三大教育无疑是法鼓山建设人间净土理念的具体落实和体现，在具体的操作上，如何开展三大教育则需要有一套严密有序、运行有效的组织架构作为支撑和保证。法鼓山以大普化、大教育和大学院为主要目标职能，构建了自己的一套组织机构，以推动人间净土建设。“三大教育”的职能分别由护法、推广、文教、弘法修行、公益事业、教育研究六大职能分担，每一大职能下面设立若干机构组织。
护法职能——主要设立护法会、般若禅坐会、福慧念佛会、义工团、助念团、合唱团等社团来进行。推广职能——通过设立土城教育培训中心、三义DIY心灵环保教育中心、禅修推广中心、佛学推广中心等进行。文化服务职能——则由设立法鼓文化事业股份有限公司、《人生》杂志和《法鼓》杂志及纽约法鼓出版社等文化媒介来开展。公益服务职能——主要通过设立各种基金会来体现。比如，法鼓山佛教基金会；法鼓山文教基金会；法鼓山社会福利慈善事业基金会；法鼓山大爱文教基金会；法鼓山救灾中心。教育职能则由建立研究所、大学和研究基金会等形式展开。[56]目前，法鼓山道场规模不断扩大，1997年台东信行寺成为法鼓山台东分院。1997年在美国设立象罔道场成为法鼓山国际禅修中心。1999年桃园的齐明古寺、2001年高雄紫云寺、2003年南投德华寺先后交由法鼓山住持法务，到2005年台湾共有16处道场。省外地区有道场、分会和联络处32处，如美国纽约东初禅寺、美国法鼓山象罔道场、纽约州纽约分会、新泽西州分分、伊利诺州分会、加州洛杉矶分会、华盛顿州西雅图分会、温哥华分会、多伦多分会、新加坡护法会、马来西亚分会、香港护法会、泰国护法会、墨尔本分会等，法鼓山社团组织已遍布美洲、亚洲、欧洲和大洋洲地区。[57]
与台湾其它佛教宗派相比，法鼓山的社团组织是以灵活多样、功能各异的一些小型会团形式存在的，因其适应性强，形式多样，内容丰富，自组织能力强，在教化弘法的上更具有活力而见称，成为法鼓山在组织方面后来居上，显得更富活力的一大特色。其形式主要包括下列一些社团：[58]
1．源远流长的护法会。就护法会这类组织形式而言，台湾其他佛教寺院早就采用。不以寺院而以佛学研究机构为中心，在台湾则似为法鼓山前身——“中华佛学研究所”首创。1989年3月，由信众们自动发起成立“中华佛学研究所”护法会。其宗旨是：筹募法鼓山建设及运作所需之基金。借劝募活动以弘扬佛法，传达法鼓山理念。每年召开一次正副召委成长营、委员成长营、预备委员成长营、执行委员成长营、小组长成长营。召开二次三福田感恩分享大会、二次新劝募会员授证。从开始不到1000人的成员，目前成长到30多万名护持会员。由设在北投农禅寺内护法会办公室为起点，逐渐点线面从基隆、桃园、新竹、台中、台南、嘉义、高雄……逐个开展联络处及共修处、分院如雨后春笋般成立。自1989年5月之初，护法会全省劝募运作体系的16个小组，到1992年9月，3年内已扩展为70个小组。1992年10月，为配合法鼓山文教基金的成立，护法会更名为法鼓山护法会，同时将全省护法组织扩编为23个区域／办事处，于各区域／办事处成立委员会组织，设置召集委员，各区域／办事处个别集体运作，以适应组织发展需要。据称未来将接引500万会员，100万护持会员。
2．共修团体之一：般若禅坐会。该会草创于1978年，最早在农禅寺成立，由当时甫自美返台的圣严法师亲自带领共修，并主持禅七。1985年，“般若禅坐会”正式成立，并每月固定出刊《般若》会讯。以禅修法门帮助信众启发内在福田与智能，回归佛陀本怀，解脱烦恼、生死，修学无上佛法。旨在以健康、安全、实用的禅修观念与方法，使参与者能在日常生活中活用，并因此得到禅修的利益。从1993年起，法鼓山积极推动地区禅坐共修会，促使“家家禅堂，户户莲社”理念早日实现。每周日禅坐共修，内容包括：禅坐、经行、跑香、拜佛、禅修开示。每月举办禅一、禅二、禅七。每年禅讯班结业学员联谊4次，户外禅修2次，会员联谊会2次，悦众成长营1次，共修联谊茶会6次。开展禅堂纠察、接引训练，共修处监香及规矩讲解训练。
3．共修团体之二：福慧念佛会。顾名思义，该会以念佛为共修法门，成立于1982年4月，当时仅有会员30余人，由果梵法师带领。1985年11月改由果淳法师接任辅导师，至1986年3月则由果镜师继任。此阶段，均由方蔡贵美菩萨担任会长。宗旨上求佛道，下化众生。帮助莲友启发自己内在真正的福田和真智能，完成解脱烦恼，生死自在的人生。其会员人数不断地增加，在1986年10月，福慧念佛会正式召开第一届会员大会暨成立大会，会员人数达：300余人。目前会员约6000余人。其定期活动包括：每周六下午七时至九时，于农禅寺福慧念佛会共修、修行指导、修行体验、学佛心得报告等。各组举办会员联谊活动。每周至福德社区暨浩然敬老院带动念佛共修。不定期活动为召开悦众会议。
4．义工团。1992年9月19日该团成立，由果舟法师担任辅导师，李美慧菩萨（现为果云法师1担任召集人，以推动法鼓山理念，实践自利利他的菩萨行，以奉献三宝，服务社会为健康身心的活动。1982年义工曾改称为“万行菩萨”，义工组织亦定名“万行菩萨队”，1985年正式改名为法鼓山义工团。由1981年的接待、财会、环保及编采等4组至今分组增至16组，人数达到1946人，希望在5年后扩充为5000人。未来将护持会员、劝募会员、义工合一；落实义工分团成立，北、中、南及总团之运作，以就近支持活动进行。比如，在下属基金会，每月会员折叠资料、皈依关怀组邮寄生日卡、各会团资料组邮寄资料。在农禅寺，协办大悲忏法会、《法鼓》杂志、梁皇宝忏、瑜伽焰口、念佛会（交通组1、地藏忏法会、新春团拜、八关斋戒、除夕围炉、新春法会、祈福皈依大典等。在文化馆，协办观音法会、药师法会、梁皇宝忏、瑜伽焰口、冬令慰问。在法鼓山，环保组每年两次净山、冬令慰问，协办大悲忏法会、朝山活动（基隆地区）、地藏法会。
5．助念团。该团源自于农禅寺福慧念佛会（临终）关怀小组，1986年，随着念佛会员的成长，助念组扩大为助念团。1993年，为落实对法鼓山万行菩萨的整体关怀，进而扩大为法鼓山基金会助念团。其创会至今，会长均为郑文烈菩萨，以服务念佛会会员间的临终及往生的助念关怀为主，宗旨为推动助念风气，实践佛化丧葬礼仪。该团成员通过和临终者家属一齐念佛，“相信念佛必结净土缘，念佛必能往生莲界”，帮助即将往生或刚往生的人解除对死亡的恐惧，放下万缘，往生净土，使哀伤、痛苦、无助的家属因莲友的助念关怀及佛法宣导而得到慰勉；使参加助念者从中自我成长并增强对佛法的信心。助念团依基金会服务中心之辖区、地区区分为设置组别。全省北部分为七辖区：北一一北四区（共分28组）、北五区、北六区、北七区。中南部等外县市，皆设置有助念团及组员，以服务地区之护持会员及需求之信众。助念团现有人数约4000人，除为莲友往生助念外，还先后举办大灾难法会为死者祈福超荐，如：1999年10月18日，“9·21”大地震罹难人士弥陀法会；2000年10月31日，为新加坡航空空难消灾祈福超荐念佛；2001年9月24、25日，举办台北县、市纳莉台风罹难者超度法会，等等。此外，还不定期举办初阶成长营，每年固定举办进阶成长营，并于1989、1990年举办同理同心课程及哀伤辅导密集训练。
6．合唱团。法鼓山合唱团于1993年12月成立，此后在基隆、罗东、高雄、台南、云林、台中、丰原、苗栗、北五、台北等地分别成立合唱团，总人数达600余人。在台湾以外，设有香港团、马来西亚团、新加坡团、温哥华团、纽约团。法鼓山合唱团在各地区团长们的带领下，除配合圣严讲经活动，更积极配合体系内的各项活动，如佛化联合婚礼、中秋音乐飨宴、佛化联合祝寿、慈善关怀活动、冬令慰问、新劝募会员法鼓传薪暨授证典礼等活动的演唱。2004年9月27日，在台北中正纪念堂音乐厅和愚韵交响乐团配合演出“礼谢师恩音乐会”，获广大好评。2005年10月21日，合唱团再度结合全省十个县市、香港、马来西亚的团员菩萨们共同发心演出，与愚韵交响乐团共同庆祝法鼓山落成开山大典。2005年10月29日在法鼓山庆祝开山落成盛大供佛斋僧会中，更以至诚恳切之恭敬心，用佛法妙音礼敬十方僧众。
7．法行会。1988年8月，法鼓山社会菁英禅修营邀约历届社会菁英禅三的菁英组成法行会创会原始会团，并于1989年5月正式对外募集新会友，召开干部会议，创建法行会的章程组织架构，汇集法行会会员的专长及社会资源作为法鼓山的智库，协助成就法鼓山的理念与需求。其每月固定活动有一次全体会员例会、一次干部会议、二次禅修活动、二次读书会活动、法鼓队练习，法行会高尔夫球队联谊、各小组联谊活动。每年固定活动有：二次农禅寺禅坐共修会，四次全体会员联谊活动。届11月进行干部改选，届12月举行周年庆。该团先后组织策划了一系列有影响的社会活动。如：1999年9月（“9·21”百年未遇地震）发生，积极参与法鼓山之赈灾活动企划。10月，参与企划推出“台湾加油”之公益广告，安定人心，鼓舞士气。2000年1月，协助举办“9·21”灾区万人洒净行脚祈福活动。同年4月，企划“佛诞节花车游行竞赛——法鼓山主题花车设计”，并勇夺该项比赛票选总冠军荣衔。2001年1月，企划“法鼓山新世纪大好年记者会”，推动大好年、说好话、做好事、转好运项目事宜。同年2月，企划“杨丽花歌仔戏台南义演”及其募款事宜。4月，企划“云门舞集竹梦台北义演”及其募款事宜。2002年9月，推动十大电视媒体大好月主题月，促成与“新闻局”、“教育部国教司”共襄盛举大好月活动，推动2002年练好心大好年，促成司法、政治、媒体、演艺界的菁英参加法鼓禅修活动。