1．佛教的舍离精神与“认为追求财富是善的，人的智慧值得投资在利润的追求上，这样的欲望是不必谴责的”的资本主义价值观的冲突。
2．佛教主张众生的生命价值在基本上是平等的“众生平等”与世上大部分宗教只以人类为主要拯救对象的“人类至上”观念的冲突。
3．佛陀适应两千年前印度社会环境“随犯而制”的戒律其中有些部分与现代生产的冲突。
4．不同经论或宗派在教义上的冲突，使现代人无所适从。
5．用学术方法客观研究佛教的态度和成果与佛教徒主观信仰的冲突。
6．缺乏系统性的组织，以一二所寺院个别弘法，难以成就较大规模的佛教事业，且有重复、浪费及较易失败的可能。
对其第一个问题，星云依据佛教经典首先肯定：“财富，是我们每一个人所希望、所喜欢的。”同时指出，“但是，财富对于每一个人，并不一定是最好的东西”。接着举例表明，财富只有善用才能有价值。他善巧地列举了六类佛教许可的也是世人希望得到的“财富”，即身体健康，生活如意，前程顺利，眷属平安，合法钱财，内心充实；也列举了佛教就不许可的如窃盗等十类非法之财。甚至提出六点佛教鼓励的“发财方法”，即勤劳、节俭、宽厚、信心、结缘、布施；强调“佛教讲的最高究竟的财富是——般若”。[66]尽管上述在1981年发表的讲演内容并非针对蓝教授的疑惑，但从正面阐述了佛教的财富观是可以与现代社会相容的，甚至可以纠正现代人在对财富态度上的偏差。同时，蓝教授的疑虑也具有一定代表性。在笔者看来，早期佛教中强烈的“舍离”现世的精神与传统天主教的厌世取向其实相似，这在古代宗教中具有共通性。而由天主教转型产生的新教与星云提倡的人间佛教也有许多接近之处。
对其第二个问题，早在1981年，星云就认为：“在人类最早的政治是神权政治，一切委诸于天意、神旨。神权政治慢慢地演变，国君抬头了，成了君叫臣死，臣不得不死的君权至上的政治。君权政治经过长久的年代，人民意识逐渐抬高，纷纷要求参政权，于是君权时代又进化到今日的民权时代。那么，民权政治再发展下去，又将是怎样的政治呢？民权政治再发展下去，将成为生权政治的时代，一切众生都有参政权。现代许多著名的舆论和法律，也都惠及人类以外的其它动物，并且主张保护他们。譬如不可虐待动物，鸡鸭未杀前不可倒吊、捆绑，牛马不可令其操劳过度，稀少的动物不可滥杀，不可令其灭种，凡此种种，都已证明了人以外其它生物的生命权已获得逐渐的重视，未来将走到生权政治的时代。”[67]
如今在西方，绿党与绿色和平组织已形成相当大的势头，赢得了不少选票。学术界反对人类中心主义的呼声日益高涨，许多基督教团体也正在跟进。台湾的情况有类似之处，以佛教徒为主的生命关怀协会做了不少事。佛教众生平等的主张非但已经不成其为问题，而且成为与其他宗教相对的佛教优势所在，以昭慧法师为代表的佛教伦理学研究吸取了西方有关研究的新成果，走在了该学科前沿。
对其第三个问题，星云与佛光山也不事声张，早就实施了一系列改革。例如2002年佛教弘誓学院与学者发起了佛教界内部的男女平权运动，星云大师率先表示了大力支持。其实，在星云的引导下的佛光山僧团内部，男众与女众的平等早就实现了，而且取得了良好成效，尤其表现在工作中双方和合协调。笔者曾经批评太虚在20世纪三四十年代利用中国佛教会组织推行改革的策略。[68]在那时候，革新派与温和派的确没有很大必要拱在一起，内争不已。有时改革旗帜鲜明更好。这点已被星云独立地建设佛光协会的成功所证明。但在人间佛教已成为台湾佛教事实上的主流的前提下，星云这种不事声张的改革，不激化冲突的做法，更有利于争取一时不明真相的大众，有利于团结中间派。
对其第四个问题，下文将与有关人间佛教理论分歧问题一起评述。
其第五个问题的核心也不外西方宗教史与哲学史争论了几千年的老问题，即理性与信仰的关系问题。对此，瑞士神学家汉斯·昆在其名著《为了第三个千年的神学：一种普世观》中，把古今对两者关系的处理归纳为六种范式。亦即：原始基督教的启示性范式、古代教会的希腊化范式、中世纪的罗马天主教范式、宗教改革时期的新教范式、新教的正统神学范式、近代的启蒙神学范式，后者又衍生出当代的普世神学、辩证神学、生存神学、解释神学、政治神学、解放神学等多元模式。其中，只有在中世纪前的两种范式才把理性与信仰绝对地对立起来，其余四种范式都认为，理性与信仰之间存在相容一面，信仰需要理性的支持，理性对未知的探索需要信仰的指引。天主教神学家托马斯·阿奎那虽然主张信仰高于理性，但正是以其为代表的范式容纳了理性，开启了中世纪通向近现代的思想闸门。由此看来，强调主观的信仰而排斥客观的学术研究方法与理性的态度在西方早就成为过去，至少其相对影响已微不足道。信仰与理性的内在联系还表现为它们都是经验的结晶，所不同为前者主要获得宗教经验的证实，后者依赖经验知识。
有人以为，这两类经验不能混为一谈。当代美国宗教学家约翰·希克却从维特根斯坦哲学获得启发，把人类对自然与环境的感知表述为“经验”，而把依赖于文化的对此之理解表述为“经验为”，“经验为”既具有自然意义，也具有伦理意义、美学意义或宗教意义，其中宗教体悟处于最高层（佛法称为般若智）。[69]据此可以说，不存在所谓纯客观的知识系统，知识系统（佛法所谓分别智）总是被人类主观的意义系统指引着、包容着。“经验”与“经验为”，理性与信仰，都统一于佛法所谓智慧。同时可见，客观与主观也不是绝然对立的。某些佛教徒主观信仰之所以与“客观”的学术研究及其成果发生冲突，原因之一是现代宗教理性化趋势与佛教信仰价值中杂有的宗法传统之间的悖离。例如，由于有些人的信仰深深刻着宗法社会的痕迹，所以他们的老生常谈主张难以得到现代大众响应，以致当面临修寺造像费用筹措难等问题时，反而迁怒于佛光山、慈济、法鼓山等所谓“吸储机”。其实，如果没有佛光山，其他现代形态宗教，如日、韩新兴教派也会日渐挤去其生存地盘。而正是佛光山等人间佛教团体的崛起，为古老的中华佛教在现代拓展了广阔空间。可以说，冲击这类信仰者不是别人，正是现代社会生活。佛法讲境由心生，也就是说只有率先转变（不是放弃）自身观念，顺应时代，才能解决他们面临的一系列问题。转过来了，生活中一言一事，周遭的一草一木都能强固信仰，即有逆境，也可视作对信仰的考验。佛光山徒众继承传统，顺应现代的信仰随着事业的扩展而更形坚强就是明证。转不过来，恐怕信仰的动摇不可避免。因为生活会把绕不开的问题一次又一次地摆上去。当然，标榜客观性、前瞻性、创造性的学术研究遵循着与宗教价值观不同的评价体系，其成果只供参考；学术研究对佛教界的影响有，可能还会愈来愈大，但与近代学界的反宗教倾向明显不同，尊重不同的信仰已成为现代学术界的共识。
对其最后一个问题，统一佛教组织模式已被台湾佛教史证明无效。在现代社会多元竞争环境下，佛教系统性的组织也只能通过竞争，重新整合建立，在举办佛教事业方面也不得不经历类似的竞争与淘汰过程。蓝吉富教授所欲借鉴的日本现代佛教模式固然继承着传统，但自明治维新以来的公开的机会平等的宗派竞争，无疑推动着各宗派的内部整合与成就大规模佛教事业。西方新教各教会组织的竞争、分化与协进，及这一进程对宗教事业的推动更有了长达数百年的历史。从历史的角度看，以往与目前个别性寺院在举办佛教事业方面的零敲碎打、重复浪费恐怕是绕不过的坎。这正如市场经济的全球化建立在无数中小企业被挤垮，某些中小企业又从中觅得机会，成长为巨型跨国公司的基础之上一样。在这方面，台湾一些寺院已有强烈的危机意识，星云也表示要支持这些佛教弱势群体。但他们虽然值得同情，最终恐怕谁也无可奈何，怨恨大山头也解决不了问题，最好是多个中小寺院联合协进！如个别寺院实在无力为继，主动要求大山头接管虽无奈，也不失明智。这为减少重复浪费，更完善地举办大规模佛教事业创造了条件。
前两年，台东师范学院周庆华副教授提出：如何对待主要倡导者们对“人间佛教”同一命题的不同诠释？为什么至今仍是净密当道，禅为助缘？禅净与人间佛教有冲突吗？[70]年大陆有些法师进而提出，人间佛教是否古已有之？佛教是否具有超人间的性质？是否仅仅人间佛教就能涵盖佛教各宗各派？这与蓝教授的第四个问题有相关性，而且针对着星云大师阐述的人间佛教思想，及其与太虚、印顺理论的差异。
的确，星云继承了太虚思想，曾经认为：“到了今天是人间圆融的时代。不论是小乘的、南传的、大乘的、西藏的、中国的佛教，今日提出的人间佛教，是要把最原始的佛陀时代到现代的佛教，融合起来，统摄起来。”他讲，“五乘共法”、“五戒十善”、“四无量心”、“四摄六度”、“因缘果报”、“禅净中道”就是人间佛教；[71]并且引经据典，证明了自《阿含》到大乘经，无不含有人间佛教思想。他讲的这些内容，也的确几乎是佛教，特别是大乘佛教所一贯提倡。某些质疑者认为，若如此，人间佛教与大乘佛教有何差别？提出人间佛教命题有何意义？还不如直截了当地强调发挥大乘的积极人世精神！