1967年毛泽东曾说过："姚文元的文章不过是无产阶级文化大革命的信号。"此话不假。发出信号是为了观察。上海的张春桥等人在观察，毛泽东也在观察。张春桥等人观察的结果，如他在1966年5月所说的：姚文元文章发表以后，"我们天天等北京消息，天天看，天天盼，北京就是不理睬。"江青将这些情况报告了毛泽东。毛泽东观察的结果，如他1967年5月所说的："全国大多数的报纸都刊登了，但就是北京、湖南不登。后来我建议出小册子，也受到抵制，没有行得通。"毛泽东更增加了对中宣部的不满。认为这些事实更证明了他对中央出"修正主义"的担心和北京市"针插不进、水泼不进"看法的正确性。
1965年11月下旬，彭真返京。在听取《红旗》杂志的汇报后，他指示：中央报刊是否发表批判吴晗的文章，还要再考虑一下再说。他要北京市委书记处讨论转载的问题，并说吴晗性质不属于敌我矛盾，对姚文元文章错误的地方也要批判。北京市委书记处研究认为：不同意姚文元文章的第四部分"《海瑞罢官》要人们学习什么东西？"从政治上的批判；如必须转载这篇文章，则加上编者按以表明自己的态度。
11月29日，《北京日报》转载了姚文元的文章，根据彭真28日的指示写的按语，强调"有不同意见应该展开讨论"，"实事求是地弄清是非。"30日《人民日报》转载，根据周恩来、彭真意见写成并修改的按语说："我们希望，通过这次辩论，能够进一步发展各种意见之间的相互争论和相互批评。我们的方针是：既容许批评的自由，也容许反批评的自由；对于错误的意见，我们也采取说理的方法，实事求是，以理服人。"《人民日报》并将姚文元的文章放在第5版"学术讨论"专栏，以此表示了不同于姚文元文章的态度。
12月21日，毛泽东在杭州同陈伯达、艾思奇、关锋谈话说："姚文元的文章也很好，点了名，对戏剧界、历史界、哲学界震动很大，但是没有打中要害。要害问题是'罢官'。嘉靖皇帝罢了海瑞的官，1959年我们罢了彭德怀的官。彭德怀也是海瑞。"此言一出，要害由"退田"变为"罢官"，政治批判的分量更加增强。这场以文艺问题为突破口，以1958年"大跃进"以来包括庐山会议、七千人大会、西楼会议和四清运动中的分歧问题为内容的批判，使得人们感觉到了斗争的严重性和尖锐性。但是人们普遍意识不到，一场史无前例的"文化大革命"的序幕开始了。
制定《五一六通知》在转载姚文元的文章等问题上所遇到的来自中宣部、北京市委及彭真等人的强大阻力，使毛泽东更加坚定了他对中央可能出修正主义和发生反革命政变的估计。他开始避开党中央其他领导人，依靠康生、江青等人帮助他开展这场"文化大革命"。
1966年3月下旬，根据毛泽东的指示，康生指定王力起草1个撤销《二月提纲》的通知，根据王力的回忆，他所拟的通知只有一句话，即"中共中央通知：一九六六年二月十二日中央批转的《文化革命小组关于当前学术讨论的汇报提纲》现予以撤销。"这个通知政治局讨论同意。
《通知》急送毛泽东，他不满意，说道："《通知》不应是技术性的，而应是理论性的。"并要党内"理论家"陈伯达另行起草通知。
据陈伯达回忆，他领会毛泽东的意思，也就是要他从理论的高度批判《二月提纲》，即要他做一篇大文章。于是他和王力合作，很快在4月初写出了初稿。
初稿送毛泽东，他阅后决定成立1个小组来起草通知，并点名陈伯达为组长。
4月16-26日，毛泽东在杭州召集中央政治局常委扩大会议，这次会议实质上是为发动"文革"做准备。毛泽东建议，起草小组到上海工作，于是起草小组成员纷纷前往上海，聚集在上海锦江饭店后楼，名义上是为中央会议准备材料，实际上是在那里讨论、修改《通知》。
据有关资料讲，起草小组写完一稿，即由张春桥派人急送杭州。毛泽东看完后加一些话，派人即送张春桥，由他转起草小组。起草小组根据毛泽东的指示又进行讨论、修改，再由张春桥派人送毛泽东，毛泽东又加一些话退张春桥……如此上海--杭州穿梭，足见毛泽东对《通知》的重视。当起草小组举行最后一次会议时，会开到一半，毛泽东还要徐业夫打电话到上海，又加进了一些话。