焚书坑儒，是秦始皇在意识形态领域内对持不同政见的人的残酷镇压，是当时“师古”与“师今”两种政治思想斗争激化的表现。在当时的历史条件下，为了巩固统一，禁止“以古非今”的活动，采取统一思想的措施是必要的，但是这种手段，愚蠢而又残暴，特别是焚书，毁灭了许多古代的文化典籍，造成了文化上的重大损失。
公元前221年秦统一六国后，就着手建立和健全专制主义的中央集权的国家机器，以巩固其对全国的统治。首先，秦王政召集群臣讨论关于更改名号的问题。战国时期各国最高统治者都尊号为王，现在他认为自己德高三皇，功过五帝，王的称号已不能显示他的至高无上的权势和地位，因此，他把古代传说中神和人最尊贵的三皇五帝的称号合二为一，号称皇帝。从此，皇帝便成为封建国家的最高统治者的称号。在这次讨论中，还规定皇帝自称“朕”，“命”称“制”，“令”称“诏”，并废除子议父、臣议君谥法，还规定皇帝按照世代排列，第一代称始皇帝，后代以二世、三世计，传之无穷，以至万世。所有这些规定，都表明皇帝在封建国家中享有神圣的地位和最高的权力。对于这些问题，大家的看法基本一致，没有大的分歧，但是，在讨论建立什么样的国家体制的时候，却发生了原则性的争论。以丞相王绾为首的一部分官吏，认为诸侯各国刚刚降服，燕、齐、荆楚这些地区，离咸阳很远，鞭长莫及，如果不在那里设立王侯，是难以控制的。他主张秦始皇把自己的儿子封到那里去建立诸侯国。秦始皇要群臣就王绾的这个意见进行议论，大家都说这个办法好。但廷尉(负责司法的官员)李斯却持不同意见，他说：“周朝文王武王封同姓的子弟很多，到后来亲属之情疏远了，便互相攻打，像仇敌一样，诸侯各国之间你争我夺，战争频繁，周朝天子无法制止。现在，天下靠着陛下的神威和才智统一了，原来的诸侯国都改为郡县，陛下诸公子以及有功之臣都用国家收入的赋税优厚地赏赐他们，这就够了，而且容易钳制，天下就不会出现与中央对抗的局面，这是最安宁的办法。倘若仍旧设置诸侯，那就不好了。”始皇说：“多少年来，天下之人都深受战争不断之苦，这无非是因为有了诸侯国的缘故。现在托祖宗之福，天下刚刚安定，又要再建立起诸侯国来，这等于是在准备战争，那样想求得社会的安宁不是很难么?廷尉的意见是对的。”于是，把天下分做三十六个郡，在全国确立了郡县制。
过了八年，到公元前213年，秦始皇在咸阳宫大摆筵席，朝中大臣都来赴宴。宴会进行中，博士七十人上前向始皇祝酒，其中有个名叫周青臣的颂扬始皇的功绩，说：“从前，秦国的地方不过千里左右，凭着陛下的英明、才智和神威，平定了天下，把野蛮的敌对民族赶了出去。你的功德，像太阳和月亮的光芒普照四方，没有哪个不服从的。你把诸侯国改为郡县，从此，人人过着安乐的日子，再没有战争的忧愁了。这样下去，可以传到万世万代而不会变化。自上古以来，没有哪一个能比得上陛下的威德。”始皇听了这番恭维话，非常高兴。另外一个博士名叫淳于越的，他趁机又提出恢复分封制的主张。他走到始皇面前说：“我听说殷朝周朝的统治之所以维持了一千多年，是由于把土地封给了子弟和功臣，作为它四周的屏障，中央发生什么事情，他们都能响应和支援。现在陛下统一了天下，而自己的子弟一个个都是光杆，以后如果骤然出现齐国的田常、晋国的六卿专权篡位之臣，而没有封国的藩屏，那怎么可以相救呢?不管什么事情，如果不依照古代的法规去做而能久远的，我没有听到过。周青臣一味阿谀奉承，使陛下的错误加深，他不是一个忠臣。”始皇听了这番话，一时不能作出判断，就把这个问题交给群臣议论。丞相李斯说：“五帝的法治是不相重复的，三代的制度，也不是相沿袭的，各个时期都是根据本身的特点制定政策，这并不是故意要标新立异和前朝不一样，因为时代发生了变化，不是以前那个情况了，所以治理的方法也应该不同。现在陛下创造了天下一统的伟大事业，建立了万世的大功劳，这本来不是那些愚蠢无知的儒生所能够了解的。而且淳于越所讲的，都是很早以前夏、商、周三代的事情，时间隔了这么久，怎么可以按照他们那样做呢?如果那样，以后各个诸侯之间互相争夺，战乱纷纭，都用重金礼聘那些游说之士，天下又不会安宁了。现在天下已经安定，法令一致，各地都要遵照执行，百姓只料理家务，专心务农做工，读书人只要学习政府法令避免犯错误就是了。可是现在这些儒生，不学当今的法令，却一心推崇古代的制度，并说当今的政策都不好，这不是扰乱百姓的思想，在人民中进行煽动吗?我丞相李斯冒死罪也来谈谈自己的看法：从前，天下四分五裂，战乱不休，没有人能够统一，所以诸侯各据一方，都借称赞三代来破坏统一，散布一些不切实际的空洞言论来蛊惑人心，制造混乱。百姓的知识多了，他们就会议论领导这也不是那也不是。今天皇帝统一了天下，情况已经摆得明明白白，只有一个最高权威，而有些人却以为自己的知识了不起，议论当今的政策不对。他们听到命令颁布下来，就用他们的观点来进行批评。他们在朝廷里虽然不敢直说，但心里却不以为然，走出朝廷，就在街头巷尾进行诽谤，夸耀他们的主张以博取别人的好感。他们制造一些奇谈怪论而自以为高明，带了一些不明真相的人造谣生事。这样的情形如果还不禁止，那么，上面皇帝的权威就会要受到损害，而下面就会出现拉帮结党的现象。所以我认为还是禁止的好。我胆敢提一个意见，就是请求陛下吩咐有关官员，凡不是记载秦国事迹的书籍，统统把它烧掉。不是博士官所收藏的书，国内的人不准保存。《诗》、《书》等诸子百家的著作一律上交到郡、县，由郡县的官员负责统一烧毁。有胆敢私下谈论《诗》、《书》这类书的，处以死刑。如果有借着颂扬三代的功德而攻击现行法令制度的，就将他灭族。各级官员如果知道了这些情况而不执行的，判处同样的罪。命令传下去，如果三十天内不把书烧完，判处黥刑(脸上刺字)，并罚他到边境白天站岗防守敌寇，晚上修筑长城，时间是四年。保留不烧的，只限于有关医药、卜筮、农业生产等一类的书籍。严禁私人办学。假若人们想要学法令，便拜官吏做老师。始皇同意了李斯的意见，于是，中国历史上的“焚书”事件便这样发生了。
秦始皇统一六国以后，妄想长生不老，在公元前219年，即派徐市带了几千童男童女出海求仙，但去后，一直投有回来。四年以后，又派韩终、侯公、石生等人去寻找长生不老之药，还派了卢生再去海外仙岛寻访仙人。卢生不久回来，胡诌了一本神秘莫测的小册子，并说：“将来灭亡秦国的是胡人。”于是，始皇派将军蒙恬率领三十万部队去进攻北方边境的少数民族。卢生虽然出海求仙回来是那样敷衍了事，但任务毕竟没有完成。公元前212年，卢生对始皇说： “我们花了这么多时间和精力之所以没有找到长生不老之药，是因为这类东西有所忌讳。当前正在修陵墓，陛下平时的行动应该保守秘密，不要让别人知道，这样就可以避开恶鬼。恶鬼避开了，仙人就会来到。陛下所住的地方，朝中大臣都知道，这对仙人的来临是不方便的。所谓仙人，他进入水中而不沾濡一点湿气，进人火中而烧不着他。他来去都是腾云驾雾，他的生命与天地永存。现在陛下治理国家，事情繁忙，心里不能安静。希望陛下所居住的地方和平时的行动不要让别人知道，这样，长生不老之药就可以找到了。”于是，始皇从此行动诡秘，会见群臣和处理问题只在咸阳宫一个地方。
卢生虽然几次胡言乱语把事情搪塞过去了，但是，到哪里去找仙人不死之药呢?侯生和卢生两人商量脱身之计，他们说：“始皇这个人。刚愎自用，暴戾无常。他本来只是一个诸侯，现在兼并了天下，他的意愿实现了，欲望满足了，自认为从三皇五帝以来没有一个能比得上他的。他只任用和依靠司法部门的官吏，这些人才得到他的宠信。博士虽然有七十人，但不能起一点作用，不过是装饰门面而已。丞相等所有大臣，都只能照章办事。皇上喜欢用重刑这样的高压手段来显示自己的威严，天下之人都是小心翼翼的，没有人敢说真心话。皇上听不进一点意见，日益骄横，下面的臣子慑于他的淫威，都只能说些违心的话去博取他的好感。秦国的法令极其残酷，对人民动辄处以死刑。国内之事，不论大小都要由他决定。他独断专行、专横跋扈、残忍暴虐到这种地步，不可能为他找到长生不老之药。”这两个方士散布了这些言论以后就逃走了。对始皇的这些诽谤之辞，不胫而走，最后被始皇听到了，大发雷霆，他说：“我早几年把天下不中用的书都烧掉了，招集了很多儒家学者和方士，想使国家兴盛，吉利平安，所以许多方士想为我炼长生不老的金丹。现在听说韩终等人去寻找仙人不死之药，几年了还没有看见他们回来交差；徐市带了几千童男童女去到海岛求仙，耗资巨万，到现在也还没有找到仙药，而不法之徒就造谣惑众，幸灾乐祸的人听了，互相传播。这些事情每天都听到一些。卢生等人，我以前很尊重他们，给他们的待遇也特别优厚，但是，他们现在反而诽谤我，说我无德不能长生。在咸阳的儒生，我将派人去进行查问，有些人就是在制造和散布谣言，煽动人民暴乱。”始皇于是派了御史去处理这个案件，对在咸阳的儒生一个个进行审讯。这些儒生转相告发，牵连到四百六十多人。始皇对这案件亲自判决，将他们全部活埋在咸阳，使国内的人都知道这个事件，以儆效尤。始皇的长子扶苏不同意这种做法，进行劝阻。他说：“国家刚刚统一，远方的人民还没有完全归顺，这些儒生不过是称述和仿效孔子的主张，今天陛下对他们量刑太重，我恐怕会引起天下的动乱，希望陛下仔细考虑一下。”始皇听到扶苏为儒生说话，很生气，就派扶苏到北部边境去作蒙恬的监军，驻守在上郡(陕西绥德)。这就是历史上所说的“坑儒”。
秦始皇千方百计寻找仙人不死之药，但始终没有找到。公元前210年，当他巡行到沙丘(河北平乡县东北)，因病去世，终年五十岁。