中，他身先士卒。碱滩排水困难，他先跳入水中；碱水苦涩，他带头饮用；民工苦累，他想方设法，提高工效。他与民工同甘共苦，风餐露宿。他廉洁奉公，一尘不染。木匠给他做了个小木箱装衣服，他坚决不要。工程指挥部设在庄浪庙，进城、回指挥部来回80里路，他常常步行。省上来的工程师评论他说：“人虽年轻，大胆泼辣，敢说敢为，干脆利索，生活艰苦，想事先别人后自己，确实是个好干部。”此工程11月底完工，比原计划提前1月，为国家节省了10万元。省水利厅工程师余秉和算了一笔账，在工程实施中，仅秦学仁出的点子想的办法就能节省2万元。惠煌渠竣工后，秦学仁被评为先进工作者并受到表彰。此后，他去探望重病的父亲。他在父亲面前自责未能侍奉，愧为不孝。他的父亲却安慰他：“忠孝不能两全，尽忠就难以尽孝。”